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《中南大学》 2009年
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蛋白质相互作用预测及其假阳性过滤研究

代利坚  
【摘要】: 蛋白质与蛋白质间相互作用的准确预测是计算分子生物学领域的重要研究内容。虽然人们对蛋白质相互作用数据可靠性做了大量的研究工作,受限于当前的技术手段和预测方法,现在通过各种途径所获得的大规模蛋白质相互作用数据的可靠性都不是特别理想。 不管是生物实验的方法还是计算机算法预测蛋白质相互作用,都面临着一个重要问题是预测结果中包括大量的假阳性数据,这些假阳性数据使得数据的可靠性大大降低。本文提出了利用蛋白质包含的GO短语间的语义相似性,定义蛋白质之间的相似性模型,进而提出了一种蛋白质相互作用假阳性过滤方法。实验结果表明,本文提出的过滤方法可以有效降低蛋白质相互作用预测数据集中的假阳性,提高预测的准确率。 为了获取具有高度可靠性的蛋白质相互作用数据,本文结合了蛋白质的结构域信息以及GO注释信息,利用最大似然估计模型预测蛋白质中存在的相互作用。与只用一种蛋白质信息来预测蛋白质相互作用相比,结合了两种蛋白质信息可以大幅度提高真阳性数据的比例,而假阳性数据只会轻微增多。同时,本文中的方法可以用来给蛋白质对赋值表明其发生相互作用的可能性。
【学位授予单位】:中南大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2009
【分类号】:Q51

【引证文献】
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 杜秀全;基于智能计算的蛋白质相互作用预测方法研究[D];安徽大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 田建芳;PPI网络的群智能信息流模型与算法研究[D];陕西师范大学;2012年
2 吴爽;基于群智能机理的PPI网络功能模块聚类[D];陕西师范大学;2012年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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中国重要会议论文全文数据库 前5条
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中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 常巧呈;疟原虫种间鉴定及恶性疟原虫子孢子表面蛋白质功能分析[D];吉林大学;2011年
2 谢锡渝;DMN致肝损害小鼠模型肝组织基因表达谱变化及肝毒清对其干预作用的研究[D];广州中医药大学;2011年
3 刘勇;基于本体的家电领域功能知识表达研究[D];中国海洋大学;2011年
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5 康晓军;基因序列比对算法在SNP中的研究及应用[D];华中农业大学;2011年
6 于建涛;基于pairwise核的蛋白质相互作用对称预测研究[D];哈尔滨工业大学;2011年
7 王巍;空间诱导水稻蛋白变化特征及空间辐射地基模拟诱因分析[D];哈尔滨工业大学;2011年
8 朱超;基于液相色谱质谱联用技术的磷脂组学平台的建立、改进及应用[D];华东理工大学;2011年
9 刘大伟;长双歧杆菌NCC2705果糖ABC转运系统的研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2011年
10 王春美;急性髓细胞白血病细胞FLT3信号传导中P65、SMRT相互作用及靶向抑制策略的研究[D];郑州大学;2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陈卫卫;耐高温水稻资源高温诱导表达蛋白鉴定与分析[D];华中农业大学;2010年
2 张艳萍;蛋白质序列的数学描述及其应用[D];浙江理工大学;2010年
3 陶娟;基于线粒体基因序列探讨广义花臭蛙种群遗传结构[D];河南师范大学;2010年
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6 韩磊;两种引起突发公共卫生事件RNA病毒的分子进化研究[D];第二军医大学;2011年
7 郑海刚;黄瓜绿斑驳花叶病毒外壳蛋白与寄主烟草蛋白间的互作[D];福建农林大学;2011年
8 高美春;一种基于基因本体的无监督聚类方法[D];福建农林大学;2011年
9 李雪涛;非小细胞肺癌转移相关基因在原发灶、血循环和转移灶肿瘤细胞中的差异表达[D];第三军医大学;2011年
10 史建军;基因表达数据的频繁闭合项集挖掘算法研究[D];桂林电子科技大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 雷秀娟;黄旭;吴爽;郭玲;;基于连接强度的PPI网络蚁群优化聚类算法[J];电子学报;2012年04期
2 吴超;钟一文;;蛋白质功能预测的蚁群优化算法[J];广西师范大学学报(自然科学版);2011年03期
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10 曲良东;何登旭;;一种混沌人工鱼群优化算法[J];计算机工程与应用;2010年22期
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 尤著宏;基于图和复杂网络理论的蛋白质相互作用数据分析与应用研究[D];中国科学技术大学;2010年
2 孙鹏岗;聚类算法研究及其在网络模块性分析中的应用[D];西安电子科技大学;2011年
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10 陈鹏;蛋白质残基间的相互作用分析与预测[D];中国科学技术大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 苏有丽;一种改进的划分聚类算法及其在集群环境下的并行化研究[D];兰州大学;2011年
2 刘彬彬;大规模蛋白质相互作用网络复合物挖掘算法研究[D];中南大学;2011年
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【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 彭利红;刘海燕;唐启涛;;蛋白质相互作用预测方法研究进展[J];计算机光盘软件与应用;2012年18期
2 李娟娟;陈月辉;;蛋白质相互作用研究方法的分析[J];信息技术与信息化;2012年05期
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 田建芳;PPI网络的群智能信息流模型与算法研究[D];陕西师范大学;2012年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张勇,黄爱军,曹莉,阎志勇,刘秀杰,张骐,路长林,何成;酵母双杂交方法筛选与NGF受体TrkA相互作用的新蛋白质[J];第二军医大学学报;2002年06期
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【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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5 洪奇华;陈安国;;串联亲和纯化技术及其应用[J];细胞生物学杂志;2006年05期
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10 朱新宇,沈百荣;预测蛋白质间相互作用的生物信息学方法[J];生物技术通讯;2004年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
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7 梁淑芳;于延豹;许雪娇;宋培明;薛燕;杨芃原;陈先;;基于氨基酸同位素代谢标记的免疫共沉淀分析蛋白质相互作用[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年
8 李令东;田瑞军;唐伟;邹汉法;赵宗保;;携异戊烯链小分子与蛋白质相互作用的研究[A];第六届全国化学生物学学术会议论文摘要集[C];2009年
9 陈吉楠;张红;Amy E.Keating;蒋太交;;多层次整合思路预测参与酵母囊泡转运的coiled coil介导的蛋白质相互作用[A];第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集[C];2009年
10 朱泳璋;李擎天;褚嘉佑;石铁流;郭晓奎;;利用蛋白质相互作用网络系统分析百日咳杆菌相变异[A];2006中国微生物学会第九次全国会员代表大会暨学术年会论文摘要集[C];2006年
中国重要报纸全文数据库 前10条
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4 余志平 编译;PCAs给我们带来了什么?[N];中国医药报;2007年
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7 齐军;肿瘤标志物阳性就是癌吗[N];健康报;2005年
8 毛黎;美开发细胞内蛋白质相互作用标识技术[N];科技日报;2007年
9 白毅;我国计算生物学研究取得重要进展[N];中国医药报;2007年
10 马庆华;化验前须知一二三[N];人民政协报;2002年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
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2 何文英;若干中草药活性组分与几种球状蛋白质相互作用的研究[D];兰州大学;2006年
3 唐江宏;有机小分子与人血清白蛋白的相互作用研究[D];兰州大学;2006年
4 刘月明;人新基因EOLA1生物学特性及相互作用蛋白研究[D];第三军医大学;2004年
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7 唐刘君;大规模人类肝脏蛋白质相互作用网络研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2009年
8 陈永对;颗粒蛋白前体与血管生成素相互作用及其功能研究[D];浙江大学;2009年
9 樊晋宇;基于mCherry的双分子荧光互补系统研究[D];华中科技大学;2008年
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中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 代利坚;蛋白质相互作用预测及其假阳性过滤研究[D];中南大学;2009年
2 刘涛;人ATP结合盒超家族蛋白相互作用蛋白的规模化发掘[D];第三军医大学;2006年
3 杨晓飞;基于多源数据融合的蛋白质—蛋白质相互作用网络构建方法研究[D];中国科学技术大学;2009年
4 赵振华;重复基因在分子互作网络中的分歧进化及相互作用网络构建[D];西北农林科技大学;2010年
5 舒小琴;蛋白质相互作用研究方法数据库系统的设计与实现[D];华中科技大学;2006年
6 韩步聪;生物分子相互作用动力学参数数据库及动力学网络的构建[D];厦门大学;2008年
7 施泓;铜绿微囊藻Microcystis aeruginosa PCC 7820基因组文库构建、mazEF基因克隆及其功能的初步研究[D];厦门大学;2008年
8 顾春生;细胞核肌动蛋白与p53蛋白相互作用研究[D];东北师范大学;2007年
9 罗志勇;铜绿微囊藻生物钟蛋白的节律检测及其相互作用蛋白的筛选[D];厦门大学;2007年
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