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《广西医科大学》 2005年
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广西HIV-1重组流行株基因变异的研究和快速基因分型方法的建立

罗皓  
【摘要】:目的:(1)研究广西 HIV-1 重组流行株亚型 env 基因 V3-V4 区及其临近区域的基因变异和其与生物表型之间的关系。(2)建立一种快速基因分型方法,对广西 HIV-1 重组流行株进行亚型鉴定。方法:(1)应用 nest-PCR 对 50 份来自广西主要流行区的 HIV-1 毒株 env 和 gag 基因区进行扩增后,使用 ABI 310型测序仪测序,然后应用 CLUSTAL、MEGA 和 dnatools 等生物学软件对 env基因区 V3-V4 区及其临近区域进行系统树和氨基酸分析。(2)从 50 份 HIV阳性样品中提取核酸,使用 HIV-1 M 组通用引物对 env 和 gag 基因区进行第一轮扩增,第二轮使用分别检测 C、CRF01-AE 亚型的二套特异性引物放入同一反应管中进行扩增,根据不同亚型扩增的目的条带位置不同来判断亚型;另外对 gag 基因区设计了一套引物,专用于检测 B′/C;同时使用通用的内侧引物进行扩增,以验证特异性引物是否正确,扩增出的所有样品均进行基因测序和系统树分析以验证结果。结果:(1)从 50 份毒株中获得 46 份基因序列,3 份为 CRF08-BC(6.52%),43 份为 CRF01-AE(93.48%);系统树分析显示,3 份 CRF08-BC 中 2 份与 CRF08-BC.98CN006 和 CRF08-BC.97CNGX6f靠近,还有 1 份样品则接近 C.95IN21068;43 份 CRF01-AE 重组毒株中 41 份与分离于广西地区的 CRF01-AE.97CNGX2f 和泰国代表毒株 THCM240 接近,另外 2 份与 90CF402 聚成一簇;24 份毒株 env V3-V4 区核苷酸序列分析显示,广西的样本与分离于该地区的代表毒株基因距离较小,CRF08-BC 和CRF01-AE 重组毒株的氨基酸替换主要发生在 C3 和 V4 区,而 V3 区氨基酸序列相对保守;46 份毒株 V3 区及临近基因区氨基酸序列分析显示,CRF08-BC毒株 V3 顶端四肽为 GPGQ,而 CRF01-AE 毒株则存在着 7 种类型:GPGQ
【学位授予单位】:广西医科大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:R346

【引证文献】
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【共引文献】
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【同被引文献】
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