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《海南大学》 2016年
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卵形鲳鲹胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-I)基因的SNP分析与启动子克隆

吴光灿  
【摘要】:卵形鲳鲹是我国华南沿海地区的重要海水养殖鱼类,由于良种选育工作的滞后,卵形鲳鲹养殖面临生产性能下降的问题。选育卵形鲳鲹优良品种,是解决该问题的重要手段之一。而采用分子标记辅助育种与传统选育相结合的策略能够大大提高卵形鲳鲹的育种效率。由于胰岛素样生长因子基因IGF具有调节细胞代谢、促进细胞生长和抑制细胞调亡的功能。它是生长激素主要介导的生长因子,对鱼类的生长和生殖生理起着重要作用,被证明是生长性状重要的分子标记基因。因此本论文以卵形鲳鲹为研究对象,开展卵形鲳鲹群体中IGF-I基因的基因型与生长性状的关联分析。1.运用RACE技术克隆了卵形鲳鲹IGF-I基因cDNA序列,获得一个长度为1680bp的cDNA序列,其中5'UTR为123bp,开放阅读框(ORF)为555bp,编码185个氨基酸。分析结果表明卵形鲳鲹IGF-I基因存在一条43个氨基酸的信号肽,IGF-I蛋白结构包含3个反向的αα-螺旋。同源性分析和系统进化树分析结果表明,卵形鲳鲹IGF-I基因与鲈科鱼的同源性较高。2.利用卵形鲳鲹cDNA序列,分段扩增IGF-I的外显子和内含子序列,获得5个外显子,3个内含子,外显子1的大小为147bp,内含子1的大小为1366bp,外显子2的大小为141bp,外显子3的大小为176bp,内含子3的大小为762bp,外显子4的大小为29bp,内含子4的大小为1366bp,外显子5的大小为52bp。对3个卵形鲳鲹群体进行了体长、体重、体高等生长性状测量,并对其IGF-I基因进行SNP分析:一共找到3个SNP位点(A161G,T172C,T174C),一个在内含子1的第161位碱基发生了 A-G突变(A161G),两个在内含子3的第174和199位碱基发生了 T-C突变(T172C,T174C)。结果表明,在3个卵形鲳鲹群体中均未找到与生长性状关联的IGF-I基因的SNP位点。依据结果推测,卵形鲳鲹IGF-I基因在海南群体中可能是相当保守的。3.由于找不到卵形鲳鲹IGF-I基因与生长关联的基因型,本研究克隆了 GF-I基因的上游序列的调控元件进行分析。通过染色体步移法克隆得到卵形鲳鲹IGF-I基因启动子序列为1195bp,并分别与加州鲈、斑马鱼、羊IGF-I启动子序列进行BLAST对比,两者的相似性分别为90%、86%、88%。采用软件对卵形鲳鲹IGF-I基因启动子序列潜在的转录因子的结合位点进行分析,序列预测分析表明,该启动子存在9个潜在的转录因子结合位点,(SP1、HNF-3、STST5b、ER、GR、ARP-1、GR、ER、C/EBP等),为进一步揭示卵形鲳鲹IGF-I基因的调控机制奠定了基础。
【学位授予单位】:海南大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2016
【分类号】:S917.4

【参考文献】
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