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《重庆大学》 2005年
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肽的定量构效关系研究

梅虎  
【摘要】:从分子结构表征和定量构效关系(quantitative structure-activity relationship, QSAR)建模方法与技术这两个关键内容出发,对48 个苦味二肽、58 个血管收缩素转化酶抑制剂、31 个血管舒缓激肽促进剂、21 个后叶催产素、152 个HLA-A*0201限制性CTL表位和34个抗菌肽进行了定量构效关系研究以及建模方法与技术的比较研究。 分子结构表征是定量构效关系研究的一个关键环节。结构描述子能否反映分子与生物活性相关的结构信息,决定了定量构效关系研究的成败。文中提出的两种氨基酸结构描述子矢量VSTV 和VHSE 均来源于主成分特征提取的思路。其中VSTV(principal component score vector of structural and topological variables)来源于20 种天然氨基酸的25 种拓扑结构信息,并通过主成分分析而产生。由于VSTV 是基于氨基酸的结构和拓扑性质,因此具有计算方法简便,不依赖实验数据以及拓展性能好等优点。VHSE(principal component score vector of hydrophilicity, steric, and electronic properties)则是来源于20 种天然氨基酸的50 种物理化学性质,通过对其中18 个疏水性质,17 个立体性质和15 个电性性质分别进行主成分分析而产生。其中VHSE1、VHSE2代表氨基酸的疏水性特征;VHSE3、VHSE4代表氨基酸的立体特征;VHSE5~VHSE8则代表氨基酸的电性特征。与z 标度以及其它氨基酸描述子相比,VHSE 具有物化意义明确、信息量大和结果更易解释等特点。从上述的6个肽体系的构效关系研究结果看,VSTV 和VHSE 能较好地表征肽分子与生物活性相关的结构信息,并取得了与已有文献结果相当或更优的结果。 建模方法与技术是定量构效关系研究的一个重要内容。在进行定量构效关系研究的同时,详细地比较分析了多元线性回归(multiple linear regression, MLR)、主成分回归(principal component regression, PCR)、偏最小二乘回归(partial least squares, PLS)、人工神经网络(artificial neural network, ANN)和支持向量机(support vector machine, SVM)在线性或非线性体系的应用,其间包含了变量筛选和模型验证方法的研究和讨论。研究结果显示:经典的MLR 在满足相关条件的前提下,通常可以取得较好的结果。PCR 和PLS 可以较好地解决变量数较多且存在多重共线性的情况,并且在大多数情况下PLS 结果要优于PCR。当结构描述子与生物活性存在非线性的关系时,BP-ANN 是一种较好的选择。文中由于采用了验证集对过拟合现象进行了适当控制,使得BP-ANN 的预测能力有了较大幅度的提高。SVM 作为一种新的机器学习方法,在本文的构效关系研究中亦取得了较优的结果,尤其是SVM能较好的解决小样本、非线性、高维数和局部最小等实际问题,并且从原理上解
【学位授予单位】:重庆大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:Q51

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【引证文献】
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1 付先军;王鹏;王振国;;从中药“性-构关系”探索构建寒热药性成分要素表征体系的研究构想[J];世界科学技术(中医药现代化);2011年05期
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1 丰峰;苏满秀;袁哲明;;一种新的氨基酸描述子及其在抗菌肽QSAR中的应用[A];华中昆虫研究(第七卷)[C];2011年
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1 张艳萍;贻贝蛋白中ACE抑制肽的制备及其构效关系研究[D];浙江工商大学;2011年
2 谭泗桥;支持向量回归机的改进及其在植物保护中的应用[D];湖南农业大学;2008年
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1 李云飞;部分有机污染物及典型药物分子的构效关系研究[D];陕西科技大学;2011年
2 王天瑞;食品塑料包装材料中酯类添加剂迁移行为的研究[D];山西大学;2011年
3 陈婷;三维氨基酸描述子在肽类定量构效关系研究中的应用[D];山西大学;2011年
4 丰锋;多肽结构表征及其在抗菌肽定量序效关系中的应用[D];湖南农业大学;2011年
5 王春娟;数据挖掘在分子系统发生与定量构效关系建模中的应用[D];湖南农业大学;2008年
6 车挺;新型氨基酸描述子及其在肽QSAR中的应用[D];陕西科技大学;2012年
【共引文献】
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1 方国桢,方梅,汪敬;化学计量学在原子发射光谱分析元素形态中的应用[J];四川有色金属;1999年01期
2 谢涛,蒋泽中;边坡系统稳定性多模型综合评价[J];四川建筑科学研究;2004年02期
3 孙全玲;基于粗集和神经网络的建模方法研究[J];安徽建筑工业学院学报(自然科学版);2005年02期
4 孙虹;方敏;;基于Rough集和RBF网络的车牌字符识别方法[J];安徽建筑工业学院学报(自然科学版);2006年04期
5 孙虹;;粗糙集神经网络系统在车牌字符识别中的研究[J];安徽建筑工业学院学报(自然科学版);2007年04期
6 孙虹;龚雪;;一种基于Rough集和RBF网络的模拟电路故障诊断方法[J];安徽建筑工业学院学报(自然科学版);2012年03期
7 胡凤莲;刘宏;;安康市烟草病害预测系统研究[J];安徽农学通报(上半月刊);2012年03期
8 方惠敏;张守涛;丁文珂;;基于BP神经网络的玉米区试产量预测研究[J];安徽农业科学;2007年34期
9 陈绘画;朱寿燕;周泽华;;基于遗传神经网络混合模型预测马尾松毛虫发生量的研究[J];安徽农业科学;2009年12期
10 项云飞;陈绘画;张建薇;;马尾松毛虫危害程度分级预报的研究[J];安徽农业科学;2009年17期
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1 仉宝玉;陈义俊;;前馈神经网络快速学习算法及应用[A];'2003系统仿真技术及其应用学术交流会论文集[C];2003年
2 杨善彬;杨青林;梁桂兆;潘元;李雷光;;3D-HoVAIF用于环己烯类神经氨酸酶抑制剂的QSAR研究[A];2011年中国药学大会暨第11届中国药师周论文集[C];2011年
3 潘勇;蒋军成;;人工神经网络方法在脂肪醇闪点预测中的应用[A];第十四届海峡两岸及香港、澳门地区职业安全健康学术研讨会暨中国职业安全健康协会2006年学术年会论文集[C];2006年
4 李石华;金宝轩;;基于Matlab的自组织神经网络在地形复杂区遥感图像分类中的应用研究[A];第二届“测绘科学前沿技术论坛”论文精选[C];2010年
5 颜伏伍;王洪建;田韶鹏;袁智军;;BP神经网络在发动机万有特性中的应用[A];湖北省内燃机学会2009年学术年会论文集[C];2009年
6 雷元新;李本强;周绍缨;冼伟华;;混凝土配合比设计及性能预测软件的开发[A];第九届建筑业企业信息化应用发展研讨会论文集[C];2005年
7 申培鲁;高安春;李秉雯;;MM5中尺度预报模式利用不同初始场模拟黄淮气旋结果的集成[A];山东气象学会2005年学术交流会优秀论文集[C];2005年
8 王桂凤;李凤乾;肖飞;王兆钧;;BP神经网络在输油管道泄漏检测中的应用研究[A];中国石油石化数字管道信息化建设论坛暨燃气管网安全、经济、运营技术交流研讨会论文集[C];2009年
9 张磊;张胜;朱琳;;海军作战兵力行为仿真研究[A];2009系统仿真技术及其应用学术会议论文集[C];2009年
10 张蕊;向永光;;神经元网络在唐钢热轧1700生产线参数优化中的应用[A];全国冶金自动化信息网2010年年会论文集[C];2010年
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1 冯麟涵;舰船系统抗冲击性能全局优化方法研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
2 包鑫;稳健回归技术及其在光谱分析中的应用[D];浙江大学;2010年
3 张寿明;基于冶炼过程及终点判断技术的烟化炉智能控制系统研究[D];昆明理工大学;2009年
4 车勇;轮胎噪声的预测方法与试验研究及优化设计[D];武汉理工大学;2010年
5 程敬丽;源自内生真菌的倍半萜类新颖高效抑菌化合物的衍生合成与生物活性研究[D];浙江大学;2010年
6 迟雷;基于过程控制优化的重组大肠杆菌高密度发酵研究[D];西北大学;2011年
7 王文华;吉林省西部地区盐渍土水分迁移及冻胀特性研究[D];吉林大学;2011年
8 夏萍;灾害应急物流中基于需求分析的应急物资分配问题研究[D];北京交通大学;2010年
9 雷蓓蕾;定量结构活性关系及分子模拟方法在药物设计中的应用研究[D];兰州大学;2011年
10 吴士锋;西北民族地区不同生活方式对环境影响的时空比较研究[D];兰州大学;2011年
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1 王浩锋;基于BP神经网络的航段安全评估研究[D];中国工程物理研究院;2010年
2 代宏伟;布里渊散射水下探测目标的自动识别[D];南昌航空大学;2010年
3 滕景忠;智能瓦斯传感器的研制[D];山东科技大学;2010年
4 陈少华;基于Hopfield神经网络控制系统的研究[D];山东科技大学;2010年
5 徐小任;基于BP神经网络的城镇网络地价评估模型研究[D];广西师范学院;2010年
6 范不井;某地区电网短期负荷预测研究[D];郑州大学;2010年
7 陶丘博;化学计量学在多组分分析同时测定中的应用[D];郑州大学;2010年
8 阎明;蒸汽发生器故障预报方法研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
9 高利坤;感知器算法和BP算法的性能对比分析[D];大连理工大学;2010年
10 邓旭华;基于小波分析和BP神经网络的结构损伤识别方法研究[D];长沙理工大学;2010年
【同被引文献】
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1 蔡煜东,许伟杰;自组织人工神经网络在棉花烂铃病流行趋势预报中的应用[J];安徽农业科学;1994年01期
2 王杰,檀根甲,胡易冰,刘明芳;基于神经网络的稻白叶枯病中期预警[J];安徽农业大学学报;2002年01期
3 赵丽;王明仕;刘征涛;冯流;孔志明;;酚类化合物对小白鼠脾脏细胞DNA毒性的构效相关研究[J];安全与环境学报;2006年05期
4 高彦宇,杨扬,陈飞;基于融合特征和LS-SVM的脱机手写体汉字识别[J];北京科技大学学报;2005年04期
5 柳回春,马树元,吴平东,杨峰,曾兴生,毕路拯;UK心理测试自动分析系统的手写体数字识别[J];北京理工大学学报;2002年05期
6 林清枝,吴义熔;吉布斯自由能判据本质的揭示[J];北京师范大学学报(自然科学版);1999年02期
7 王志伟,孙彬青,刘志刚;包装材料化学物迁移研究[J];包装工程;2004年05期
8 朱勇;王志伟;;食品包装用PVC膜增塑剂迁移的研究[J];包装工程;2006年01期
9 刘志刚;胡长鹰;王志伟;;3种聚烯烃抗氧剂迁移的试验分析及数值模拟[J];包装工程;2007年01期
10 王正林;刘志刚;胡长鹰;王志伟;;聚烯烃抗氧剂1076和168在食用油中的迁移研究[J];包装工程;2007年06期
中国博士学位论文全文数据库 前8条
1 黎观红;食物蛋白源血管紧张素转化酶抑制肽的研究[D];江南大学;2005年
2 马儒宁;神经网络与支持向量机相关问题研究[D];复旦大学;2005年
3 丁光辉;PLS和GA应用于部分有机污染物的QSAR研究[D];大连理工大学;2006年
4 曾绍华;支持向量回归机算法理论研究与应用[D];重庆大学;2006年
5 任东;基于支持向量机的植物病害识别研究[D];吉林大学;2007年
6 袁晓晴;癞葡萄降血糖肽的制备及其降糖机理研究[D];江南大学;2007年
7 舒茂;新型氨基酸结构表征方法及其在定量构效关系中应用研究[D];重庆大学;2009年
8 王伟;可控酶解蚕蛹蛋白制备血管紧张素转换酶抑制肽及其构效关系的研究[D];浙江大学;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 马明华;厚壳贻贝多糖活性成分研究[D];第二军医大学;2004年
2 姚滢;东海厚壳贻贝多糖的分离提纯和免疫学活性研究[D];第二军医大学;2005年
3 林莉;化学计量学新算法在药物体系中的定量构效关系研究[D];湖南大学;2005年
4 郭恺;人脸识别中基于核的方法的研究[D];山东大学;2006年
5 李苹苹;贻贝生物活性的研究[D];江南大学;2006年
6 孙彬青;食品包装材料中化合物的迁移分析[D];江南大学;2006年
7 粟浩然;基于改进的QUARTET方法的系统发生分析研究与实现[D];东北师范大学;2007年
8 张婷;定量结构性质关系研究及量子化学在其中的应用[D];中南大学;2007年
9 励炯;厚壳贻贝的营养指标评价及其抗炎机理探究[D];浙江大学;2007年
10 李美红;微波作用下塑料包装材料中化学物迁移动力学研究[D];暨南大学;2008年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 陶丽;陆茵;王爱云;陈文星;;试论组分中药的药性配伍[J];中草药;2012年11期
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1 高佳;基于支持向量机的地下矿泉水质预测研究[D];山东师范大学;2010年
2 朱钦平;基因表达谱数据特征选择算法研究[D];江苏科技大学;2011年
3 向科军;基于支持向量机的化学农药QSAR建模[D];湖南农业大学;2011年
【相似文献】
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1 周光文;袁晓峰;;大坝安全监测统计模型的比较与选择[J];南昌大学学报(理科版);2007年06期
2 陶斐斐;王伟;李永玉;彭彦昆;吴建虎;单佳佳;张雷蕾;;冷却猪肉表面菌落总数的快速无损检测方法研究[J];光谱学与光谱分析;2010年12期
3 周光文;袁晓峰;;大坝安全监测统计模型的比较与选择[J];江西测绘;2007年01期
4 谢小韦;;浅析多元线性回归中多重共线性问题的三种解决方法[J];科技信息;2009年28期
5 覃新闻;李智录;李波;;基于偏最小二乘回归的融雪型洪水预报模型[J];水文;2006年05期
6 和燕;主成分回归与偏最小二乘回归方法比较[J];成都电子机械高等专科学校学报;2003年04期
7 何桢,王文佳;确定顾客满意度重要影响因素的方法[J];天津大学学报(社会科学版);2004年03期
8 张小海;金家善;耿俊豹;陈国卫;孙林凯;张军;;用DEA优化主成分回归的寿命周期费用建模[J];海军工程大学学报;2011年01期
9 李清翠;张振华;姚付启;;烟台地区水面蒸发BP神经网络模型研究[J];灌溉排水学报;2008年04期
10 仝建波;刘淑玲;来水利;杜经武;尤艳雪;;一种新三维氨基酸描述子SVTD及在肽QSAR的应用[J];分析科学学报;2008年05期
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1 冯丽萍;郭正元;梁菁;周井刚;;几种QSAR建模方法的研究进展与应用[A];第二届全国农业环境科学学术研讨会论文集[C];2007年
2 秦文灵;邱静;肖尚友;;美替拉酮类似物的QSAR研究[A];中国化学会第十五届全国有机分析及生物分析学术研讨会论文集[C];2009年
3 陈式龙;;我国出口贸易偏最小二乘回归的实证分析[A];“珠江三角洲经济发展与流通现代化”大型理论研讨会论文集[C];2005年
4 杨善彬;杨青林;梁桂兆;潘元;李雷光;;3D-HoVAIF用于环己烯类神经氨酸酶抑制剂的QSAR研究[A];2011年中国药学大会暨第11届中国药师周论文集[C];2011年
5 吴从元;王俊;韦真博;王永维;叶盛;;电子舌预测纯牛奶表观粘度[A];纪念中国农业工程学会成立30周年暨中国农业工程学会2009年学术年会(CSAE 2009)论文集[C];2009年
6 程凡圣;陈志涛;庞媛;孙林;晏益;;血管舒缓激肽促进剂的QSAR研究[A];中国化学会第十五届全国有机分析及生物分析学术研讨会论文集[C];2009年
7 王新灵;董玉秀;;定量构效关系数据统计方法概述[A];2010年中国药学大会暨第十届中国药师周论文集[C];2010年
8 俞慧强;戈早川;周彤;;主成分回归在分光光度法同时检测多种物质中的应用[A];面向21世纪的科技进步与社会经济发展(下册)[C];1999年
9 刘磊;穆云松;张爱茜;;新型血管内皮生长因子受体抑制剂的定量构效关系[A];持久性有机污染物论坛2010暨第五届持久性有机污染物全国学术研讨会论文集[C];2010年
10 王仁雷;林衍;马曦;;基于PLS回归的城市生活垃圾产量预测[A];2005中国可持续发展论坛——中国可持续发展研究会2005年学术年会论文集(下册)[C];2005年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 记者 王淑军;我国抗艾滋病药物研制取得重大突破[N];人民日报;2005年
2 记者 何建昆;应用生物科技阻断乙肝蔓延[N];科技日报;2005年
3 ;佛山南海朗肽生物制药产业基地通过GMP认证[N];医药经济报;2004年
4 韦斯;我国首创的第四代抗艾药进入临床试验阶段[N];医药经济报;2005年
5 黎彬;林乾;阿尔茨海默病的新免疫疗法[N];中国医药报;2004年
6 刘国信;大豆肽 开发前景广阔的食品原料[N];中国国门时报;2004年
7 ;我国自主研制抗HIV新药进入临床试验[N];中国高新技术产业导报;2005年
8 何瑞兰;警惕:非法传销死灰复燃[N];新疆日报;2004年
9 建影;抗艾滋病药物进入临床试验[N];保健时报;2005年
10 实习生 江彦 记者 于莘明;我自主研制抗HIV新药进入临床试验[N];科技日报;2005年
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1 梅虎;肽的定量构效关系研究[D];重庆大学;2005年
2 戴益民;原子平衡电负性在分子设计与分子模拟中的应用研究[D];中南大学;2012年
3 殷弘;Kriging方法在定量的分子结构与分子化学属性之间关系的建模研究[D];武汉大学;2005年
4 周原;药物取代基参数的构建及应用[D];重庆大学;2006年
5 舒茂;新型氨基酸结构表征方法及其在定量构效关系中应用研究[D];重庆大学;2009年
6 江辰;手性领域的定量构效关系研究[D];中国科学技术大学;2006年
7 梁桂兆;生物序列表征体系构建及结构与功能关系研究[D];重庆大学;2007年
8 杨善彬;基于三维原子场全息作用矢量(3D-HoVAIF)的药物定量构效关系(QSAR)研究[D];重庆大学;2008年
9 于海燕;黄酒品质和酒龄的近红外光谱分析方法研究[D];浙江大学;2007年
10 田菲菲;肽结构表征及统计建模方法学研究与应用[D];重庆大学;2011年
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1 张翼飞;甲状腺激素受体配体结合力的定量构效关系研究[D];大连理工大学;2011年
2 王如义;多元线性回归中复共线问题及偏最小二乘回归分析[D];西南交通大学;2004年
3 车挺;新型氨基酸描述子及其在肽QSAR中的应用[D];陕西科技大学;2012年
4 张凤莲;多元线性回归中多重共线性问题的解决办法探讨[D];华南理工大学;2010年
5 罗兰;基于近红外光谱分析的无创血药浓度检测研究[D];重庆大学;2007年
6 王文佳;呼叫中心的顾客满意度研究[D];天津大学;2004年
7 陈苏超;结合偏最小二乘回归的复杂疾病基因定位全基因组关联分析[D];浙江大学;2010年
8 黄舜;配电网中谐波源定位与检测方法研究[D];华北电力大学(北京);2006年
9 薛娟;农村电网中长期负荷预测方法的研究[D];中国农业大学;2005年
10 王晓涛;西安市SO_2污染预报的动力学统计模型研究[D];西安建筑科技大学;2006年
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