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《广西大学》 2007年
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白氏文昌鱼BAC测序与比较基因组学分析

王志强  
【摘要】: 文昌鱼是现存与脊椎动物最接近的活化石,其形态和发育过程与脊椎动物的共祖十分接近。为了进一步了解文昌鱼基因组序列信息,我们从一个白氏文昌鱼的细菌人工染色体(BAC)克隆开始,使用鸟枪法测序策略成功构建了白氏文昌鱼一个BAC的亚克隆文库。经检验合格后对该亚克隆文库进行了大规模测序。共测得1984条reads,其中亚克隆reads有1885条,finish reads 99条,平均达到该BAC的8.15倍覆盖。最终得到了拼接精度为99.53%,长度为118Kb的BAC序列(未公开)。 在此基础上对此BAC序列进行了比较基因组学分析,其基因组组成中有腺嘌呤29.91%,胞嘧啶20.56%,胸腺嘧啶29.32%和鸟嘌呤20.20%,总的嘌呤碱含量为50.11%,GC含量为40.76%。序列中含有1.35%的重复序列,未发现有短散布核元件。同时还发现了一个631bp的回文序列。经同源比对,在核酸水平上未发现有与此BAC序列高度同源的大片段,但发现多处小的同源序列。在此BAC中发现可能存在18个基因,其中13个可以通过同源比对确定其所属类群。这些基因平均有6.94个外显子,5.94个内含子。本研究测序完成的长度超过110Kb的白氏文昌鱼基因组连续序列约占白氏文昌鱼基因组0.02%,这将为人们进一步了解文昌鱼的基因结构提供了一些信息,为认识基因组进化历程奠定了基础。
【学位授予单位】:广西大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2007
【分类号】:Q953

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【参考文献】
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1 王义权,许群山,彭宣宪,周涵韬;通过Cyt b基因同源序列比较评估厦门文昌鱼的分类学地位[J];动物学报;2004年02期
2 曹玉萍,闫路娜,谢松,刘震;昌黎海区文昌鱼初步调查[J];动物学杂志;2001年03期
3 王义权;方少华;;文昌鱼分类学研究及展望[J];动物学研究;2005年06期
4 王磊;宿红艳;冯培勇;张士璀;;文昌鱼与比较基因组学和分子发育生物学[J];海洋湖沼通报;2005年04期
5 张士璀,袁金铎,李红岩;文昌鱼──研究脊椎动物起源和进化的模式动物[J];生命科学;2001年05期
6 聂强;周清华;朱文;刘伦旭;付军科;李定彪;李印;车国卫;;nm23-H1通过下调PKC信号通路抑制肺癌细胞侵袭[J];中华肿瘤杂志;2006年05期
【共引文献】
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1 牟洪善;王琨;李金萍;;海洋珍稀物种文昌鱼及其影响因素和保护措施研究[J];安徽农业科学;2009年07期
2 秦新民;钱芳;曾振华;;红斑大壁虎与黑斑大壁虎细胞色素b基因序列差异与分化[J];安徽农业科学;2009年14期
3 张燕君,陈忠科,任前升,张红卫;文昌鱼神经胚cDNA文库的构建和hedgehog基因的筛选[J];动物学报;2001年S1期
4 庞秋香,张士璀,王长法,王昌留,张永忠;雌雄文昌鱼同工酶的表型差异[J];动物学报;2004年01期
5 王义权,许群山,彭宣宪,周涵韬;通过Cyt b基因同源序列比较评估厦门文昌鱼的分类学地位[J];动物学报;2004年02期
6 祁得林;郭松长;赵新全;;青藏高原裸裂尻属鱼类两个疑难种的分子系统学[J];动物学报;2006年06期
7 孙毅;张秋金;王义权;;文昌鱼胚胎的程序化冷冻保存[J];动物学报;2007年03期
8 刘晓慧;王秀;王义权;;文昌鱼性腺差减cDNA文库的构建[J];动物学报;2008年03期
9 祁得林;晁燕;郭松长;赵新全;;黄河裸裂尻鱼五种群mtDNA控制区的遗传结构[J];动物学报;2008年06期
10 祁得林;李太平;晁燕;杨成;;利用Cyt b基因序列探讨柴达木裸裂尻鱼的分类学地位[J];动物学杂志;2009年04期
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1 黄瑛;王晓梅;张彬;李继龙;;我国文昌鱼资源现状及其保护[A];中国工程院第77场工程科技论坛·2008水产科技论坛——渔业现代化与可持续发展论文集[C];2008年
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1 肖永双;西北太平洋五种海洋鱼类的分子系统地理学研究[D];中国海洋大学;2010年
2 王韶辉;文昌鱼类脊椎动物甲状腺—肝轴的证明[D];中国海洋大学;2010年
3 刘明英;文昌鱼(Branchiostoma japonicum)Plgl和IGF基因的表达和功能[D];中国海洋大学;2010年
4 卞晓东;鱼卵、仔稚鱼形态生态学基础研究[D];中国海洋大学;2010年
5 王源;肝脏特异性基因在文昌鱼中的鉴定及表达:肝脏和急相反应起源探索[D];中国海洋大学;2011年
6 冀世奇;海洋微生物高通量培养和分选技术的建立及应用[D];中国海洋大学;2011年
7 王昌留;青岛文昌鱼染色体的核型及带型研究[D];中国海洋大学;2003年
8 刘梅;文昌鱼分子生物学:AmphiSRP19、AmphiLysC与AmphiS19基因克隆、表达和进化研究[D];中国海洋大学;2004年
9 谭训刚;鱼类肌肉发育及成肌因子的进化[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2003年
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2 房振华;二种文昌鱼的同工酶与性腺发育比较及白氏文昌鱼的染色体研究[D];福建师范大学;2010年
3 曹慧慧;青岛文昌鱼Sox1/2/3-like基因的扩增与表达研究[D];鲁东大学;2011年
4 梅晓霞;早期脊索动物原生殖细胞迁移模型初步研究:白氏文昌鱼Vasa和Nanos基因表达模式[D];南京大学;2011年
5 高雪;NDPK-A及其Cys突变体对A549细胞增殖、周期及凋亡的影响[D];暨南大学;2011年
6 赵玮;nm23基因多态性与子宫内膜异位症发病风险的关联研究[D];河北医科大学;2011年
7 张健;文昌鱼假定蛋白功能注释及数据库构建[D];山东理工大学;2011年
8 王怀石;香烟烟雾提取物诱导肺腺癌细胞侵袭增强与nm23-H1基因表达的相关研究[D];中南大学;2011年
9 毕佳;青岛文昌鱼AmphiHSP 90基因克隆、组织表达及其免疫作用初步研究[D];山东大学;2011年
10 潘爱秀;文昌鱼α_2M和fndc3a基因的鉴定和功能初探[D];中国海洋大学;2011年
【二级参考文献】
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1 金德祥,郭仁强;厦门的文昌鱼[J];动物学报;1953年01期
2 张玺;偏文昌鱼属(Asymmetron)在中国海的发现和厦门文昌鱼的地理分布[J];动物学报;1962年04期
3 王义权,周开亚,徐珞珊,杨光,徐国钧;几种游蛇的Cyt b基因片段序列分析及其演化关系(英文)[J];动物学报;1999年03期
4 周继亮,张亚平,黄美华,陈永久,陈小青,姚耿东;蝮亚科蛇线粒体细胞色素b基因序列分析及其系统发育[J];动物学报;2001年04期
5 曹祥荣,束峰珏,张锡然,毕春明,李朝军,胡均,方笺阳;毛冠鹿与3种麂属动物的线粒体细胞色素b的系统进化分析[J];动物学报;2002年01期
6 曹丽荣,王小明,方盛国;从细胞色素b基因全序列差异分析岩羊和矮岩羊的系统进化关系[J];动物学报;2003年02期
7 周材权,周开亚,胡锦矗;从线粒体细胞色素b基因探讨矮岩羊物种地位的有效性[J];动物学报;2003年05期
8 王义权,许群山,彭宣宪,周涵韬;通过Cyt b基因同源序列比较评估厦门文昌鱼的分类学地位[J];动物学报;2004年02期
9 方永强;文昌鱼生态习性及其资源的保护[J];动物学杂志;1987年02期
10 曹玉萍,闫路娜,谢松,刘震;昌黎海区文昌鱼初步调查[J];动物学杂志;2001年03期
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1 顾志良,张勇,朱大海,李辉;鸡基因组研究进展[J];生物化学与生物物理进展;2002年03期
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3 杨坤;;进化基因组学[J];生物学通报;2006年12期
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5 薛宇;刘丹;符传孩;窦震;周庆;姚雪彪;;哺乳动物驱动蛋白的计算基因组学分析与鉴定[J];科学通报;2006年14期
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7 王磊;宿红艳;冯培勇;张士璀;;文昌鱼与比较基因组学和分子发育生物学[J];海洋湖沼通报;2005年04期
8 杜耀华;王正志;;转录因子结合位点的计算预测方法研究进展[J];生命科学研究;2006年S1期
9 张志敏,熊国梅,王慧娟,刘中来;简单重复序列的筛选与应用[J];生命的化学;2004年03期
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10 本报特约撰稿人 李健冯幸福;跨国巨头抢占生物产业制高点[N];医药经济报;2007年
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1 周冬生;鼠疫耶尔森氏菌比较和进化基因组学研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2004年
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3 戴二黑;鼠疫耶尔森氏菌基因分型与适应性微进化研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2005年
4 徐卓菲;胸膜肺炎放线杆菌和猪瘟病毒的基因组测序与比较基因组学研究[D];华中农业大学;2008年
5 王效义;鼠疫耶尔森氏菌与假结核耶尔森氏菌比较基因组学研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2005年
6 汪莉;耶尔森氏菌91001株基因组测序、比较基因组学及Ⅲ型分泌系统研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2005年
7 严建兵;玉米杂种优势遗传基础及玉米与水稻比较基因组研究[D];华中农业大学;2003年
8 高双成;四倍体小麦“Langdon”低分子量谷蛋白Glu-3位点的BAC序列分析[D];四川农业大学;2006年
9 张晓雯;蓝藻信号转导系统的比较基因组学分析及重要基因功能的验证[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2008年
10 刘贵明;苏云金芽孢杆菌YBT-1520全基因组测序和比较基因组学研究[D];浙江大学;2008年
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1 刘娜;比较基因组学平台的设计与构建[D];南方医科大学;2010年
2 张峰;利用SeqAs进行拟南芥和水稻部分功能基因的比较分析[D];扬州大学;2004年
3 韩海红;副溶血性弧菌全基因组DNA芯片和比较基因组学研究[D];中国疾病预防控制中心;2009年
4 林蓓蓓;甘蓝型油菜及其亲本物种BAN基因家族的克隆与比较基因组学分析[D];西南大学;2007年
5 黄华磊;甘蓝型油菜及其亲本物种TT12基因家族的克隆与比较基因组学研究[D];西南大学;2007年
6 何湘;炭疽杆菌A16与A16R比较基因组学研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2004年
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8 师红雯;白纹佛蝗和暗褐蝈螽线粒体基因组序列测定与分析[D];陕西师范大学;2008年
9 单伟伟;青枯菌小种4号菌株SD54的比较基因组学及其寄主特异性研究[D];山东师范大学;2014年
10 李雪华;玉米通用耐旱QTL的发掘与验证[D];新疆农业大学;2005年
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