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《四川大学》 2002年
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国产葱属粗根组植物分子系统学研究

倪念春  
【摘要】: 粗根组(Sect.Bromatorrhiza Ekberg)隶属于广义百合科(Liliaceae s.J.)葱属(Allium L.),有10种3变种,为东亚特有。全部种类集中分布于我国西南部,主产横断山区。仅4个种的分布区扩大到与我国西藏和云南比邻的周边国家。本文研究了该组8种1变种,包含该组所有染色体基数类型,材料来自四川、云南两地。 (1)首次对峨眉韭A.omeiense Z.Y.Zhu、灌县韭A.guanxianense J.M.Xu、木里韭A.hookeri Thwaites var.muliense Airy-Shaw、杯花韭A.cyathophorum Bur.Franch.、粗根韭A.fasciculatum Rendle、三柱韭A.trifurcatum(Wang et Tang)J.M.Xu的ITS基因进行了序列测定。另对Genebank中已有的宽叶韭A.hookeriThwaites、多星韭A.wallichii Kunth、大花韭A.macranthum Baker以及外类群韭A.tuberosum Rottl..ex Spreng.、山韭A.senescens L.的ITS基因进行了序列测定。各种类ITS基因长度为:峨眉韭679bp、灌县韭701bp、木里韭670bp、杯花韭612bp、粗根韭666bp、三柱韭666bp、宽叶韭680bp、多星韭649bp、大花韭666bp、韭644bp、山韭643bp。 (2)利用系统发育分析软件PAUP4.0β8和MEGA2.0对粗根组种类进行了分子系统树重建。采用邻接法(neighbor joining method)、非加权配对算术平均法(UPGMA)、最大简约法(most parsirnony method)、最小进化法(mininmm evolutionmethod)和最大似然法(maximum likelihood method),通过定义和不定义外类群,以及选择不同数量的外类群对所得的序列数据进行分析,重建了分子系统树。结果表明:①杯花韭应从粗根组中划出;②三柱韭应从粗根组中划出;③基数为11的粗根组种类为一单系群;④基数为10的粗根韭与基数为11的粗根组种类具有 密切的余缘关系;⑤基救为7的多呈韭与大花韭具有不同的进化途径,亲缘关系 较远:③粗地组成员的合理组成应为基数为11的种类,外加基数为10的粗恨韭 和基救为7的多丑韭与大花_Ik。 (3)对分析软件与分析方法进行了简单比较。 宽叶韭隶属于葱属粗根组,分布于四川、云南西北部和西臧东南部。生】y# 拔 1500叶000m的湿润山坡或林下。斯军兰卡、不丹和印度的北部也有分hi,在 我国南力‘的一些地区栽培作蔬菜食用。 本文应用随机扩增多态0*以RA Pm技术,对宽叶韭的11个居群进行了种内 分化研究。实验所得的 RAPD资料利用 RAPDistance package*4软件、MEGA 2刀软件、PAUP4.田 8软件,采用多种运算系数和构树方法进行聚类分析,得到 近乎完全相同的聚类结果,显示宽叶韭为一单系群,支持宽叶韭种的成立。彻汁 韭明显分为两大分支,这与宽叶韭的冬季倒茵和冬季不倒苗的两种生活习性亢全 一致,与宽叶韭的倍性和生境(海拔)密切相关。RAPD研究结果与细胞学研究、 植物化学研究和生物化学的研究结果基本一致,表明宽叶韭内的确存在着明显的 种内分化现象,而多倍化可能为宽叶韭进化的趋势。
【关键词】:葱属 粗根组 宽叶韭 种内分化 分子系统学 聚类树 ITS RAPD PAUP MEGA
【学位授予单位】:四川大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2002
【分类号】:Q949.7
【目录】:
  • 中文摘要5-7
  • 英文摘要7-9
  • 1 粗根组研究现状9-20
  • 1.1 细胞学研究简史10-11
  • 1.2 植物化学研究简史11-12
  • 1.3 孢粉学研究情况12-13
  • 1.4 种子表皮微形态学研究13-14
  • 1.5 分子系统学研究14-16
  • 1.6 本研究的目的及意义16-17
  • 参考文献17-20
  • 2 宽叶韭种内分化的随机扩增多态DNA分析20-33
  • 2.1 材料20
  • 2.2 方法20-24
  • 2.2.1 DNA提取20-22
  • 2.2.2 DNA扩增22-24
  • 2.2.3 电泳24
  • 2.3 数据处理24
  • 2.4 结果24-25
  • 2.4.1 电泳结果24-25
  • 2.4.2 数据分析结果25
  • 2.5 讨论25-32
  • 2.5.1 种内分化25-26
  • 2.5.2 宽叶韭生活型26
  • 2.5.3 倍性问题26
  • 2.5.4 宽叶韭进化趋势26-28
  • 2.5.5 宽叶韭与木里韭的关系28
  • 2.5.6 数据分析的一些问题28-32
  • 参考文献32-33
  • 3 粗根组分子系统学研究33-61
  • 3.1 材料33-34
  • 3.2 实验方法34-40
  • 3.2.1 植物总DNA的提取34
  • 3.2.2 植物总DNA的纯化34-35
  • 3.2.3 总DNA浓度的测定35
  • 3.2.4 nrDNA的PCR扩增35-36
  • 3.2.5 PCR产物纯化36-37
  • 3.2.6 核酸序列测定37-40
  • 3.3 数据处理40
  • 3.4 结果40-47
  • 3.4.1 电泳结果40
  • 3.4.2 ITS序列特点及分析结果40-47
  • 3.5 结果分析与讨论47-60
  • 3.5.1 杯花韭归属问题47-49
  • 3.5.2 三柱韭归属问题49-50
  • 3.5.3 染色体基数与基因聚类树的关系50-53
  • 3.5.4 外类群选取对结果的影响53-55
  • 3.5.5 分析软件与分析方法的选择问题55-58
  • 3.5.6 粗根组的划分58-59
  • 3.5.7 葱属欧亚种类的关系59-60
  • 参考文献60-61
  • 4 分子系统学研究进展综述61-96
  • 4.1 引言61-62
  • 4.2 实验方法的改进与提高62-64
  • 4.2.1 材料的保存方法62-63
  • 4.2.2 DNA制备63
  • 4.2.3 序列分析(sequencing)63
  • 4.2.4 PCR在分子系统学研究中的应用63-64
  • 4.3 常用的分子生物学方法64-70
  • 4.3.1 RFLP/PCR-RFLP65
  • 4.3.2 RAPD65-67
  • 4.3.3 AFLP67
  • 4.3.4 SSR67-68
  • 4.3.5 ISSR68
  • 4.3.6 SSCP68-69
  • 4.3.7 DNA CHIP69-70
  • 4.4 用于分子系统学研究的主要基因种类及其进化规律70-76
  • 4.4.1 叶绿体基因组70-73
  • 4.4.2 核基因组73-75
  • 4.4.3 线粒体基因组75-76
  • 4.5 分子系统学数据的处理与分析方法的发展76-93
  • 4.5.1 数据的获得76
  • 4.5.2 统计学处理76-79
  • 4.5.3 表征分析与系统发育分析79-80
  • 4.5.4 系统发育树的重建80-88
  • 4.5.5 常用分析软件88-93
  • 参考文献93-96
  • 致谢96

【引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 唐荣华;重楼属植物的组织培养和分子系统学研究[D];四川大学;2003年
2 于明惠;甜瓜种质资源多样性的RAPD研究[D];安徽农业大学;2007年
【参考文献】
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2 丁士友,张春林,顾红雅,陈章良;DNA水平上的植物系统学研究方法[J];西北植物学报;1996年02期
3 张英培;分子分类的若干问题[J];动物学研究;1994年01期
4 陈永久,张亚平;随机扩增多态DNA影响因素的研究[J];动物学研究;1997年02期
5 万海清,梁明山,许介眉;宽叶韭种内分化的同工酶及可溶性蛋白的研究[J];广西植物;1999年02期
6 何兴金,葛颂,许介眉,洪德元;中国葱属系统发育的PCR-RFLP分析[J];中国科学C辑:生命科学;2000年02期
7 图力古尔,张恕茗,王艳秋,聂小兰;葱属植物的花粉形态及其分类学意义[J];吉林农业大学学报;1995年01期
8 谭仲明,许介眉,赵炳祥;生态多样性对葱属植物中黄酮类化合物的影响[J];植物研究;1994年04期
9 张小亮,许介眉,谭仲明;宽叶韭及其近缘种不同居群的黄酮类化合物薄层层析研究[J];植物研究;1998年02期
10 江树业,陈启锋,方宣钧;水稻农垦58与农垦58s的RAPD和ISSR分析[J];农业生物技术学报;2000年01期
【共引文献】
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1 颜廷进,李群,李汝玉,谭振馨;RAPD技术在玉米品种纯度鉴定中的应用研究[J];山东农业科学;2003年01期
2 张晗;高永超;沙伟;李汝玉;戴双;;紫萼藓科植物DNA提取及遗传多样性的分析[J];山东农业科学;2006年01期
3 杜传印;王玉军;李斯深;李常保;刘洪祥;田纪春;;烟草AFLP银染分析体系的建立[J];山东农业科学;2007年05期
4 陈静;胡晓辉;苗华荣;张建成;禹山林;;花生SRAP-PCR技术体系的优化[J];山东农业科学;2008年05期
5 任海霞;宫志远;李瑾;任鹏飞;姚强;曲玲;;平菇RAPD-PCR反应体系优化研究[J];山东农业科学;2009年03期
6 马荣群;宋正旭;黄粤;岳文辉;;现代生物技术在大葱遗传研究中的应用进展[J];山东农业科学;2009年06期
7 漆燕;李双铃;袁美;王辉;任艳;石延茂;崔富华;李加纳;禹山林;;花生RGA-SSCP实验条件的优化[J];山东农业科学;2010年06期
8 葛方兰;周小奎;;紫茉莉不同花色植株遗传变异的ISSR分析[J];安徽大学学报(自然科学版);2009年03期
9 王宗宽;曹炜;夏强强;沈青;何福基;王正加;;白术不同居群亲缘关系RAPD分析[J];安徽林业科技;2011年01期
10 李占东;童存铭;蒋美俊;张韬;林英任;;针叶树生散斑壳属部分种内及近似种间的RAPD分析[J];安徽农学通报;2006年12期
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1 李娜;黄建昌;廖飞雄;;中小花型蝴蝶兰DNA的提取和RAPD反应体系的建立[A];中国观赏园艺研究进展2011[C];2011年
2 张路;张启翔;潘会堂;;灰岩皱叶报春引种与利用研究进展[A];中国观赏园艺研究进展2011[C];2011年
3 张林;成海钟;周玉珍;娄晓鸣;吕文涛;张文婧;;62个朱顶红品种ISSR遗传多样性分析[A];中国球根花卉研究进展2011[C];2011年
4 张敏;李俊;沈德龙;姜昕;李力;;应用DGGE法研究甘草内生细菌多样性[A];微生物与人类健康科技论坛论文汇编[C];2009年
5 王强;张茂君;;分子标记及其在苹果属植物研究上的应用[A];2003年全国作物遗传育种学术研讨会论文集[C];2003年
6 崔世友;;大豆分子标记研究的现状及展望——Ⅰ 遗传图谱的构建[A];’2003中国作物学会学术年会文集[C];2003年
7 张东辉;李伟峰;;生物技术在大豆育种上的应用[A];’2003中国作物学会学术年会文集[C];2003年
8 齐永文;张洪亮;张冬玲;王美兴;孙俊立;魏兴华;裘宗恩;汤圣祥;曹永生;王象坤;李自超;;中国水稻选育品种微卫星和形态遗传多样性分析[A];中国作物学会2005年学术年会论文集[C];2005年
9 刘传光;江奕君;毛兴学;高云;刘军;林青山;李晓芳;;水稻与玉米远缘杂交改良籼稻温敏两用核不育系的SSR分析[A];2005年全国作物遗传育种学术研讨会暨中国作物学会分子育种分会成立大会论文集(一)[C];2005年
10 李思锋;常朝阳;袁永明;;从形态演化和细胞地理学证据论七筋菇属的起源和散布[A];生命科学与生物技术:中国科协第三届青年学术年会论文集[C];1998年
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1 张成玲;烟草脉带花叶病毒、芜菁花叶病毒和马铃薯Y病毒的遗传结构分析[D];山东农业大学;2010年
2 于海洋;牙鲆微卫星标记的筛选和美洲牡蛎抗病相关基因SNP的初步分析[D];中国海洋大学;2010年
3 林辰壹;新疆葱属植物资源研究[D];新疆农业大学;2010年
4 秦伟;新疆野苹果繁育特性及种质资源亲缘关系研究[D];新疆农业大学;2010年
5 张彩英;小麦主要产量和品质性状的QTL鉴定及ZDS功能标记的开发[D];河北农业大学;2010年
6 刘成;多年生簇毛麦基因组新重复序列的分离及其在小麦抗病新种质鉴定中的应用[D];电子科技大学;2010年
7 徐兆华;基因芯片数据统合分析方法的若干拓展[D];浙江大学;2010年
8 石从广;油菜EMS诱变群体的构建以及油脂代谢相关基因等位多态性与油脂品质关系的研究[D];浙江大学;2010年
9 唐丽;湖南南天竹遗传多样性及园林利用评价体系研究[D];中南林业科技大学;2007年
10 郑维列;西藏色季拉山长鞭红景天种群生态学特性研究[D];中南林业科技大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 刘敏;基于SSR、ISSR和RAPD对大豆疫霉菌的遗传多样性研究[D];华中农业大学;2010年
2 李良;湖北省油茶优良单株遗传多样性及品质初步分析[D];华中农业大学;2010年
3 杨盖宇;近等基因系群体的Ghd7和Qph1上位性分析[D];华中农业大学;2010年
4 张庆路;利用重组自交系群体定位一般配合力相关性状QTL[D];华中农业大学;2010年
5 胡佳;鲟形目部分种类基于线粒体COⅠ基因的分子进化研究[D];华中农业大学;2010年
6 陈冲;烟粉虱生物型鉴定、抗药性监测、杀虫剂的配方筛选及其增效生化机理研究[D];华中农业大学;2010年
7 陈龚莉;不同居群栝楼分子遗传多样性及生物碱分析[D];华中农业大学;2010年
8 刁百灵;湖北省粗梗水蕨种群、群落结构研究与保护建议[D];华中农业大学;2010年
9 刘文程;瑞香狼毒(Stellera chamaejasme)的生物学研究[D];哈尔滨师范大学;2010年
10 陈慧娟;槲皮素-钼配合物的结构表征及生物活性研究[D];郑州大学;2010年
【同被引文献】
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1 刘珊珊,秦智伟;甜瓜种质资源分类方法发展状况[J];北方园艺;2000年04期
2 孟令波,褚向明,秦智伟,刘宏宇;关于甜瓜起源与分类的探讨[J];北方园艺;2001年04期
3 唐伯平,周开亚,宋大祥;核rDNA ITS区序列在无脊椎动物分子系统学研究中的应用[J];动物学杂志;2002年04期
4 于喜艳,何启伟,孔庆国;甜瓜育种研究进展及展望[J];长江蔬菜;2002年S1期
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6 陈永久,张亚平;随机扩增多态DNA影响因素的研究[J];动物学研究;1997年02期
7 张东晓,糠谷明;RAPD分析应用于厚皮甜瓜若干品种或品系间的比较[J];福建农业大学学报;2000年04期
8 姜自锋,林乃铨,徐梅;RAPD技术及其应用中的一些问题[J];福建农林大学学报(自然科学版);2002年03期
9 张仁兵,易克,许勇,寿森炎,刘立功,张海英,宫国义;用重组自交系构建西瓜分子遗传图谱[J];分子植物育种;2003年04期
10 张海英,许勇,王永健;葫芦科瓜类作物分子遗传图谱研究进展[J];分子植物育种;2004年04期
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1 金基石;薄皮甜瓜主要种质资源遗传多样性的研究[D];东北农业大学;2001年
2 刘万勃;RAPD和ISSR标记对甜瓜种质遗传多样性及杂种鉴定的研究[D];西南农业大学;2002年
3 巩雪梅;石榴品种资源遗传变异分子标记研究[D];安徽农业大学;2004年
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3 李强;四川重楼属植物资源显微鉴别及花粉育性研究[D];四川农业大学;2008年
4 宁慧;玉竹活性成分与品质分析[D];陕西理工学院;2010年
5 刘超;籽用南瓜种质资源遗传多样性研究[D];东北农业大学;2012年
6 辛本华;重楼属植物遗传多样性研究与品质评价分析[D];四川农业大学;2012年
7 王冬杰;美洲南瓜(Cucurbit pepo)WMV-2抗性遗传及分子标记研究[D];东北农业大学;2013年
【二级参考文献】
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4 郭小平,赵元明,刘毓侠;SSR技术及其在植物遗传育种中的应用[J];华北农学报;1998年03期
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7 图力古尔,包海鹰;长梗韭(Allium neriniflorum)的核型及其分类学意义[J];吉林农业大学学报;1992年02期
8 图力古尔,康学耕,张殿仁,邹天顺;东北葱属植物的研究[J];吉林农业大学学报;1993年04期
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10 陈洪,朱立煌,陈美玲,李冬梅;致病性念珠菌DNA的AFLP指纹图谱[J];科学通报;1996年10期
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6 谭仲明,许介眉,柴本立,景望春,朱世梅,薛培凤;黄酮类化合物在葱属分类中的意义[J];四川大学学报(自然科学版);1994年01期
7 孟祥栋,马红,张卫华;利用RAPD技术对葱属品种遗传关系的分析[J];生物多样性;1998年01期
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3 李佳;谭敦炎;;新疆葱属18种植物的叶表皮形态与分类的关系研究[A];西部地区第二届植物科学与开发学术讨论会论文摘要集[C];2001年
4 张静;李国庆;姜道宏;;湖北省葱属蔬菜上葡萄孢属真菌的类群分析[A];中国植物病理学会2008年学术年会论文集[C];2008年
5 谭敦炎;李佳;;新疆葱属18种植物种皮微形态及其分类学意义[A];西部地区第二届植物科学与开发学术讨论会论文摘要集[C];2001年
6 杨忠仁;郝丽珍;王萍;张凤兰;刘杰才;王六英;张进文;陈贵华;赵清岩;袁德正;;内蒙古葱属野菜的多样性及利用现状[A];全国蔬菜和薯类种质资源研究与利用研讨会论文集[C];2006年
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10 李晓丽;闫立英;冯志红;王小兰;李丁亮;;茖葱主要性状的初步研究[A];2008园艺学进展(第八辑)——中国园艺学会第八届青年学术讨论会暨现代园艺论坛论文集[C];2008年
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5 葛怡;春食鲜韭味最美[N];大众科技报;2002年
6 郭峰;山东人的口嗜——大蒜[N];中华合作时报;2002年
7 刘加莹;让不安全的蔬菜变安全[N];中华合作时报;2002年
8 霍增乾;对日出口大葱有“指导价”[N];农民日报;2005年
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中国硕士学位论文全文数据库 前6条
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4 许真;葱属蔬菜植物种质资源的形态学评价及离体培养技术研究[D];浙江大学;2007年
5 德力格尔;葱属与针茅属植物水分吸收研究[D];内蒙古大学;2009年
6 穆春华;大葱组织培养与种质亲缘关系分析[D];山东农业大学;2002年
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