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家鹅细胞色素b基因序列进化及系统发育关系研究

陈艳荣  
【摘要】: 本实验测定了中国家鹅15个品种、欧洲鹅2个品种共44个个体的细胞色素b基因全序列,与Genbank库中自额雁细胞色素b基因序列合并在一起比对分析,17个家鹅品种和白额雁细胞色素b基因全序列均为1143bp,序列中没有缺失、插入或移码突变(frameshift mutation),共检测到29个变异位点、4种单倍型,核苷酸多样度和单倍型多样度分别为0.00648和0.45。碱基含量分析可知,序列的G+C含量(49.3%)<A+T含量(50.7%),密码子第三位点的G、T含量都有较强的偏倚性;序列间G→A和T→C的转换数(22次和15次)高于A→G和C→T的转换数(10次和9次),C→A、T→G颠换数均为2次,其余颠换模式均未发生;转换数(Ts)明显高于颠换数(Tv),Ts/Tv=9.5~19,密码子第三位点的转换数最高,呈现了相当强烈的转换偏倚性;密码子第一、二和三位点的gamma分布参数α值分别为0.00572、0.01237和1.05239,表明密码子第一位点的替换速率变异最大,第二位点次之,第三位点的替换速率变异相对较小;编码同一氨基酸的同义密码子并非随机使用,表现出一定程度的使用偏倚性;同义替换速率(dS)和非同义替换速率(dN)分别为0.0787和0.0011,dS与dN值间的差异极显著(Z=4.713,p<0.01),而ω(dS/dN)=0.0284,明显小于0.3,表明雁属鹅细胞色素b基因序列经历了中度净化选择作用;单步非同义替换(Sing-step nonsymonymous codon substitution,SSNCS)分布模式与Grantharm'距离之间的关系说明密码子的三个位点所受的净化选择强度不同;构建的最大简约树与邻接树拓扑结构一致,支持中国家鹅的双起源学说,即除伊犁鹅外的其它中国鹅品种起源于鸿雁,伊犁鹅和欧洲的郎德鹅、莱茵鹅起源于灰雁。


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