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《广东海洋大学》 2018年
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墨西哥湾扇贝转录组分析及其与扇贝“渤海红”杂交F1代分子标记研究

谭杰  
【摘要】:墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)是中国南方海域养殖的重要经济双壳贝,1991年引进至今,经历了20多年小群体繁育养殖,种质退化严重。引进新的遗传资源,取得墨西哥湾扇贝种质遗传改良研究的突破性进展是实现其养殖业健康可持续发展的根本。扇贝“渤海红”为中国北方海域重点推广养殖的新品种,课题组已于2015年9月从山东引进扇贝“渤海红”,并与本课题组选育的“墨西哥湾扇贝大闭壳肌新品系”进行了杂交,小试获得成功,其杂交可行性和形态杂种优势均已被证实,但相关分子遗传学基础还比较薄弱。因此,本研究围绕墨西哥湾扇贝及其与扇贝“渤海红”杂交F1代的分子遗传学鉴定和评估,开展了以下研究:1、墨西哥湾扇贝转录组Illumina测序及生物信息学分析基于Illumina Hi Seq~(TM)2000平台,对2组生长速率不同的5月龄墨西哥湾扇(普通养殖群体)进行RNA-seq测序,获得109 911条高质量Unigenes,平均长度为1452 bp,其中50 433条(45.89%)Unigenes获得注释。根据FDR≤0.001且|log2Ratio|≥1的原则,筛选出9 901个差异表达基因,随机选择9个差异基因进行q RT-PCR验证,结果显示,q PCR基因表达的整体趋势与RNA-Seq测序结果呈线性相关(R2=0.9193),初步说明转录组测序对于基因表达趋势的预测是准确的。对差异表达基因进行KEGG代谢通路及GO功能富集分析,筛选到了TGF-β、MAPK信号转导等几个参与细胞增殖和分化的重要通路;差异基因在GO分类中的覆盖面较广,说明墨西哥湾扇贝的生长是生物学过程的全方位响应。研究结果为墨西哥湾扇贝生长相关基因挖掘、生长发育机制揭示及分子标记开发等提供了理论支撑。2、基于转录组测序的墨西哥湾扇贝生长相关基因及SNPs筛选生长相关基因是指在细胞分化及成熟或组织生长及重构方面起促进或抑制作用的一类基因。本研究基于Blast比对、GO和KEGG多种数据库注释,从墨西哥湾扇贝比较转录组差异表达基因中筛选出38个生长相关基因,涉及肌肉生长蛋白、消化酶和生长因子及其受体等18个类别。通过PCR扩增直接测序法对墨西哥湾扇贝转录组Unigene23250和CL4903.Contig2序列上预测到的潜在SNP位点进行验证,共检测到5个中度多态SNPs(0.25PIC0.50),包含4个转换和1个颠换。CL4903.Contig2序列上的3个完全连锁位点(A-6167-T、G-6178-A、G-6185-A)与Unigene23250序列上的G-1142-A位点发生非同义突变。对已鉴定的SNP与体质量、闭壳肌重、壳长、壳宽和壳高的相关性进行单因素方差分析,结果显示,Unigene23250 G-1142-A位点AA基因型在体质量、闭壳肌重及壳长、壳宽和壳高上的均值都显著高于AG和GG基因型(P0.05),但AG和CG基因型在这5个性状上的差异不显著(P0.05)。CL4903.Contig2的G-6085-A位点AA基因型的体质量及闭壳肌重均值显著高于AG和GG基因型(P0.05),但这两个位点不同基因型间形态性状差异不显著(P0.05)。推断AA为优势基因型。研究结果表明,基于墨西哥湾扇贝转录组筛选到的这几个SNP位点具有用于生长性状分子辅助选育的潜力。3、墨西哥湾扇贝与扇贝“渤海红”SSR开发及其杂交F1代验证为对墨西哥湾扇贝与扇贝“渤海红”杂交F1代进行分子遗传学鉴定和评估,本研究以墨西哥湾扇贝普通养殖群体40个个体对其转录组查找到的117个潜在SSR进行筛选。结果有26个为多态位点(22.2%),其中21个(80.77%)在扇贝“渤海红”中通用;多态位点主要为二碱基、6重复,扩增效率最高的是AT。随机选择8个多态SSR对扇贝“渤海红”和墨西哥湾扇贝两群体的遗传多样性进行评估。结果显示,墨西哥湾扇贝群体的遗传多样性低于扇贝“渤海红”群体,两个群体的遗传距离为0.348,两者杂交能产生杂种优势。开发3个扇贝“渤海红”与墨西哥湾扇贝特异SSR,利用这3个特异SSR对40个扇贝“渤海红”和墨西哥湾扇贝杂交F1代个体进行验证,3个特异SSR在F1代中的扩增片段均不重叠,且同时存在来自墨西哥湾扇贝和扇贝“渤海红”的特异等位基因,也未出现非亲本之外的条带,证明这些子代均为墨西哥湾扇贝和扇贝“渤海红”的杂交子代。
【学位授予单位】:广东海洋大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2018
【分类号】:S917.4

【参考文献】
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1 王忠良;丁燏;许尤厚;简纪常;鲁义善;王蓓;陈刚;吴灶和;;基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测[J];海洋与湖沼;2015年03期
2 罗辉;叶华;肖世俊;郑曙明;王晓清;王志勇;;转录组学技术在水产动物研究中的运用[J];水产学报;2015年04期
3 王婷;黄智慧;马爱军;马得友;王新安;夏丹丹;马本贺;;基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析[J];海洋与湖沼;2014年06期
4 葛辰;凌去非;李彩娟;叶竹青;韩晓飞;王国成;朱鹏飞;;基于第二代测序的大鳞副泥鳅生长相关SNP标记的开发[J];江苏农业科学;2014年10期
5 李红霞;李建林;唐永凯;俞菊华;;建鲤ODC1基因型与增重的相关性分析[J];水生生物学报;2014年03期
6 张棋麟;袁明龙;;基于新一代测序技术的昆虫转录组学研究进展[J];昆虫学报;2013年12期
7 唐刘秀;许志强;葛家春;;DNA分子标记技术在水产动物遗传育种中的应用[J];水产养殖;2013年10期
8 刘志刚;章启忠;朱晓闻;王辉;陈静;孙小真;;海湾扇贝南部亚种闭壳肌质量的双性状选择效应[J];中国水产科学;2013年04期
9 李小白;向林;罗洁;胡标林;田胜平;谢鸣;孙崇波;;转录组测序(RNA-seq)策略及其数据在分子标记开发上的应用[J];中国细胞生物学学报;2013年05期
10 范晓;李琪;何庆国;林国明;王春德;;紫扇贝与海湾扇贝通用SSR的检测及其在杂交子代鉴定中的应用[J];生命科学研究;2012年04期
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1 刘博;邵艳卿;滕爽爽;柴雪良;肖国强;;缢蛏EST-SSR分布特征及引物开发利用[A];中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会会议摘要集[C];2011年
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3 梁书利;基于RNA-Seq技术的毕赤酵母转录组学研究及其表达元件的挖掘[D];华南理工大学;2012年
4 董迎辉;泥蚶高通量转录组分析及生长相关基因的克隆与表达研究[D];中国海洋大学;2012年
5 彭薇;仿刺参(Apostichopus japonicus)微卫星标记的开发与应用[D];中国海洋大学;2011年
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1 张广明;栉孔扇贝和虾夷扇贝通用SSR的开发及杂交组合的亲子鉴定[D];上海海洋大学;2017年
2 钱佳慧;九孔鲍α-淀粉酶基因克隆、生长相关SNP筛选及生态响应研究[D];广东海洋大学;2016年
3 张猛;草鱼SNP标记开发及与生长性状关联分析[D];上海海洋大学;2016年
4 付娇娇;环境胁迫应答因子SigB影响单增李斯特菌生物被膜形成的初步机制研究[D];上海海洋大学;2016年
5 刘超;华贵栉孔扇贝不同群体遗传差异分析及生长相关标记筛选[D];广东海洋大学;2015年
6 阿娜;绒山羊下丘脑-垂体-肌肉轴转录组比较分析[D];内蒙古农业大学;2015年
7 王玉霞;麦冬药材质量评价及道地性初步研究[D];北京协和医学院;2014年
8 王劦;缢蛏转录组文库构建及3个生长基因修复功能初步研究[D];上海海洋大学;2014年
9 葛辰;大鳞副泥鳅转录组分析、SNP开发及生长相关分子标记的筛选[D];苏州大学;2014年
10 李璐;合浦珠母贝α-淀粉酶基因结构、SNP筛选、生长关联与生态响应研究[D];上海海洋大学;2013年
【共引文献】
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1 郑婷婷;魏伟淋;杨向晖;林顺权;;基于枇杷转录组序列的SSR分子标记引物开发[J];亚热带植物科学;2015年04期
2 何海;郭继云;马毅平;周梦春;王沫;舒少华;;茯苓转录组SSR序列特征及其基因功能分析[J];中草药;2015年23期
3 符亚茹;李少珂;姚卫杰;李慧娥;;西藏砂生槐EST-SSR引物开发及多态性检测[J];江苏农业科学;2015年11期
4 李威;赵姗;焦海峰;林志华;包永波;;黄口荔枝螺转录组数据的微卫星标记开发与分析[J];海洋科学;2015年11期
5 张晓娟;张羽;胡胜武;;分子标记在油菜遗传育种中的应用研究进展[J];广东农业科学;2015年19期
6 杨创业;吴丹阳;王庆恒;邓岳文;杜晓东;;马氏珠母贝生长性状遗传力估计[J];中国农学通报;2015年23期
7 孙宏;李佳凯;武祥伟;刘坦;刘贤德;;基于转录组测序的波纹巴非蛤微卫星标记研究[J];集美大学学报(自然科学版);2015年04期
8 刘青;刘皓;吴旭干;何杰;董鹏生;王幼鹏;成永旭;;长江、黄河和辽河水系中华绒螯蟹野生和养殖群体遗传变异的微卫星分析[J];海洋与湖沼;2015年04期
9 王春晓;卢迈新;高风英;刘志刚;曹建萌;朱华平;可小丽;王淼;叶星;叶卫;;尼罗罗非鱼生长激素促分泌素受体基因(GHSR)生长相关单核苷酸多态性(SNPs)位点的筛选[J];农业生物技术学报;2015年06期
10 马秋月;廖卓毅;张得芳;戴晓港;陈赢男;李淑娴;;碧桃花瓣转录组微卫星特征分析[J];南京林业大学学报(自然科学版);2015年03期
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1 孙杨;谷氨酸棒状杆菌表达系统能量利用相关基因的挖掘和应用[D];江南大学;2018年
2 梁君;丝状真菌响应As(Ⅴ)和Eu(Ⅲ)胁迫的机理研究[D];安徽农业大学;2017年
3 蔺哲广;东方蜜蜂和西方蜜蜂与狄斯瓦螨间寄主—寄生虫互作关系的对比研究[D];浙江大学;2017年
4 洪跃辉;无色杆菌HZ01降解石油烃和合成生物表面活性剂的遗传基础[D];中山大学;2017年
5 陈柏湘;团头鲂(Megalobrama amblycephala)低氧相关分子标记的开发及应用[D];华中农业大学;2016年
6 周斌;米曲霉蛋白分泌压力反馈调控机制研究[D];华南理工大学;2016年
7 孙丽丽;舞毒蛾G蛋白偶联受体功能鉴定及对杀虫剂胁迫响应机制[D];东北林业大学;2016年
8 廖瑜玲;解淀粉芽孢杆菌转录组学及其表达元件的挖掘与应用[D];华南理工大学;2016年
9 王全溪;番鸭呼肠孤病毒感染的分子致病机制的转录组学研究[D];福建师范大学;2015年
10 宋红霞;普通白菜成花转变基因表达谱比较及BrcLFY基因克隆与表达分析[D];山西农业大学;2015年
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1 艾加林;九孔鲍MSTN、BMP-2基因克隆、表达及SNP位点筛选[D];广东海洋大学;2018年
2 谭杰;墨西哥湾扇贝转录组分析及其与扇贝“渤海红”杂交F1代分子标记研究[D];广东海洋大学;2018年
3 邓娟;基于转录组学的茅苍术种质资源研究[D];湖北中医药大学;2018年
4 滕藤;白梭吻鲈IGF-1、IGF-2基因的克隆、表达及其SNP标记的开发[D];苏州大学;2018年
5 柴欣;团头鲂MHC Ⅱα基因的SNP位点开发、鉴定及与抗病性状关联分析[D];华中农业大学;2017年
6 彭茂潇;缢蛏补体C3基因特征及溶血功能初步研究[D];上海海洋大学;2017年
7 陈晓敏;凡纳滨对虾CAT基因和SOD基因单核苷酸多态性及与抗逆性状的相关性分析[D];广东海洋大学;2017年
8 席丽萍;凡纳滨对虾养殖期间生长性能、生长相关基因及生长标记的初步探究[D];上海海洋大学;2017年
9 毛媛媛;三角帆蚌转录组测序及珍珠颜色相关差异表达基因分析[D];浙江师范大学;2017年
10 雷倩楠;马氏珠母贝植核育珠移植耐受免疫相关基因与蛋白质鉴定及分析[D];广东海洋大学;2016年
【二级参考文献】
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1 王东;曹玲亚;高建平;;党参转录组中SSR位点信息分析[J];中草药;2014年16期
2 俞菊华;李红霞;唐永凯;李建林;夏正龙;董在杰;徐雄峰;范中原;王志超;;鲤鱼鸟氨酸脱羧酶基因的序列特征和表达[J];水生生物学报;2013年03期
3 刘志刚;章启忠;朱晓闻;黄丽萍;陶后全;白成;;海湾扇贝南部亚种自交家系选育及其Kung育种值评价[J];中国水产科学;2013年02期
4 夏正龙;俞菊华;李红霞;李建林;唐永凯;任洪涛;朱双宁;;建鲤肠型脂肪酸结合蛋白基因的分离及其SNPs与增重的相关分析[J];遗传;2013年05期
5 吴莹莹;孟宪红;孔杰;王清印;栾生;罗坤;;非标记探针HRM法在中国对虾EST-SNP筛选中的应用[J];渔业科学进展;2013年01期
6 李纪勤;包振民;李玲;胡晓丽;;栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析[J];中国海洋大学学报(自然科学版);2013年01期
7 俞菊华;李红霞;李建林;唐永凯;夏正龙;董在杰;;建鲤FABP3基因分离及其多态性与增重的相关分析[J];水产学报;2012年12期
8 刘庆明;李猛;马爱军;王新安;黄智慧;郭建丽;;应用高分辨率熔解曲线(HRM)开发大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记的研究[J];海洋与湖沼;2012年06期
9 周华;张新;刘腾云;余发新;;高通量转录组测序的数据分析与基因发掘[J];江西科学;2012年05期
10 唐永凯;俞菊华;徐跑;李建林;李红霞;任洪涛;;吉富罗非鱼GH基因的分离及其SNPs与增重的相关性[J];湖南农业大学学报(自然科学版);2012年04期
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1 李宏俊;海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2009年
2 庞震国;刺参遗传连锁图谱构建及卵母细胞成熟过程研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2009年
3 战爱斌;栉孔扇贝(Chlamys farreri)微卫星标记的筛选及应用[D];中国海洋大学;2007年
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1 杨忠礼;兰州鲇EST-SSR分子标记的开发及其在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性研究[D];甘肃农业大学;2016年
2 周一新;论我国海洋渔业发展中的问题及对策探究[D];浙江海洋大学;2016年
3 孙俊龙;草鱼生长性状和抗病力遗传参数及QTL初步定位分析[D];上海海洋大学;2015年
4 唐小红;草鱼3种丙酮酸激酶和α-淀粉酶基因的结构、表达分析和生长相关标记筛选[D];上海海洋大学;2015年
5 邹杰;暗纹东方鲀养殖群体遗传多样性分析及生长性状微卫星标记筛选[D];上海海洋大学;2014年
6 晶晶;仿刺参(Apostichopus japonicus)高密度SNP遗传连锁图谱的构建及应用[D];中国海洋大学;2014年
7 李达;草鱼微卫星标记开发及9个养殖群体遗传多样性分析[D];上海海洋大学;2014年
8 韩学凯;三角帆蚌遗传连锁图谱构建及育珠相关性状QTL定位分析[D];上海海洋大学;2014年
9 黄绪振;四种珍珠贝类遗传多样性及遗传结构分析[D];海南大学;2014年
10 葛辰;大鳞副泥鳅转录组分析、SNP开发及生长相关分子标记的筛选[D];苏州大学;2014年
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6 韩加君,刘茗;墨西哥湾扇贝:青岛引种成功的传奇[J];山东农业;1998年02期
7 孙洪霞;墨西哥湾扇贝的养殖[J];广西农业科学;1999年03期
8 沈钦龙;;墨西哥湾扇贝育苗试验[J];齐鲁渔业;2010年12期
9 王辉;刘志刚;符世伟;;湛江北部湾海域养殖墨西哥湾扇贝重量性状增长规律的研究[J];热带海洋学报;2007年05期
10 林伟国;;墨西哥湾扇贝育苗及标粗技术试验研究[J];水产科技;2006年06期
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1 谭杰;姚高友;陶雅晋;刘志刚;刘付少梅;;不同规格墨西哥湾扇贝转录组分析及生长相关基因筛选[A];2017年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2017年
2 张涛;阙华勇;杨红生;何义朝;张福绥;;化学物质对墨西哥湾扇贝幼虫变态的诱导[A];中国科学院海洋科学青年学术研讨会暨2001年海洋湖沼科学青年学者论坛论文摘要集[C];2001年
3 苏晓盈;谭杰;姚高友;刘志刚;刘付少梅;陶雅晋;LI Yinmin;HE Xinpeng;;扇贝“渤海红”与墨西哥湾扇贝转录组SSR信息分析及unigene功能[A];2017年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2017年
4 袁秀堂;周一兵;;墨西哥湾扇贝精子发生的超微结构和细胞化学[A];贝类学会第七次会员代表大会暨第十一次学术讨论会摘要[C];2003年
5 张涛;阙华勇;盖明礼;杨红生;何义朝;张福绥;;化学物质对墨西哥湾扇贝幼虫变态的诱导[A];中国动物学会、中国海洋湖沼学会贝类学分会第十次学术讨论会论文集[C];2001年
6 袁秀堂;周一兵;杨大佐;;墨西哥湾扇贝精子的超微结构[A];中国动物学会、中国海洋湖沼学会贝类学分会第十次学术讨论会论文集[C];2001年
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1 张涛;双壳贝类幼虫变态诱导及其机理研究[D];中国科学院海洋研究所;2000年
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1 谭杰;墨西哥湾扇贝转录组分析及其与扇贝“渤海红”杂交F1代分子标记研究[D];广东海洋大学;2018年
2 刘行;墨西哥湾扇贝新品系在不同盐度条件下的胚胎发育及稚贝附着期两种附着基附着效果的比较研究[D];广西大学;2017年
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4 孙博;海湾扇贝分子标记的研究及应用[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2003年
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