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《中南大学》 2013年
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基于iTRAQ定量蛋白质组学技术筛选结直肠癌相关糖蛋白

张瑜  
【摘要】:目的:本研究通过定量蛋白质组学方法比较远癌正常组织、不同肿瘤相关糖类抗原(Tn)表达的结直肠癌组织的差异表达糖蛋白,以期筛选到与结直肠癌发生发展相关的糖蛋白,为进一步研究与Tn抗原相关O型糖蛋白在结直肠癌发生发展过程中的作用打下基础,并为结直肠癌的诊断、预后监测和防治提供新的靶标。 方法:收集2011年11月到2012年4月9例中南大学湘雅二医院病理确诊结直肠癌患者术后新鲜结直肠癌组织和距癌旁5-10cm以外的正常结直肠肠粘膜组织,根据Tn染色结果分为Tn阳性结直肠癌组(Tn+组)、Tn阴性结直肠癌组(Tn-组)和正常结直肠粘膜组织组(正常组),按分组选取部分组织分别提取组织总蛋白,采用相对和绝对定量同位素标记(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)联合二维液相色谱串联质谱(2DLC-MS/MS)的定量蛋白质组学技术对各组总蛋白进行差异蛋白质组学分析,所得差异蛋白及肽段信息经ProteinPilot软件进行分析,运用Uniprot、DAVID数据库对差异蛋白质分类进行分析,得出差异表达的糖蛋白和O型糖蛋白;再根据String、GO、KEGG数据库对糖蛋白相互关系及O型糖蛋白相互关系和功能聚类、代谢途径分类进行分析;根据初步分析结果,从差异表达O型糖蛋白中选取核心蛋白多糖(Decorin,DCN)和含山梨醇和SH3结构域蛋白1(Sorbin and SH3domain-containingprotein1,SORBS1)分别进行组织和细胞表达水平的蛋白质免疫印迹(Western Blot,WB)验证。 结果: 1、iTRAQ标记的2D LC-MS/MS结果:共有1051种非冗余差异蛋白被鉴定,其中有定量信息,且≥2条匹配肽段在95%置信区间内的蛋白质有750种;Tn-组与正常组之间存在差异的蛋白有330种,Tn+组与正常组之间存在差异的蛋白有317种,Tn-组与Tn组+之间存在差异的蛋白有316种;Tn-组与Tn+组之间的差异蛋白质中,糖蛋白共55种,O型糖蛋白19种,19种O型糖蛋白中,其中12种在Tn-、Tn+、正常组,两两之间均存在差异。 2、差异蛋白质相互作用分析:55种糖蛋白中,K8和K18独立1个相互作用网,35种蛋白形成1个相互作用网,占所有蛋白质的63.64%,余18种蛋白不在相互作用网内;而在19种O型糖蛋白中,K8和K18仍然是独立的1个关系作用网,10种蛋白质处于同一个关系作用网中,占所有蛋白质的52.63%,余7种蛋白不属于任何相互作用网。 3、差异O型糖蛋白GO功能聚类及KEGG代谢途径分类:(1)生物进程功能注释分类,发现19种O型糖蛋白主要参与了代谢过程、调节生物过程、细胞代谢过程等10种生物进程,其中参与代谢过程的差异蛋白12种,占63.12%,参与调节生物进程的差异蛋白质10种,占52.63%;(2)分子功能注释分类,发现这些差异O型糖蛋白参与结合、结构分子活动、催化活性、酶调节活性、抗氧化活性、转运活动6种分子功能,其中参与结合功能的差异O型糖蛋白占68.42%;(3)细胞组成功能注释分类,发现差异O型糖蛋白参与了细胞部分、细胞器、细胞器部分部分等8种细胞组成成分,其中参与细胞部分、细胞器部分、细胞器的蛋白质分别占57.89%、73.68%、52.63%;(4) KEGG代谢途径分类,12种差异O型糖蛋白参与了25条代谢途径,4条信号通路。其中Fibronectin和Heat shock protein HSP90-beta参与的代谢途径最多,Decorin, SORBS1, Heat shock protein HSP90-beta三种蛋白分别参与了四种信号通路。 4、根据初步相互关系和功能聚类分析结果,从以上O型糖蛋白中选择Decorin、SORBS1两种蛋白质,分别在Tn-、Tn+结直肠癌组织/细胞及正常结直肠粘膜组织中进行Western Blot验证,结果显示以上2种蛋白质表达水平变化与其蛋白质组学结果一致,即Tn-、Tn+结直肠癌组织中Decorn、SORBS1较正常结直肠粘膜组织表达均下调,同时Tn+结直肠癌细胞或组织较Tn-组表达水平明显降低。 5. Decorin、SORBS1两种蛋白的表达量,在不同肿瘤分化程度、分期、性别、年龄组间其表达量也存在差异,但是除在不同分化程度之间表达量差异具有统计学意义外,其余均无统计学意义。 结论: 1、本研究发现Tn-、Tn+结直肠癌组织之间及与远癌正常结直肠粘膜组织两两之间均存在明显差异表达的O型糖蛋白谱;其中Keratin8、Keratin18、Decorin、sorbin and SH3domin-cotaining protein1(SORBS1)、CD44antigen,与结直肠癌的发生发展以及Tn抗原表达相关,为进一步筛选结直肠癌发生发展相关蛋白和临床诊断预警指标,以及研究O型糖蛋白在结直肠癌发生发展的作用机理奠定了基础。 2、差异表达O型糖蛋白的蛋白质相互作用和功能聚类分析发现,19种O型糖蛋白中,12种蛋白质处于2个不同关系作用网中,余7种蛋白不属于任何相互作用网;19种O型糖蛋白主要参与了代谢过程、调节生物过程、细胞代谢过程等不同生物进程,表现出结合、结构分子活动、催化活性、酶调节活性、结构分子活动、转运活动等不同的分子功能;但与结直肠癌发生的关系尚需进一步研究。 3、O型糖蛋白Decorin、SORBS1的表达量下调与结直肠癌的发生发展相关,可望成为结直肠癌诊断、预后监测和防治的新靶标。
【学位授予单位】:中南大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2013
【分类号】:R735.3

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前5条
1 詹显全,陈主初;蛋白质组中蛋白质鉴定技术的研究近况[J];国外医学(分子生物学分册);2002年03期
2 孙薇,贺福初;差异蛋白质组学研究技术新进展[J];化学通报;2005年06期
3 乔彦涛;缪佳铮;孙世伟;刘金刚;卜东波;;串联质谱的蛋白质序列鉴定技术综述[J];计算机科学与探索;2010年02期
4 陈雅斌;兰小鹏;;SELDI-TOF-MS技术的改善和优化[J];生命科学研究;2010年01期
5 孟凡臣;张艳贞;胡英考;晏月明;;生物质谱及其在蛋白质组学研究中的应用[J];生物技术通讯;2006年03期
【共引文献】
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1 郝贵增;徐闯;;比较蛋白质组学研究技术进展及其在营养代谢病研究中的应用前景[J];安徽农业科学;2007年02期
2 陈伟;游向荣;龙强;李燕;;蛋白质组学研究方法与技术[J];福建果树;2006年04期
3 张欣;曹君迈;贝盏临;;差异蛋白质组学在植物科学研究中的应用[J];广东农业科学;2011年07期
4 陈鹏;周瑞阳;蒋利和;;线粒体蛋白质组学技术及其在植物细胞质雄性不育机理研究中的应用[J];南方农业学报;2011年04期
5 叶钧;宋丽丽;刘韵;田音;潘琼;彭志红;汪荣泉;;肠分化细胞黏蛋白O-型糖链合成抑制导致MUC2表达减低以及对细菌侵袭易感[J];第三军医大学学报;2013年19期
6 孟令波,霍宏图;蛋白质组学的研究及其发展趋势[J];哈尔滨学院学报;2005年10期
7 赵丽娇;钟儒刚;甄岩;;现代仪器分析教学中科技创新意识的培养[J];理工高教研究;2008年05期
8 王耀君;孙世伟;卜东波;刘金刚;;串联质谱谱库搜索鉴定技术综述[J];计算机工程;2012年07期
9 徐燕平;金世禄;刘宝珍;张建;赵松林;薛春霞;;大肠癌淋巴结转移相关的基因蛋白产物及病理多因素分析研究[J];临床消化病杂志;2011年02期
10 呼圣娟;谢华红;赵进;郭新宁;杨晓梅;;两种不同肝转移潜能胃癌细胞株的差异蛋白分析[J];宁夏医学杂志;2008年05期
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1 谢圣高;李刚;王立轩;宁勇;原厚;青山俊文;;飞行质谱法测定血清脑硫苷脂[A];中医药生物化学与分子生物学通讯[C];2008年
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1 李文臣;髓母细胞瘤与室管膜瘤患者脑脊液比较蛋白质组学研究[D];吉林大学;2011年
2 谢成建;棉花在黄萎病菌侵染早期的蛋白质组及表达谱分析[D];西南大学;2011年
3 蔚洪恩;神经干细胞与运动神经元的microRNA和蛋白质差异表达及相互作用[D];第二军医大学;2011年
4 孟艳艳;一氧化氮对棉花叶片衰老过程中抗氧化物酶及叶片蛋白质组的影响[D];中国农业科学院;2011年
5 王征;结直肠癌肝转移分子标志物的研究[D];北京协和医学院;2011年
6 吴畏;鉴定直肠癌异常表达的miRNAs及其与恶性演进的关系[D];中南大学;2011年
7 余元善;Acinetobacter sp. SM04降解玉米赤霉烯酮的研究[D];华南理工大学;2011年
8 陈益定;大肠癌血清蛋白质指纹图谱的临床应用研究[D];浙江大学;2004年
9 程国锋;日本血吸虫性别差异蛋白质组及抱雌沟蛋白基因功能研究[D];中国农业科学院;2005年
10 关宏伟;人胃癌细胞SGC7901/ADR耐药相关蛋白质分子的差异比较研究[D];大连医科大学;2006年
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1 黄薇;蛋白酶胁迫下线虫的体壁覆盖层蛋白组学分析[D];福建师范大学;2010年
2 贾兴隆;bFGF结合肽对bFGF刺激的K562细胞增殖的影响及其作用机制[D];暨南大学;2011年
3 梁立滨;H5N1亚型禽流感病毒感染小鼠肺组织差异蛋白质组学分析[D];中国农业科学院;2011年
4 王绍美;抗性不同的烤烟品种在胁迫条件下烟叶的差异蛋白质组学研究[D];中国农业科学院;2011年
5 王小娟;莽山烙铁头蛇粗毒活性分析及蛋白质组学研究[D];湖南师范大学;2011年
6 任思宏;二氮嗪后处理在大鼠心肌线粒体比较蛋白质组学的研究[D];遵义医学院;2011年
7 李璟;利用酵母双杂交系统筛选与PhrIP1相互作用的蛋白质[D];华中农业大学;2003年
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9 熊霞;1.光温敏核不育水稻F_2(培矮64S×9311)幼穗减数分裂期蛋白质组的初步分析 2.海南捕鸟蛛毒素-Ⅳ的两种突变体R26A和K27A的合成与生理活性分析[D];湖南师范大学;2005年
10 张辉;利用飞行质谱技术SELDI-TOF-MS从肝癌患者血清中筛选特异的生物标志物[D];第二军医大学;2005年
【二级参考文献】
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1 李永民;生物质谱[J];分析测试技术与仪器;2002年03期
2 汪得喜;陈怡霓;叶志海;夏鲁全;袁建章;邓哲彤;邓思健;钟海波;伍惠红;潘海燕;吕海峰;;胸腔积液蛋白质图谱差异及其临床意义初探[J];广东药学院学报;2006年06期
3 李伟,杜卫东,张学军;MALDI-TOF MS技术在生物芯片检测中的应用[J];医学分子生物学杂志;2004年03期
4 李蓉,梁恒;生物质谱——蛋白质组研究的关键技术[J];化学通报;2002年11期
5 应万涛,钱小红;生物质谱技术应用及进展[J];军事医学科学院院刊;2000年02期
6 万晶宏,贺福初;蛋白质组技术的研究进展[J];科学通报;1999年09期
7 黄凌云,赵和平,丁勤学,何大澄;生物质谱在蛋白质组学研究中的应用[J];现代仪器;2004年01期
8 陈学东;王若光;尤昭玲;孙虹;;地龙抗鼻咽癌蛋白组分的蛋白芯片检测[J];中国耳鼻咽喉颅底外科杂志;2008年02期
9 郑艳颖;王雅杰;康熙雄;;表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术的质量控制与标准化[J];中华检验医学杂志;2006年01期
10 ;Discovering differential protein expression caused by CagA-induced ERK pathway activation in AGS cells using the SELDI-ProteinChip platform[J];World Journal of Gastroenterology;2008年04期
【相似文献】
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1 王启远;周长江;高云飞;徐岩;李坤;;血管内皮生长因子与结直肠癌的研究[J];医学与哲学(临床决策论坛版);2009年07期
2 何湘帆;;手术前癌胚抗原水平:结直肠癌病人的一种预后试验[J];国际消化病杂志;1981年02期
3 曾琪华;;结直肠癌的病因[J];国际外科学杂志;1984年02期
4 ;纤维不能防止结肠癌[J];英国医学杂志(中文版);1999年03期
5 陈华江!200003,王杰军!200003,何金!210002,贾绍昌!210002,刘会敏!210002,殷广福!210002;血管内皮生长因子及其受体在结直肠癌中的表达及其意义[J];实用癌症杂志;2000年05期
6 周平红,姚礼庆,何国杰,李和平,秦新裕;微超声探头对结直肠癌术前分期的诊断价值[J];中国超声医学杂志;2002年02期
7 陈达民;老年多发性结直肠癌:手术与尸检病例的回顾性研究[J];国外医学.消化系疾病分册;2002年02期
8 李新宇,王杉,马向涛,叶颖江,崔志荣;细胞核因子κB抑制蛋白α的表达与结直肠癌临床病理特征的关系[J];中华普通外科杂志;2003年08期
9 Moore H.G. ,Shoup M. ,Riedel E. ,J.G.Guillem,李康;结直肠癌骨盆复发:切除可能性的决定因素[J];世界核心医学期刊文摘.胃肠病学分册;2005年04期
10 肖亮;施健;谢渭芬;;氟脱氧葡萄糖-正电子发射断层成像术在诊治结直肠癌肝转移中的作用[J];胃肠病学;2006年02期
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1 徐芳英;方义湖;黄琼;来茂德;;微乳头结构和肿瘤芽在结直肠癌发展和预后中的意义[A];中华医学会病理学分会2010年学术年会日程及论文汇编[C];2010年
2 黄彦钦;蔡善荣;张苏展;李其龙;马新源;何玉芳;周晓红;郑树;;中国结直肠癌人群筛查方案的应用价值初探[A];全国肿瘤流行病学和肿瘤病因学学术会议论文集[C];2011年
3 王建平;丁智勇;王颖;;腹腔镜治疗结直肠癌42例体会[A];2011年浙江省肛肠外科学术大会暨结直肠肛门疾病诊治新进展学习班论文汇编[C];2011年
4 潘益峰;张明五;姜侠;张善春;金明娟;马新源;李其龙;余运贤;陈坤;;Toll样受体4基因多态性与结直肠癌易感性的相关性研究[A];全国肿瘤流行病学和肿瘤病因学学术会议论文集[C];2011年
5 王贵玉;陈英罡;刘正;郁雷;汤庆超;马天翼;王锡山;;结直肠癌的临床分期更新意义及相关分子标记物[A];中华医学会肿瘤学分会第七届全国中青年肿瘤学术会议——中华医学会肿瘤学分会“中华肿瘤 明日之星”大型评选活动暨中青年委员全国遴选论文汇编[C];2011年
6 张琪;张宇;裘华森;叶晓峥;魏星;;极高龄结直肠癌患者围手术期处理体会[A];第七届全国中西医结合围手术期医学专题研讨会全国中西医结合围手术期快速康复新进展培训班广东省中医药学会外科学会会议论文集[C];2012年
7 李晓东;殷咏梅;;双调蛋白与表皮调节素在结直肠癌患者血清与肿瘤组织中的表达及两者与临床病理因素的相关性[A];2010’全国肿瘤分子标志及应用学术研讨会暨第五届中国中青年肿瘤专家论坛论文汇编[C];2010年
8 周雷;介建政;宋新;唐弢;王文跃;;结直肠癌肝转移的手术治疗[A];中华医学会肿瘤学分会第七届全国中青年肿瘤学术会议——中华医学会肿瘤学分会“中华肿瘤 明日之星”大型评选活动暨中青年委员全国遴选论文汇编[C];2011年
9 徐玉清;;结直肠癌肝转移治疗原则和进展[A];第九届全国肿瘤转移学术大会暨2011年黑龙江省医学会肿瘤学年会报告集[C];2011年
10 陈嘉;;结直肠癌个体化靶向治疗新理念[A];2010年江苏省抗癌协会第二届传统医学专业委员会学术研讨会资料汇编[C];2010年
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1 本报记者 罗朝淑;别让结直肠癌治疗走向“不规”路[N];科技日报;2010年
2 复旦大学肿瘤医院大肠癌外科主任 蔡三军;结直肠癌 治疗理念有更新[N];健康报;2011年
3 康艾;中国抗癌协会专家云集杭州探讨结直肠癌临床最新进展[N];大众科技报;2010年
4 记者 李天舒 通讯员 高健;根治术可提高结直肠癌患者生存率[N];健康报;2010年
5 记者 马艳红;卫生部首次发布《结直肠癌诊疗规范》(2010年版)[N];中国医药报;2010年
6 记者 田雅婷;结直肠癌有了诊疗规范[N];光明日报;2010年
7 姜澜;爱必妥可延长结直肠癌肝转移患者生存期[N];中国医药报;2011年
8 记者 白毅;大样本研究揭示结直肠癌发病规律与预后关系[N];中国医药报;2010年
9 张旭;结直肠癌肝转移治疗新途径[N];中国医药报;2011年
10 记者 胡德荣;腔镜结直肠癌术与开腹手术5年生存率一致[N];健康报;2011年
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1 韩黔峰;sFRP4、β-catenin、Cox-2、ER-β、pS2、Keratin 19蛋白和MSI基因在结直肠癌细胞中的表达[D];四川大学;2005年
2 杨桓;主要乙醇代谢酶编码基因及JWA基因单核苷酸多态性与结直肠癌遗传易感性的关联研究[D];第三军医大学;2009年
3 李天煜;结直肠癌细胞系中表观遗传修饰与p33ING1b基因转录抑制的关系[D];广西医科大学;2010年
4 张继红;Ang/Tie-2在结直肠癌中的表达及其分子机制的研究[D];吉林大学;2011年
5 刘丽;TGFβ信号网络基因遗传变异与结直肠癌发生、发展风险的分子流行病学研究[D];华中科技大学;2011年
6 陈坤;结直肠癌环境与宿主因素的流行病学研究[D];浙江大学;2003年
7 孔斌;水通道蛋白-1(AQP-1)在结直肠癌组织中的表达及其与肿瘤微血管形成的关系研究[D];河北医科大学;2010年
8 解方为;异常甲基化调控结直肠癌细胞Irinotecan代谢酶相关基因的表达及其意义[D];第三军医大学;2009年
9 刘冰;环境因素、Caspase凋亡通路相关基因多态性与结直肠癌风险的关联研究[D];浙江大学;2010年
10 马震;粪便标本基因标记物mRNA表达检测及其对结直肠癌诊断的研究[D];吉林大学;2011年
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1 王洪敏;结直肠癌肝转移的临床因素分析[D];吉林大学;2010年
2 郭晓亮;REIC/Dkk-3基因在结直肠癌中的表达及其意义[D];中国医科大学;2010年
3 江伟;FOLFIRI方案治疗老年结直肠癌安全性临床观察[D];安徽医科大学;2010年
4 陈尚忠;SOX2在结直肠癌中的表达及意义的初步研究[D];中南大学;2010年
5 石曦雯;核基质结合因子SAFB在结直肠癌发生发展中的作用及其分子机制[D];南方医科大学;2010年
6 龙结根;Testin基因在结直肠癌组织中的表达及临床意义[D];重庆医科大学;2010年
7 廖存;血清CEA阴性结直肠癌患者蛋白组学比较研究[D];广西医科大学;2011年
8 刘金星;MMP-9基因多态性与结直肠癌相关性研究[D];泸州医学院;2011年
9 张丽莉;hMLH1-93G/A基因多态性与结直肠癌的相关性研究[D];南京大学;2011年
10 孟令振;细丝蛋白A在结直肠癌中的表达及其与MMP-9的关联研究[D];河北医科大学;2011年
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