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《华中农业大学》 2005年
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藏鸡腿肌全长cDNA文库构建与其ESTs的生物信息学分析和验证

李长春  
【摘要】:主要分布于青藏高原的藏鸡,是我国在原始饲养状态下保存下来的珍贵家禽品种。它有耐寒、抗病、抗缺氧、肉质鲜美、药用价值较高,耐粗放和可观赏性强等的优点,同时也有生长速度慢,产蛋率低的缺点。如何利用藏鸡的优点而改良藏鸡的缺点,如何从藏鸡的遗传本质上利用和改良藏鸡就显得很有实际的价值和意义。 针对藏鸡的主要缺点,改良藏鸡的任务的一个主要方面就是提高藏鸡的生长速度。首先,就要克隆和鉴定一批可能与藏鸡生长相关的基因,然后对这些基因的功能进行研究,进而应用于藏鸡的生产实践。本研究利用生物信息学与分子生物学技术相结合的方法,克隆和鉴定了一批可能与藏鸡生长相关的新基因,取得了如下结果: 1.利用SMART~(TM)(Switching Mechanism At 5' end of RNA Transcript)cDNA文库构建试剂盒(SMART~(TM) cDNA Library Construction Kit)构建了藏鸡腿肌全长cDNA文库。文库质量鉴定的结果表明,文库滴度为1.1×10~6,重组率为99%,平均插入片段长度为1.2-1.5kb之间。文库插入基因的完整比率为47.36%。 2.对藏鸡腿肌全长cDNA文库的插入片段进行了5'端随机测序,获得了200条ESTs序列。利用DNAStar软件中的SeqMan程序对这200条ESTs序列组装后形成了80条Contigs或者Singletons。全长cDNA标注的结果表明它们都不包含完整的基因。 3.对涉及13个新基因的22条ESTs序列所对应的克隆子进行了重新测序并测通。经过组装和全长cDNA鉴定,最终发现对应于Serf1基因和假蛋白基因的ESTs序列可能包含了完整基因序列,其序列长度分别为713bp和2408bp;对应于未知基因、Myotilin、Glypican 4和Cytochrome c oxidase, subunit Vic基因的4条ESTs序列可能包含了基因的完整编码区(Coding Sequence, CDS)序列。其长度分别为462bp、1268bp、568bp和496bp。 4.对44条新ESTs序列进行了电子延伸,其中40条得到了有效延长。这40条超级片段重叠群序列(Super Contigs, SC序列,实际还是ESTs序列)的全长cDNA鉴定结果表明,可能包含完整基因的SC序列共10条,而可能含有完整CDS的SC序列共有9条。 5.对经全长cDNA鉴定为可能包含完整基因的12条ESTs的核酸序列进行了基本性质、电子表达谱、电子基因定位、编码区的翻译蛋白质的基本性质、结构和功能等分析;对可能包含完整CDS的9条ESTs只进行了编码区的翻译蛋白质序列的基本性质、结构和功能等分析。分析结果表明,这21条ESTs序列都或多或少含有一些重要的功能位点和功能结构域。 6.对对应于Serf1和eIF3S9基因的两条ESTs序列进行了5'和3'RACE验证,获得了长度分别为702bp和884bp的序列。与原来的ESTs序列同源性比对,分别延
【学位授予单位】:华中农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:S831

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【引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 孙瑞秋;赵婧;闫宏博;李庆章;高学军;;GLGI技术鉴定奶山羊乳腺中的κ-酪蛋白基因[J];中国乳品工业;2010年12期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 王恒;肌肉中calsarcin基因的差异表达和转录调控研究[D];华中农业大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前5条
1 于晶;猪FBXO32与其转录因子家族的基因克隆、定位、SNP检测及与生产性状的关联分析[D];华中农业大学;2006年
2 詹慧琴;鸡产蛋相关基因的SNPs检测及其与蛋用性能关系的研究[D];华中农业大学;2006年
3 程会军;猪肌节同源异型框基因MSX1的克隆、定位及其有效siRNA的筛选[D];华中农业大学;2007年
4 陆涛峰;鄂伦春马cDNA文库构建及CCL2基因的克隆与表达研究[D];中国农业科学院;2008年
5 李进;藏鸡三个生长相关基因多态性研究暨Slc24a5基因与鸡黑色素沉积关系初步研究[D];华中农业大学;2008年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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5 聂庆华,张细权,杨关福;鸡生长轴相关基因的研究进展[J];农业生物技术学报;2003年03期
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9 王文君,陈克飞,任军,丁能水,林万华,高军,艾华水,黄路生;生长激素基因(GH2)多态性与猪部分生产性能的关系[J];遗传学报;2002年02期
10 李加琪,陈赞谋,刘德武,刘小红,孙宝丽,凌飞,张豪,陈瑶生;IGF1基因对长白×蓝塘猪资源群生产性能的遗传效应分析(英文)[J];遗传学报;2003年09期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 殷宗俊,包文斌,陈宏权,蒋模有,郑冬苟;胎次和分娩季节对皖南花猪产活仔数的影响[J];安徽农业科学;1999年01期
2 许兰珍;何永睿;姜国金;刘小丰;陈善春;;cDNA文库构建及其在植物抗性研究中的应用[J];安徽农业科学;2007年03期
3 周文才;熊冬金;;SSR标记技术在大豆中的应用[J];安徽农业科学;2007年11期
4 王英;韩天富;;大豆生育期性状的遗传及QTL定位研究[J];安徽农业科学;2008年04期
5 郑阳霞;李焕秀;严泽生;;RACE技术及其在植物基因研究中的应用[J];安徽农业科学;2008年07期
6 颜秀娟;李楠;李明姝;孙星邈;;分子标记在大豆育种中的应用现状[J];安徽农业科学;2008年13期
7 周林玉,汪健,孙友文,诸禹平,许戈良,柴仲培;重组人生长激素对肾癌细胞株细胞周期动力学影响[J];安徽医学;2003年04期
8 孙友文,周林玉,诸禹平,张祖明,吴逵,董晓程;氟尿嘧啶联合重组人生长激素对肾癌细胞株作用的研究[J];安徽医学;2004年01期
9 李志彬;;外国种猪引进与选育工作的几点建议[J];现代农业科技;2006年06期
10 李伟;彭夏雨;孙凤霞;李大全;廖和荣;李应生;;玫瑰冠鸡IGF-I基因多态性与体重及屠体性状关系的研究[J];现代农业科技;2007年15期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 木金贵;王晓玲;赵德刚;白羊年;;大豆分子遗传连锁图谱的研究进展[A];海南生物技术研究与发展研讨会论文集[C];2006年
2 李辉;帅素容;赵中权;张仕华;;中国猪生长激素基因Apa I酶切片段多态性研究[A];全国首届动物生物技术学术研讨会论文集[C];2004年
3 蒲志刚;张志勇;郑家奎;向跃武;蔡平钟;张志雄;文春描;;航天诱变水稻突变体的遗传变异及AFLP分子标记[A];第五届核农学青年科技工作者学术交流会论文集[C];2006年
4 向跃武;郑家奎;蔡平钟;张志勇;张志雄;蒲志刚;;航天诱变水稻突变体遗传变异分子标记[A];空间诱变育种研究与开发进展——航天育种高层论坛论文选编[C];2005年
5 童海兵;高玉时;王克华;陈国宏;屠云洁;卢克伦;;鸡微卫星DNA标记与部分屠宰性状相关性分析[A];第十次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2006年
6 苏瑛;陈国宏;龙瑞军;刘忠慧;包文斌;万江红;;我国肉用及部分兼用型鸭品种遗传多样性和系统发生关系分析[A];第十次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2006年
7 段修军;董飚;赵万里;王健;;6个白鹅品种GH基因第2外显子多态性研究[A];中国家禽科学研究进展——第十四次全国家禽科学学术讨论会论文集[C];2009年
8 武艳平;霍俊宏;谢明贵;季华员;刘林秀;储怡士;唐伟国;宋琼莉;谢金防;;泰和乌鸡IGF-1基因多态性研究[A];中国家禽科学研究进展——第十四次全国家禽科学学术讨论会论文集[C];2009年
9 孙华;宋忠旭;李良华;彭先文;郭万正;武华玉;梅书棋;;中国大白猪S_(Ⅱ1)系基础群个体对选育世代的贡献率分析[A];中国畜牧兽医学会养猪学分会2009年学术年会“回盛生物”杯全国养猪技术论文大赛论文集[C];2009年
10 姜俊保;林金杏;陈希杭;张莹;李靖靖;;我国地方鸡种在优质黄羽肉鸡育种上的应用与对策[A];第二届中国黄羽肉鸡行业发展大会会刊[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 韩英鹏;多环境、多遗传背景下不同发育时期大豆籽粒重的QTL分析[D];哈尔滨师范大学;2010年
2 康丽;鸡卵泡发育相关基因和miRNA的鉴定及功能分析[D];山东农业大学;2009年
3 韩瑞丽;鸡visfatin和PRDM16基因遗传变异及其效应与表达研究[D];西北农林科技大学;2010年
4 邓科君;中江丹参道地性的遗传基础分析[D];电子科技大学;2011年
5 李娟;安吉白茶高氨基酸性状相关基因的全长cDNA克隆及功能的初步研究[D];湖南农业大学;2011年
6 李荣华;四种重要养殖贝类有效繁殖群体数量研究[D];中国海洋大学;2011年
7 张静;海带线粒体及部分核基因组结构特征研究[D];中国海洋大学;2011年
8 苏成付;大豆QTL准确定位技术和策略的研究[D];南京农业大学;2009年
9 宋丽;棉花光子和杂种致死性状的遗传分析及基因定位[D];南京农业大学;2008年
10 杨清华;我国大豆花叶病毒的株系分化、P3基因序列特征以及大豆对强毒株系抗病基因的标记定位[D];南京农业大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 冯玖玲;杜氏盐藻RbcS基因家族新成员的克隆及功能研究[D];郑州大学;2010年
2 柳宾;棉花早熟性、产量和纤维品质性状的遗传分析和QTL定位[D];山东农业大学;2010年
3 王阳;皖南花猪和皖南黑猪PRLR和BF基因多态性与产仔性状的关联分析[D];安徽农业大学;2010年
4 许金根;淮猪新品系IGF—1和Pit—1基因多态性及其与生长性状的关联分析[D];安徽农业大学;2010年
5 哈志俊;绵羊GH基因多态性及其与生长性状相关性研究[D];甘肃农业大学;2010年
6 张浩;甘肃肉羊新品种群GH、GHR & Leptin遗传变异及其与体重的相关分析[D];甘肃农业大学;2010年
7 刘硕;大豆种子蛋白质含量和油分含量重演性QTL的发掘[D];南昌大学;2010年
8 周剑;杨梅栽培品种的SSR标记指纹数据库和多重荧光标记鉴别技术[D];浙江大学;2011年
9 任宝永;裙带菜配子体转基因研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2011年
10 金甲正;三江白猪GH、IGF-Ⅰ基因多态性及与早期生长性能的关联分析[D];黑龙江八一农垦大学;2011年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 高健,许晓风,乌慧玲,陈学平,周家昊;特异种质烟草全长cDNA文库的构建及质量分析[J];安徽农业大学学报;2004年01期
2 苏玉虹,熊远著;猪的基因图谱及数量性状位点定位[J];动物学杂志;2001年01期
3 陈文;郑萍萍;聂刘旺;;中华大蟾蜍精巢组织全长cDNA文库的构建及泛素延伸蛋白基因Bg-ubi52的获得[J];动物学杂志;2007年01期
4 欧江涛,王希龙,黄礼光;中国畜禽遗传资源的研究进展[J];黄牛杂志;2005年02期
5 黄健华,苗雪霞,黄勇平;基因表达研究新方法SAGE和GLGI及其在家蚕功能基因组研究中的应用前景[J];蚕业科学;2004年04期
6 李晓芳;袁曙光;王海雄;;趋化因子及其受体在多发性硬化中的致病性作用[J];长治医学院学报;2008年02期
7 马月辉;冯维棋;郑友民;曹永新;刘海良;;中国家养动物多样性保护和持续利用策略[J];当代畜禽养殖业;2007年03期
8 张森,李辉,顾志刚;功能基因组学研究的有力工具——比较基因组学[J];东北农业大学学报;2005年05期
9 李永平,周村建,郝飞;利用SAGE标签产生长片段cDNA应用于白念珠菌基因识别[J];第三军医大学学报;2005年20期
10 严泉剑,张菊,闫小君,段杰,张宇梅,赵锦荣,苏成芝;HPV感染阳性角朊细胞的原代培养及生物学特性研究[J];第四军医大学学报;2001年02期
中国重要会议论文全文数据库 前2条
1 邓呈逊;杨杏心;张淑君;彭秀丽;龚炎长;;几个鸡种中鸡OVR基因PCR—RFLP检测及其与产蛋性能相关的初步研究[A];家禽研究最新进展——第十一次全国家禽学术讨论会论文集[C];2003年
2 詹慧琴;额尔和花;张淑君;彭秀丽;龚炎长;;鸡催乳素基因内含子2RFLP检测及与产蛋性能关系的初步研究[A];家禽研究最新进展——第十一次全国家禽学术讨论会论文集[C];2003年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 杨晓静;猪骨骼肌生长及肌纤维类型分布的分子机理研究[D];南京农业大学;2004年
2 朱砺;猪骨骼肌形成过程中的几种决定因子(MDF)的遗传效应及其遗传多态性和分子进化研究[D];四川农业大学;2004年
3 杨金娥;猪12号染色体上10个新基因的分离、定位及其与部分性状的关联分析[D];华中农业大学;2004年
4 王彦芳;猪PA28和PA700基因家族相关基因的分离、定位、SNPs检测及其与性状的关联分析[D];华中农业大学;2004年
5 朱正茂;应用cDNA宏阵列技术发现猪某些产肉性状的候选基因[D];华中农业大学;2004年
6 张浩;藏鸡高原低氧适应生理机制及其杂交利用研究[D];中国农业大学;2005年
7 徐日福;中国部分地方鸡种MHC B-LBⅡ、B-G基因变异及其群体遗传结构研究[D];华中农业大学;2005年
8 赵光耀;小麦全长cDNA文库构建、测序与分析[D];中国农业科学院;2006年
9 陈施艳;趋化因子及其受体基因与脑梗死关系的研究[D];中南大学;2006年
10 贺银燕;早孕期人蜕膜基质细胞趋化因子CCL2表达调控及其在母—胎界面Th2型偏移中的调节作用[D];复旦大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前6条
1 额尔和花;与鸡抱性相关的催乳素基因SNP研究[D];华中农业大学;2003年
2 刘学芹;鸡OVR基因片段的FCR-SSCP和PCR-RF-SSCP研究[D];华中农业大学;2001年
3 王学敏;猪Sar1b基因的克隆、染色体定位、原核表达及其与部分性状的关联分析[D];华中农业大学;2005年
4 李晗;三个畜禽品种成纤维细胞库构建及其生物学特性研究[D];中国农业科学院;2006年
5 陈璐;海参肌肉组织全长cDNA文库的构建及初步鉴定[D];中国海洋大学;2006年
6 陆涛峰;鄂伦春马cDNA文库构建及CCL2基因的克隆与表达研究[D];中国农业科学院;2008年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 吴眩;许厚强;乜玉丽;陈祥;张勇;;猪Calsarcin-2基因第1内含子遗传多态性分析[J];中国畜牧兽医;2012年04期
2 徐文娟;朱文奇;章玲玲;李国辉;宋卫涛;韩威;束婧婷;李慧芳;;文昌鸡和隐性白羽肉鸡GnRHR基因及GHR基因多态性研究[J];江苏农业科学;2012年11期
3 额尔和花;丁伟;杨文清;岳彩娟;;宁夏地方品种鸡的开发与利用[J];畜牧与饲料科学;2013年Z1期
4 孙瑞秋;赵婧;闫宏博;李庆章;高学军;;GLGI技术鉴定奶山羊乳腺中的κ-酪蛋白基因[J];中国乳品工业;2010年12期
5 盛倩;雷秋霞;曹顶国;王存芳;;鸡卵黄前体物和受体及其对蛋品品质的影响[J];食品科学;2012年09期
6 胡红柳;侯晓明;曲波;高学军;李庆章;;高通量基因表达谱的应用[J];中国乳品工业;2012年12期
7 束婧婷;李慧芳;邹剑敏;张莹;陈宽维;尹平安;韩威;宋卫涛;;基于连接酶检测反应的PRL基因多态与清远麻鸡繁殖性能的相关性研究[J];畜牧兽医学报;2011年08期
8 曹顶国;周艳;雷秋霞;韩海霞;李福伟;李桂明;盛倩;王存芳;逯岩;;鸡VLDLR基因多态性与蛋黄性状的关联分析[J];畜牧兽医学报;2012年06期
9 朱凯;陈强;张向喆;王起山;涂盈盈;潘玉春;杨长锁;;海兰鸡PRL、OVR、OIH和GnRHR基因多态性及其与产蛋性能的关联分析[J];中国家禽;2011年19期
10 苏丹;栾新红;曹中赞;王来有;宁志利;;家禽产蛋性能相关基因研究进展[J];中国畜牧兽医文摘;2012年10期
中国博士学位论文全文数据库 前4条
1 康丽;鸡卵泡发育相关基因和miRNA的鉴定及功能分析[D];山东农业大学;2009年
2 韩瑞丽;鸡visfatin和PRDM16基因遗传变异及其效应与表达研究[D];西北农林科技大学;2010年
3 王玲;普通牛FoxO1、FoxO3、FoxO4基因的克隆、表达及其对肉质性状的遗传效应分析[D];四川农业大学;2010年
4 何文波;猪APC家族3个基因克隆鉴定、转录调控及与性状关联分析研究[D];华中农业大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 朱银城;猪PGM1基因的序列、表达谱及多态性分析[D];华中农业大学;2010年
2 陈东军;鸡蛋含量相关性研究胆固醇代谢候选基因SNPs筛查及其与蛋黄胆固醇[D];安徽农业大学;2010年
3 吴茜;新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的构建及其ESTs的生物信息学分析[D];新疆农业大学;2010年
4 陈媛媛;VLDL相关基因的多态性及血清VLDL浓度对肉种母鸡繁殖性能的影响[D];四川农业大学;2011年
5 杨桓;鸡产蛋相关基因多态性检测及其与蛋用性状的关联分析[D];华中农业大学;2011年
6 赵香丽;MYOZ1基因在肌纤维发育中功能的初步研究[D];华中农业大学;2011年
7 刘科;猪GFAT1与SLC2A基因家族中6个基因克隆、定位、SNP检测及与生产性状的关联分析[D];华中农业大学;2007年
8 胡春艳;猪GNMT和GLP-1R基因的克隆、多态性分析及组织表达谱研究[D];华中农业大学;2007年
9 陈坤;光诱导c-fos基因在母鸡中脑的表达[D];河北农业大学;2008年
10 闫顺;莱芜猪肝脏组织cDNA文库的构建和鉴定[D];曲阜师范大学;2010年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 杨在清;生长激素和胰岛素样生长因子结合蛋白及其功能[J];黄牛杂志;1994年03期
2 吴显华,张细权,魏彩藩,杨关福,丘陵,李汉乔;血液生化遗传标记在禽类建立高产品系中的理论与应用研究[J];华南农业大学学报;1993年01期
3 王得前,陈国宏,吴信生,张学余,王克华,成荣,刘博,徐琪,周群兰;运用微卫星技术分析中国地方鸡品种的亲缘关系[J];扬州大学学报;2003年02期
4 陈洪,朱立煌,陈美玲,李冬梅;致病性念珠菌DNA的AFLP指纹图谱[J];科学通报;1996年10期
5 王芙蓉,张军,李汝忠;分子标记及其在棉花遗传育种中的应用[J];棉花学报;1998年03期
6 聂庆华,张细权,杨关福,梁志清;鸡生长激素基因的PCR-RFLPs分析[J];农业生物技术学报;2001年03期
7 朱庆,李亮;四川地方乌骨鸡种群遗传变异的微卫星DNA分析[J];四川畜牧兽医;2002年08期
8 杨青;朱宝利;周顺伍;齐顺章;;猪垂体中猪生长激素基因的克隆和部分序列分析[J];生物工程学报;1992年04期
9 金生浩,廖侃;脂肪细胞分化的转录调控[J];生命的化学;1999年05期
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【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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中国重要会议论文全文数据库 前10条
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3 康乐;;飞蝗基因表达序列标签(ESTs)的大规模测序及基因功能的注释[A];昆虫学创新与发展——中国昆虫学会2002年学术年会论文集[C];2002年
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8 李小珍;祁建民;方平平;陶爱芬;林荔辉;徐建堂;;圆果种黄麻叶片全长cDNA文库构建及ESTs分析[A];遗传学进步促进粮食安全与人口健康高峰论坛论文集[C];2012年
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10 刘保忠;董波;相建海;;不同发育时期文蛤幼虫cDNA文库的构建及ESTs测序和分析[A];中国海洋湖沼学会中国动物学会贝类学分会第十二次学术讨论会摘要[C];2005年
中国博士学位论文全文数据库 前4条
1 李红亮;中华蜜蜂头部ESTs文库构建和主要触角特异蛋白基因克隆、定位及其表达鉴定[D];浙江大学;2007年
2 李长春;藏鸡腿肌全长cDNA文库构建与其ESTs的生物信息学分析和验证[D];华中农业大学;2005年
3 于秀梅;条锈菌诱导的小麦抑制差减杂交文库构建(SSH)及其表达序列标签(ESTs)研究[D];西北农林科技大学;2006年
4 张兵;基于ESTs的蛇毒腺和家猪脑组织基因表达研究以及噬菌体EH3-23P1全基因组序列分析[D];浙江大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 朱丽娜;日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏ESTs分析与比较转录组研究[D];辽宁师范大学;2008年
2 吴茜;新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的构建及其ESTs的生物信息学分析[D];新疆农业大学;2010年
3 邱平;小麦抗条锈病SSH cDNA文库ESTs的生物信息学分析[D];四川农业大学;2010年
4 沈瑶青;中国对虾表达序列标签(ESTs)数据的分析及管理[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2003年
5 黄先忠;小麦Rht同源序列和ESTs的克隆分析[D];南京农业大学;2003年
6 韩红娟;条锈菌诱导的小麦叶片SSH文库构建及其ESTs分析[D];南京农业大学;2009年
7 屈志鹏;小麦与条锈菌亲和互作cDNA文库高通量ESTs分析平台构建及相关分析[D];西北农林科技大学;2007年
8 张学俊;草鱼肠道组织cDNA文库构建及部分ESTs分析[D];四川大学;2007年
9 詹振宏;新吉细毛羊皮肤组织均一全长cDNA文库的ESTs生物信息学分析[D];新疆农业大学;2013年
10 燕正民;番茄长花柱品系T431温敏相关ESTs分析及LeMBF1在花芽分化中的功能初析[D];东北农业大学;2010年
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