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鸡SREBF1、SREBF2基因的克隆、表达及其与屠体性状的关联分析

邱莫寒  
【摘要】:本论文对正在选育的地方优质鸡新品系二郎山山地鸡进行了不同饲养方式的饲养试验,对其脂肪性状进行了记录和测定,探索不同饲养方式对鸡肉质的影响;同时对其固醇调控元件结合转录因子家族成员SREBF1和SREBF2基因进行了全编码区序列测定和相关生物信息学分析;对不同饲养方式下,不同时间点以及不同组织的SREBF1和SREBF2基因表达模式进行了探索;对SREBF2基因的SNP位点进行了扫描和屠体性状的关联性分析,试验结果如下: 性能测定发现,8、10、13周龄的笼养、平养以及散养二郎山山地鸡的部分脂肪性状、血液生化指标和胸肌脂肪酸组成均存在显著或极显著(P0.05或P0.01)差异,提示这些性状或指标可能会因饲养方式的不同而受到影响。 克隆获得了二郎山山地鸡固醇调控元件结合转录因子家族成员SREBF1和SREBF2基因的全编码区序列,并翻译获得其氨基酸序列(1115aa和952aa)。通过生物信息学分析表明:SREBP-1和SREBP-2蛋白都不是跨膜蛋白,但存在跨膜区,同时都具有bHLH转录因子家族典型的保守结构功能域,说明了SREBP-1和SREBP-2蛋白均属于核转录因子家族。 采用SYBR green I定量PCR分析SREBF1和SREBF2基因表达时发现,同一种饲养方式下SREBF1和SREBF2基因在二郎山山地鸡的肝、腹脂、皮脂、胸肌、腿肌和尾脂腺中都有表达,而且不同基因在不同组织中表达的优势时间点不同。肝、尾脂腺和胸肌为SREBF1和SREBF2基因的优势表达组织。不同饲养方式下肝中的SREBF1基因表达量存在显著差异,散养鸡表现出较低的表达水平;SREBF2基因在腹脂和胸肌中的表达量存在显著差异,腹脂中散养鸡的表达水平较低,胸肌中散养鸡有较高水平的表达。 本研究采用测序和PCR-SSCP的技术设计引物,扫描了二郎山山地鸡和四川大恒优质肉鸡共300个个体的SREBF2基因外显子序列和邻近内含子序列。结果显示:10个群体中发现10个单核苷酸突变位点,分别位于r1:51382660、rl:51382391、r1:51381392、r1:51376638、rl:51376226、r1:51375686、rl:51374255、r1:51373368、rl:51372941和r1:51370350,10个突变位点的优势等位基因依次为A、C、A、A、C、C、G、G、G和C。由于SNP6、SNP8、SNP9三个位点的优势等位基因和基因型极其显著,且PIC0.1,故将其剔除不构建单倍型。其余7个SNP可构成30种单倍型,获得117种复合单倍型,其中单倍型H4(A-C-G-A-T-A-G)、H10(A-C-A-A-C-G-C).H13(A-C-A-A-T-G-C)和H16(A-C-A-G-C-G-C)为优势单倍型。标记-关联分析发现,SREBF2基因SNP1对全净膛重的遗传效应达到极显著水平(TypeⅢSS,F=5.605,P=0.004);SNP2对全净膛重的遗传效应达到显著水平(TypeⅢSS,F=3.418,P=0.034);SNP4对活重的遗传效应达到显著水平(TypeⅢSS,F=3.881,P=0.022),对屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重和腿肌重的遗传效应达到极显著水平(Type III SS,F=5.805,P=0.003;TypeⅢSS,F.6.303,P=0.0002;TypeⅢSS,F=6.841, P=0.001; TypeⅢSS,F=4.987,P=0.007;TypeⅢSS,F=6.576,P=0.002); SNP3.SNP5.SNP7和SNP10对屠体性状的遗传效应均未达到显著水平(P0.05)。而单倍型分析发现,单倍型对胸肌重的遗传效应达到极显著水平(TypeⅢSS,F=1.966,P=0.006),对其它屠体性状的遗传效应均没有达到显著水平(P0.05)。单倍型H21 H21是活重、屠体重、半净膛重、全净膛重和腿肌重的优势单倍型,H13H21是胸肌重的优势单倍型,而H4H21是皮脂厚的劣势单倍型,提示单倍型H21(A-T-G-A-C-G-C)对于提高肉鸡的生产性能有正向作用。


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