收藏本站
《湖南大学》 2014年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

基于蛋白质相互作用网络的复合物识别方法研究

付祥政  
【摘要】:随着系统生物学和蛋白质组学研究的不断深入,基于蛋白质相互作用网络识别蛋白质复合物逐渐成为计算生物学的一个基本问题。高通量实验产生大量包含噪音的蛋白质相互作用数据,这些噪音势必会影响到算法识别复合物的结果。因此,应用聚类算法识别复合物之前需要去除噪音的影响。本课题对蛋白质相互作用网络中识别复合物的聚类算法进行研究,主要工作包括以下两点:(1)为了减少高通量实验检测的蛋白质相互作用数据中噪音的影响,选择从拓扑结构上分析相互作用网络的特性,提出了一种新颖的减少相互作用数据噪音的方法 PPIR(Protein-Protein Interaction Reliability)。PPIR 方法首先将两蛋白质对和它们的共同邻居结点以及它们相连的边当作一个模块。这两蛋白质相互作用的可信度主要由它们之间的共同邻居结点决定,数值上等于共同邻居结点所占整个模块的比例。再把可信度值作为相互作用网络的权值,进而构建出加权相互作用网络。实验表明,使用PPIR方法构建的加权网络总比原始网络实验效果好。将PPIR方法和已有的同类方法相比较,PPIR方法识别复合物表现出非常好的实验效果,以及能够提升聚类算法识别复合物的性能。(2)基于PPIR方法,提出了一种从蛋白质相互作用网络里识别复合物的图聚类算法PPIPU。首先应用PPIR方法作用于初始蛋白质相互作用网络,从而减少了噪音对聚类结果的影响。其次,集成RRW,MCL和ClusterONE三种聚类算法,并对结果进行后续处理,最终得到了对蛋白质相互作用网络的聚类结果。为了评估PPIRU算法的有效性,论文中比较了 PPIRU算法和几种经典算法。使用DIP和BioGRID蛋白质数据集,并将最终结果分别与MIPS和SGD标准复合物集进行匹配。实验表明,PPIRU算法和其它聚类算法相比,其聚类的有效性以及与标准复合物匹配的可靠性都具有较大的优势。
【学位授予单位】:湖南大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2014
【分类号】:Q51;TP301.6

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 解(亻刍);汪小帆;;复杂网络中的社团结构分析算法研究综述[J];复杂系统与复杂性科学;2005年03期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 鱼亮;蛋白质网络模块结构识别算法研究[D];西安电子科技大学;2011年
2 李敏;蛋白质网络中复合物和功能模块挖掘算法研究[D];中南大学;2008年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 卢超;黄蔚;胡国超;;基于图形数据结构的复杂对象建模设计[J];软件;2015年12期
2 李乐;樊瑛;;基于二分结构的有向网络分析[J];北京师范大学学报(自然科学版);2015年05期
3 倪涵;白清源;;社交网络中FN算法结果的后处理研究[J];计算机科学;2015年06期
4 谭春妮;张玉梅;张嘉桐;吴晓军;;基于信号自适应传递的社团发现算法[J];计算机应用;2015年06期
5 任建文;魏俊姣;;基于GN分区的输电断面快速搜索[J];现代电力;2015年03期
6 张锡哲;张聿博;陈章禄;张斌;;面向大规模在线社交网络的社团抽取算法[J];东北大学学报(自然科学版);2015年03期
7 肖灵机;徐思良;汪明月;;基于模块度的复杂网络社团结构聚类新算法[J];航空科学技术;2014年11期
8 王长辉;;基于聚类分析的网络论坛社团探测算法[J];哈尔滨师范大学自然科学学报;2014年05期
9 朱庆生;蒋天弘;周明强;;基于自然最近邻居的社团检测算法[J];计算机应用研究;2014年12期
10 王惠平;韩华;李艳;;基于金融网络与关键社团的投资组合比较研究[J];武汉理工大学学报(信息与管理工程版);2014年04期
中国博士学位论文全文数据库 前3条
1 宋玉琴;加权复杂网络的重分形分析和谱分析及其应用[D];湘潭大学;2017年
2 于杨;蛋白质相互作用网络中复合物识别算法研究[D];哈尔滨工业大学;2014年
3 彭佳扬;代谢网络中功能模块挖掘和进化分析研究[D];中南大学;2011年
【二级参考文献】
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 卢宏超;基于蛋白网络聚类的基因功能研究[D];中国科学院研究生院(计算技术研究所);2006年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王建;;蛋白质相互作用数据库[J];中国生物化学与分子生物学报;2017年08期
2 陈心浩;胡俭;;基于多特征融合预测蛋白质相互作用界面[J];中南民族大学学报(自然科学版);2017年03期
3 谭从娥;黄祥云;;基于蛋白质相互作用网络分析右归丸治疗肾阳虚证的疗效机制[J];中国中医药信息杂志;2016年02期
4 杨晓敏;李英伦;;基于蛋白质相互作用“热点”区域的小分子药物设计研究进展[J];生物物理学报;2015年02期
5 冯舒玥;;蛋白质相互作用的研究方法及进展分析[J];文理导航(中旬);2018年01期
6 任页玫;张蕾;石亚伟;;双分子荧光互补在蛋白质相互作用中的应用[J];湖北医药学院学报;2014年02期
7 商立民;贺福初;王建;;大规模蛋白质相互作用组实验技术及其应用[J];生命的化学;2013年05期
8 骆嘉伟;梁成;宋丹;李光辉;;蛋白质相互作用网络演化模型研究进展[J];计算机应用;2013年03期
9 李敏;武学鸿;王建新;潘毅;;蛋白质相互作用网络分析的图聚类方法研究进展[J];计算机工程与科学;2012年01期
10 王宏;蔡欣;白波;陈京;;荧光共振能量转移动态检测蛋白质相互作用的研究进展[J];济宁医学院学报;2012年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李占潮;周漩;戴宗;邹小勇;;基于一级结构信息预测蛋白质与蛋白质相互作用[A];第十届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2009年
2 代旭;敬闰宇;董永成;李梦龙;郭延之;;基于序列和结构信息预测蛋白质-蛋白质相互作用可药性[A];中国化学会第29届学术年会摘要集——第19分会:化学信息学与化学计量学[C];2014年
3 程钢;吴松锋;陈廷贵;万平;朱云平;贺福初;;22周孕龄胎肝蛋白质相互作用网络的构建[A];中国蛋白质组学首届学术大会论文摘要集[C];2003年
4 刘珍;孙景春;谢锦云;李亦学;梁宋平;石铁流;;蛋白质相互作用网络中的生物途径分析[A];中国蛋白质组学第二届学术大会论文摘要论文集[C];2004年
5 杨晓明;王建;许望翔;虞东辉;杨永升;刘琼明;周颖;张翠莉;吴志豪;张万巧;刘涛;唐刘君;原艳芝;郝峰;金超智;贺福初;;人类肝脏重要蛋白质相互作用连锁图研究进展[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年
6 吴俊;邓宏钟;朱大智;谭跃进;;蛋白质相互作用网络的度秩函数与度分布[A];2006全国复杂网络学术会议论文集[C];2006年
7 李令东;田瑞军;唐伟;邹汉法;赵宗保;;携异戊烯链小分子与蛋白质相互作用的研究[A];第六届全国化学生物学学术会议论文摘要集[C];2009年
8 李立;肖奕;孙之荣;;酵母蛋白质相互作用网络的模块进化[A];第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集[C];2009年
9 龙勉;;蛋白质相互作用的生物力学及其应用[A];中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集(上册)[C];2007年
10 蔡浩洋;闵明玮;胡函;张义正;李校;;拟南芥蛋白质相互作用网络的性质研究及其预测[A];中国遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编(2004-2008)[C];2008年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 潘锋 甄蓓;人类肝脏蛋白质相互作用网络连锁图绘就[N];科学时报;2011年
2 记者 常丽君;科学家绘制出迄今最详细蛋白质相互作用图[N];科技日报;2011年
3 通讯员 甄蓓 特约记者 吴志军;肝脏蛋白质相互作用图绘出[N];健康报;2011年
4 甄蓓;我科学家成功绘制人类肝脏蛋白质相互作用网络连锁图[N];科技日报;2011年
5 欣文;蛋白质相互作用导致疑难病症[N];医药经济报;2002年
6 ;日本发现蛋白质相互作用导致疑难病症[N];中国高新技术产业导报;2002年
7 胡德荣;蛋白质相互作用网络预测新方法被发现[N];健康报;2007年
8 余志平 编译;PCAs给我们带来了什么?[N];中国医药报;2007年
9 甄蓓;人类肝脏蛋白质“关系网络图”绘成[N];中国医药报;2011年
10 毛黎;美开发细胞内蛋白质相互作用标识技术[N];科技日报;2007年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 曹步文;蛋白质相互作用网络中复合物识别算法研究[D];湖南大学;2016年
2 常继伟;一种基于深度神经网络模型及蛋白相互作用预测癌症相关蛋白及蛋白组合的新方法[D];华中农业大学;2018年
3 熊玉锋;基于均相免疫分析技术检测蛋白质相互作用的方法建立及其在新药研发中的应用[D];南方医科大学;2018年
4 魏志森;蛋白质相互作用位点预测方法研究[D];南京理工大学;2016年
5 刘光徽;蛋白质相互作用位点及亚细胞定位预测研究[D];南京理工大学;2017年
6 姚恒;基于机器学习方法预测拟南芥功能关联互作组和基于网络驱动的组学数据分析系统[D];浙江大学;2018年
7 李宏;植物蛋白质相互作用组的整合分析[D];中国农业大学;2018年
8 安计勇;基于相关向量机的蛋白质相互作用预测研究[D];中国矿业大学;2018年
9 王芬;猪miRNA调控蛋白质相互作用“双色网络”预测及呼吸道病毒病系统生物学分子机制分析[D];西北农林科技大学;2014年
10 徐萌;从蛋白质相互作用网络到灭绝事件的进化研究[D];中国科学技术大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 付祥政;基于蛋白质相互作用网络的复合物识别方法研究[D];湖南大学;2014年
2 胥晓莎;蛋白质相互作用时序网络模型及动态性质研究[D];湖南理工学院;2018年
3 吴蔷梅;基于蛋白质相互作用网络的分析算法的研究[D];扬州大学;2018年
4 汪媛媛;蛋白质相互作用位点的预测方法研究[D];安徽工业大学;2018年
5 张添翼;基于矩阵分解算法的长非编码RNA-蛋白质相互作用预测研究[D];中国科学技术大学;2018年
6 胡桓;基于集成策略预测人类长非编码RNA与蛋白质相互作用关系[D];辽宁大学;2018年
7 吴金华;基于数据挖掘的阿尔兹海默症蛋白质网络研究[D];辽宁大学;2018年
8 田博;面向质谱数据的蛋白质相互作用网络构建算法[D];大连理工大学;2018年
9 费凡;基于蛋白质相互作用网络的信息通路提取[D];华南理工大学;2017年
10 白正亚;结构、能量和动力学比较研究生物环境对肽调节蛋白质相互作用的影响[D];电子科技大学;2018年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026