收藏本站
《四川农业大学》 2004年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

鸡热应激蛋白HSP70基因的单核苷酸多态研究

罗庆斌  
【摘要】:HSP70基因编码的HSP70蛋白在鸡耐热性形成过程中起着重要的作用。在鸡的抗逆性育种中,HSP70基因有望成为改善热应激敏感性的候选基因。但目前关于HSP70基因序列中存在的单核苷酸多态性(SNPs)的研究报道很少。本研究选取我国20个地方鸡种共591个个体作为实验材料,采用变性高效液相色谱(DHPLC)技术,在鸡HSP70基因的全序列内进行未知SNPs的筛选,对典型峰型分别选取2个个体测序,再将同一对引物的所有测序样本的测序结果进行序列的同源性比较,从而识别和确认鸡HSP70基因的未知SNPs。并通过特异峰型与测序结果的对应关系,判定了每个个体在各SNPs位点的基因型,由此作者计算了每个SNPs位点在各品种中的基因型和等位基因的分布频率并对各品种间在SNPs位点的基因型和等位基因分布频率的差异进行了显著性检验。计算各品种的平均杂合度、各位点的基因多样度及其相关参数、各品种间的标准遗传距离(D_s)和遗传一致性参数,衡量群体内以及群体间HSP70基因的遗传变异。作者还依据每个个体在各SNPs位点的基因型采用基于最大似然法原理编写的PHASE程序进行单倍型的确认,并计算每种单倍型在各品种中的分布频率。 结果分别在A5、A6、A7、A4引物扩增的PCR产物中检出并确认了10个SNPs:A258G、C276G、C507T、C1040A、G1044A、C143lA、T1476C、G1500A、A1529G、C1722T。所有检出的SNPs均位于编码区,其中1040位C→A的突变导致HSP70基因氨基酸序列347位发生脯氨酸(Pro,P)到组氨酸(His,H)的替换,1529位A→G的突变导致氨基酸序列510位发生赖氨酸(Lys,K)到精氨酸(Arg,R)的替换。 根据测序结果结合对应的DHPLC色谱峰型判定出测序的各样本在各SNP位点的基因型。其它未测序的个体与此色谱峰型相同的,将其在同一位点的基因型视为与测序个体的基因型相同。由此建立了每个个体在各SNPs位点的基因型与DHPLC峰型的对应关系。 各SNPs位点在各品种中的基因型和等位基因的分布频率,A258G、C276G、C507T、G1044A、T1476C、G1500A、A1529G、C1722T等8个位点其携带突变等位基因的基因型以及突变等位基因在不同品种中的分布频率具有显著(P<0.05)甚至极显著(P<0.01)的差异,但就其中单个位点而言其分靠频率的差异没有表现出与各品种地理纬度的变化相联系的趋势。总体上,在杏花鸡、丝羽乌骨鸡(江西泰和)、 摘要 崇仁麻鸡、余干乌黑鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、丝羽乌骨鸡(广东温氏)、桃源 鸡以及太白鸡和河南斗鸡在3一4个位点上其突变等位基因的分布频率较高而且差 异显著(P0.05)。在Al 529G、Cl 722T两个位点中,发现了突变等位基因在分布 于广东、江西两个南方省份的余干乌黑鸡、丝羽乌骨鸡(江西泰和)、清远麻鸡、 丝羽乌骨鸡(广东温氏)、惠阳胡须鸡、杏花鸡和崇仁麻鸡中的分布频率具有显著 (P0.05)甚至极显著(P0.01)地高于几个北方鸡种中分布频率的特点。 各品种在HSP70基因10个SNPS位点中的平均杂合度普遍不高,其中平均杂合 度最大的为惠阳胡须鸡(0.2885),最小的为略阳鸡(0.1813)。各SNPS位点的基 因多样度(Hl)差异很大,C276G位点的基因多样度最高(0.4971),G1500A、A258G 两个位点的HT值也分别达到0.4900、0.4387,而且以上三个位点的Gs:值相对于其 它位点差异也很明显。表明这些位点不仅在品种内的变异(Hs)很高,而且在品种 间也存在较大差异。C276G、G150OA、A258G三个SNPs位点适合作为评定鸡不同群 体HSP70基因遗传多样性的标记位点。 HS尸70基因的10个SNPs位点在20个品种中只发现了56种单倍型,其中有28 种是至少在一个个体中确定性存在的,在确定性存在28种单倍型中,单倍型H14、 HZI、HS、H6、H7、Hg、H 10、H12、H15、HZO、H25、H26、H31、H34在多数 品种中均有分布并且具有较高的分布频率,为主要的单倍型类型。28种确定性存 在的单倍型占整个群体所有单倍型频率的81%,剩下不能确定的单倍型占群体所有 单倍型频率的19%。上述14种主要单倍型占确定性存在的单倍型频率的85%,剩 下14种单倍型占确定性存在的单倍型频率的15%,为稀有的单倍型类型。各单倍型 在不同品种中的分布频率存在较大的差异。在所有单倍型中,仅有H14和HZI两 种单倍型在所有品种中都有分布。基于鸡HSP70基因10个SNPs位点组成的单倍 型其分布频率在研究的20个品种中表现出了非常丰富的多态性。
【学位授予单位】:四川农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2004
【分类号】:S831.2

手机知网App
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 吕俊;葛长城;;丝羽乌骨鸡产蛋曲线拟合研究[J];黑龙江畜牧兽医;2011年17期
2 许盛海;张康宁;袁青妍;;“群选法”在丝羽乌骨鸡育种中的应用[J];上海畜牧兽医通讯;2009年04期
3 陈吉刚,周继勇,郑肖娟;中国地方品种丝羽乌骨鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析[J];中国预防兽医学报;2003年01期
4 杜晓惠,邱祥聘;白丝羽乌骨鸡的选育进展与冠型效应[J];四川农业大学学报;2002年03期
5 刘志伟;丘伟巍;崔磊;李东;杨永平;方向东;阮征;彭克美;;不同日龄丝羽乌骨鸡器官组织学结构发育变化[J];中国家禽;2019年04期
6 ;黑、白丝羽乌骨鸡新品系及配套系在成都育成[J];畜禽业;2002年06期
7 段子渊;;丝羽乌骨鸡人工孵化技术的研究[J];甘肃农业科技;1996年01期
8 段子渊;丝羽乌骨鸡孵化过程中种蛋的失重规律[J];甘肃农业大学学报;1996年01期
9 孟祥军;朱庆;张明亚;刘益平;李亮;;丝羽乌骨鸡蛋品质性状相关分析[J];中国家禽;2008年03期
10 郑文竹,陈奕欣,王辉耀,庄秋红;丝羽乌骨鸡mtDNA限制酶酶切研究[J];厦门大学学报(自然科学版);1996年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 张学余;苏一军;李国辉;屠云洁;殷建玫;陆进宏;;丝羽乌骨鸡血清中部分脂类含量的测定[A];安全优质的家禽生产——第十五次全国家禽学术讨论会论文集[C];2011年
2 欧阳建华;杨志丰;;黑丝羽乌骨鸡的选育提纯及配套系筛选应用[A];安全优质的家禽生产——第十五次全国家禽学术讨论会论文集[C];2011年
3 李琴;朱庆;;丝羽乌骨鸡新品系生长发育及肉用性能选育研究[A];中国畜牧兽医学会2004学术年会暨第五届全国畜牧兽医青年科技工作者学术研讨会论文集(上册)[C];2004年
4 周艳;朱庆;;丝羽乌骨鸡Z染色体微卫星标记多态性与屠宰性能的相关分析[A];中国家禽业——机遇与挑战——第十三次全国家禽学术讨论会论文集[C];2007年
5 张学余;苏一军;李国辉;屠云洁;;丝羽乌骨鸡羽性遗传规律的观测[A];第二届中国黄羽肉鸡行业发展大会会刊[C];2010年
6 赵小玲;朱庆;;丝羽乌骨鸡蛋用新品系产蛋性能选育进展[A];中国畜牧兽医学会2004学术年会暨第五届全国畜牧兽医青年科技工作者学术研讨会论文集(上册)[C];2004年
7 陈玮;刘伟;徐桂云;张龙超;马永洁;丁柏;徐团财;李莹辉;葛运生;黄臻;陈亮;陈强;刘亚刚;;“太空鸡”所表现出的空间生物效应[A];中国空间科学学会空间生命专业委员会2003年中国空间生命科学与航天医学会议论文摘要集[C];2003年
8 刘红云;张才乔;;大豆黄酮对伊莎鸡和丝羽乌骨鸡卵泡发育相关基因表达的影响[A];全国动物生理生化第九次学术交流会论文摘要汇编[C];2006年
9 陈吉刚;周继勇;Jimmy Kwang;;地方品种鸡白介素2基因的克隆及遗传进化分析[A];中国畜牧兽医学会禽病学分会第十一次学术研讨会论文集[C];2002年
10 张以训;韩威;陆进宏;;6个地方鸡种羽毛遗传规律的研究[A];中国家禽业——机遇与挑战——第十三次全国家禽学术讨论会论文集[C];2007年
中国重要报纸全文数据库 前2条
1 翁国城 肖庆龙;濒危丝羽乌骨鸡在我市焕新生[N];湄洲日报;2013年
2 ;丝羽乌骨鸡[N];陕西科技报;2004年
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 罗庆斌;鸡热应激蛋白HSP70基因的单核苷酸多态研究[D];四川农业大学;2004年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 邓溯顺;黑丝羽乌骨鸡精液冷冻新技术的研究[D];湖南农业大学;2013年
2 周海龙;丝羽乌骨鸡早期产蛋性能的模型拟合分析及与微卫星标记关系的研究[D];四川农业大学;2003年
3 周艳;微卫星标记多态性与丝羽乌骨鸡屠宰性能的相关分析[D];四川农业大学;2004年
4 康丽;微卫星标记与丝羽乌骨鸡开产性状的相关分析[D];四川农业大学;2004年
5 龙艳丽;体外注射VD_3和LPS对丝羽乌骨鸡维生素D受体及β-防御素基因表达的影响[D];四川农业大学;2014年
6 孙书锋;鸡外周血单核细胞生物学特性及其与抗病性关系的研究[D];中国农业大学;2005年
7 孟祥军;丝羽乌骨鸡微卫星位点多态性及其与蛋品质性状的相关分析[D];四川农业大学;2004年
8 孙桂荣;丝羽乌骨鸡产蛋性状与微卫星标记的相关研究[D];四川农业大学;2002年
9 许锋;四个地方鸡种GH基因内含子3的多态性及其与蛋品质的关系[D];四川农业大学;2008年
10 刘怡然;鸡MDA5、LGP2基因编码区的中性选择分析与遗传分化分析[D];华南农业大学;2016年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026