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《四川农业大学》 2001年
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中国家兔遗传多样性研究

龙继蓉  
【摘要】: 我国是世界大国,也是种兔进口最多的国家。随着社会不断发展,人们对畜 禽产品的要求越来越高,要满足这些新的市场需求,实现新的育种目标,必须充 分了解和利用我国的遗传资源。分子水平的研究是目前进行畜禽遗传变异研究较 准确的一种遗传标记,而DNA序列测定分析是目前最准确的分子遗传标记。目前 关于家兔分子遗传标记研究的报道非常少,直接使用DNA序列分析探索家兔遗传 变异的研究更少,在我国至今未见报道。由于脊椎动物均存在核内、核外两大遗 传系统,本研究试图对这两大系统的基因进行分析,以便对我国家兔的遗传变异 进行深入地研究。 mtDNA是唯一的核外遗传物质,因其具有分子结构简单、进化速率快等特点, 常被用来进行遗传多样性分析。本次研究中,使用mtDNA上突变速率最快的D-环 高变区对分布在中国、具有代表性的20个家兔品种(系)进行分析。总共测定了 104个样品的700bp序列,检测到20个变异位点,其中18个为转换,A/G占33.3%, C/T占66.7%,发现一个A/T颠换和一个碱基A的插入,这与其他动物mtDNA D- 环变异模式相似。根据这些变异位点,界定出8种单倍型。单倍型A1最普遍,89 个样本呈现此种类型。除了镇海长毛兔和豫丰黄兔中的4个样本呈现其他类型外, 所有的中国品种(系)均表现为这个类型。除了齐卡巨型兔外,所有的引进品种 (系)中均检测到这种单倍型。单倍型G1的出现频率为6.73%,所测齐卡巨型兔 均表现为此类型,在新西兰白兔和德系獭兔中也检测到单倍型G1。对这些序列进 行分析,发现引进品种(系)的单倍型多样度、核苷酸多样度均高于我国品种(系), 但是多样度均较低,分别为0.358、0.00432和0.151、0.00117。 将本次研究获得的104条序列与文献报道的序列结合起来进行分析,发现37 种单倍型。以本次研究测定的2条旷兔序列作为外群,采用P距离、使用Mega软 件构建了单倍型之间的NJ树。可以看出,所有穴兔序列分为两大枝,世系Ⅰ和世 系Ⅱ。世系Ⅱ又分为两个明显的聚类簇,Ⅰ和Ⅱ。本研究获得的所有序列均属于 世系n,单倍型AI、RI、Y6、of、ZZ和Z7分散在聚类簇1,另外两种单倍型Y7 和GI属于第二个聚类簇。根据世系*的32种单倍型间碱基差异,构建了一个更 直观的简约网络图。单倍型AI和GI分别是这两个聚类簇的中心序列,其他单倍 型可以从AI或GI经一、两次或更多次的突变而产生。另外,还来用NJ法构建了 本次研究的 20个品种(系)之间的关系图。其中,包括齐兴肉兔等的 12个品种 (系)由于共享一种单倍型*,相互之间的遗传距离为0,紧密聚在一起。宫含 单倍型GI的齐卡巨型兔与其他品种间遗传距离最大。 将本次研究的结果与文献报道相比较,发现中国家兔 mtDNA D-环遗传多样性 非常贫乏,品种间遗传分化不明显。根据此母系遗传标记,推测中国家兔可能起 源于欧洲穴兔世系*的聚类簇1,另一个母系,聚类簇*现在已经开始对我国品种 有基因贡献,但是其程度远远小于第一个母系。本研究结果从分子水平首次探讨 了我国家兔的运传多样性和起源问题,为解决长期存在的分歧提供了分于证据。 除了考用核外遗传物质外,本研究还从核基因进行了分析。皿化(主要组织 相容性复合体)主要与畜禽的兔疫、抗病功能相关,还与部分经济性状相关,是 一个重要赔因系统。其多态主要表现在DPB. DQB、则、DRB基因的a;区,本次 研究对编码Rta DQA a;区的第二外显子进行直接测序和克隆测序。本次研究总共 测定了19个家兔样品的22条序列。结合已报道的7条序列,共获得70个变异位 点,其中颠换32个,转换32个,未发现插入和缺失,在另外6个位点发现至少 存在3种碱基。根据这些变异位点,共界定出23种不同的RLA-DQA类型,并且发 现较多的杂合子。估算出的核昔酸多样度为0.03127。 对碱基替换在密码子中的分布进行了分析,结果是在第一、二位密码子变异 较多,而常规编码蛋白基因则是在第三位密码子变异较多。使用ueea软件对异义 突变率Ka是否大于Ks进行检验,发现大多数时候检验结果达到显著水平,即 Ka比s。将这些DNA序列翻译成氨基酸序列,发现氨基酸变异非常丰富,在41个 位点出现变异,部分序列还表现为氨基酸的杂合。因而,不管从洲A水平还助 2 基酸水平来看,RLA-DQA均呈现丰富的遗传多样性,因而可以结合生产性状进一步 对不同品种的DQA基因进行分析,为以后的抗病育种、抗性机制研究打下基础, 具有很大的应用前景。DQA多态产生的原因可能与受到正选择有关,而生物体内其 他绝大部分基因受淘汰选择的作用。 将RLA-DQA序列与人、鼠DQA序列进行比较研究,发现尽管在物种内DQA呈 现丰富的变异,物种间
【学位授予单位】:四川农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2001
【分类号】:S829.13

【引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 麻剑雄;钱庆祥;张刚追;谢传胜;任丽;王亚琴;徐樟水;茹云;王冬蕾;;浙系长毛兔品种选育研究[J];浙江畜牧兽医;2011年01期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 钱庆祥;麻剑雄;张刚追;谢传胜;任丽;王亚琴;徐樟水;茹云;王冬蕾;;浙系长毛兔品种选育研究[A];首届(2011)中国兔业发展大会会刊[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前4条
1 李涛;稻蝗属遗传多样性及其生态适应[D];山西大学;2011年
2 张红平;采用mtDNA序列研究中国家养山羊的遗传多样性与起源分化[D];四川农业大学;2003年
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4 刘宁;中国南方主要地方山羊品种遗传多样性及进化特征的研究[D];甘肃农业大学;2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前7条
1 李鹰;利用微卫星分析家兔遗传多样性[D];四川农业大学;2003年
2 龚明川;肉兔微卫星标记遗传多态性分析及其与体重性状的相关研究[D];四川农业大学;2004年
3 刘迎春;塔里木马鹿圈养种群MHC-DQA1基因多态性及其与产茸量关系的初步研究[D];东北林业大学;2006年
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5 赵进;长毛兔遗传标记多态性及其对生产性能的效应研究[D];浙江大学;2006年
6 黄柳英;福建黄兔微卫星多态性及其与生长性状的关联分析[D];福建农林大学;2007年
7 刘小艳;川渝黔6个山羊品种mtDNA D-loop遗传多样性与系统进化研究[D];西南大学;2008年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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9 张金洲;项智锋;王清华;李学斌;赵海涛;张廷虎;郭玉娇;;利用RAPD标签分析3种鲤科鱼群体的遗传变异[J];安徽农业科学;2008年23期
10 杨家华;纪亚君;;我国牧草种质资源遗传多样性研究进展[J];安徽农业科学;2009年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 徐晓薇;江南;杨俊波;杨燕萍;王丽芳;;寒兰株系间的遗传多样性和亲缘关系的SSR分子标记分析[A];中国观赏园艺研究进展2011[C];2011年
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中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 王勇;细基格孢属、匍柄霉属及其近似属的形态学与分子系统学研究[D];山东农业大学;2010年
2 孙庆华;我国葡萄根瘤蚜遗传分化研究及翅型分化相关基因的筛选[D];山东农业大学;2009年
3 戴银;鸡MHCⅠ类分子结构与抗病性关系的研究[D];安徽农业大学;2010年
4 伊珍珍;旋唇纲、寡膜纲和前口纲纤毛虫原生动物研究[D];中国海洋大学;2009年
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6 卞晓东;鱼卵、仔稚鱼形态生态学基础研究[D];中国海洋大学;2010年
7 廖芳;重要植物疫害的检测鉴定及分子系统学研究[D];南开大学;2010年
8 黄明;分子标记与水稻遗传多样性及杂种优势的相关性研究[D];湖南农业大学;2010年
9 赵斌;生物数学的起源与形成[D];西北大学;2011年
10 李甜江;中国沙棘人工林衰退的水分生理生态机制[D];北京林业大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 许媛媛;鸭瘟的动态病理学研究和鸭CD4的克隆[D];华中农业大学;2010年
2 胡佳;鲟形目部分种类基于线粒体COⅠ基因的分子进化研究[D];华中农业大学;2010年
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4 白家媛;樱桃谷鸭CD8α胞外区多肽的原核表达、抗体制备及初步应用[D];华中农业大学;2010年
5 武永德;两种不同来源桦褐孔菌多糖的抗氧化与免疫活性的研究[D];浙江理工大学;2010年
6 郭彦斌;利用mtDNA D-loop区研究10个绵羊品种的遗传多样性、起源及遗传分化[D];山东农业大学;2010年
7 霍凤梅;洋葱种质资源遗传多样性的SRAP分析与查尔酮合成酶基因的分子克隆与表达研究[D];山东农业大学;2010年
8 陈华;猪THRSP基因5’侧翼区的SNPs、启动子效率及其与猪背膘厚之关联性研究[D];安徽农业大学;2010年
9 石丰运;应用基因芯片技术鉴别检测动物源性成分[D];甘肃农业大学;2010年
10 许丽梅;10个山羊群体遗传多样性的微卫星分析[D];甘肃农业大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 杨丽萍,张玉笙,高运东,仲跻峰,侯明海,姜文学;家兔RAPD分析反应体系的优化[J];山东农业科学;1999年05期
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5 刘中禄,魏泓,曾养志,王爱德,甘世祥;中国三种实验用小型猪mtDNA D-loop多态性分析[J];动物学报;2001年04期
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中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 马恩波;郭亚平;任竹梅;白贵荣;;三种稻蝗染色体C带核型及其细胞分类学关系[A];走向21世纪的中国昆虫学——中国昆虫学会2000年学术年会论文集[C];2000年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 李华;中国猪种SLA-DQB基因外显子2的遗传多样性及进化机制研究[D];四川农业大学;2002年
2 张红平;采用mtDNA序列研究中国家养山羊的遗传多样性与起源分化[D];四川农业大学;2003年
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4 樊斌;地方猪遗传多样性的微卫星DNA标记检测与评估方法研究[D];华中农业大学;2003年
5 赖松家;中国三个牛种遗传多样性和分子系统进化研究[D];四川农业大学;2004年
6 吴华;梅花鹿保护遗传学研究[D];浙江大学;2004年
7 张英杰;山羊微卫星DNA多态性检测及杂交优势预测[D];甘肃农业大学;2004年
8 陈静华;蜂猴属的分子系统发育及分子群体遗传学研究[D];山东大学;2005年
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10 刘宁;中国南方主要地方山羊品种遗传多样性及进化特征的研究[D];甘肃农业大学;2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 李亮;不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星分析[D];四川农业大学;2001年
2 陈红菊;利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性[D];山东农业大学;2002年
3 孙允东;山东地方山羊遗传多样性研究[D];山东农业大学;2003年
4 赵艳红;利用微卫星标记分析部分山羊品种的遗传多样性[D];内蒙古农业大学;2003年
5 李显耀;微卫星标记在蛋鸡品系鉴定中的应用研究[D];中国农业大学;2003年
6 李鹰;利用微卫星分析家兔遗传多样性[D];四川农业大学;2003年
7 李波;梅花鹿(Cervus nippon)MHC-DRB基因多态性及其与产茸性能关系的研究[D];东北林业大学;2003年
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10 闫景娟;中国新疆八个绵羊群体微卫星DNA的遗传多样性研究[D];内蒙古农业大学;2004年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 江昱;王杰;金鑫燕;;不同四川黑山羊品种mtDNAD-loop区遗传多样性分析[J];安徽农业科学;2010年27期
2 孔沛球;申玉春;刘堃;;不同地理群体日本囊对虾遗传多样性微卫星DNA分析[J];水产科学;2011年07期
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5 陈胜;黄冬维;程广龙;徐建;杨永新;赵小伟;江喜春;赵辉玲;;国内长毛兔育种研究进展[J];中国草食动物科学;2013年01期
6 郎侠;吕潇潇;;岷县黑裘皮羊群体遗传结构的微卫星DNA多态性分析[J];黑龙江畜牧兽医;2010年17期
7 赵中权;刘小艳;张旭刚;李周权;赵永聚;张家骅;;新批准的西南地区5个山羊遗传资源mtDNA D-loop遗传多样性与亲缘关系研究[J];黑龙江畜牧兽医;2011年19期
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10 黄雪贞;钱国英;李彩燕;;中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析[J];水产学报;2012年01期
中国重要会议论文全文数据库 前2条
1 陈睿赜;张英杰;刘月琴;;mtDNA分析在羊进化多样性及种属鉴别中的应用[A];中国畜牧兽医学会养羊学分会2012年全国养羊生产与学术研讨会议论文集[C];2012年
2 郎侠;王彩莲;;甘南藏羊不同群体遗传多样性的微卫星分析[A];中国畜牧兽医学会养羊学分会2012年全国养羊生产与学术研讨会议论文集[C];2012年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 赖松家;中国三个牛种遗传多样性和分子系统进化研究[D];四川农业大学;2004年
2 王祎玲;七筋菇植物遗传多样性与分子系统地理学研究[D];西北大学;2006年
3 李金莲;中国蒙古马遗传多样性和分子系统进化研究[D];内蒙古农业大学;2006年
4 刘铮铸;山羊肌肉生长抑制素基因多态性及其与生产性能相关性研究[D];内蒙古农业大学;2006年
5 刘宁;中国南方主要地方山羊品种遗传多样性及进化特征的研究[D];甘肃农业大学;2005年
6 杨国锋;大足黑山羊地方类群多胎性及与周边山羊品种亲缘进化关系分子标记研究[D];甘肃农业大学;2006年
7 王雷;水貂微卫星多态性与经济性状相关的研究[D];中国农业科学院;2007年
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10 武艳平;中国部分山羊品种多样性及系统进化分析[D];中国农业科学院;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
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5 马雪峰;中国三个地方家兔品种和三个配套系的微卫星DNA遗传多态性研究[D];中国农业科学院;2006年
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7 马馨;吉林省主要细毛羊种群毛用性状及RAPD标记分析[D];吉林农业大学;2006年
8 谢光美;长毛兔微卫星多态性及其与产毛量和体重的相关研究[D];四川农业大学;2006年
9 侯磊;黄河下游同域山羊群体mtDNA D-环多态性与起源进化研究[D];山东农业大学;2007年
10 黄柳英;福建黄兔微卫星多态性及其与生长性状的关联分析[D];福建农林大学;2007年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 武建亮;刘文忠;赵朝霞;;山羊线粒体DNA D-loop区PCR-SSCP遗传多样性研究[A];全国养羊生产与学术研讨会议论文集(2007-2008)[C];2008年
2 刘彦群;秦利;李玉萍;王欢;夏润玺;齐永红;李喜升;鲁成;向仲怀;;家蚕、柞蚕和蓖麻蚕的遗传多样性与遗传结构比较(英文)[A];中国蚕学会第八届暨国家蚕桑产业技术体系家(柞)蚕遗传育种及良种繁育学术研讨会论文集[C];2011年
3 张春晓;李悦;沈熙环;陈雪梅;;油松10个天然与人工群体两个同工酶系统的遗传多样性研究[A];面向21世纪的中国生物多样性保护——第三届全国生物多样性保护与持续利用研讨会论文集[C];1998年
4 丁平;刘瑾;仰铁锤;邱金英;;巴戟天遗传多样性的RAPD研究[A];全国第8届天然药物资源学术研讨会论文集[C];2008年
5 沈镝;朱德蔚;李锡香;宋江萍;;云南芋种质资源遗传多样性的RAPD分析[A];全国蔬菜遗传育种学术讨论会论文集[C];2002年
6 郭江波;赵来喜;;中国苜蓿地方品种遗传多样性研究[A];第二届中国苜蓿发展大会暨牧草种子、机械、产品展示会论文集[C];2003年
7 祁建民;梁景霞;徐建堂;林荔辉;陶爱芬;方平平;吴建梅;;应用SRAP与ISSR分析烟草种质资源遗传多样性及遗传演化分析[A];2008中国作物学会学术年会论文摘要集[C];2008年
8 方平平;郑鹭;祁建民;林荔辉;吴建梅;陶爱芬;;蓖麻种质资源遗传多样性与亲缘关系ISSR分子标记研究[A];2008中国作物学会学术年会论文摘要集[C];2008年
9 林新春;俞志雄;裘利洪;肖国民;刘力;;濒危植物华木莲的遗传多样性研究[A];中国植物学会七十周年年会论文摘要汇编(1933—2003)[C];2003年
10 袁理春;;丽江山慈姑遗传多样性研究[A];2004年全国学术年会农业分会场论文专集[C];2004年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 河南科技大学动物科技学院 庞有志;家兔品种的选种与选育[N];中国畜牧兽医报;2009年
2 梁久梅;家兔胃扩张病的症状及治疗[N];山东科技报;2009年
3 沈莉;防治家兔冬季常见病技法[N];山西科技报;2009年
4 河南省科学院生物研究所副研究员 向前;家兔夏繁困难多 多项措施促生产[N];河南科技报;2010年
5 陈冬;家兔快育肥[N];山西科技报;2003年
6 秀平 邵敏;家兔春配 注意四点[N];山东科技报;2004年
7 ;家兔流涎症的治疗[N];中国畜牧兽医报;2009年
8 刘玉平 潘虹;家兔中毒的抢救[N];中国畜牧报;2002年
9 ;家兔引种学问多[N];中国畜牧兽医报;2008年
10 叶恩;做好家兔秋季防疫[N];农民日报;2001年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 龙继蓉;中国家兔遗传多样性研究[D];四川农业大学;2001年
2 蔡礼鸿;枇杷属的等位酶遗传多样性和种间关系及品种鉴定研究[D];华中农业大学;2000年
3 车永和;小麦族P基因组植物的遗传多样性与系统演化研究[D];西北农林科技大学;2004年
4 周连第;板栗种质资源遗传多样性研究[D];中国农业大学;2005年
5 邓传良;石蒜属植物系统学及长筒石蒜遗传多样性研究[D];南京林业大学;2005年
6 石胜友;变叶海棠起源及其遗传多样性分化研究[D];西南大学;2005年
7 王红霞;核桃遗传多样性分析及核心种质的构建[D];河北农业大学;2006年
8 桂富荣;紫茎泽兰的遗传多样性及其种群结构分析[D];中国农业科学院;2006年
9 周兰英;杜鹃属植物亲缘关系及遗传多样性研究[D];四川农业大学;2008年
10 陈庆山;大豆灰斑病种质资源遗传多样性的RAPD和SSR分析[D];东北农业大学;2001年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 赵家平;部分家兔品种微卫星DNA遗传多样性研究[D];中国农业科学院;2006年
2 李鹰;利用微卫星分析家兔遗传多样性[D];四川农业大学;2003年
3 刘小艳;川渝黔6个山羊品种mtDNA D-loop遗传多样性与系统进化研究[D];西南大学;2008年
4 荣敏;利用微卫星标记分析中国家兔的遗传多样性[D];中国农业科学院;2006年
5 张丽;西南山地丘陵生态区主要玉米自交系SSR遗传多样性及其与杂种优势的关系[D];四川农业大学;2003年
6 王奕华;青岛文昌鱼遗传多样性的RAPD分析[D];中国海洋大学;2003年
7 陈纹;沙棘属几个中国特有类群的遗传多样性研究[D];西北师范大学;2004年
8 文自翔;小豆种质资源遗传多样性的RAPD分析及生态类群遗传关系研究[D];新疆农业大学;2004年
9 张国强;ISSR分子标记揭示黑斑侧褶蛙中国种群的遗传结构和遗传多样性[D];南京师范大学;2005年
10 彭珺;荧光假单胞菌的分离、鉴定及遗传多样性研究[D];上海师范大学;2006年
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