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利用DH群体构建中国大白菜AFLP遗传连锁图谱

张晓芬  
【摘要】:本研究以熟性、耐热性、抗病性和抽薹性等重要农艺性状有明显差异的大白菜品种汴早-26和光90E16为双亲,以其杂交后代进行游离小孢子培养所得的包括59个单株的DH群体为试材,构建了AFLP遗传连锁图谱。获得的主要结果如下: 1、提取大白菜总基因组DNA以改良CTAB法为宜。本研究所提取DNA主带清楚,无降解现象,浓度在40~60ng/μl之间,样品间浓度均一,分子量在50 kb左右,可与λDNA相比较。预扩增反应结果显示DNA呈均匀的弥散状,片段大小为100~500bp。说明本研究所提取DNA质量较好。 2、利用双亲对E+3/M+3进行引物筛选,共获得多态性较好的引物组合83对,产生多态性条带482条,平均5.8条/引物组合。应用其中的62对引物组合对DH群体进行AFLP标记分析,共获得426个AFLP多态性标记,平均6.9个/引物组合。在426个AFLP标记中,有125个标记来自母本汴早26,110个标记来自光90E16,两者比例接近1:1,其中40个标记表现为共显性遗传。 3、对426个AFLP标记进行x~2检验,在p<0.05的条件下,有210个标记发生偏分离,偏分离比例为49.3%,其中有127个标记来自母本汴早-26,83个标记来自父本光90E16。 4、运用JoinMap3.0软件对426个标记进行连锁分析,得到一张包括十大主要连锁群的遗传图谱,该图谱包括346个AFLP标记,覆盖基因组长度708cM,平均图距为2.0 cM。连锁群长度集中在39~105 cM之间,连锁群上标记数为9~87个,平均图距为1.2~4.3 cM。连锁群中包含152个偏分离标记,所占比例为35.68%。统计偏分离标记在连锁群中的分布,发现了6个偏分离热点,偏分离标记在热点区域内多以标记簇形式分布。 5、应用软件GGT对DH群体的59个单株进行基因型分析,平均每个单株染色体来自母本的频率为50.09%,来自父本的频率为45.92%,两者比例相近,该DH群体未发生严重的偏分离。


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