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《华中农业大学》 2004年
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猪PA28和PA700基因家族相关基因的分离、定位、SNPs检测及其与性状的关联分析

王彦芳  
【摘要】:在过去很长一段时间里,猪育种的研究重点一直是提高瘦肉率,加快生长速度等,但是单纯追求高产使猪的抗病性降低,因为许多抗性性状和生产性状呈负相关。随着人民生活水平的提高,畜牧生产中已开始高度重视猪的健康、抗病力和猪肉品质,因为健康并充满活力的猪将大大减少用药量及猪肉的药物残留,增加市场竞争力。这就使得研究者们相继提出了从分子水平揭示疾病发生的原因,从而利用遗传学方法从遗传本质上提高动物对病原的抗性。 蛋白酶体激活因子PA28(Proteasome activator 28)和PA700(Proteasome activator 700)基因家族是一个研究热点,因为它们与MHC Ⅰ类分子介导的抗原提呈有密切关系,与机体的免疫能力直接相关。本研究利用生物信息学与分子生物学技术相结合的方法,克隆和定位了这两个家族的12个基因(PA28家族的2个基因和PA700家族的10个基因),取得了如下结果: 1.结合猪EST数据库的信息和cDNA末端快速扩增(RACE)的方法,分离并鉴定了猪蛋白酶体激活因子PA28α和PA28β基因(PSME1和PSME2)的全长cDNA序列,GenBank数据库收录号分别为AF527990和AF527991。利用PCR的方法,克隆了PSME1和PSME2基因的基因组DNA全长序列并进行了序列分析,发现这两个基因有相似的基因结构,都由11个外显子和10个内含子组成。 2.用RT-PCR的方法,我们对PSME1和PSME2基因进行了组织表达谱分析。结果发现这两个基因在所检测的8个组织中均有表达,但在小肠和肾脏中的表达量相对低一些。 3.利用电脑克隆、RACE和RT-PCR的方法相结合,克隆了蛋白酶体激活因子PA700相关基因PSMC1、PSMC4和PSMC5共3个基因的全长cDNA序列,以及PSMC2和PSMD4基因的完整编码区(coding sequence,CDS)。进行了蛋白质序列的推导和功能域的预测。 4.根据猪EST数据库的已有数据,利用PCR的方法,分离了PSMC1-PSMC6和PSMD2-PSMD5共10个基因的基因组DNA片段并经测序确认。其中7个基因的序列已经提交给GenBank,获得了收录号。克隆了PSMC5基因的全长基因组DNA序列,发现该基因由12个外显子和11个内含子组成,所有的内含子和外显子的拼接位点都符合GT-AG规则。 5.用SCHP和IMpRH克隆板,对PSME1和PSME2基因进行了染色体区域定位和精细定位,结果表明这两个基因均被定位在猪7q12—q23,与T细胞受体因子α(T cell receptor alpha,TCRA)基因紧密连锁,LOD值分别为10.82和11.65。 6.用IMpRH克隆板,对PA700基因家族的10个基因进行了精细定位,结果表明,它们分布在8条不同的染色体上。PSMC1定位在7q;PSMC2定位于猪9号染 华中农业大学博士学位论文 色体;PSMC3基因定位于SsCZpl6;psMe4基因定位于sse6qlx一qxZ;PsMes和 PsMD3基因都被定位于ssc12P;PsMc6和PsMDS基因均位于猪1号染色体的长 臂;PsMDZ基因位于Ssc13q41;PsMD4荃因被定位在ssC4q21一q23。LOD值均 大于8.仇 7.对琳28的2个基因和PA7OO的10个基因共12个基因进行了SNPs的检测, 结果发现了10个可用PCR.R卫LP方法检测的SNPS,分别是PSMEI签因第8内含 子的sphl·即LP(560C一560T);pSMCZ基因第5内含子的HPall一RFLp(279G一 幻零);气PSMC3基因第3内含子的Mval·好LP(2 84G一18认);PSMCS基因第4 内含子的Tail.RFLP(639G一639C)、第3内含子的D日el·RFLP(397A一397T)和 第6外显子的Sael一RFLP(309C一309G)以及Munl.RFLP(120T一120C);PS刻吧6- 基因第5内含子的M饰卜补LP(42A一42G);PSMD3基因第10外显子的Rsal一盯LP (286G一286C);PSMD4基因第9内含子的Hin61.R卫LP(703G一703A)。在PSMDZ 基因中发现了用SSCP方法检测的多态性(10lC一10lT)。 8.对上述10个可用PCR·即LP方法检测的SNPs在二花脸、梅山猪、藏猪、 清平猪、杜洛克和大白猪中进行群体遗传学分析,卡方检验结果表明,除了PSMC6 和PSMD4基因,所有基因座的基因型频率在不同的品种中存在较大的差异。 9.在试验杂交群体(L X YT;YXLT)的上下代中检侧了这10个SNPs的遗传方 式,均呈共显性遗传方式。 10.在荷兰学者赠送的资源家系中,对Ps坷FI基因第八内含子SPhl一孙LP的 多态性与部分生产性状进行了关联分析,结果发现在不同基因型的个体中,猪断奶 重存在显著差异(P0.05)。 n.在我室与通城县畜牧局合作组建的试验群体中,采用方差分析的最小二乘 分析法,对上述SNP,(除了PSM它1基因,PSMC弓基因介il-RFLP、Dde 1.R卫LP和 P SMDZ基因)与部分生产性状(如:初生至上市平均日增重、达90kg或75kg的 日龄、屠宰率、肌肉pH值等)、部分免疫性状(如:白细胞数、红细胞数、20周 龄时血清中IgG的含量等)进行了初步的关联分析,结果发现,PSMCZ和PSMC6 基因座不同基因型个体之间的性状没有显著的差异,PSMC3基因座不同基因型个 体之间的三点平均背膘厚、红细胞数和红细胞压积存在极显著的差异(P0.01), PSMCS基因座对猪的6一7肋间的背膘厚、三点平均膘厚、板油率和平均血细胞容 积有不同程度的影响,而PSMD3基因座不同基因型个体之间的平均血细胞容积存 在显著差异(P0.05),PSMD4基因座不同基因型个体之间的肌肉pH值有显著的差 异(P0 .05)。
【学位授予单位】:华中农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2004
【分类号】:S828

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【引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
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中国博士学位论文全文数据库 前4条
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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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中国博士学位论文全文数据库 前10条
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中国硕士学位论文全文数据库 前10条
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【同被引文献】
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中国硕士学位论文全文数据库 前8条
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中国重要报纸全文数据库 前10条
1 山东省临清市国税局;关联分析现疑点 实地取证露端倪[N];中国税务报;2010年
2 赵晓涛;SIEM的混乱之治[N];网络世界;2008年
3 上海交通大学Bio-X生命科学研究中心 中国科学院上海生命科学研究院 贺林 樊金波;精神疾病的遗传学研究[N];科技日报;2002年
4 北京中创信测科技股份有限公司 邢贺;NetCompass-3G提高数据业务质量[N];通信产业报;2007年
5 本报记者 钟可芬;863重点课题申报指南发布[N];医药经济报;2009年
6 林碧莲;SNP分析首当其冲[N];医药经济报;2001年
7 那罡;SOC让木桶更坚固[N];中国计算机报;2008年
8 北京中创信测科技股份有限公司;中创信测:打造精细测试技术[N];通信产业报;2005年
9 北京中创信测科技股份有限公司;中创信测力保3G产业健康发展[N];通信产业报;2005年
10 本报记者 李雪墨 李斌;单体型图破解人类基因组奥秘[N];医药经济报;2003年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 王彦芳;猪PA28和PA700基因家族相关基因的分离、定位、SNPs检测及其与性状的关联分析[D];华中农业大学;2004年
2 马云;牛三个基因的分离、定位及其与牛经济性状的关联研究[D];西北农林科技大学;2006年
3 吴潇;猪泛素—蛋白酶体途径定位、序列及性状关联分析[D];华中农业大学;2006年
4 程浩;大豆异黄酮合酶,黄烷酮3-羟化酶基因SNPs与种子异黄酮含量及抗逆性的关联分析[D];南京农业大学;2008年
5 潘佩文;猪不同品种或发育阶段肌肉组织中差异表达EST的分离、鉴定和定位[D];华中农业大学;2003年
6 陶然;SIAT8B和PDLIM5基因与中国汉族人精神分裂症发生的关联分析[D];中国科学院研究生院(上海生命科学研究院);2007年
7 奚正蕊;精神分裂症候选基因在中国汉族人群中的关联研究分析[D];上海交通大学;2007年
8 查屹;中国汉族人群转化生长因子β1和β3基因多态性与高度近视的关联研究[D];浙江大学;2008年
9 罗培芬;多巴胺D2受体基因多态性与偏执型精神分裂症的关联研究[D];中国协和医科大学;2008年
10 金如锋;候选基因多态性与慢性苯中毒的关联分析研究[D];复旦大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陈晓杰;雪龙黑牛5个基因SNPs及表达量与经济性状关联分析[D];中国农业科学院;2012年
2 黄永震;黄牛NPM1、SREBP1c基因的克隆、SNPs检测及其与生长性状的关系[D];西北农林科技大学;2010年
3 侯飞;黄牛ANGPTL4、GPIHBP1基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析[D];西北农林科技大学;2011年
4 林丽;猪五个基因的分离、辐射杂种板定位及其与经济性状的关联分析[D];华中农业大学;2004年
5 王莉莉;5’HOXD基因与单纯性马蹄内翻足的相关性分析[D];中国医科大学;2005年
6 李强;关系数据库上强相关项目对的挖掘算法研究[D];哈尔滨工程大学;2005年
7 宋薇;海洋产业与陆域产业的关联分析[D];辽宁师范大学;2002年
8 李永波;基于数据挖掘的军事情报分析系统研究[D];重庆大学;2005年
9 方国宝;面板堆石坝堆石体湿化变形分析方法研究[D];河海大学;2007年
10 李志强;易感基因GRIK4与精神分裂症的关联分析及单倍型推断EM算法的改进[D];上海交通大学;2008年
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