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《西北农林科技大学》 2003年
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中国小麦条锈菌生理小种分子标记的研究

曹丽华  
【摘要】: 小麦条锈病是我国小麦生产上的重要病害之一。合理使用抗病品种是防治小麦条锈病的经济有效措施。然而,品种抗锈性丧失是抗病品种应用中最突出的问题,研究表明条锈菌新小种的产生和发展是引致小麦抗病性丧失的主要原因。因而,监测小麦条锈菌生理小种的类型及小种组成的变化对于小麦条锈病的综合防治及抗病品种的选育具有重要的实际意义。小麦条锈菌属专性寄生菌,至今不能人工培养,常规的生理小种鉴定和毒性分析方法繁杂、费工费时,准确性易受到鉴定条件的影响;同时,由于鉴别寄主的数目相对有限,很难区分、鉴定出发生频率低的小种(致病类型)以及混杂在其它小种内的致病类型。这些都严重制约了条锈菌群体生物学的研究。 分子生物学的发展为研究病原菌自然群体的遗传结构和流行区系间的关系、监测各地生理小种的组成及变异动态提供了新的方法。鉴于小麦条锈菌是专性寄生菌,无有性阶段,目前其遗传背景仍不清楚,本文拟采用RAPD技术,通过揭示小麦条锈菌生理小种间及生理小种内的遗传多样性,寻找主要流行小种的特异性分子标记,从而为建立具有实用价值的中国小麦条锈菌生理小种的快速分子检测体系奠定基础。本文取得了以下主要结果: 1.改进并比较分析了适用于小麦条锈菌基因组DNA提取的氯化苄法和CTAB/SDS法,使小麦条锈菌基因组DNA的得率提高到300~700μg/g夏孢子,研究表明CTAB/SDS法提取的条锈菌基因组DNA无降解,质量高,更适合于小麦条锈菌的分子生物学研究。 2.对小麦条锈菌的RAPD反应条件进行了优化,建立了适用于小麦条锈菌的标准化RAPD反应体系:10×Reaction Buffer 2.5μl,MgCl2 2mmol/L,dNTPs 0.15mmol/L,模板DNA 40ng,引物10ng,Taq1.5U,ddH2O 15.5μl。扩增条件:94℃,5rain,一个循环;94℃,30s,36℃,40s,72℃,90s,45个循环;最后72℃延伸7min。多批次的扩增实验证明该反应体系的稳定性好,重复性强。 3.本研究共选用了210条10碱基随机引物,发现其中134条引物可以得到稳定清晰的扩增图谱。对中国小麦条锈菌5个主要生理小种26个单孢菌系进行的RAPD分析表明:中国小麦条锈菌各生理小种间的遗传变异丰富,但一些基因组区段仍具有一定的保守性。而生理小种内不同单孢分离系间没有RAPD谱型的差异,生理小种内 的遗传基础相对一致。 4.本研究寻找到了条中31号、条中29号、条中23号、水源类型的特异性RAPD 标记,并进行了单抱菌系的验证。通过对条中31号、条中29号特异RAPD片段的 回收、克隆和测序,设计了两对特异PCR引物,成功获得条中31号、条中29号小 种专化的SCAR标记。 上述结果表明通过大规模寻找小麦条锈菌生理小种的特异性RAPD片段,可以 建立起中国小麦条锈菌流行生理小种的分子鉴定、检测体系,简化常规鉴定的繁琐程 序,缩短鉴定周期,这对及时准确了解条锈菌群体的组成与时空变化,客观认识小麦 条锈菌的群体生物学特性,控制锈病流行以及抗病品种的选育、布局具有重要意义。
【关键词】:小麦条锈菌 DNA提取:RAPD SCAR 分子检测
【学位授予单位】:西北农林科技大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2003
【分类号】:S435.121
【DOI】:CNKI:CDMD:1.2003.101028
【目录】:
  • 第一章 文献综述12-39
  • 1.1 遗传标记概述12-14
  • 1.1.1 遗传标记的种类12-14
  • 1 形态标记12
  • 2 细胞学标记12-13
  • 3 蛋白质标记13-14
  • 4 现代生物技术标记14
  • 1.2 现代生物技术标记14-22
  • 1.2.1 基于核酸杂交的DNA标记14-16
  • 1 DNA/DNA分子直接杂交技术14-15
  • 2 RFLP标记技术15-16
  • 3 VNTR标记技术16
  • 1.2.2 基于PCR技术的DNA标记16-20
  • 1 随机引物的PCR标记16-18
  • 1.1 RAPD标记17-18
  • 1.2 DAF标记与AP-PCR标记18
  • 1.3 ISSR标记18
  • 2 特异引物的PCR标记18-20
  • 2.1 SSR标记19
  • 2.2 SCAR标记19-20
  • 2.3 STS标记20
  • 1.2.3 基于限制性酶切和PCR的DNA标记20-21
  • 1 AFLP标记20
  • 2 CAPS标记20-21
  • 1.2.4 基于序列分析的多态性标记21-22
  • 1 核糖体脱氧核糖核酸(rDNA)序列分析21
  • 2 单核苷酸多态性的DNA标记21-22
  • 1.2.5 基于DNA变性、复性特征的研究22
  • 1.3 遗传标记在菌物分类鉴定中的应用22-33
  • 1.3.1 形态标记22-24
  • 1 形态特征分析22-23
  • 2 亲和性分析23-24
  • 3 毒性与致病性分析24
  • 4 抗药性及营养缺陷型分析24
  • 1.3.2 可溶性蛋白与同工酶标记24-25
  • 1 同工酶分析24-25
  • 2 可溶性蛋白分析25
  • 1.3.3 现代生物学标记25-33
  • 1 基于DNA变性、复性特征的研究26-27
  • 1.1 (G+C)mol%法26
  • 1.2 真菌核型的脉冲电泳分析26-27
  • 2 基于核酸分子杂交的研究27-28
  • 2.1 核酸分子直接杂交27
  • 2.2 RFLP标记27-28
  • 3 基于PCR技术的研究28-31
  • 3.1 RAPD标记28-31
  • 3.2 SCAR标记31
  • 4 基于限制性酶切和PCR的研究31-32
  • 4.1 PCR及探针检测31
  • 4.2 AFLP标记31-32
  • 4.3 限制性内切酶酶切图谱分析32
  • 5 基于序列分析的研究32-33
  • 5.1 核糖体脱氧核糖核酸(rDNA)序列分析32-33
  • 1.4 条锈菌研究简史33-39
  • 1.4.1 条锈菌寄生专化性的研究33-34
  • 1.4.2 小麦条锈菌研究34-39
  • 1 种群分化与鉴定34-35
  • 2 群体遗传研究35-39
  • 2.1 新小种产生的机制35-36
  • 2.2 条锈菌小种组成及数量变化36
  • 2.3 小麦条锈菌的遗传机制研究36-39
  • 第二章 小麦条锈菌基因组DNA的分离及其RAPD分析体系的建立39-45
  • 2.1 研究的目的意义39
  • 2.2 材料和方法39-41
  • 1 供试菌种的繁殖与鉴定39-40
  • 2 小麦条锈菌gDNA的提取40
  • 2.1 氯化苄法40
  • 2.2 CTAB/SDS法40
  • 3 小麦条锈菌RAPD分析体系的优化40-41
  • 2.3 结果与分析41-44
  • 1 小麦条锈菌gDNA的提取41-42
  • 2 小麦条锈菌RAPD优化体系的建立42-44
  • 2.4 讨论44-45
  • 1 小麦条锈菌基因组DNA的提取44
  • 2 小麦条锈菌优化体系的建立44-45
  • 第三章 中国小麦条锈菌生理小种的遗传分化研究45-52
  • 3.1 研究的目的意义45-46
  • 3.2 材料和方法46
  • 1 实验菌种的繁殖与常规鉴定46
  • 2 小麦条锈菌gDNA的提取46
  • 3 小麦条锈菌的RAPD分析46
  • 3.3 结果与分析46-50
  • 1 小麦条锈菌RAPD分析随机引物的筛选46
  • 2 生理小种间遗传分化的研究46-49
  • 3 生理小种内遗传分化的研究49-50
  • 3.4 讨论50-52
  • 第四章 中国小麦条锈菌生理小种特异性DNA扩增片段的筛选及SCAR标记的建立52-65
  • 4.1 研究的目的意义52
  • 4.2 材料和方法52-56
  • 1 实验菌种的繁殖与常规鉴定52-53
  • 2 小麦条锈菌基因组DNA的提取53
  • 3 小麦条锈菌的RAPD分析53
  • 4 特异片段的回收、克隆、测序53-55
  • 4.1 小种特异性条带的回收、纯化53-54
  • 4.2 连接反应54
  • 4.3 Ecoli感受态细胞的制备54
  • 4.4 Ecoli感受态细胞的转化54
  • 4.5 质粒小量提取54-55
  • 4.6 重组质粒的酶切鉴定55
  • 4.7 DNA测序55
  • 5 SCAR标记的转化、鉴定55-56
  • 4.3 结果与分析56-63
  • 1 条中31号小种特异性RAPD条带的筛选与SCAR标记的建立56-59
  • 1.1 条中31号小种特异性RAPD条带的筛选56
  • 1.2 条中31号SCAR标记的转化及验证56-59
  • 2 条中29号生理小种特异性DNA扩增片段的筛选及SCAR标记的建立59-61
  • 2.1 条中29号小种特异性RAPD条带的筛选59-60
  • 2.2 条中29号SCAR标记的转化及验证60-61
  • 3 条中23号小种特异性条带的筛选61-63
  • 4 水源类型小种特异性条带的筛选63
  • 4.4 讨论63-65
  • 参考文献65-78
  • 致谢78-79
  • 作者简介79-80
  • 附件1 条中29号测序图谱80-81
  • 附件2 条中31号测序图谱-SP6端81-82
  • 附件3 条中31号测序图谱-T7端82
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【引证文献】
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1 刘春梅;落叶松—杨栅锈菌生理小种鉴定[D];西北农林科技大学;2007年
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