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《华中农业大学》 2005年
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藏鸡腿肌全长cDNA文库构建与其ESTs的生物信息学分析和验证

李长春  
【摘要】:主要分布于青藏高原的藏鸡,是我国在原始饲养状态下保存下来的珍贵家禽品种。它有耐寒、抗病、抗缺氧、肉质鲜美、药用价值较高,耐粗放和可观赏性强等的优点,同时也有生长速度慢,产蛋率低的缺点。如何利用藏鸡的优点而改良藏鸡的缺点,如何从藏鸡的遗传本质上利用和改良藏鸡就显得很有实际的价值和意义。 针对藏鸡的主要缺点,改良藏鸡的任务的一个主要方面就是提高藏鸡的生长速度。首先,就要克隆和鉴定一批可能与藏鸡生长相关的基因,然后对这些基因的功能进行研究,进而应用于藏鸡的生产实践。本研究利用生物信息学与分子生物学技术相结合的方法,克隆和鉴定了一批可能与藏鸡生长相关的新基因,取得了如下结果: 1.利用SMART~(TM)(Switching Mechanism At 5' end of RNA Transcript)cDNA文库构建试剂盒(SMART~(TM) cDNA Library Construction Kit)构建了藏鸡腿肌全长cDNA文库。文库质量鉴定的结果表明,文库滴度为1.1×10~6,重组率为99%,平均插入片段长度为1.2-1.5kb之间。文库插入基因的完整比率为47.36%。 2.对藏鸡腿肌全长cDNA文库的插入片段进行了5'端随机测序,获得了200条ESTs序列。利用DNAStar软件中的SeqMan程序对这200条ESTs序列组装后形成了80条Contigs或者Singletons。全长cDNA标注的结果表明它们都不包含完整的基因。 3.对涉及13个新基因的22条ESTs序列所对应的克隆子进行了重新测序并测通。经过组装和全长cDNA鉴定,最终发现对应于Serf1基因和假蛋白基因的ESTs序列可能包含了完整基因序列,其序列长度分别为713bp和2408bp;对应于未知基因、Myotilin、Glypican 4和Cytochrome c oxidase, subunit Vic基因的4条ESTs序列可能包含了基因的完整编码区(Coding Sequence, CDS)序列。其长度分别为462bp、1268bp、568bp和496bp。 4.对44条新ESTs序列进行了电子延伸,其中40条得到了有效延长。这40条超级片段重叠群序列(Super Contigs, SC序列,实际还是ESTs序列)的全长cDNA鉴定结果表明,可能包含完整基因的SC序列共10条,而可能含有完整CDS的SC序列共有9条。 5.对经全长cDNA鉴定为可能包含完整基因的12条ESTs的核酸序列进行了基本性质、电子表达谱、电子基因定位、编码区的翻译蛋白质的基本性质、结构和功能等分析;对可能包含完整CDS的9条ESTs只进行了编码区的翻译蛋白质序列的基本性质、结构和功能等分析。分析结果表明,这21条ESTs序列都或多或少含有一些重要的功能位点和功能结构域。 6.对对应于Serf1和eIF3S9基因的两条ESTs序列进行了5'和3'RACE验证,获得了长度分别为702bp和884bp的序列。与原来的ESTs序列同源性比对,分别延
【学位授予单位】:华中农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:S831

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