收藏本站
《西南农业大学》 2004年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

S-受体激酶信号传导元件THL2和MOD编码基因的克隆测序及生物信息学初探

王茂广  
【摘要】: 在孢子体型自交不亲和的芸薹属中,已经鉴定出3个主要与S位点紧密连锁的基因,花粉中的配体SCR和柱头中的受体SLG与SRK:另外鉴定出4个不与S位点连锁的基因ARC1、THL1、THL2和MOD,它们被认为是SI反应的下游蛋白质因子,但是对它们的生物学功能了解的还比较少。自交不亲和反应是一种配体和受体相互识别的信号传导过程,在这一过程中,对配体和受体的研究已经取得突破性成果,而对下游的磷酸化蛋白研究相对上游受体来说要缓慢得多,所以对信号传导的下游组分研究显得尤为重要,特別是下游还有许多未分离到的组分,而分离到的组分其功能还不清楚。 本研究以西南农业大学繁育的高度自交不亲和的‘西园4号’甘蓝和‘2001817’油菜为试材,采用生物信息学的方法全面研究和探索性的分析了THL2基因和MOD基因的DNA与cDNA序列,首次从序列数据出发研究这两个编码基因的结构与遗传变异,以及在自交不亲和性信号转导中的作用机理.主要工作和结果如下: 1.THL2基因的克隆与序列分析 提取甘蓝和油菜的基因组DNA和柱头总RNA,采用PCR和RT-PCR技术扩增THL2 DNA和cDNA,对目的带进行回收,克隆并测序。序列分析表明,油菜中THL2 DNA长为888 bp,cDNA为524 bp:甘蓝中THL2 DNA长为879 bp,cDNA为516 bp,在THL2 DNA中首次发现了2个内含子。比较甘蓝和油菜的THL2 DNA,发现在编码区有4处碱基不同,其中有3个碱基的突变造成了氨基酸的变化。用MegAlign程序分析表明油菜与甘蓝中THL2在核苷酸水平上的同源性为96%。氨基酸水平上的同源性分析表明甘蓝THL2与油菜THL2和拟南芥中硫氧还蛋白TRX4同源性较高。分别达到97%和86%,进化分析也表明THL2和TRX4具有较高的亲缘关系。预测的THL2蛋白质高级结构中有一个βαβ结构,并且其与SRK结合的活性位点CPPC位于蛋白质的表面,这为THL2蛋白与SRK激酶结合提供了空间上的基础。 2.MOD基因的克隆与序列分析 以甘蓝和油菜的基因组DNA和柱头总RNA为模板,采用PCR和RT-PCR技术扩增MOD DNA和cDNA,电泳后对目的带进行回收、秃隆、两端验证,测序获得其DNA和cDNA序列。测序 西南农业人学硕士学位论文 结果表明,人介gD DXA大小为1378 bp,相对于eDNA 853 bp来说多了525 bp,在DNA中首 次发现了3个内含子,大小分别为315 bp,123 bp和87 bp。 对甘蓝和油菜的五少口刀cDNA序列进行比较发现,它们之间有31处碱基差异,只有1处 造成了氨基酸的变异。利用常见的限制性内切酶酶切分析表明,二者有不同的酶切位点和切 点数。氨基酸水平上的同源性分析表明,MOD蛋白与拟南芥中的水孔蛋白PIPlb、PIPI.1、 PIPI.3、},JP一4、PIPI.5的同源性最高,分别达到9叽、9践、9钱、9钱、91%,而与拟南 芥中液泡膜上的水孔蛋白TIPZ.l的同源性只有3踢,进化分析也得到了同样的结果。 利用在线蛋白质活性位点预侧分析程序Sca即rosite,首次在MOD蛋白中发现了多种 磷酸化位点,包括c心P和cGMP依旗的蛋白激酶磷酸化位点、蛋白激醉C磷酸化位点、酪蛋 白激酶H磷酸化位点、N一豆菠酸化位点等常见的激酶磷酸化位点。预侧的高级结构表明MOD 蛋自有6个。螺旋二级结构,形成6次跨膜,为MOD履行水孔蛋白的功能奠定了结构基础。 3.刀儿2匆初,D基因的表达模式分析 提取甘蓝不同组织的总RNA,进行定量RT一PCR分析,结果表明刀泥刃基因和泪叼D基因在 各组织中都有表达,都属于组成性表达基因。 4.THLZ和MOD的生物信息学特点 利用在线服务器或生物软件研究了THLZ和MOD的生物信息学特点,包括同源性分析、 蛋白质的进化关系、蛋白质模体分析以及预测蛋白质高级结构等。
【学位授予单位】:西南农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2004
【分类号】:Q943

【引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 范惠玲;芸芥自交亲和性相关基因mRNA差异显示分析[D];甘肃农业大学;2007年
2 阳晶;沙田柚花柱自交不亲和相关基因的克隆与鉴定[D];广西师范大学;2008年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前3条
1 朱利泉,王晓佳;自交不亲和植物S-位点特异性糖蛋白[J];生命的化学;1998年03期
2 吕俊,朱利泉,王小佳;利用蛋白激酶抑制剂和激活剂调控甘蓝自交不亲和性[J];园艺学报;2001年03期
3 刘东,朱利泉,王小佳;甘蓝自交不亲和信号传导中SRK结合蛋白基因THL1的克隆与序列分析[J];园艺学报;2003年01期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 刘唯真;;梨自交亲和性研究进展[J];山东农业科学;2010年05期
2 吴曼;王蓓;董彦;沈向;毛志泉;;苹果属植物无融合生殖研究进展[J];山东农业科学;2010年07期
3 李泽福,夏加发,唐光勇;植物雄性不育类型及其遗传机制的研究进展[J];安徽农业科学;2000年06期
4 宋小玲,强胜;抗除草剂转基因油菜向杂草诸葛菜的潜在基因漂移[J];安徽农业科学;2003年04期
5 张振铭;胡化广;孟伟;;不同品种梨花粉萌发的研究[J];安徽农业科学;2009年13期
6 李雪;刘玲玲;高天鹏;常国华;张庆;;兰州百合与亚洲百合及其杂种F_1的蛋白质和同工酶分析[J];安徽农业科学;2011年09期
7 范惠玲;孙万仓;张芬琴;肖占文;;芸芥自交不亲和系S等位基因分析[J];安徽农业科学;2011年31期
8 张雪梅;齐国辉;李保国;;不同苹果品种自交不亲和强度的研究[J];安徽农业科学;2012年10期
9 栗艳龄;罗凤霞;沈向群;明军;朱士农;;切割花柱方式对亚百系内杂交花粉管生长和结实的影响[J];北方园艺;2008年03期
10 刘自刚;张雁;杨亚丽;;桔梗雄性不育突变体的发现与鉴定[J];北方园艺;2009年01期
中国重要会议论文全文数据库 前2条
1 王国安;买买提·艾力;虎海防;;孤雌生殖在核桃品种遗传纯化中应用的探讨[A];第三届全国干果生产与科研进展学术研讨会论文集[C];2003年
2 张克中;贾月慧;张启翔;马莉;;辐射花粉用于克服百合‘Pollyanna’×大花卷丹远缘杂交障碍[A];2007年中国园艺学会观赏园艺专业委员会年会论文集[C];2007年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 文亚峰;人心果品种资源亲缘关系及其授粉亲和性的研究[D];中南林业科技大学;2006年
2 杨谷良;梨新S基因的分离克隆及部分品种的S基因型、AFLP鉴定[D];中南林业科技大学;2007年
3 朱彦涛;甘蓝型油菜Polima CMS和陕2A CMS的形态和生化特征及其胞质遗传物质的比较研究[D];西北农林科技大学;2010年
4 黄修梅;沙芥与斧形沙芥生理生态适应性及生殖生物学研究[D];内蒙古农业大学;2010年
5 罗兵;甘蓝SRK-SCR相互作用研究及作用强度与酵母生长关系模型的构建[D];西南大学;2011年
6 孙宇涵;秋水仙素诱导银杏2n雄配子低得率的机理研究[D];北京林业大学;2011年
7 鲁玉清;AtPPR2基因在拟南芥配子体和胚胎发育中的功能分析[D];中国农业科学院;2011年
8 徐军;外来入侵植物—少花蒺藜草的分布与生物学特性研究[D];内蒙古农业大学;2011年
9 高启明;新疆栽培扁桃自交不亲和性的研究[D];新疆农业大学;2011年
10 汤访评;菊属与四个近缘属植物远缘杂交研究[D];南京农业大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 李茂娟;百日草自交不亲和性初步研究[D];华中农业大学;2010年
2 徐爱红;苹果不同授粉组合果实品质发育生理研究[D];山东农业大学;2010年
3 王庆飞;提高苜蓿自交结实率方法及其传粉特性的研究[D];新疆农业大学;2010年
4 梁文杰;15个梨品种S基因型的鉴定及2个梨S基因的全长cDNA克隆[D];中南林业科技大学;2008年
5 李洪果;李、杏、杏李S基因型确定及其在种间杂交亲本选择中的应用[D];中南林业科技大学;2010年
6 唐亮;杜仲优良无性系快速微繁殖技术研究[D];中南林业科技大学;2010年
7 张娟;日本藤梨有性杂交及其果实成分含量测定[D];中南林业科技大学;2010年
8 段经华;早生黄金梨授粉、受精生物学研究[D];中南林业科技大学;2006年
9 何春燕;普通油茶有性生殖过程的解剖学研究[D];中南林业科技大学;2009年
10 翟学杰;榛子花粉贮藏和亲和性研究[D];中南林业科技大学;2009年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 马月萍,戴思兰;mRNA差别显示技术及其在植物基因研究中的应用[J];北京林业大学学报;2003年02期
2 吴华清,张绍铃,王洪涛,屈海泳,刘招龙;高等植物自花花粉的识别与拒绝(英文)[J];西北植物学报;2005年03期
3 孙万仓;范惠玲;叶剑;张亚宏;刘雅利;曾军;王鹏;;白菜型油菜自交亲和性变异分析[J];西北植物学报;2006年04期
4 罗敏捷,来茂德;抑制性差减杂交方法介绍[J];国外医学.临床生物化学与检验学分册;2000年05期
5 薛妙男,李义平,张杏辉,杨继华;沙田柚自交花柱S_1-RNase的免疫胶体金定位[J];广西师范大学学报(自然科学版);2000年01期
6 杨继华,李红艳,薛妙男;沙田柚花柱S-糖蛋白的分离及鉴定[J];广西师范大学学报(自然科学版);2000年04期
7 杨继华,饶桂荣,薛妙男;沙田柚花柱S-糖蛋白的纯化和N-端序列测定[J];广西师范大学学报(自然科学版);2001年01期
8 薛妙男,杨继华;沙田柚花粉管在花柱中的生长途径及其识别[J];广西师范大学学报(自然科学版);2001年02期
9 秦新民,李惠敏,薛妙男,杨继华;沙田柚自交、异交花粉管蛋白双向电泳分析[J];广西植物;2004年06期
10 李海渤,袁美;油菜RAPD最佳反应体系的初步构建[J];河南农业科学;2003年05期
中国博士学位论文全文数据库 前7条
1 孙万仓;中国芸芥的分布、类型划分及油菜-芸芥杂交亲和性研究[D];湖南农业大学;2000年
2 齐洁;杏自交不亲和相关基因的克隆及表达分析[D];山东农业大学;2002年
3 钟军;芸芥抗油菜菌核病分子基础的研究[D];湖南农业大学;2003年
4 乌云塔娜;中国白梨自交不亲和基因的分离鉴定[D];中南林学院;2003年
5 徐碧玉;香蕉果实特异表达cDNA及果实特异表达启动子的分离鉴定[D];华南热带农业大学;2005年
6 禤维言;无核荔枝花与果实发育相关基因的克隆和功能分析[D];华南热带农业大学;2005年
7 王平;琯溪蜜柚和度尾蜜柚自交不亲和性观察及相关基因克隆[D];福建农林大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 梁应霞;伴性赤蚁(sch)蚕胚胎期温敏性的DDRT-PCR研究[D];西南农业大学;2001年
2 闫红飞;小麦叶锈菌与Lr38互作诱导抗病基因表达DDRT-PCR分析[D];河北农业大学;2003年
3 余佳;利用改进的DDRT-PCR方法获取K562细胞分化相关EST[D];重庆医科大学;2003年
4 李惠敏;沙田柚花粉管蛋白及花粉同工酶的生化分析[D];广西师范大学;2004年
5 蔡勤安;渗透胁迫下白花柽柳抑制性消减文库的构建及表达序列标签(EST)分析[D];新疆农业大学;2005年
6 郭娴;小麦白粉菌诱导早期的基因表达分析[D];中国农业科学院;2005年
7 侯英杰;干旱胁迫下柽柳抑制性消减杂交文库的建立及EST分析[D];东北林业大学;2005年
8 莫花浓;沙田柚花粉管特异蛋白质的免疫细胞化学研究[D];广西师范大学;2005年
9 张宝军;3'RACE验证Long-SAGE文库构建后白念珠菌不同菌相的表达基因[D];第三军医大学;2005年
10 牛俊海;玉米生态型自交不亲和系花丝基因差异表达分析[D];河南农业大学;2006年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 陈姣荣;方彦;孙万仓;令利军;姜海杨;;芸芥木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶基因EsXTH1的cDNA克隆和生物信息学分析[J];中国油料作物学报;2013年02期
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 王向东;塔罗科血橙新系(Citrus sinensis Osbeck)有性生殖过程及无核机理探讨[D];西南大学;2012年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 杨锐,余阳俊,徐家炳,陈广,张凤兰,孙继志,孙天水;花期喷盐水结合蜜蜂授粉克服大白菜自交不亲和性试验[J];华北农学报;1995年02期
2 陈军松,柴敏强,宋建国;佛波酯对A-549细胞株中蛋白激酶C的调节[J];生物化学与生物物理学报;2000年06期
3 康铁邦,黄才,梁念慈;槲皮素对大鼠肝酪蛋白激酶Ⅱ的抑制作用[J];生物化学杂志;1996年03期
4 朱利泉,王晓佳;植物S-多基因家族表达成员的研究进展[J];西南师范大学学报(自然科学版);1997年04期
5 杨洪强,贾文锁,张大鹏;失水对苹果新根ABA含量和蛋白激酶活性的影响[J];园艺学报;2000年02期
6 吕俊,朱利泉,王小佳;利用蛋白激酶抑制剂和激活剂调控甘蓝自交不亲和性[J];园艺学报;2001年03期
7 方智远,孙培田,刘玉梅;甘蓝杂种优势利用和自交不亲和系选育的几个问题[J];中国农业科学;1983年03期
8 华志明;植物自交不亲和分子机理研究的一些进展[J];植物生理学通讯;1999年01期
9 华志明;植物体中类受体蛋白激酶[J];植物生理学通讯;1999年03期
10 朱利泉,王小佳;利用S位点多态性快速测定甘蓝自交不亲和性及其S等位基因系[J];植物学报;2000年06期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 吴旻;发展基因组学和生物信息学刻不容缓[J];中国科技月报;1999年12期
2 刘晓,施锐,张士璀,戴桂林;生物信息学与生物经济[J];生物学杂志;2004年04期
3 郑伟国,郭英,常春艳;生物信息学的现状与未来[J];口岸卫生控制;2004年05期
4 ;科学出版社生命科学编辑部新书推介[J];中国生物工程杂志;2005年04期
5 崔向军;;生物信息学在DNA局域结构研究中的应用[J];内蒙古科技与经济;2006年24期
6 李强;胡志东;;蛋白质组学技术研究[J];医学综述;2007年11期
7 ;生物信息学试题答案(2)[J];外科理论与实践;2007年04期
8 张小慧,李桂源;基因组生物信息学在大规模测序中的应用[J];医学与社会;2000年01期
9 朱佳鸣,郭勇,唐权,祖云霞;国内外生物信息学WWW服务器及数据库[J];微生物学通报;2002年01期
10 马轩,杜雄明;生物信息学应用于植物科学的三个实例[J];自然杂志;2004年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李媛;崔尚金;李建伟;于康震;;分子生态学与生物信息学[A];中国畜牧兽医学会禽病学分会第十一次学术研讨会论文集[C];2002年
2 陆文聪;钮冰;;基于数据挖掘的生物信息学研究进展[A];中国化学会第27届学术年会第15分会场摘要集[C];2010年
3 陈婷婷;郭婷婷;李林;安冬;;基于生物信息学的功能蛋白基因序列分类研究[A];2011年全国通信安全学术会议论文集[C];2011年
4 卢学春;杨波;朱宏丽;姚善谦;;采用生物信息学方法优化依硫磷酸联合方案治疗MDS的应用研究[A];中国科协海峡两岸学术研讨会——2008血液肿瘤论坛会议会编[C];2008年
5 阮林;何颖;邹泽红;傅意玲;陈惠芳;陶爱林;;外源蛋白过敏原性生物信息学评价[A];中华医学会2010年全国变态反应学术会议暨中欧变态反应高峰论坛参会指南/论文汇编[C];2010年
6 冯文龙;赵清杰;;基于遗传算法的DNA多序列比对问题[A];2007年中国智能自动化会议论文集[C];2007年
7 康晓东;;生物信息学及其研究对象[A];2003年全国医学影像技术学术会议论文汇编[C];2003年
8 王智宇;童强松;曾甫清;刘媛;顾朝辉;郑丽端;蔡嘉斌;蒋国松;;小鼠睾丸特异性基因TSEG-4的克隆及表达分析[A];第十五届全国泌尿外科学术会议论文集[C];2008年
9 朱云平;刘湘军;魏丽萍;李亦学;;肝脏蛋白质组的生物信息学研究[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年
10 孙琳琳;蒋继志;;生物信息学及其在作物抗性基因研究中的应用[A];中国植物病理学会2006年学术年会论文集[C];2006年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 本报记者 李恩青;生物信息学:促动BT与IT双赢[N];中国高新技术产业导报;2001年
2 刘义;生物信息学产业浮出水面[N];中国高新技术产业导报;2000年
3 英潮;生物信息学演绎“变脸”[N];中药报;2002年
4 中科院院士 强伯勤;生物信息学蕴有巨大效益[N];光明日报;2002年
5 白毅;加强生物信息学建设推动人类基因组研究[N];中国医药报;2002年
6 周颖;李梢:生物信息学为证候研究提供新视角[N];中国中医药报;2006年
7 中国科学院院士 张春霆 郝柏林;生物信息学孕育大产业[N];经济日报;2000年
8 刘丽丽;高性能计算为生物信息学加速[N];计算机世界;2007年
9 严飞;生物信息学 新世纪的新科学[N];大众科技报;2002年
10 张亚东;“交点”上的舞蹈[N];计算机世界;2002年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 张敏;生物信息学中多序列比对等算法的研究[D];大连理工大学;2005年
2 曾智勇;猪呼肠孤病毒SC-A株的分离鉴定及全基因组cDNA文库的构建和分子遗传特征分析[D];四川农业大学;2006年
3 肖庆;硬粒小麦硒蛋白的生物信息学研究[D];华中科技大学;2008年
4 张革新;α-淀粉酶性能与结构关系的生物信息学研究[D];江南大学;2005年
5 李艳芸;HLA-DRB1基因编码区SNPs的分析及其与宫颈癌的相关性研究[D];天津医科大学;2006年
6 童庆;面向基因预测的信息处理方法研究[D];中国科学技术大学;2006年
7 刘立芳;生物信息学中的多序列比对与模体识别问题研究[D];西安电子科技大学;2006年
8 郭雨珍;蛋白质结构预测和比较的优化研究[D];大连理工大学;2007年
9 熊赟;生物序列模式挖掘与聚类研究[D];复旦大学;2007年
10 张晓丽;几种舌苔蛋白组学初步研究[D];湖北中医学院;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 詹超;支持向量机在基因表达数据分类中的研究[D];武汉理工大学;2006年
2 郭俊恩;蚁群遗传算法在序列比对中的应用[D];江南大学;2008年
3 潘志宏;植物化感作用代谢途径模拟预测系统的构建与应用[D];福建农林大学;2009年
4 郭洪峰;特异上调HO-1基因表达的人工转录因子构建[D];第三军医大学;2009年
5 乐东海;耐辐射球菌DNA连接酶的研究[D];浙江大学;2005年
6 黄志华;水稻基因组中的假基因研究[D];浙江大学;2005年
7 朱贤芳;生物序列的比对算法比较研究[D];南京理工大学;2005年
8 王树青;基于生物信息学的SARS冠状病毒主蛋白酶抑制剂的设计[D];天津师范大学;2005年
9 曲华;一种双聚类算法的实现与改进[D];吉林大学;2005年
10 黄辉;Armillariella tabescens(E-20)cDNA文库部分克隆随机测序及阿拉伯糖苷酶全长cDNA的克隆与表达[D];暨南大学;2005年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026