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《西南大学》 2011年
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枳根全长cDNA文库的构建及生物信息学研究

王金萍  
【摘要】:枳是我国柑橘产业最主要的砧木品种,具有耐寒、抗多种病害等优良特性。为了解枳根中基因的总体表达状况及发掘枳优良基因,本文构建了枳根的cDNA全长文库,并对得到的EST片段进行测序和生物信息学分析,得到如下研究结果: 1.以TRIZOL法提取枳根总RNA,经反转录和LD-PCR合成双链cDNA,随后用内切酶SfiI进行酶切,通过CHROMASPIN-400柱去除小于500bp的片段,将长片段混合物与载体pDNR-LIB连接,最后用热激法转化大肠杆菌JM109,从而构建了枳根的全长cDNA文库。经检测,该文库的重组率为95%,原始文库容量为1.08×106pfu.mL-1。 2.从枳根的cDNA全长文库中随机选取400个克隆进行测序,得到有效长度大于150bp的ESTs序列386条,ESTs序列平均长度为560bp,有效序列长度跨度从150bp至1571bp。通过BioEdit软件对获得的386条EST序列进行拼接,获得178个独立基因(Unigenes),其中包括43个Contigs和135个Singlets。 3.对UniGenes进行同源搜索,发现125个UniGenes在GeneBank中有同源序列,占70.3%;53个基因未发现同源序列,占29.7%。功能注释显示15%的UniGenes与生物或非生物应激反应相关。 4.对获得的178个UniGenes进行ORF Finder分析,结果有36个UniGenes具有完整开放阅读框(ORF),占12.9%;其中24个全长基因在GeneBank中有同源基因,另外12条全长基因无同源基因。在此基础上,对6个全长基因进行了蛋白功能预测。
【学位授予单位】:西南大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2011
【分类号】:S666

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【引证文献】
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【参考文献】
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【同被引文献】
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8 张意轩 王欢;“网络文库”遭遇版权困扰[N];人民日报;2010年
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