用微卫星标记构建水稻日本晴与广陆矮4号杂交F_2群体的遗传图谱

【摘要】：用分子标记构建水稻遗传图谱得到了快速的发展,自从McCouch等在1988年构建的第一张图谱开始,到现在已经有很多用不同的作图群体和分子标记构建的图谱,而大多数分子标记都是RFLP标记和混合标记,最近随着水稻全序列基因组的完成,用单一的SSR标记构建的遗传图谱越来越多。用各种分子标记分别在多种作物群体中构建遗传图谱,在许多作图中都有偏分离现象存在,其中引起的原因也是多种多样,诸如作图群体、遗传搭车效应、配子体和孢子体选择、非同源重组、基因转移、转座因子和环境因素等等都可能是形成偏分离的原因。F_2代群体是常用的作图群体,迄今为止,大多数植物的DNA标记连锁图谱都是用F_2群体构建的。不论是自花授粉植物,还是异花授粉作物,建立F_2群体都是容易配制,且不需要很长的时间,这是使用F_2群体进行遗传作图的最大优点。一些高密度分子连锁图谱的构建,为在整个基因组中调查表现偏分离的位点提供了可能。本研究选用全基因组测序已经完成的材料粳稻日本晴和完成了第4染色体全序列测序的籼稻广陆矮4号进行杂交,共90个单株,构建了一个包含148个微卫星标记的水稻分子遗传图谱。分析并讨论了偏分离形成的原因。其主要结果如下: 1、用三部分引物:一部分是根据日本水稻基因组计划研究的结果进行合成的,编号为OSR系列,共7对;一部分来源于美国康耐尔大学的研究成果而合成的,编号为RM系列,共505对;还有一部分来源于本实验室自己设计和开发的,即以两个全基因组测序已经完成的材料籼稻93-11和粳稻日本晴为基础进行筛选多态性而合成的部分SSR引物,编号为RP系列,共244对,构建了一张包含148个微卫星标记的水稻分子遗传图谱,覆盖水稻基因组1737.81cM,相邻标记间平均遗传距离为11.90cM。 2、用756对引物对供试亲本进行检测,结果共有200对引物在亲本间检测到多态性,多态性比例为26.46%。 3、用158个标记进行连锁分析,最后得到1张包含16个连锁群的遗传图谱,该图谱的148个标记中包括91个RM标记位点,56个RP标记位点,1个OSR标记位点,各标记位点较均匀地分布在12条染色体上。 4、本图谱与Temnykh等发表的图谱具有很高的可比性,绝大多数标记都被