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《四川农业大学》 2008年
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猪伪狂犬病病毒蛋白激酶基因的克隆和生物信息学分析

邹蔚然  
【摘要】: 将四川农业大学动物生物技术中心保存Fa株、疫苗株783株、Bartha株和SA215株,四川野毒株SN株、SS株、SO株、SL株和SCZ株,以及由韶关学院英东生物工程学院娄高明教授惠赠的北京株BJ株、广东株DG、湖北株HS株共计12株伪狂犬病病毒株,应用PCR技术扩增得到了PRV完整的PK基因的片段12条。回收PCR产物,成功连接转化到感受态细胞E.coli DH_(5a)中。并通过菌落PCR和酶切鉴定正确后,送生物公司进行测序。 将所的12条序列连同GenBank中登录的6条PK基因全序列共18条基因序列,使用生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位、遗传进化关系、酶切位点的差异、密码子偏爱性,氨基酸序列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、二级结构、蛋白质结构功能域等生物信息学的内容进行预测和分析。同时,对疱疹病毒属的单纯疱疹病毒Ⅰ型、单纯疱疹病毒Ⅱ型、牛疱疹病毒Ⅰ型、马疱疹病毒Ⅰ型以及水痘带状疱疹病毒进行PK基因的同源性和结构功能域的分析。结果表明:PRV-PK基因的开放阅读框的核苷酸长度在1107~1170nt,氨基酸长度在369~390个之间,核酸同源性为96.7%~100%,氨基酸的同源性在73.9%~100%之间,在PK基因核酸序列1079~1099bp和240~250bp处有两个高变重复区,不同毒株基因均对GC极为偏爱。毒株间基因内酶切位点、蛋白质亲水性、抗原表位和蛋白质高级结构预测等内容的分析结果十分相似,说明PRV-PK基因具有很高的保守性。疱疹病毒的核苷酸同源性在2.2%~51.5%之间,氨基酸同源性在8.2%~39.3%之间。在PK基因编码的蛋白质序列中,发现具有真核细胞丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶氨基酸亚结构域特征序列,而且疱疹病毒PK基因具有一些特征性的、共有的氨基酸序列。该研究从病原、分子水平、生物信息等方面对PRV-PK基因进行了研究,对于PRV的流行病学研究及诊断和防治具有重要意义。
【学位授予单位】:四川农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2008
【分类号】:S852.659.1

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【引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
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中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 李宇;伪狂犬病病毒gE基因主要抗原表位区的原核表达及间接ELISA检测方法的初步建立[D];四川农业大学;2010年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 张文娟;基于密码子水平的生物信息学分析及进化研究[D];复旦大学;2006年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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10 张秀珊;曹洪战;张丽青;刘涛;陈赛娟;孙继国;;河北地区猪圆环病毒二型ORF2基因片段的克隆与原核表达[J];华北农学报;2008年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 庄金秋;梅建国;沈志强;;赤羽病病毒检测方法研究进展[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第三次学术研讨会论文集[C];2012年
2 庄金秋;梅建国;沈志强;;犬瘟热病毒实验室检测方法研究进展[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第三次学术研讨会论文集[C];2012年
3 唐峰;李冰;刘秀萍;;锦州地区常见鸡病混合感染症及防控对策[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第三次学术研讨会论文集[C];2012年
4 蒋再学;陈征兵;林文;余邵华;竺薇;张晓明;罗满林;;仔猪伪狂犬PCR鉴定及病毒分离[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第三次学术研讨会论文集[C];2012年
5 陈宗艳;朱英奇;李传峰;李露;付玉志;王超;刘光清;;新发鸭源呼肠孤病毒(TH11株)的分离与鉴定[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第三次学术研讨会论文集[C];2012年
6 王珊;刘冰;李德朋;孙远;马勇;田秀丽;宋宇;王承宇;张乃生;;马蹄香治疗犬细小病毒性肠炎的疗效观察[A];中国畜牧兽医学会家畜内科学分会第七届代表大会暨学术研讨会论文集(下册)[C];2011年
7 程晶;荫硕焱;盖新娜;郭鑫;杨汉春;;2006—2008年我国部分地区规模化猪场PRV血清流行病学调查[A];微生物与人类健康科技论坛论文汇编[C];2009年
8 赵东升;盖新娜;孙栋;郭鑫;杨汉春;;猪脑心肌炎灭活疫苗的制备及小鼠免疫研究[A];微生物与人类健康科技论坛论文汇编[C];2009年
9 方忠意;崔保安;;动物基因工程疫苗研究进展[A];新型疫苗研发及基因工程疫苗应用研讨会论文集[C];2010年
10 曾政;任远志;叶昭辉;凌洪权;杨泽林;熊仲良;;重庆市2009年犬狂犬病检测及流行病学调查[A];重庆微生物学会第九届会员代表大会暨学术年会论文摘要集[C];2009年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 赵冬敏;B亚群禽白血病病毒分离株的生物学特性[D];山东农业大学;2010年
2 赵鹏;猪繁殖与呼吸综合征病毒在抗体选择压下的变异[D];山东农业大学;2010年
3 刘栋;畜禽补体C3d基因克隆及序列分析和重组鸡C3d免疫佐剂效果研究[D];山东农业大学;2010年
4 张青婵;A亚群禽白血病病毒不同分离株的基因组和生物学特性比较[D];山东农业大学;2010年
5 宋翠平;H5N1禽流感和鹅Ⅰ型副粘病毒分离株的生物学特性及感染性的研究[D];中国海洋大学;2010年
6 许光辉;基于基因芯片技术的刺五加改善果蝇睡眠作用的机制研究[D];黑龙江中医药大学;2010年
7 黄馨;端粒缩短影响原发性高血压及其并发症的发生[D];北京协和医学院;2010年
8 桂小杰;黄腹角雉保护生物学研究遗传多样性和种群生存力分析[D];中南林业科技大学;2007年
9 韩瑞丽;鸡visfatin和PRDM16基因遗传变异及其效应与表达研究[D];西北农林科技大学;2010年
10 张琪;KLT对中脑神经系统疾病的影响及KLT、NDV、SW联合抗肿瘤作用机制研究[D];西北农林科技大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 许媛媛;鸭瘟的动态病理学研究和鸭CD4的克隆[D];华中农业大学;2010年
2 李爽;鸭源禽呼肠孤病毒感染雏鸭的免疫病理学研究[D];华中农业大学;2010年
3 徐珊珊;重组杆状病毒介导的高致病性猪繁殖与呼吸综合征基因工程疫苗研究[D];华中农业大学;2010年
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5 许莹;H3N8型马流感血凝素核酸疫苗的初步研究[D];南京医科大学;2010年
6 邬成业;禽流感病毒H5N1亚型河南分离株NP基因的原核表达及T细胞表位筛选[D];郑州大学;2010年
7 史平玲;猪FcγRⅢ介导PRRSV抗体依赖增强作用研究[D];郑州大学;2010年
8 王秀云;鸡传染性法氏囊病病毒山东株的分离鉴定及免疫预防研究[D];山东农业大学;2009年
9 巩艳艳;抗体免疫选择压作用下新城疫病毒HN基因和F基因的变异[D];山东农业大学;2010年
10 裴兰英;HSP_(70)与MDV肿瘤的发生发展相关性研究[D];山东农业大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 郭万柱;冯炳芳;曹军;徐重;;应用~(32)P 标记DNA探针检测伪狂犬病病毒的研究[J];四川农业大学学报;1991年01期
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中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 柴虹;伪狂犬病病毒gE糖蛋白主要抗原区的原核表达及gE抗体间接ELISA检测方法的初步建立[D];扬州大学;2006年
2 王键义;猪伪狂犬病病毒gC基因的克隆及生物信息学分析[D];四川农业大学;2008年
3 陈锴;猪伪狂犬病病毒Fa株糖蛋白gL基因分子克隆、原核表达及核酸疫苗免疫效力研究[D];四川农业大学;2009年
【二级引证文献】
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1 李小欢;PRRSV N基因的原核表达、蛋白纯化及间接ELISA方法的初建[D];四川农业大学;2011年
【二级参考文献】
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9 陈斌;伪狂犬病病毒及其免疫研究进展(上)[J];四川畜牧兽医;2001年08期
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1 何启盖;猪伪狂犬病基因缺失疫苗研究[D];华中农业大学;2000年
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1 薛念波;肖少波;江云波;梅小伟;刘曼莉;赵骞;罗锐;陈焕春;方六荣;;伪狂犬病病毒Ea株UL6基因的克隆、序列分析及表达[J];动物医学进展;2007年12期
2 薛念波;肖少波;江云波;常天明;刘曼莉;赵骞;罗锐;陈焕春;方六荣;;伪狂犬病病毒Ea株UL18基因的克隆、序列分析及表达[J];中国预防兽医学报;2008年04期
3 王小玉;李宇;郭万柱;徐志文;王印;朱玲;;猪伪狂犬病病毒SL株gK基因的生物信息学分析[J];中国兽医科学;2010年10期
4 刘红升;张清华;蒋知新;;艰难梭菌细胞毒素B功能区的克隆及序列分析[J];中国微生态学杂志;2007年01期
5 陆芹章,覃广胜,黄伟坚,熊艳芸;伪狂犬病病毒广西B、W株gE基因的扩增、克隆及序列分析[J];畜牧兽医学报;2005年10期
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7 王小玉;李小欢;郭万柱;左健;韩国全;李宇;徐志文;王印;朱玲;;猪伪狂犬病病毒四川株的分离鉴定及UL43基因序列分析[J];畜牧与兽医;2010年10期
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9 李鹏;饶灿;彭江;李想韵;宋锋;孙一铭;孙敏;;植物黄烷酮3-羟化酶的生物信息学分析[J];安徽农业科学;2010年06期
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4 徐晶;孙秀珍;刘昀;张永红;李维;;过敏性哮喘葎草花粉特异性变应原pTSX3 cDNA克隆的生物信息学分析[A];中华医学会第七届全国哮喘学术会议暨中国哮喘联盟第三次大会论文汇编[C];2010年
5 徐晶;孙秀珍;刘昀;张永红;李维;;过敏性哮喘葎草花粉特异性变应原pTSX3 cDNA克隆的生物信息学分析[A];中华医学会2010年全国变态反应学术会议暨中欧变态反应高峰论坛参会指南/论文汇编[C];2010年
6 梅红;童强松;汤绍涛;普佳睿;杨春雷;张桓瑜;;肾脏特异性表达基因KSEG-1的克隆及序列分析[A];中华医学会第八次全国小儿外科学术会论文集[C];2010年
7 麻巧迎;张帅;王春义;雒珺瑜;吕丽敏;崔金杰;;一个棉铃虫致死基因的克隆和生物信息学分析[A];植保科技创新与病虫防控专业化——中国植物保护学会2011年学术年会论文集[C];2011年
8 王文栋;梁辉;朱晓苏;陶卉;徐丽;司马杨虎;徐世清;;家蚕生物钟基因Bmcry1与Bmcry2的克隆及生物信息学分析[A];2011年全国时间生物医学学术会议论文集[C];2011年
9 邵淑敏;蒋思文;;猪APC基因家族的电子克隆,表达及其生物信息学分析[A];第十二次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2010年
10 苏琦;;DADS抑制人胃癌MGC803细胞增殖差异基因表达谱构建与生物信息学分析[A];中华医学会病理学分会2010年学术年会日程及论文汇编[C];2010年
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中国博士学位论文全文数据库 前10条
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中国硕士学位论文全文数据库 前10条
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4 周晓君;条斑紫菜cDNA微阵列制备与应用及锰超氧化物歧化酶基因克隆与序列分析[D];中国海洋大学;2006年
5 马相如;伪狂犬病病毒宿主关闭蛋白的基因克隆、表达及其结构分析[D];华中农业大学;2004年
6 刘文强;伪狂犬病病毒La株的分离鉴定和囊膜糖蛋白E基因的克隆及序列分析[D];山东农业大学;2002年
7 徐引弟;伪狂犬病病毒鄂A株BamHI5'片段gK、UL54、ORF-1基因的克隆与表达[D];华中农业大学;2001年
8 陈仲中;耐辐射球菌中串联重复序列以及非编码RNA的生物信息学分析[D];浙江大学;2006年
9 肖逸群;一种编码拟南芥钙调素结合蛋白基因的载体构建及其初步表达[D];华中师范大学;2007年
10 赵昌;基于锚定RT-PCR的青蒿EST克隆、测序及生物信息学分析[D];广州中医药大学;2007年
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