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《华中农业大学》 2005年
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亚洲香菇系统发育学地位的重新评估与遗传多样性分析

徐学锋  
【摘要】:针对前人在以核糖体DNA的ITS区域为分析对象的Lentinula属菌株的系统发育研究中缺乏亚洲样本的缺陷,本研究测定了来自中国15个省份的60个野生香菇菌株的ITS(internal transcribed spacer)序列,以金钱菌为外群,结合从GenBank中下载的已报道的48个其它种菌株的序列,系统全面地分析了全球Lentinula属菌株的系统发育关系,并基于此来评估亚洲香菇群体在全球香菇谱系中的地位;进一步以群体遗传学的分析方法探讨亚洲香菇自然群体的遗传结构和多样性。结果如下: (一) 系统发育分析: 1.序列特征:108个Lentinula属菌株与7个金钱菌(Collybia)外群菌株的ITS序列经CLustal X软件对准之后获得全长900bp的对准序列。其中,含有空位或缺失信息的位点440个,有用(即去除空位或缺失信息位点)位点460个。有用位点中单态性位点246个,多态性位点214个(含328个突变)。多态性位点中,2碱基变异的单一多态性位点52个,3碱基变异的单一多态性位点4个;2碱基变异的简约信息多态性位点72个,3碱基变异的简约信息多态性位点70个,4碱基变异的简约信息多态性位点20个。相对碱基频率为A=0.24412,T为=0.36603,C=0.17852,G=0.21133。 2.中国又一主流谱系的确立:前人的研究结论中印度、尼泊尔各1个菌株和湖北的1个菌株独成一个谱系,其菌株数量与地理跨度形成了鲜明的对比,令人质疑。本研究将16个菌株纳入其中,填补了地理跨度的空白,使其成为了覆盖喜马拉雅及中国西北、西南的惟一一个典型大陆型主流谱系。 3.Lentinula属的系统发育格局:分别利用简约法、距离法和似然法构建全球Lentinula属菌株的系统发育树,其结果在宏观上比较一致,都将全球108个菌株分成了两大支共7个谱系(有进一步分成8个谱系的趋势)。其中西半球一支2个谱系,一个以墨西哥菌株为主,另一个以中美洲菌株为主。东半球一支5个谱系,其中,新西兰的5个菌株形成一个独立谱系,2个巴布亚新几内亚的菌株独成一个谱系,而所有其它巴布亚新几内亚菌株和所有澳洲菌株又构成了一个谱系;以中国西北、西南为主体的包括印度和尼泊尔各1个菌株共16个菌株构成另一谱系;其它所有亚洲菌株归为一个谱系,该谱系在严格一致树中有明显分化成2个亚类群的趋势。 4.分子系统学与传统分类学的相互佐证:Lentinula属的所有108个菌株在不同谱系中的归集以形态种的界限相对集中,不存在不同种的菌株穿插于不同的谱系之间,即谱系与形态种对应明显。亚洲谱系Ⅴ与Ⅰ同在中国,同为一
【学位授予单位】:华中农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:Q941;Q943

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