收藏本站
《西南农业大学》 2004年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

黄瓜幼果cDNA文库构建与部分ESTs分析

梅茜  
【摘要】: 黄瓜(Cucumis sativus L.)原产喜马拉雅山南麓的印度北部地区,是一种世界性的重要蔬菜,为大众喜爱,有很高的营养价值。印度于3000年前开始栽培黄瓜。随着南亚民族的迁移和往来,黄瓜由原产地向东传播到中国南部,东南亚各国及日本等,在我国已有2000多年的栽培历史。黄瓜是喜温但不耐高温的一年生攀缘性草本植物,从播种出苗到采摘的时间较短,是最适合周年生产、均衡供应的一种瓜类。常用的植物遗传育种的原理与方法在提高黄瓜性状方面已失去了原有的优势,即长期通过表型值来估计育种值,使得性状的遗传进展越来越小。随着分子遗传学原理和生物技术方法的发展,从分子水平上对植物的生产性能进行改良有了可能,从而为植物分子育种打下基础。由于种内资源的有限,利用基因工程将是今后黄瓜品种改良中重组远缘有用基因的有效手段。对黄瓜基因进行研究,可为进一步的分子育种打下基础。黄瓜果实是其经济产品器官和食用部位,脆嫩、具有丰富的营养价值,它的生长发育过程、物质合成与积累、外部形态特征和内在品质性状等无不影响其产品器官的产量构成和经济价值。探讨黄瓜果实的生长发育特点,尤其是探讨黄瓜果实生长发育过程中的基因表达与调控方式,可以为今后改良黄瓜的结实习性、促进果实生长、提高经济产量和改善果实品质等方面奠定基础。本实验以黄瓜幼果为实验材料,以λTriplEx2为载体,构建了黄瓜cDNA文库,通过随机挑选部分克隆进行EST测序后,进行网上同源性比较和基因功能分析,得出以下结论: 一、黄瓜(Cucumis sativus L.)cDNA文库的构建 采用上海生工的Trizol试剂盒提取黄瓜的总RNA,1%琼脂糖凝胶电泳的结果显示:提取的黄瓜RNA的28s、18s、5s条带较为清晰,说明mRNA受分解的程度小。 西南农业大学硕士学位论文 采用Promega公司的PofyATtrac必mRNA Isolation systemm从RNA中分离提取 mRNA,经紫外分光光度计测定,mRNA纯度较高,能够满足实验的需要。 采用s以盯w 011即nucleotide和eosn仍’PeR Primer为引物,在助werscdPt侧 Reverse Tn江巧criPtase酶的作用下合成第一链cDNA并进一步合成第二链cDNA,经PCR产 物纯化和劝I酶切后用CHROMA SPIN礴00 colulnn柱进行分级分离以去除小于400bP的 cDNA片段和一些核糖体RNA,浓缩回收后按比例与载体人TriplExZ(带有劝酶切末端)连 接.采用stratagene公司的Gigapack⑧m Gofd一7 packaging extract试剂盒进行包装,获得 cDNA文库。 包装产物中加入终浓度为7%的DMSO,分装后置于一80℃保存。 二、文库质量的鉴定 将得到的cDNA原始文库按l:10的比例进行稀释,将文库的稀释液与XLI一Blue菌株 的感受态细胞混匀,加入0.器的顶层培养基以及IPTG和x~gal,倒平板并在37℃下过夜培养, 计算噬菌斑数目及蓝白噬菌斑数量。得出噬菌体cDNA文库的滴度为1.165xl咋五刀ml,重组 率94.42%。根据载体的多克隆位点,用反oRI和从”dlll进行双酶切,得到该文库的大多数 外源插入片段平均大小在50obP以上。采用相同方法测定cDNA扩增文库的滴度约为101。 Pfi材inl。 三、EST测序 从cDNA文库中随机挑选部分克隆,经及oRI和去打”dlll双酶切鉴定,进行1%琼脂糖 凝胶电泳,结果显示:大部分克隆都有外源片段的插入。本实验共测了141个阳性克隆,采 用人TriplExZ载体多克隆位点胡IA端的pTrips‘sequenei吧primer(CTcCGAGATcToGAc) 作为测序引物,即从。DNA的5‘端进行测序,去掉低质量EST序列后剩余139条,测序成 功率为98.58%,全长序列有36条,占25.53%。最长的EsT为706bP,平均长度562.74bp, 长度峰度在600bP左右,79.43%的EST长度集中在500~7oobPo 四、测序结果分析 从分析结果看,EST序列中有部分序列为同一基因。这些序列经clusta1W软件比较后拼 接形成一个新的序列。本实验共拼接出22个。139个EST经拼接共获得非重复序列116条, 占8145%。经BLASTx与美国国立卫生研究院国家生物信息学研究所(NCBI)的Ge血日出玄 摘要 公二二三二二留翻巴巴巴里曰吕曰皿 数据库(httP://认四切刃.ncbi.nlm.nih.gov)中现存的ESTs进行同源分析后表明,所得到的139 个ESTs序列中有133个在其中可以找到同源序列,其中97条(69.78%)与己知序列高度相 似,36条(25.90%)为低度相似序列,在GenBank中未找到匹配同源序列的ESTs为6个 (4.32%)。获得104个(74.82%)己知基因,6个(4.32%)新基因,29个(20.86%)未知 基因。在测定的134个ESTs中,核糖体蛋白基因ESTs最多为27个,占测定总数的19.42%。
【学位授予单位】:西南农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2004
【分类号】:S642.2

手机知网App
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 区燕丽,梁发荣,黎均洪,林家松;沙田柚幼果移位嫁接技术[J];广西园艺;2005年02期
2 陈亮,赵丽萍,高其康;茶树新梢cDNA克隆测序和表达序列标签(ESTs)特性分析[J];农业生物技术学报;2005年01期
3 宋宇轩,曹斌云;表达序列标签(ESTS)及其应用[J];家畜生态学报;2004年04期
4 康忠武;沙田柚幼果嫁接技术[J];果农之友;2001年01期
5 康忠武!541300;沙田柚幼果嫁接技术[J];林业科技通讯;2000年07期
6 杨长林;沙田柚幼果移位嫁接挂果[J];广西农业科学;2000年02期
7 刘友接,张泽煌,蒋际谋,郑少泉;枇杷幼果冻害调查[J];福建果树;2001年04期
8 关军锋;苹果幼果发育期间Ca,Mg,K含量的变化[J];河北科技师范学院学报;2004年02期
9 陈军方,任正隆,高丽锋,贾继增;从小麦EST序列中开发新的SSR引物[J];作物学报;2005年02期
10 刘争春!阜阳;幼果园防治大青叶蝉[J];安徽林业;1997年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 王丽鸳;成浩;曾建明;周健;韦康;;茶树表达序列标签(ESTs)及相关分子标记开发研究进展[A];第六届海峡两岸茶业学术研讨会论文集(摘要)[C];2010年
2 赵丽萍;陈亮;高其康;;茶树叶片ESTs序列及其功能基因表达谱特征分析[A];中国茶叶学会成立四十周年庆祝大会暨2004年学术年会论文集[C];2004年
3 Aimin Wang;Yan Wang;Zhifeng Gu;Sifa Li;Yaohua Shi;Ximing Guo;李宏俊;赫崇波;;文蛤(Meretrix meretrix)cDNA文库的构建及ESTs序列的初步分析[A];中国动物学会、中国海洋湖沼学会贝类学会分会第十四次学会研讨会论文摘要汇编[C];2009年
4 吴茜;黄锡霞;刘武军;田可川;张艳花;徐新明;吴伟伟;张廷虎;;新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的构建及其ESTs的生物信息学分析[A];第十二次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2010年
5 康乐;;飞蝗基因表达序列标签(ESTs)的大规模测序及基因功能的注释[A];昆虫学创新与发展——中国昆虫学会2002年学术年会论文集[C];2002年
6 朱振东;霍云龙;王晓鸣;黄俊斌;;从大豆疫霉菌ESTs中发掘微卫星标记[A];中国植物病理学会2004年学术年会论文集[C];2004年
7 阎爱华;张韫玮;张立峰;刘猛;王冬梅;;叶锈菌侵染早期TcLr19 SSH文库构建及ESTs序列分析[A];中国植物生理学会第十次会员代表大会暨全国学术年会论文摘要汇编[C];2009年
8 滕丽;刘文哲;;瘿椒树超长生殖周期的越冬策略[A];中国植物学会七十五周年年会论文摘要汇编(1933-2008)[C];2008年
9 刘胜毅;毛晗;苏震;董彩华;徐文英;冀瑞琴;郭学兰;;油菜对菌核病和黑胫病的抗病机制分析[A];中国植物病理学第七届青年学术讨论会论文集[C];2005年
10 吴锦程;梁杰;陈建琴;刘美琼;陈丽钦;杨伟搏;吴晶晶;;SA对低温胁迫后枇杷幼果AsA-GSH循环的影响[A];庆祝中国园艺学会创建80周年暨第11次全国会员代表大会论文摘要集[C];2009年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 运城市果业局高级农艺师 白姚期;把幼果管好[N];山西科技报;2002年
2 ;新栽幼果树夏秋管理[N];山西科技报;2003年
3 ;浅谈西瓜施肥[N];蚌埠日报;2009年
4 李大刚;怎样防止幼果树越冬抽条[N];山西科技报;2001年
5 水清 方圆;枇杷幼果冻死一部分无大碍[N];江苏农业科技报;2006年
6 郴州市农科所 刘金保;慎防火南风 柑橘稳果前[N];湖南科技报;2005年
7 ;番茄幼果顶裂咋预防[N];吉林农村报;2006年
8 衡水市桃城区林业局 徐勇;苹果三种“锈”病要辨清[N];河北科技报;2006年
9 河北省农林科学院石家庄果树研究所 李勇;梨树到花期 管理更要细[N];河北农民报;2006年
10 阮春生见习记者 丁根明;松阳脐橙着装避暑[N];丽水日报;2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 陈建军;黄河鲤性别特异片段的鉴定与性腺差异cDNA文库的构建及相关ESTS功能分析[D];河南师范大学;2011年
2 郭金虎;人类新基因识别与蛋白质结构域鉴定[D];复旦大学;2004年
3 于喜艳;甜瓜幼果cDNA文库的构建、酸性转化酶基因的克隆及遗传转化[D];山东农业大学;2003年
4 范永山;玉米大斑病菌MAPK基因的克隆和功能分析[D];河北农业大学;2004年
5 张永红;小麦条锈菌cDNA文库构建和表达序列标签(ESTs)分析[D];西北农林科技大学;2006年
6 王建东;恒河猴凝血因子Ⅶ、Ⅸ、Ⅺ的遗传分子研究[D];四川大学;2007年
7 丁冬;玉米苗期盐胁迫响应转录本表达谱构建[D];华中农业大学;2008年
8 毛伟华;黄瓜cDNA芯片和ESTs技术平台的建立及其在逆境研究中的应用[D];浙江大学;2006年
9 余发新;杂种马褂木生根性状遗传变异及相关基因筛选[D];南京林业大学;2011年
10 涂礼莉;海岛棉纤维发育相关基因表达谱分析及功能基因的发掘[D];华中农业大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 梅茜;黄瓜幼果cDNA文库构建与部分ESTs分析[D];西南农业大学;2004年
2 韩红娟;条锈菌诱导的小麦叶片SSH文库构建及其ESTs分析[D];南京农业大学;2009年
3 燕正民;番茄长花柱品系T431温敏相关ESTs分析及LeMBF1在花芽分化中的功能初析[D];东北农业大学;2010年
4 周亚君;利用抑制差减杂交技术鉴定茄子单性结实相关ESTs[D];中国农业科学院;2010年
5 许一荣;高温诱导的甘蓝抑制性差减杂交文库构建及其ESTs分析[D];东北农业大学;2010年
6 邱平;小麦抗条锈病SSH cDNA文库ESTs的生物信息学分析[D];四川农业大学;2010年
7 朱妍;黑腐病诱导的甘蓝SSH文库构建及ESTs分析[D];东北农业大学;2010年
8 沈瑶青;中国对虾表达序列标签(ESTs)数据的分析及管理[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2003年
9 李迎雪;MeJA对猴头5L0433菌株麦角甾醇合成的影响及消减文库的ESTs分析[D];东北林业大学;2011年
10 吴茜;新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的构建及其ESTs的生物信息学分析[D];新疆农业大学;2010年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026