应用微卫星DNA标记研究普氏原羚遗传多样性
【摘要】:普氏原羚(Procapra przewalskii)是中国特有的濒危物种,开展该物种的保护遗传学研究是实施普氏原羚拯救工程的基础工作。本文应用微卫星标记来研究普氏原羚遗传多样性,主要研究内容如下:
一、不同普氏原羚粪便保存方法比较:通过将普氏原羚的粪便在野外分别采取60℃干燥后低温保存,75%乙醇保存,100%乙醇保存,直接低温(保温箱中加生物冰袋)保存。结果表明,短期内都均可得到高质量的DNA,而用100%乙醇保存粪便DNA的时间更为长久。同时,建立了一种从粪便中有效提取DNA的方法。该方法具有高灵敏度、操作简单、非损伤等特点,解决了珍稀濒危物种难于取样,无法进行大规模研究的难题。探讨了一种既能使野外采集的粪便样品DNA保存完好,又方便带回实验室用于分子水平研究的粪便保存方法。
二、普氏原羚哈尔盖亚种群遗传多样性分析:利用牛、羊的40对微卫星引物在哈尔盖地区43个粪便样品中扩增,筛选出12对具有高度多态性的微卫星引物对哈尔盖种群遗传多样性进行研究。12对微卫星引物在43只普氏原羚基因组DNA中共检测到94个等位基因,平均有效等位基因数介于9.3858~4.3867。说明微卫星两侧序列具有高度保守性,而核心序列具有高度多态性,是适合于在物种间相互扩增的。筛选到的12对微卫星位点在普氏原羚DNA基因组中的多态信息含量值介于0.8841~0.8026之间,说明检测的位点均为高度多态性。12对微卫星位点的平均观察基因杂合度为0.8483,从核基因角度揭示该研究种群具有丰富的遗传多样性。
三、普氏原羚主要亚种群遗传多样性分析:最后以采集于青海湖的天峻、鸟岛、哈尔盖、青海湖火车站、元者和湖东的6个普氏原羚亚群体为研究对象,进行了12对微卫星位点的遗传参数分析。结果表明:天峻、鸟岛相对与其他种群分化时间较长,遗传距离最小为哈尔盖种群和元者种群。在聚类分析中,元者种群与湖东种群以很小的遗传距离首先被聚为一类,然后是青海湖火车站种群与哈尔盖种群被聚为一类,天峻种群和鸟岛种群自成一类。普氏原羚总遗传变异的4.98%来源于种群之间的遗传变异,95.02%属于种群内的遗传变异。普氏原羚种群的Nm=4.7736>1,说明有较高的基因流。种群两两之间湖东和元者种群间有丰富的基因流,天峻和鸟岛之间的基因流最少。
【关键词】:普氏原羚 微卫星 粪便保存 遗传多样性
【学位授予单位】:湖南农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2006
【分类号】:Q953
【DOI】:CNKI:CDMD:2.2006.126253
【目录】:
【学位授予单位】:湖南农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2006
【分类号】:Q953
【DOI】:CNKI:CDMD:2.2006.126253
【目录】:
- 中文摘要3-4
- ABSTRACT4-6
- 论文缩略词表6-10
- 第一章 综述10-20
- 1 濒危动物遗传多样性的研究10-11
- 1.1 濒危动物遗传多样性的丧失10
- 1.2 濒危种群中遗传多样性检测方法10-11
- 1.3 遗传多样性研究在动物保护中的应用11
- 2 微卫星DNA在濒危动物保护中的应用11-16
- 2.1 种群遗传结构分析12-13
- 2.2 基因流程度13-14
- 2.3 种群进化史14
- 2.4 物种的判定和种群数量调查14-15
- 2.5 亲缘关系15-16
- 2.6 展望16
- 3 普氏原羚保护与研究现状16-19
- 3.1 生物学特征16-17
- 3.2 普氏原羚分布17-18
- 3.3 普氏原羚面临的主要压力与威胁18-19
- 3.4 研究现状19
- 4 本研究的目的和意义19-20
- 第二章 保存和提取方法对普氏原羚粪便 DNA质量的影响20-32
- 1 材料与方法20-23
- 1.1 样品采集和保存20-21
- 1.2 主要试剂21
- 1.3 主要仪器21
- 1.4 DNA提取方法21-22
- 1.5 DNA质量检测22-23
- 2 结果与分析23-29
- 2.1 不同提取方法对粪便 DNA完整性的影响23-24
- 2.2 不同保存方法对 DNA完整性的影响24-26
- 2.3 不同方法提取基因组 DNA的PCR扩增结果26-27
- 2.4 不同保存方法粪便DNA的PCR扩增27-28
- 2.5 测序28-29
- 3 讨论29-32
- 3.1 提取方法对粪便 DNA提取效果的影响29-30
- 3.2 保存方法对提取粪便 DNA的效果的影响30-32
- 第三章 普氏原羚微卫星 DNA标记的筛选和哈尔盖地区种群遗传多样性分析32-47
- 1 材料与方法32-36
- 1.1 样品的采集32-33
- 1.2 主要试剂及仪器设备33
- 1.3 微卫星引物33-35
- 1.4 方法35-36
- 1.5 数据统计分析36
- 2 结果与分析36-44
- 2.1 微卫星位点的筛选36-37
- 2.2 个体识别及其应用37-40
- 2.3 等位基因频率40-41
- 2.4 有效等位基因数41-42
- 2.5 基因杂合度42-43
- 2.6 多态信息含量43
- 2.7 固定指数43-44
- 3 讨论44-46
- 3.1 微卫星的多态性与保守性44-45
- 3.2 微卫星与个体识别45
- 3.3 微卫星与遗传多样性45-46
- 4 结论46-47
- 第四章 应用微卫星 DNA标记进行普氏原羚六个亚种群的保护遗传学分析47-63
- 1 材料47
- 1.1 供试样品47
- 1.2 主要试剂和仪器47
- 1.3 方法47
- 2 结果与分析47-58
- 2.1 群体内的遗传结构分析47-51
- 2.2 Hardy-Weinberg平衡检测51-52
- 2.3 遗传多样性52-55
- 2.4 群体间的遗传变异55-56
- 2.5 基因流(gene flow)基因分化系数56-58
- 3 讨论58-61
- 3.1 哈温平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium)分析58-59
- 3.2 种群内遗传多样性分析59-60
- 3.3 种群间的遗传多样性60
- 3.4 普氏原羚遗传多样性保护对策分析60-61
- 4 结论61-63
- 第五章 小结63-64
- 参考文献64-73
- 附图 微卫星位点的部分扩增结果73-74
- 致谢74-75
- 作者简历75
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| 【参考文献】 | ||
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| 【共引文献】 | ||
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| 【同被引文献】 | ||
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| 【二级参考文献】 | ||
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| 【相似文献】 | ||
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