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《华中农业大学》 2003年
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地方猪遗传多样性的微卫星DNA标记检测与评估方法研究

樊斌  
【摘要】: 品种的多样化是家畜具有适应复杂多变生态环境能力的保障,是畜牧业生产可持续发展的基础。我国拥有丰富的猪品种资源,但在注重竞争与效益的市场经济体制下,受到瘦肉型商用猪种的强烈冲击,我国已出现带有全局性的猪品种资源危机。对家畜遗传多样性的研究有助于做好品种资源的保护和利用。微卫星DNA标记是目前家畜遗传多样性检测和评估中的最常用分子标记。因此,本研究藉微卫星DNA标记为研究工具,对我国具特色的地方猪品种(太湖猪和小型猪)及新西兰奥克兰猪的遗传多样性现状进行检测和评估,据此作为猪品种资源保护、利用的客观依据;同时尝试运用多种分析手段,以期摸索一套行之有效的微卫星DNA数据处理方法。本研究所得结果如下: 1. 27个微卫星DNA座位在太湖猪类群(二花脸、中梅山、小梅山、米猪和沙乌头)、姜曲海猪和东串猪中基本上均呈高度多态,座位平均等位基因数目为8.148,平均总群体遗传杂合度为0.722。除S0002、S0026、S0355和Sw632外,其它大部分微卫星座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态,这可能是由品种(类群)内始祖效应、高强度选育及近交育种等多种因素所造成。 2. 27个微卫星DNA座位上,7个品种(类群)具有的等位基因数目和频率不同程度地呈现出差异。一些等位基因为品种(类群)所共享,且出现频率较高,如Sw24座位的104bp和Sw936座位的110bp等,推测它们可能是地方猪基因组中最为“原始”的等位基因;一些等位基因为某个品种(类群)所特有,且出现频率较高,如S0218座位的188bp只出现在二花脸中,Sw72座位的114bp只在沙乌头中出现,它们可作为特征标记而潜在应用于品种(类群)识别和品种(类群)保护。 3. 7个品种(类群)的期望遗传杂合度在0.429-0.677之间,姜曲海猪的值最高,而小梅山值最低。综合平均观测、有效等位基因数目,平均观测、期望杂合度及平均多态信息含量5个指标的比较,7个品种(类群)内遗传变异程度大小依次为姜曲海猪、米猪、二花脸、沙乌头、中梅山、东串猪和小梅山。固定指数表明(Fst=0.18),总群体的遗传变异大部分(82%)分布于各品种(类群)内,少部分(18%)存在于各品种(类群)间。 4. 7个品种(类群)的Nei氏(1972)标准遗传距离在0.238-0.624之间,Cavalli-Sforza和Edwards(1967)余弦距离在0.107-0.231之间,由两者分别绘制出的NJ聚类图和UPGMA聚类图基本一致。太湖猪5个类群聚为一支,姜曲海猪和东串猪聚为另一支。太湖猪类群内,二花脸和米猪聚为一支,中梅山与小梅山先聚一起,而后与沙乌头相聚。由等位基因频率转换所得的主成分分析亦清晰表明上述各品种(类群)遗传关系的划分。 5. 对我国一些地方猪品种与欧洲猪品种的微卫星DNA数据进行合并聚类分析, 华中农业大学;;00二;月体士研究生学位论文 我国地方猪与欧洲猪品种明显分为两大系统,这支持欧亚家猪由不同野猪类型独立进化 而来的结论。 6.采用20个荧光微卫星DNA标记对小型猪品种遗传多样性检测结果显示,5个 猪品种的期望遗传杂合度在0.553一0.661之间,藏猪的值最高,香猪的值最低,作为对 照外群的二花脸值居中。综合5个遗传多样度衡量指标的比较,小型猪品种内遗传变异 程度大小依次为藏猪、五指山猪、滇南小耳猪和香猪。 7.5个猪品种的Nei氏(1972)标准遗传距离在0.429一0.986之间,相似性系数在 0.373一0.651之间,由此得到的NJ聚类图显示,香猪与滇南小耳猪先聚一起,然后与藏 猪聚为一支;五指山猪与二花脸聚为另一支。 8.共享等位基因距离法绘制出的个体间NJ聚类图表明,二花脸、五指山猪和滇 南小耳猪的个体全部正确归类,香猪中仅有两个个体被划归于藏猪。藏猪和五指山猪中 含有两个亚群。品种间的聚类关系与Nei氏(1972)标准遗传距离所得NJ聚类图有所 出入。 9.采用26个荧光微卫星标记对奥克兰猪遗传多样性检测结果显示,奥克兰猪的 期望遗传杂合度为0.454,平均有效等位基因数目为2.175,其值低于我国地方猪与其它 国外猪品种,奥克兰猪遗传多样程度日趋匾乏。奥克兰猪与澳洲商用猪群、我国家猪的 Nei氏(1 972)标准遗传距离在0.361一0.709之I’ed,DA遗传距离在0.321一1.645之间,两 者所得NJ聚类图基本一致。奥克兰猪与澳洲商用猪群遗传关系较近,而与我国家猪遗 传关系较为疏远,证明其可能为欧洲起源。 10.依据所得个体微卫星DNA基因型对其进行品种归属判定,八种判定方法的准 确度在81.08一98.20%之间,准确度由高至低依次为贝叶斯法、DA、Nei氏标准距离、 Cavalli一Sforza和Edwards余弦距离法、基因频率法、Nei氏最小距离法、共享等位基因 距离法和(和)’。依贝叶斯法,26个微卫星标记的判定能力在33.33一68.47%之间,500韶 判定能力最高,而ZG凡最低。依非父排除概率公式H和IIJ,微卫星DNA标记的排除概 率分别为在0.551一0.814和0.368一0.713之间,累计概率达到99.99%以上。
【学位授予单位】:华中农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2003
【分类号】:S828

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9 董晓君;张绍祥;陶勇;;中国地方猪种分子遗传多样性的研究进展[A];中国猪业发展大会暨中国畜牧业协会猪业分会第二届会员代表大会论文集[C];2007年
10 常怀普;欧江涛;王希龙;钟金城;郭春华;马志杰;罗虹;;五指山猪等5个猪品种IGF2基因部分序列的SNP分析[A];第十次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2006年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 记者 牛金辉;选择猪品种要先定好位[N];新疆科技报(汉);2008年
2 记者 牛金辉;“名牌”猪品种介绍[N];新疆科技报(汉);2008年
3 省讯;我省补贴10个生猪品种[N];江苏农业科技报;2007年
4 向昌书;恩施市完善生猪良种繁育体系[N];中国畜牧兽医报;2007年
5 李青松 邓传武;“湘西老哥”成湘西黑猪品种“法定”品牌[N];湖南经济报;2008年
6 宗何;丁磊:牛年要办养猪网[N];科技日报;2009年
7 记者  刘凌 通讯员  邓利良;宁乡全力保护“宁乡猪”[N];湖南日报;2006年
8 刘春荣;武关镇改良生猪为农增收[N];商洛日报;2006年
9 本报记者 杭春燕;“猪周期”,市场魔咒这样破解[N];新华日报;2011年
10 河北农大动物科技学院 曹洪战;农户养哪种猪要细思量[N];河北科技报;2006年
中国博士学位论文全文数据库 前9条
1 刘榜;15个猪品种MHCⅡ类区4个基因的SNPs分析及与免疫性状的关联[D];华中农业大学;2003年
2 龙定彪;猪肌肉生长抑制素基因表达规律及其调控与肌肉生长量的关系研究[D];四川农业大学;2008年
3 杨述林;1.十八个中国地方猪品种遗传多样性分析  2.猪特定群体定位QTL的效率研究[D];华中农业大学;2004年
4 冯政;猪骨骼肌发育相关新基因家族BTG/TOB的克隆及功能研究[D];华中农业大学;2007年
5 樊斌;地方猪遗传多样性的微卫星DNA标记检测与评估方法研究[D];华中农业大学;2003年
6 秦树臻;太湖猪核DNA和线粒体DNA遗传变异的研究[D];南京师范大学;1994年
7 崔景香;猪肌内脂肪沉积相关基因的mRNA表达及功能分析[D];山东农业大学;2011年
8 李平华;猪5号染色体耳面积QTL精细定位及其因果基因的初步鉴别[D];江西农业大学;2012年
9 蒋曹德;猪DNA甲基化与杂种表现的关系及遗传多样性分析[D];华中农业大学;2004年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 孔晶晶;三个猪品种SLA-DQA基因多态性与仔猪腹泻的相关性分析[D];甘肃农业大学;2012年
2 李艳华;猪解耦联蛋白基因(UCP2和UCP3)遗传变异研究[D];中国农业大学;2005年
3 赵会静;猪H-FABP基因和CAST基因的多态性及其与肉质性状关系的研究[D];中国农业科学院;2005年
4 鞠慧萍;猪FUT1和Mx1基因多态性及其与苏太猪繁殖性能的关联分析[D];扬州大学;2007年
5 任斌;猪AMPD1、MYF6基因的多态性及其与部分经济性状相关性研究[D];湖南农业大学;2008年
6 严燕;安徽四个地方猪种Leptin基因多态性研究及其与产仔性状的关联分析[D];安徽农业大学;2009年
7 刘燕;甘肃省猪种ESR和FSHβ基因多态性与繁殖性状的相关性研究[D];甘肃农业大学;2008年
8 杨燕军;猪FoxO1基因cDNA的克隆及其组织表达研究[D];西北农林科技大学;2007年
9 安添午;甘肃猪种资源微卫星DNA遗传多样性研究[D];甘肃农业大学;2008年
10 邓宏;猪PANE1基因的克隆,定位,表达谱与SNP分析以及PANE1基因和长非编码RNA基因与部分性状的关联分析[D];华中农业大学;2008年
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