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《华中农业大学》 2003年
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15个猪品种MHCⅡ类区4个基因的SNPs分析及与免疫性状的关联

刘榜  
【摘要】: 主要组织相容性复合体(MHC)是一群紧密连锁的基因,编码主要组织相容性抗原,在脊椎动物机体的免疫应答中具有重要作用。MHC中的基因具有丰富的多态性,是物种起源、进化和动物抗病育种的研究重点之一。本研究运用比较基因组策略成功获得了位于猪7号染色体上MHC Ⅱ类区中SLA-DRA和SLA-DQA基因的2-3外显子的片段(包括第2外显子、第2内含子和少部分第3外显子),采用PCR产物直接测序法研究中外15个猪品种MHCⅡ类区中SLA-DRA、SLA-DQA、SLA-DRB和SLA-DQB基因第2外显子的核苷酸序列,分析了SNPs位点,发现了一批新等位基因,研究了各基因在15个品种中的遗传多样性及品种间的亲缘关系。采用PCR-RFLP方法检测了SLA-DQB、SLA-DRB基因第2外显子在通城猪、大长通和长大通3个群体中的多态性,对基因与免疫性状的关系进行了统计分析。其结果如下: 1、运用比较基因组策略成功设计了扩增猪MHCⅡ类区中SLA-DRA和SLA-DQA2-3外显子的引物对(DRAp167、DRAp428和DQAp161、DQAp443),获得了包含大部分第2外显子、全部第2内含子和少部分第3外显子的SLA-DRA基因的705 bp和SLA-DQA基因的731 bp的片段,分别通过克隆和PCR产物的直接测序获得SLA-DQA和SLA-DRA的2-3外显子的核苷酸序列,分析了两基因部分片段(2-3外显子)的基因结构。推导出SLA-DRQ链、SLA-DQα链的α_1结构域的长度分别为85和87个氨基酸残基。 2、运用PCR产物直接测序方法进行了中外15个猪品种(13个本国地方品种,2个国外品种)的SLA-DRA、DQA、DRB、DQB 4个基因第2外显子和SLA-DRA、DQA 2个基因第2内含子的序列分析。发现SLA-DRA第2外显子231bp中存在3个SNPs位点,分别是190(G/A),363(C/A),374(C/T),第2外显子中的SNPs发生频率为1.3%;在第2内含子中有6个SNPs位点存在,分别是114(C/T)、127(C/T),228(C/G),346(G/T),414(G/A),428(G/A),SNPs发生率为1.4%。发现SLA-DQA基因第2外显子251bp中存在26个SNPs位点和2个突变位点(360A/G,373G/A),其中有1个3态和1个4态SNP位点,SNPs频率12%,其SNPs的分布为:198(C/T)、203(C/A)、211(A/T)、230(C/T)、237(G/C)、245(C/T)、256(A/G)、276(C/A)、277(A/G)、293(C/T,C/A)、294(A/G)、301(C/G)、314(G/A)、332(C/T)、339(A/G)、340 华中农J匕大学俘士学位论文 (C厅)、342(G厅)、343(C瓜C/G)、348(C厅)、349(A/T)、352(AjC)、353(T/C)、 362(C/T)、363(G/C,G/A,G厅)、367(T/C)、374(T/C)。在第2内含子中发现以6 个核普酸和9个核营酸为单位的插入、缺失突变。发现£丈月一DRB基因第2外显子1 74bp 中出现29个SNPs位点,其「万护有6个3态和l个4态,SNPs发生频率16.7%,其SNPs 的分布为:112(T/G)、113(T/A)、114(T/C)、115(C/A)、118(G/T)、119(G/T、 G/A)、124(T/G)、125(T/C、T/A)、144(T/C)、155(A/G)、165(A/G)、166(T/A)、 169(G/C)、171(G/C)、173(G/A)、177(A/C、AjG、A/T)、196(T/C/、T/A)、198 (T/A)、199(G/T)、210(C/T)、225(G/A)、240(C/T)、255(A/T、A/G)、256(G/T)、 257(A/C、A/T)、265(A汀、A/G)、269(A/G)、270(AjG)、278(A/G)。发现S丈月一DQB 第2外显子204bp中有5个突变位点和3个SNPs位点,其中2个3态SNPs位点,SNps 发生频率为15.7%,SNPs分布为:243(A/G)、245(A/G)、246(A/G)、247(AjG)、 257(A/G)、265(T/C)、266(A/T)、267(T/C)、268(G/T)、269(C/T)、283(G/A)、 286(G/A)、294(G/A)、296(A/T)、3 12(T/G)、325(G/A)、326(C/A)、327(C/G)、 335(A/C)、338(G汀)、343(A/G)、354(C/G)、355(A/G,A/T)、356(T/C)、357 (C/T)、368(C/A、C厅)、375(A/C)、379(C/G)、386(C/G)、387(G/T)、418(G/A)。 3、通过对GenBank中同一基因的序列比对,按读码框分析氨基酸序列,发现一批 新等位基因。其中在S乙月一DRA中发现2个新等位基因,分别命名为S丈减一DRA 001、 S乙月一D尺月002。S乙月一DRAO01是由于190位(G/A)变异引起83位氨基酸的改变(Ser一 Asn),S乙月一DRA 002是由363位(C/A)核普酸变异引起%位氨基酸改变(Leu一Met)。 分析S丈月一DRA基因在物种间的变异时,发现占丈月一DRA002在物种间表现出保守性,在 猪以外的9种哺乳动物中该位点均为Met,而在猪中存在Met和Leu两种氨基酸残基变 异。也发现基因£乙注一DQA中有4个新等位基因,分别命名为£丈刁一DQA001沼丈左一DQAO02, s乙月一DQA003,召乙月DQA004,其中S乙月一DQA001是92位Ala一Val的变异,‘乙月一DQAooZ 是92位Ala一Ser的变异,5去月一DQA003是94位His一Tyr的变异,占丈月DQA004是99 位Ala一Met的变异。发现基因S丈月一DRB有1个新等位基因,该等位基因是由“位Phe ~Leu的突变而产生。发现基因SLA一DQB有7个新等位基因,其命名从£乙月一DQBool 到s乙月一DQ刀007,它们的核昔酸变异依次引起62位(Tyr一Cys)、63位(Ile一Met)、70 位(Ala一Ser)、89位(Ala~Asn)、97位(Lys一Arg)、1 07位(Leu一Ala)和1 09位 (Thr~Ser)的氨基酸发生改变。 1曰宁1............—一 巧个猪品种MHCH类区4个基因的SNPs分析及与免丧性状的关联 4
【学位授予单位】:华中农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2003
【分类号】:S852.4

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【引证文献】
中国期刊全文数据库 前5条
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4 邢凤;李培培;李珏;李成渤;王建民;;山羊GOLA-DQB1基因外显子2多态性与免疫性状的相关分析[J];遗传;2008年07期
5 温青娜;贾斌;申红;白春生;杜迎春;李仁燕;曾献存;周其伟;田永芝;吕利民;惠文巧;;哈萨克绵羊MHC-DRB1基因SSCP多态性与细粒棘球蚴病遗传抗性关联分析[J];中国人兽共患病学报;2010年09期
中国博士学位论文全文数据库 前3条
1 杜迎春;新疆多浪羊和中国美利奴羊MHC-DRB1、DQB1基因SSCP多态性与包虫病抗性研究[D];石河子大学;2010年
2 杨金娥;猪12号染色体上10个新基因的分离、定位及其与部分性状的关联分析[D];华中农业大学;2004年
3 赵永贞;猪MMP-19和MMP-23基因的分离、定位和功能初步分析[D];西北农林科技大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 温青娜;哈萨克羊和中国美利奴羊DRB1基因SSCP多态性与细粒棘球蚴病遗传抗性的关联分析[D];石河子大学;2010年
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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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7 韩芬霞;陈春刚;王清华;;猪肾组织中DNA提取的研究[J];安徽农业科学;2006年04期
8 韩芬霞;;猪肝脏基因组DNA提取与纯化的研究[J];安徽农业科学;2006年16期
9 梁子安;鲁云风;文祯中;原国辉;;南阳黄牛可持续发展探讨[J];安徽农业科学;2006年18期
10 侯相山;王洪水;;干扰素研究进展[J];安徽农业科学;2007年06期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
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2 孙菡聪;徐桂云;杨宁;郑江霞;曲鲁江;;鸡血清与卵黄中抗体水平的相关性研究[A];安全优质的家禽生产——第十五次全国家禽学术讨论会论文集[C];2011年
3 雒国彬;谢凤研;王志博;齐欣;范春玲;张永根;;酵母硒对围产前期奶牛免疫性能的影响[A];首届中国奶业大会论文集(上册)[C];2010年
4 薛梦林;;冬枣采后黑斑病拮抗菌的筛选与鉴定[A];微生物实用技术生态环境应用学术研讨会论文集[C];2008年
5 苏智慧;;大步甲虫亚科的平行进化和快速形态分化(英文)[A];生命科学与生物技术:中国科协第三届青年学术年会论文集[C];1998年
6 ;Species Discrimination of Four Crabs (Genus Scylla) by Mitochondrial COI Gene[A];经济发展方式转变与自主创新——第十二届中国科学技术协会年会(第三卷)[C];2010年
7 蔡旭;方伟武;;基于极大似然估计的分子序列修正Kimura双参数距离[A];中国运筹学会第七届学术交流会论文集(中卷)[C];2004年
8 周祎;李明福;易丽萍;谭钟扬;刘选民;;基于芜菁花叶病毒P1和CP基因的密码子偏性分析[A];中国植物病理学会2008年学术年会论文集[C];2008年
9 付艳艳;顾为望;刘运忠;彭瑾瑜;常弘;;西藏小型猪线粒体D-loop区及微卫星多态性的遗传研究[A];中国实验动物学会第七届学术年会论文集[C];2006年
10 李洪涛;顾为望;;西藏小型猪细胞色素b的分子遗传学研究[A];第九届中国实验动物科学年会(2010新疆)论文集[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 郭雪江;睾丸蛋白表达谱的研究[D];南京医科大学;2009年
2 张成玲;烟草脉带花叶病毒、芜菁花叶病毒和马铃薯Y病毒的遗传结构分析[D];山东农业大学;2010年
3 戴银;鸡MHCⅠ类分子结构与抗病性关系的研究[D];安徽农业大学;2010年
4 成述儒;藏绵羊DQA1、DQA2和DRB3基因多态性与单倍型连锁分析[D];甘肃农业大学;2010年
5 于红;牡蛎良种选育的遗传学基础研究[D];中国海洋大学;2010年
6 伊珍珍;旋唇纲、寡膜纲和前口纲纤毛虫原生动物研究[D];中国海洋大学;2009年
7 李敏;异翅亚目DNA条形码,谱系生物地理学及花蝽科(狭义)分子系统发育研究[D];南开大学;2010年
8 曹轶;深海微生物多样性和嗜盐古菌乙醇代谢相关酶基因研究[D];浙江大学;2010年
9 任二军;蓝狐自咬症及遗传学基础研究[D];中国农业科学院;2011年
10 孙宏选;高剂量植酸酶对肉鸡生产性能及能量和蛋白质养分利用率的影响[D];中国农业科学院;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张燕;长江草鱼群体MHC Class Ⅱ B基因的克隆、表达及多态性分析[D];华中农业大学;2010年
2 许媛媛;鸭瘟的动态病理学研究和鸭CD4的克隆[D];华中农业大学;2010年
3 胡佳;鲟形目部分种类基于线粒体COⅠ基因的分子进化研究[D];华中农业大学;2010年
4 张先波;一个大白猪群血液参数健康标准的制定及BCL10基因多态性与部分血液参数的关联分析[D];华中农业大学;2010年
5 向安静;杜洛克×二花脸F2资源群体构建及其血液指标、免疫性状的测定和分析[D];华中农业大学;2010年
6 白家媛;樱桃谷鸭CD8α胞外区多肽的原核表达、抗体制备及初步应用[D];华中农业大学;2010年
7 武永德;两种不同来源桦褐孔菌多糖的抗氧化与免疫活性的研究[D];浙江理工大学;2010年
8 李静;父源性HLA-A基因与子痫前期相关性研究[D];郑州大学;2010年
9 李悦;中国莴苣属及其近缘属植物系统学关系的初步研究[D];郑州大学;2010年
10 王骏俊;鸡血清IgG的纯化及其单抗制备与鉴定[D];安徽农业大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 何远清;储明星;王金玉;方丽;叶素成;;6个山羊品种高繁殖力候选基因BMP15多态性研究[J];安徽农业大学学报;2006年01期
2 刘中禄,魏泓,曾养志,王爱德,甘世祥;中国三种实验用小型猪mtDNA D-loop多态性分析[J];动物学报;2001年04期
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10 王松,许晏,朱明,丁剑冰,觉肯·阿海,付玉才;继发性细粒棘球蚴病小鼠的细胞因子动态研究[J];地方病通报;2002年04期
中国博士学位论文全文数据库 前10条
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3 谈永松;SLA-DQ和DR基因的结构、功能、表达及分子生物学分型的研究[D];南京农业大学;2003年
4 杨金娥;猪12号染色体上10个新基因的分离、定位及其与部分性状的关联分析[D];华中农业大学;2004年
5 王彦芳;猪PA28和PA700基因家族相关基因的分离、定位、SNPs检测及其与性状的关联分析[D];华中农业大学;2004年
6 磨美兰;PRRSV感染对猪肺泡巨噬细胞外源性抗原加工递呈功能的影响[D];中国农业大学;2005年
7 高树新;BoLA基因多态性及其与奶牛乳房炎的关联研究[D];内蒙古农业大学;2005年
8 孟青龙;马MHC-Ⅱ类分子遗传多样性的研究[D];内蒙古农业大学;2005年
9 张琰;包虫病所致免疫应答及易感性的研究[D];新疆医科大学;2006年
10 申红;中国美利奴羊和多浪羊DRB1、DQB1基因多态性与包虫病抗性关联分析[D];石河子大学;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 彭林泽;多浪羊和中国美利奴(新疆军垦型)羊MHC-DRB、DQB基因PCR-RFLP多态性分析[D];石河子大学;2007年
【二级引证文献】
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2 郑心力;王峰;魏立民;孙瑞萍;张燕;;海南五指山猪SLA-DQA基因cDNA全长的克隆分析[J];安徽农业科学;2009年10期
3 马云;盛熙雯;曹宝红;朱克华;;牛ACAS2基因的电子克隆与序列分析[J];中国牛业科学;2008年03期
4 黄建安;黄意欢;李家贤;罗军武;李娟;刘仲华;;茶树多酚氧化酶基因的PCR-RFLP多态性分析[J];茶叶科学;2008年05期
5 李敏;任艳玲;肖娜;董文艳;沈志强;;四个绵羊品种MHC-DQA1基因exonⅡ多态性分析[J];动物医学进展;2011年07期
6 王进;张晓康;张翠翠;刘芳妮;陈江伟;张涛;路宏朝;;宁强矮马与哈萨克马GHR外显子10的部分序列遗传变异[J];贵州农业科学;2011年07期
7 吴圣龙;鞠慧萍;包文斌;李碧春;陈国宏;杨建生;黄雪根;华金弟;;苏太猪SLA-DQA基因多态性及其与生产性能的关联分析[J];中国畜牧兽医;2007年07期
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中国博士学位论文全文数据库 前6条
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4 赵永贞;猪MMP-19和MMP-23基因的分离、定位和功能初步分析[D];西北农林科技大学;2007年
5 杜红丽;SSC15上繁殖候选基因的分离、鉴定及表达差异研究[D];华南农业大学;2005年
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9 岳燕;河西绒山羊DQB2基因第2、3外显子多态性与流产性状关联分析[D];甘肃农业大学;2012年
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1 陈艺,吴登俊;单核苷酸多态性(SNPs)——第三代DNA分子标记[J];畜牧与兽医;2003年12期
2 江玉梅,杨桂玲;连锁不平衡的研究与应用[J];江西植保;2004年02期
3 李景芬,刘娣,于浩;7个猪种MyoD基因家族中3个基因外显子的SNPs检测分析[J];中国畜牧杂志;2005年05期
4 梁慧珍,李卫东,王辉,卢为国,王树峰,王庭峰,张辉,李金英;SNPs在大豆等作物遗传及改良中的应用[J];中国农学通报;2004年05期
5 张洪伟;傅洪拓;夏德全;;农业经济动物的SNPs研究进展[J];浙江海洋学院学报(自然科学版);2007年02期
6 沈丽红;熊良伟;唐永凯;王帅兵;;奥利亚罗非鱼MSTN基因结构及其SNPs的筛选[J];上海海洋大学学报;2010年02期
7 马云;侯飞;李荣荣;李爱民;马伟;陈宏;;天祝白牦牛ANGPTL4基因的单核苷酸多态性研究[J];中国牛业科学;2010年06期
8 Dall’ olio S;晋大鹏;;意大利大白猪窝产仔数候选基因的遗传结构分析[J];中国畜牧兽医;2010年06期
9 刘大林;王金玉;魏岳;张跟喜;俞亚波;;京海黄鸡IGF-Ⅰ基因与生长和屠体性状的关联分析[J];中国畜牧杂志;2009年11期
10 顾渝娟;郭建英;程红梅;万方浩;;单核苷酸多态性的检测及应用[J];中国农学通报;2007年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 王凤丽;曾翠平;楚原梦冉;刘榜;;猪FKTN基因的SNPs扫描及其与经济性状的关联分析[A];第十二次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2010年
2 邹喻苹;葛颂;;新一代分子标记——SNPs及其应用[A];中国植物学会七十周年年会论文摘要汇编(1933—2003)[C];2003年
3 丁显平;;Detection SNPs by Multi-Analyze Suspension Array(Abstract)[A];中国的遗传学研究——遗传学进步推动中国西部经济与社会发展——2011年中国遗传学会大会论文摘要汇编[C];2011年
4 ;Development and application of rice whole genome single nucleotide polymorphisms (SNPs) detection platforms[A];第十一届全国植物基因组学大会摘要集[C];2010年
5 刘榜;杨金娥;余梅;樊斌;彭中镇;熊统安;李奎;;15个猪品种中SLA-DRA基因第2外显子、第2内含子SNPs分析新等位基因发现及与免疫性状的关联[A];湖北省暨武汉市生物化学与分子生物学学会第七届第十四次学术年会论文摘要集[C];2003年
6 宋昕;杨建学;李兴川;李江曼;范宗民;王苒;赵学科;韩雪娜;齐红;周福有;李学民;纪爱芳;王立东;;61781例食管癌患者家族史与2个SNPs变异相关性分析[A];全国肿瘤流行病学和肿瘤病因学学术会议论文集[C];2011年
7 Y. L. Jiang;N. Li;G.Plastow;Z. L. Liu;X. X. Hu;C. X. Wu;;IDENTIFICATION OF THREE SNPs IN THE PORCINE MYOSTATIN GENE(MSTN)[A];第六届动物遗传学讨论会论文集[C];2002年
8 潘章源;叶兰;訾臣;朱璟;杜子栋;朱国强;吴圣龙;包文斌;;猪TLR4基因新等位基因的分离及其功能的初步分析[A];第十二次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2010年
9 陈慧;黄巍;杨渝珍;;基于PCR衍生技术和寡核苷酸芯片的SNPs检测方法的改良[A];湖北省暨武汉生物化学与分子生物学学会第八届会员代表大会和第十五次学术年会论文摘要汇编[C];2004年
10 林仲旸;章跃陵;李远友;;拟穴青蟹SpToll基因的克隆、表达及其SNPs研究[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 新华社记者李南玲余海蓉;中国首次发现并向世界贡献新等位基因[N];科技日报;2002年
2 陈茂梁 陈李杰 苏健;浙再次发现4个新HLA等位基因[N];中国医药报;2005年
3 衣晓峰孔令明;黑龙江发现新的HLA等位基因[N];中国医药报;2007年
4 张国清 王思海;我国发现人类白细胞抗原新等位基因[N];医药经济报;2005年
5 深圳商报记者 彭蓓 通讯员 蓝欲晓;率先系统发现人类HLA新等位基因33个[N];深圳商报;2010年
6 张荣;太原红十字发现3个人类白细胞抗原新等位基因[N];山西经济日报;2007年
7 本报记者 孙燕燕;河南惊现9个人类新基因[N];北京科技报;2006年
8 范珉菲;太原红十字血液中心发现新等位基因[N];山西日报;2007年
9 记者 张志刚;太原发现3个人类白细胞抗原新等位基因[N];发展导报;2007年
10 深圳商报记者 王美华;深圳发现11个新血型等位基因[N];深圳商报;2006年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 刘榜;15个猪品种MHCⅡ类区4个基因的SNPs分析及与免疫性状的关联[D];华中农业大学;2003年
2 黄生强;SNP标记定位猪4号染色体QTLs及DECR1基因SNPs与猪经济性状关联研究[D];湖南农业大学;2010年
3 刘希华;欧洲黑杨幼苗氮高效基因型及SNPs标记筛选研究[D];南京林业大学;2010年
4 王红星;弹性蛋白及其代谢通路相关基因SNPs及单体型与长沙汉族人群脑出血的关系研究[D];中南大学;2012年
5 娄春光;44个SNPs位点复合分型体系的构建及其法医学应用[D];河北医科大学;2010年
6 程浩;大豆异黄酮合酶,黄烷酮3-羟化酶基因SNPs与种子异黄酮含量及抗逆性的关联分析[D];南京农业大学;2008年
7 曾艺;凝血系统基因相关SNPs及其单体型与长沙地区汉族人群脑出血的关系研究[D];中南大学;2010年
8 欧阳建华;鸡生长轴基因的SNPs分析及cGHR基因第八、九内含子的克隆测序研究[D];湖南农业大学;2004年
9 王彦芳;猪PA28和PA700基因家族相关基因的分离、定位、SNPs检测及其与性状的关联分析[D];华中农业大学;2004年
10 王琳;新等位基因HLA-B~*15:133的鉴定、重链胞外区多肽的原核表达及特异性单克隆抗体的制备[D];北京市结核病胸部肿瘤研究所;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 杨甲芳;七个猪种Pit-1基因部分cDNA序列的SNPs分析[D];东北农业大学;2003年
2 黄永震;黄牛NPM1、SREBP1c基因的克隆、SNPs检测及其与生长性状的关系[D];西北农林科技大学;2010年
3 李姣;中国西门塔尔牛5个基因SNPs及表达量与经济性状关联分析[D];中国农业科学院;2010年
4 卫小静;利用SNPs进行唐氏综合征无创性产前诊断的可行性研究[D];山西医科大学;2011年
5 常振华;中国黄牛Y染色体微卫星和SNPs遗传多样性与起源研究[D];西北农林科技大学;2011年
6 侯飞;黄牛ANGPTL4、GPIHBP1基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析[D];西北农林科技大学;2011年
7 陈东军;鸡蛋含量相关性研究胆固醇代谢候选基因SNPs筛查及其与蛋黄胆固醇[D];安徽农业大学;2010年
8 陈晓杰;雪龙黑牛5个基因SNPs及表达量与经济性状关联分析[D];中国农业科学院;2012年
9 赵贤亮;凡纳滨对虾血蓝蛋白Ig-like区单核苷酸多态性(SNPs)的研究[D];汕头大学;2010年
10 吴晓云;牦牛EPAS1和VEGF-A基因的克隆、SNPs检测及其表达分析[D];甘肃农业大学;2012年
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