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《西北大学》 2007年
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基于结构频谱的蛋白质三维结构研究

陈绮  
【摘要】: 人类基因组计划的目的之一在于阐明人的约10万种蛋白质的结构、功能、相互作用以及与各种人类疾病之间的关系。蛋白质的三维结构与功能有着密切的关系,对蛋白质结构的研究是蛋白质组学里最核心也是最基本的问题,而蛋白质三维结构的比较研究却属于三维物体形状比较的一个分支。本文是在参与国家自然科学基金项目“计算机辅助三维整形外科手术计划与预测关键技术研究”和完成陕西省教育厅专项科研计划项目“基于结构频谱的蛋白质三维结构研究”过程中,针对蛋白质三维结构比较中兼顾全局比较与局部比较的关键技术和主要算法进行了深入的研究,提出了有效解决蛋白质三维结构多层次比较的算法。主要工作和创新点在以下几个方面: 1.将数据挖掘技术与图形图像处理技术有机结合,研究了蛋白质三维结构数据的规范化处理、蛋白质三维结构特征提取、三维结构多层次比较等问题,提出了适用于兼顾蛋白质空间结构全局比较与局部比较的技术路线和理论框架。 2.研究实现蛋白质三维结构可视化。 3.研究利用主成份分析法建立蛋白质三维空间统一坐标系,实现对蛋白质三维结构数据的规范化处理,在此基础上利用小波变换建立基于蛋白质α碳原子距离的多分辨频谱和基于统一坐标序列的蛋白质三维结构多分辨频谱,实现对蛋白质结构多层次特征提取。 4.研究利用灰色关联理论对蛋白质三维结构进行比较,在此基础上对蛋白质的三维结构频谱进行灰色关联分析,实现对蛋白质三维结构相似性多层次的灰色关联比较。 5.研究利用原子覆盖法对蛋白质的碳骨架进行分形分析,在此基础上,继续研究基于结构频谱分维的蛋白质三维结构相似性比较,实现对蛋白质三维结构相似性多层次分形比较。
【学位授予单位】:西北大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2007
【分类号】:Q51

【引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 闫庆华;陈绮;;基于聚类的蛋白质一级结构与三级结构关联研究[J];沈阳农业大学学报;2013年03期
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 王慧玲;基于小波变换的三维模型特征提取技术的研究与实现[D];东北师范大学;2011年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张其鹏,张丹,刘贝,朱晓华,卢铭,陈光慧,尚彤,汤健;心力衰竭相关基因和蛋白质数据库的初构[J];北京大学学报(医学版);2002年03期
2 黄京飞,刘次全;蛋白质结构的分形及其与进化关系的研究[J];动物学研究;1997年02期
3 赵明生,尚彤,孙冬泳,蒋景宏,汤健,吴佑寿;电子细胞的研究现状与展望[J];电子学报;2001年S1期
4 党耀国,刘思峰,刘斌,陶勇;基于动态多指标灰色关联决策模型的研究[J];中国工程科学;2005年02期
5 胡敏,彭群生;一种基于空间密度特征的蛋白质结构相似性判定方法[J];工程图学学报;2005年01期
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10 杨育彬,林珲,朱庆;基于内容的三维模型检索综述[J];计算机学报;2004年10期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 乔立安;公衍道;张秀芳;赵南明;;基于距离矩阵的蛋白质三维结构快速比较方法[A];第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集[C];2002年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王奕蛟;冯綮一;柴立和;;生物起源及进化新模型[J];安徽农业科学;2009年31期
2 马寿勇;王联结;;序列上下文氨基酸与其蛋白质二级结构的关系[J];安徽农业科学;2011年30期
3 何颖;齐亚伟;;中国区域经济差异的空间演化与政府调控[J];安徽行政学院学报;2011年06期
4 张亦飞;杨晓兰;张健;;动态贴近度法及其在水质监测点优化布设中的应用[J];安全与环境学报;2006年03期
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7 周颖;张树生;李悍;;基于形状分布的蛋白质三维结构相似性比较方法[J];北京生物医学工程;2008年04期
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9 李科,尧德中,陈李容;信息技术在后基因组学研究中的应用[J];电子科技大学学报(社科版);2003年03期
10 ;Design and Implementation of 3D Model Database for General-Purpose 3D GIS[J];Geo-Spatial Information Science;2010年03期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 周明全;谭金军;税午阳;;基于内容的检索技术在数字博物馆中的应用[A];创意科技助力数字博物馆[C];2011年
2 申伟;苗振江;万丽莉;;三维模型检索和逼真显示功能在可视媒体平台的实现[A];第18届全国多媒体学术会议(NCMT2009)、第5届全国人机交互学术会议(CHCI2009)、第5届全国普适计算学术会议(PCC2009)论文集[C];2009年
3 卢欣华;孙吉贵;;模拟细胞生命活动的电子细胞[A];2006年全国理论计算机科学学术年会论文集[C];2006年
4 景晖;黄美发;钟艳如;;基于模糊C均值聚类算法的三维模型检索[A];中国仪器仪表学会第九届青年学术会议论文集[C];2007年
5 王正新;党耀国;练郑伟;;基于三维灰色关联度的动态多指标决策方法[A];第16届全国灰色系统学术会议论文集[C];2008年
6 杨德岭;陈万明;;基于灰色关联分析的高校财务评价模型[A];第19届灰色系统全国会议论文集[C];2010年
7 胡斌;费耀平;李敏;;基于同心球壳划分的三维模型检索[A];第十四届全国图象图形学学术会议论文集[C];2008年
8 赵金楼;康正;;基于灰色理论的项目多目标决策模型及在造船工程中的应用[A];第三届(2008)中国管理学年会论文集[C];2008年
9 胡启洲;张卫华;;基于方案偏好信息的灰色关联度决策模型[A];第九届中国管理科学学术年会论文集[C];2007年
10 赵金楼;康正;;基于灰色理论的项目多目标决策模型及在造船工程中的应用[A];第十届中国管理科学学术年会论文集[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 孙鹏飞;基于计算智能技术的蛋白质结构预测方法研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
2 孙挺;三维模型特征提取技术研究[D];西北大学;2011年
3 陈泰生;三维符号及其共享研究[D];南京师范大学;2011年
4 崔杰;灰色不确定系统建模的理论与方法研究[D];南京航空航天大学;2010年
5 张可;矩阵型灰色关联分析建模技术研究[D];南京航空航天大学;2010年
6 宋捷;灰色决策方法及应用研究[D];南京航空航天大学;2010年
7 饶俊;网络化制造平台的产品信息建模方法与应用研究[D];天津大学;2011年
8 孙兴华;基于内容的图像检索研究[D];南京理工大学;2002年
9 向明礼;多酸药物电子结构及其与抗肿瘤活性间的关系研究[D];四川大学;2002年
10 王亮申;图像特征提取及基于内容图像数据库检索理论和方法研究[D];大连理工大学;2002年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 潘慧灵;基于灰色关联分析的企业战略决策方法研究[D];浙江理工大学;2010年
2 孙伟;基于文档复制检测技术的研究与实现[D];辽宁工程技术大学;2010年
3 王德明;基于16S rRNA和12S rRNA的叶蜂科昆虫分子系统学研究[D];中南林业科技大学;2010年
4 徐丽;RNA二级结构和蛋白质序列的数学表示及其应用[D];大连交通大学;2010年
5 姚涛;基于面向对象的电子装备综合评价方法初步实现[D];西安电子科技大学;2011年
6 付小君;基于Markov模型和隐Markov模型的三维模型分类研究[D];西北大学;2011年
7 于晓丽;蛋白质结构分类研究[D];华北电力大学(北京);2011年
8 牛瑞娟;P450酶系中两类重要蛋白的理论研究[D];吉林大学;2011年
9 张俊青;三维模型采集与自动标注算法研究[D];北京交通大学;2011年
10 王媚娘;抗CDK4人源单链抗体作用机制的研究[D];吉林大学;2011年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前5条
1 崔晨旸,石教英;三维模型检索中的特征提取技术综述[J];计算机辅助设计与图形学学报;2004年07期
2 杨育彬,林珲,朱庆;基于内容的三维模型检索综述[J];计算机学报;2004年10期
3 张菁;沈兰荪;;三维模型搜索引擎的研究进展[J];计算机应用研究;2007年02期
4 牛卫东,潘宪明;蛋白质结构预测[J];世界科技研究与发展;1998年01期
5 张春霆;蛋白质结构分类与结构类预测研究[J];中国科学基金;2000年05期
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 邢玉辉;几种重要的三维模型特征提取方法的实现研究[D];吉林大学;2006年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 姜阳;吕学强;李琳;施水才;;基于扩展射线法的三维模型检索[J];计算机应用;2013年02期
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张其鹏,张丹,刘贝,朱晓华,卢铭,陈光慧,尚彤,汤建;高血压相关基因和蛋白质数据库的初构[J];北京大学学报(医学版);2002年02期
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7 张春霆;生物信息学的现状与展望[J];世界科技研究与发展;2000年06期
8 戴文战,邹立华,汪建章,朱金刚,周融;一种基于奖优罚劣原则的多阶段多目标决策模型[J];系统工程理论与实践;2000年06期
9 张斌;多目标系统决策的模糊集对分析方法[J];系统工程理论与实践;1997年12期
10 王坚强;“奖优罚劣”的动态多指标灰色关联度模型研究[J];系统工程与电子技术;2002年03期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 乔立安;公衍道;张秀芳;赵南明;;基于距离矩阵的蛋白质三维结构快速比较方法[A];第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集[C];2002年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 黄京飞,刘次全;细胞色素分子疏水性与进化的关系[J];动物学研究;1996年02期
2 杨海灵;聂力嘉;朱圣庚;周先碗;;谷胱甘肽硫转移酶结构与功能研究进展[J];成都大学学报(自然科学版);2006年01期
3 陈训来;王安宇;李江南;刘吉;林文实;冯瑞权;;香港地区海陆风的显式模拟研究[J];气象科学;2007年05期
4 傅刚;毕玮;郭敬天;;北太平洋风暴轴的三维空间结构[J];气象学报;2009年02期
5 卫圈虎;杨钢;屈重君;;系统工程在航空项目管理中的应用研究[J];科技管理研究;2009年11期
6 盛春岩;史茜;高守亭;郭俊建;;一次冷锋过境后的海风三维结构数值模拟[J];应用气象学报;2010年02期
7 张小勇;研究区域发展规划的Hall三维结构[J];系统工程理论与实践;1990年03期
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9 黄雯,王春新;TATA box结合蛋白-DNA复合物的三维结构[J];生物化学与生物物理进展;1996年01期
10 杨福愉,张旭家;生物膜研究的一个难点与热点:内在膜蛋白三维结构的解析[J];生物物理学报;1999年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 王东晓;Zengyu Liu;;太平洋年代际海洋变率三维结构:观测与模拟[A];面向21世纪的科技进步与社会经济发展(上册)[C];1999年
2 杜红丽;凌飞;罗庆斌;张细权;;鸡HSP70蛋白三维结构的同源建模[A];中国动物遗传育种研究进展——第十五次全国动物遗传育种学术讨论会论文集[C];2009年
3 万玲;姚伯初;曾维军;吴能友;;南海北部陆缘岩石圈三维结构特征[A];中国地球物理.2003——中国地球物理学会第十九届年会论文集[C];2003年
4 高德章;赵金海;唐建;薄玉玲;;东海及邻近地区岩石圈三维结构研究[A];中国地球物理.2003——中国地球物理学会第十九届年会论文集[C];2003年
5 张锡林;;海洋岩石圈三维结构研究中地震方法的应用[A];中国地球物理.2003——中国地球物理学会第十九届年会论文集[C];2003年
6 郑清川;李泽生;;连接蛋白酶Protease Nexin 1三维结构的同源模建[A];中国化学会第九届全国量子化学学术会议暨庆祝徐光宪教授从教六十年论文摘要集[C];2005年
7 程源;王金凤;;Naja Kaouthia的三种短链神经毒素的溶液三维结构研究[A];中国毒理学会生物毒素毒理专业委员会第4次、中国生物化学与分子生物学会毒素专业组第5次学术研讨会论文摘要[C];2001年
8 李泽生;;酶的三维结构及催化机制的理论研究[A];中国化学会第九届全国量子化学学术会议暨庆祝徐光宪教授从教六十年论文摘要集[C];2005年
9 陈训来;王安宇;李江南;刘吉;林文实;冯瑞权;;香港地区海陆风的显式模拟研究[A];中国气象学会2006年年会“首届研究生年会”分会场论文集[C];2006年
10 陈训来;王安宇;李江南;刘吉;林文实;冯瑞权;;香港地区海陆风的显式模拟研究[A];中国气象学会2006年年会“中尺度天气动力学、数值模拟和预测”分会场论文集[C];2006年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 贾海;数值流形方法三维结构静力分析程序问世[N];中国水利报;2003年
2 黄力颖;韩国破译DNA三维结构之谜[N];中国高新技术产业导报;2005年
3 赵凡;全面再现中国大陆地下状况[N];中国国土资源报;2006年
4 记者:周清春;蛋白质研究:触摸生命的本质[N];科技日报;2006年
5 本报驻莫斯科记者董映璧;挑战金刚石[N];科技日报;2002年
6 李天舒;禽流感病毒部分三维结构揭秘[N];健康报;2008年
7 马璐瑶;社保体系应是三维结构[N];中华工商时报;2003年
8 记者 王光荣;我科学家解析出与呼吸相关的膜蛋白复合体三维结构[N];光明日报;2005年
9 李斌;我国率先测定“蚓激酶”三维结构[N];人民日报海外版;2003年
10 李斌;我国率先测定“蚓激酶”三维结构[N];医药经济报;2003年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 蒋丽君;基于颈部特征的衣领三维结构数字化技术研究[D];东华大学;2010年
2 李婷;光在三维结构组织中传输的MC模拟及脑功能成像研究[D];华中科技大学;2010年
3 彭莉;基于层状磷酸铝的插层与合成研究[D];吉林大学;2005年
4 陈红歌;野油菜黄单胞菌α-淀粉酶性质及其体外定向进化研究[D];南京农业大学;2005年
5 刘伟;高校应急管理能力研究[D];中国矿业大学;2009年
6 邱志强;基于仿射近似从航空图像重建目标三维结构[D];国防科学技术大学;2004年
7 李涛;俯仰天地与中国艺术精神[D];上海师范大学;2006年
8 张立祥;东北冷涡中尺度对流系统研究[D];南京信息工程大学;2008年
9 罗全;几类重要蛋白质的结构及催化特性的理论研究[D];吉林大学;2009年
10 吴宏杰;G蛋白偶联受体结构预测的关键技术研究[D];苏州大学;2013年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 吴问全;基于Nano-CT技术研究多孔陶瓷材料的三维结构[D];中国科学技术大学;2010年
2 闫玉娇;蛋白质分子三维结构表面建模的研究[D];南京航空航天大学;2013年
3 杨年宏;基于三维结构的SoC低功耗测试技术研究[D];合肥工业大学;2011年
4 张莉;三维纺织复合材料新结构的探讨[D];天津工业大学;2006年
5 毕玮;近6年北太平洋风暴轴空间结构和时间演变特征研究[D];中国海洋大学;2006年
6 郭星杰;现代物流信息系统三维结构的研究[D];天津理工大学;2006年
7 韦吉飞;农村人力资本型组织研究[D];西北农林科技大学;2007年
8 梁立;烟曲霉Zeta类谷胱甘肽转移酶基因的克隆表达及生物信息学研究[D];吉林大学;2008年
9 孙军亭;宇佐美曲霉木聚糖酶基因的改造及表达[D];江南大学;2009年
10 蔺海莉;蛇根木异胡豆苷糖苷酶及Vinorine合成酶表达、纯化、抑制剂抑制机理和复合物三维结构研究[D];浙江大学;2013年
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