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《暨南大学》 2008年
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用改进遗传算法和径向基函数网络预测蛋白质二级结构

王比翼  
【摘要】: 蛋白质组学研究是后基因时代生物信息学中最重大的研究课题之一,蛋白质结构预测是蛋白质组学富有挑战性的问题之一。本文在介绍了现有蛋白质二级结构预测方法之后,用目前最具前景的人工神经网络技术,采用局部逼近网络—径向基函数网络来预测蛋白质二级结构。 径向基函数网络确定中心的算法中常用的K-均值、K-最近邻等聚类算法需要人为地确定中心个数,即事先指定聚类的类别数,而中心个数又对网络性能有着重大影响,因此提出了用遗传算法寻优径向基函数网络的中心。遗传算法通过进行全局搜索,挑选网络的中心向量,摒弃冗余节点,大大减少了网络隐层节点个数,也就是径向基函数网络的中心的个数,增加了网络的泛化能力。由于网络的中心、宽度以及结构参数和权值都对网络有影响,因此提出了用自适应遗传算法同时优化径向基函数网络的中心、宽度和结构参数。 简单遗传算法并不能保证以概率1收敛到最优解,且人为主观地确定交叉概率和变异概率,因此在自适应遗传算法的基础上提出了改进的自适应遗传算法,有效地克服了简单遗传算法在给定交叉概率和变异概率时的主观性和不确定性,并且加速算法收敛,防止早熟。 蛋白质序列的编码采用富含生物进化信息的profile编码方法,在输入过程中采用滑动窗口技术,对同源蛋白质序列的二级结构进行预测。 文章将改进的自适应遗传算法用于径向基函数网络的优化,用优化的网络来预测蛋白质序列的二级结构,取得了良好的效果。
【学位授予单位】:暨南大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2008
【分类号】:Q51;TP18

【引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 周梦华;柴油机磨合过程中油液光谱数据算法研究[D];大连海事大学;2011年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前8条
1 张秀玲;张志强;;四种确定RBFNN中心的新算法[J];工业仪表与自动化装置;2007年02期
2 李小妹,王能超;神经网络预测蛋白质二级结构的编码技术[J];华中科技大学学报(自然科学版);2004年05期
3 黄德双;一种新的径向基概率神经网络模型(Ⅰ):基本理论[J];计算机研究与发展;1998年02期
4 丛爽;径向基函数网络的功能分析与应用的研究[J];计算机工程与应用;2002年03期
5 丛爽,邓娟;MATLAB环境下的模型预测控制理论的应用[J];计算机工程与应用;2005年16期
6 梅启鹏,王能超,李小妹;蛋白质二级结构预测中的简化编码技术[J];科技情报开发与经济;2004年05期
7 张春霆;生物信息学的现状与展望[J];世界科技研究与发展;2000年06期
8 王秦虎;邓麟;韩翠芹;;人工神经网络预测蛋白质二级结构的编码技术综述[J];陕西农业科学;2007年06期
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 赵佳白;概率神经网络的改进研究及其在股票预测上的应用[D];暨南大学;2007年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 郑浩,王全凤;L-M算法在高层结构体系选型中的应用[J];四川建筑科学研究;2003年03期
2 熊伟,吴敏哲;形态优化张弦桁架预应力设计研究[J];四川建筑科学研究;2005年05期
3 刘铮;孙俊;王冬;费维水;;施工危险源辨识结果库知识的获取研究[J];四川建筑科学研究;2006年03期
4 冯清海;袁万城;樊启武;;基于FE—ANN—MC的结构可靠度计算方法研究[J];四川建筑科学研究;2008年04期
5 王朝霞;生物信息学:一门前沿交叉学科[J];安徽教育学院学报;2002年06期
6 邓亚超;陈彪;;模糊神经网络在火灾探测系统中的应用[J];安防科技;2012年03期
7 华文立;胡学刚;;平衡决策树分类精度与规则简易性研究[J];安徽电子信息职业技术学院学报;2006年04期
8 梁学斌;;离散Hopfield神经网络的统一描述[J];安徽大学学报(自然科学版);1993年02期
9 孙莉宁,张之源,罗定贵;基于MATLAB实现的ANN方法在巢湖水质评价中的应用[J];安徽大学学报(自然科学版);2005年02期
10 史冬燕;程在全;;云南疣粒野生稻部分cDNA片段的分离和注释[J];安徽大学学报(自然科学版);2008年03期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 严传魁;王如彬;;基于汉密尔顿原理的神经元模型[A];第十三届全国非线性振动暨第十届全国非线性动力学和运动稳定性学术会议摘要集[C];2011年
2 齐文文;赵斌;龙连春;;基于遗传算法的加筋圆柱壳屈曲承载力优化[A];北京力学会第18届学术年会论文集[C];2012年
3 王国庆;李国福;李旭渊;;基于PSO-K均值聚类的核事故应急监测点位快速确定技术研究[A];全国危险物质与安全应急技术研讨会论文集(上)[C];2011年
4 吴敏;徐辰华;;铅锌烧结过程产量质量的神经网络预测方法[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
5 李枚毅;游维;蔡自兴;;多样度和适应度引导的遗传算法操作概率计算研究[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
6 张志华;王莉;刘洪;;最大化网络广告收入的投放决策[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
7 王亚慧;程培新;赵亚丹;张桐;;针对时滞系统的RBF神经网络滑模控制策略[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
8 张佑春;王平;张公永;;基于D-S证据理论和神经网络的信息融合方法及应用[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
9 胡扬;桂卫华;;人工代谢技术在医药领域中的应用研究[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年
10 苏俊杰;钟秋海;许继平;;基于自适应遗传算法的径向基函数网络的呼吸周期预测研究[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 张杏莉;几何约束求解关键问题研究[D];山东科技大学;2010年
2 樊建聪;分布估计学习算法研究[D];山东科技大学;2010年
3 王冰;降解丝素放线菌的分离鉴定、发酵条件优化及其降解机制研究[D];山东农业大学;2009年
4 谭枫;介入式文化算法及其应用研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
5 陆满君;通信辐射源个体识别与参数估计[D];哈尔滨工程大学;2010年
6 戴运桃;粒子群优化算法研究及其在船舶运动参数辨识中的应用[D];哈尔滨工程大学;2010年
7 孙明;基于小波和迟滞的混沌神经网络及其应用[D];哈尔滨工程大学;2010年
8 王龙金;零/低航速减摇鳍升力模型及系统控制策略研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
9 冷欣;船用增压锅炉汽包水位预测控制方法研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
10 刘营;雷达图像编码器的并行处理研究与实现[D];哈尔滨工程大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 李智;梨抗黑星病类似基因Hcrp和启动子克隆与类受体蛋白分析[D];华中农业大学;2010年
2 刘辉;基于电子鼻的鱼粉新鲜度快速检测方法研究[D];华中农业大学;2010年
3 何慧娟;基于多传感器的移动机器人障碍物检测与定位研究[D];安徽工程大学;2010年
4 李连昌;新安煤田二_1煤层煤与瓦斯突出危险程度预测[D];河南理工大学;2010年
5 万成;动态环境下的元胞遗传算法研究[D];南昌航空大学;2010年
6 张可平;CO_2焊逆变电源的自适应模糊控制系统研究[D];南昌航空大学;2010年
7 朱志斌;基于金属材料的扰动磁场检测技术研究[D];南昌航空大学;2010年
8 李坤;参数参与进化的自适应遗传算法研究[D];南昌航空大学;2010年
9 李锦;基于声波的运动车辆行驶状态辨识理论研究[D];南昌航空大学;2010年
10 罗婷婷;飞机钣金叠板数控套裁下料软件系统的研究[D];南昌航空大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 曹正洪;沈继红;;基于RBF时间序列预测器的传感器故障诊断方法研究[J];传感器与微系统;2010年05期
2 陈平;;一种改进的RBF神经网络及其在短期交通量预测中的应用[J];电气自动化;2003年01期
3 毕天姝,严正,文福拴,倪以信,吴复立,杨奇逊;基于径向基函数神经网络的在线分布式故障诊断系统[J];电网技术;2001年11期
4 陈烈;张永明;齐维贵;邓盛川;李娟;;基于RBF神经网络的时间序列交叉供热负荷预报研究[J];电子学报;2009年11期
5 蒋瑜,杨雪,阮启明;机械设备故障规律及运行趋势预测方法综述[J];机电一体化;2001年03期
6 张玉瑞,陈剑波;基于RBF神经网络的时间序列预测[J];计算机工程与应用;2005年11期
7 赵志刚;单晓虹;;一种基于遗传算法的RBF神经网络优化方法[J];计算机工程;2007年06期
8 周佩玲,陶小丽,傅忠谦,王朝晖;基于GA的RBF网络用于旱涝灾害因素预测研究[J];计算机应用;2001年01期
9 薛子云;杨江天;朱衡君;;机械故障预测模型综述[J];机械强度;2006年S1期
10 徐小力,徐洪安,王少红;旋转机械的遗传算法优化神经网络预测模型[J];机械工程学报;2003年02期
中国硕士学位论文全文数据库 前5条
1 魏海波;基于BP神经网络的船舶柴油机氮氧化物排放预测[D];大连海事大学;2006年
2 刘芳;柴油机出厂试车磨合规范的应用研究[D];山东大学;2007年
3 李桂鑫;基于遗传算法的RBF神经网络用于配电网线损计算[D];天津大学;2007年
4 张克正;基于遗传神经网络和光谱分析的船舶机械状态监测研究[D];大连海事大学;2010年
5 白利波;基于BP神经网络的船用柴油机NO_x排放特性预测[D];大连海事大学;2010年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 朱明星,张德龙;RBF网络基函数中心选取算法的研究[J];安徽大学学报(自然科学版);2000年01期
2 王艳春;何东健;;神经网络在蛋白质二级结构预测中的应用[J];安徽农业科学;2006年16期
3 阮晓钢,孙海军;编码方式对蛋白质二级结构预测精度的影响[J];北京工业大学学报;2005年03期
4 凌能祥;线性过程误差下概率密度函数核估计的均方相合性[J];纯粹数学与应用数学;2004年02期
5 陆克中;须文波;;基于改进编码的多聚脯氨酸二型结构预测[J];池州师专学报;2006年05期
6 李鑫滨,杨景明,丁喜峰;基于递推k-均值聚类算法的RBF神经网络及其在系统辨识中的应用[J];燕山大学学报;1999年04期
7 刘桂霞,周春光,周文刚;基于ANN蛋白质结构预测方法研究[J];电脑开发与应用;2004年12期
8 何琴;高建华;刘伟;;蛋白质二级结构预测的人工神经网络方法研究[J];分析科学学报;2006年04期
9 孙毅刚,战强;一种用于径向基函数(RBF)神经网络训练的有效方法[J];哈尔滨工业大学学报;1997年04期
10 杨柳,任长明,周铜,吴艳纬;采用Parzen窗法的随机模式分类器研究[J];河南科学;2005年01期
【相似文献】
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2 熊煜,邵慧娟;地震数据处理中基于RBF网络的函数逼近[J];计算机仿真;2005年07期
3 刘炳祥;刘鑫朝;;径向基函数网络在税务征管考核中的应用[J];微计算机信息;2006年21期
4 邢钟化;王晓婕;王华奎;;一种基于径向基函数的高阶累积量算法[J];科技情报开发与经济;2007年27期
5 周振;;基于径向基神经网络的人民币汇率预测[J];电脑开发与应用;2009年03期
6 黄丽;周杰;马洪;张知易;吴江滨;;以测度作为神经网络输入的客观音质评价研究[J];四川大学学报(自然科学版);2007年06期
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8 史志富;张安;刘海燕;何艳萍;;导弹武器系统费用预测的径向基函数网络方法[J];数学的实践与认识;2007年13期
9 徐耀;裴立云;;神经网络在电磁场数值问题中的应用[J];科技信息(科学教研);2007年34期
10 奉国和;;SVM与神经网络在时间序列预测中的比较[J];现代管理科学;2006年09期
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1 丁国锋;王孙安;林廷圻;史维祥;;非线性多变量系统的神经网络一步超前预测控制研究[A];1996中国控制与决策学术年会论文集[C];1996年
2 谈才军;黄道;;RBF神经网络在化工过程故障诊断中的应用[A];第二十四届中国控制会议论文集(下册)[C];2005年
3 张美慧;;径向基函数神经网络在心律失常识别中的应用[A];计算机技术与应用进展——全国第17届计算机科学与技术应用(CACIS)学术会议论文集(上册)[C];2006年
4 张文广;周绍磊;史贤俊;李新;;基于改进遗传算法的RBF神经网络及应用[A];2009年中国智能自动化会议论文集(第七分册)[南京理工大学学报(增刊)][C];2009年
5 陈连军;粟才全;;矿井瓦斯涌出量的径向基函数网络预测模型[A];2009矿山灾害预防控制学术研讨会论文集[C];2009年
6 李翠华;郑南宁;张永平;;基于径向基函数网络的自适应去噪方法[A];1998年中国智能自动化学术会议论文集(下册)[C];1998年
7 翁苏骏;林熙;;BP网络、RBF网络和Elman网络在股价预测中的应用[A];1999年中国智能自动化学术会议论文集(上册)[C];1999年
8 侯艳芳;冯红梅;;基于神经网络的调制识别算法的研究[A];武汉(南方九省)电工理论学会第22届学术年会、河南省电工技术学会年会论文集[C];2010年
9 沈建荣;杨林泉;陈琳;;神经网络的稳定性判据与区域经济结构调整[A];系统工程与可持续发展战略——中国系统工程学会第十届年会论文集[C];1998年
10 石山铭;李富兰;丁俊丽;;神经网络的知识获取[A];全国青年管理科学与系统科学论文集(第1卷)[C];1991年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 于翔;数字神经网络中的协同应用[N];网络世界;2009年
2 健康时报特约记者  张献怀;干细胞移植:修复受损的神经网络[N];健康时报;2006年
3 邹丽梅 陈耀群;江苏科大神经网络应用研究通过鉴定[N];中国船舶报;2006年
4 记者 孙刚;“神经网络”:打开复杂工艺“黑箱”[N];解放日报;2007年
5 本报首席记者 任荃 实习生 史博臻;轨交“神经网络”触动创新神经[N];文汇报;2011年
6 计算机世界实验室 韩勖;当布线系统遭遇神经网络[N];计算机世界;2009年
7 曹建兵 李祖兵 特约记者 何天进 本报记者 于莘明;给导弹植入“神经网络”[N];科技日报;2005年
8 谭薇;“潮湿计算机”:拥有人类智慧的超级大脑[N];第一财经日报;2010年
9 ;人老了,大脑仍能形成新的神经网络[N];新华每日电讯;2004年
10 韩婷婷;ICT强壮奥运“神经网络”[N];通信产业报;2007年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 刘志祥;深部开采高阶段尾砂充填体力学与非线性优化设计[D];中南大学;2005年
2 戴雪龙;PET探测器神经网络定位方法研究[D];中国科学技术大学;2006年
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4 文敦伟;面向多智能体和神经网络的智能控制研究[D];中南大学;2001年
5 吴大宏;基于遗传算法与神经网络的桥梁结构健康监测系统研究[D];西南交通大学;2003年
6 杜文斌;基于神经网络的冠心病证候诊断标准与药效评价模型研究[D];辽宁中医学院;2004年
7 熊雪梅;参数化模糊遗传神经网络及在植物病害预测的应用[D];南京农业大学;2004年
8 李智;电站锅炉燃烧系统优化运行与应用研究[D];东北大学;2005年
9 王承;基于神经网络的模拟电路故障诊断方法研究[D];电子科技大学;2005年
10 谭阳红;基于小波和神经网络的大规模模拟电路故障诊断研究[D];湖南大学;2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 王比翼;用改进遗传算法和径向基函数网络预测蛋白质二级结构[D];暨南大学;2008年
2 杨立儒;基于神经网络的电路故障诊断的研究与实现[D];解放军信息工程大学;2010年
3 刘兰兰;基于神经网络和遗传算法的H型钢粗轧工艺参数优化研究[D];山东大学;2011年
4 田鹏明;基于神经网络的振动主动控制研究[D];太原理工大学;2012年
5 姜宇;发动机裂解设备故障诊断技术的研究[D];吉林大学;2012年
6 邢远凯;基于决策树和遗传算法的神经网络研究及应用[D];浙江大学;2010年
7 高宝建;基于神经网络的月降水预报模型在洪泽湖的应用研究[D];南京信息工程大学;2012年
8 陈少华;基于Hopfield神经网络控制系统的研究[D];山东科技大学;2010年
9 来建波;基于神经网络的路段行程时间预测研究[D];云南大学;2011年
10 闫超;基于BP神经网络的煤矿深埋硐室软岩流变参数反演分析[D];安徽理工大学;2011年
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