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《湖南大学》 2018年
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埃博拉病毒(Ebolavirus)基因组中微卫星序列的分布分析

周思倩  
【摘要】:微卫星序列(Microsatellite)是基因组中普遍存在的一种简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR),数量丰富,分布广泛,具有高度多态性。大量研究表明,作为基因组中一个重要的组分,微卫星在基因中非编码区,编码区和基因间区中都有大量分布,且影响着蛋白的功能,生物遗传以及基因调控,是基因组研究领域热点之一。本论文内容主要涉及以下两个方面:1.埃博拉病毒(Ebolavirus)基因组中微卫星分布分析(第二章)在本章中选择了36条埃博拉病毒属的四个不同种的埃博拉病毒全基因组序列作为实验材料,利用IMEX在线提取软件提取微卫星,用Python语言编程统计数据,从而分析微卫星在埃博拉病毒全基因组序列中的分布情况。分析得出,埃博拉病毒基因组序列中二型微卫星含量最为丰富,其次是一型微卫星,三型微卫星有少量,四型微卫星则更少,没有发现五型和六型微卫星。在更深入的分析中得出在埃博拉病毒属四个种中的含AT碱基的微卫星含量远远大于含CG碱基的微卫星含量。通过对这四种埃博拉病毒种的病毒基因组序列中微卫星的分析,有助于更好的理解埃博拉病毒基因组的进化,为研究埃博拉病毒的变异情况及其致病机制研究提供更多参考。2.64条埃博拉病毒基因组中微卫星分布图谱及特征分布分析(第三章)在此工作中选择了64条埃博拉病毒属的五个不同种的埃博拉病毒全基因组序列作为实验材料,在第一个工作中对36条埃博拉病毒基因组序列中微卫星的相关分布统计信息情况做了研究,但其分析是在平均和整体的水平上分析,无法得到细节信息。在此工作中,使用本研究组开发的分析工具微卫星微分计算器(Differential Calculator of Microsatellite,DCM),对五个不同种的埃博拉病毒全基因组序列进行进一步更细致的分析,借助R语言编程将微分结果可视化,得出微卫星序列在埃博拉基因组不同区域中的分布模式图,并从其中找出微卫星分布具有特异性的区域,随后定位到相应的特异性位点,这些位点可能对埃博拉病毒不同种致病性研究起着重要的推动作用。分析得出,微卫星在基因组不同区域上是非随机分布的,其在病毒基因组上的分布存在区域偏好性,且不同致病性的埃博拉病毒种型中微卫星在基因组同一区域上的分布是存在差异的。不同种埃博拉病毒基因组中微卫星的特征分布可能存在差异并反映其对不同环境的适应性。因此,通过分析微卫星的特征分布我们可以寻找到种属特异性片段,以及探索埃博拉病毒基因组上微卫星序列对病毒基因组变异和进化的影响。
【学位授予单位】:湖南大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2018
【分类号】:R373

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