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《西北农林科技大学》 2002年
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中国四个畜种(黄牛、水牛、牦牛、家驴)线粒体DNA遗传多样性研究

雷初朝  
【摘要】: 从我国陕西省、山西省、湖南省、内蒙古自治区及河南省采集秦川牛(QC)、西镇牛(XZ)、晋南牛(JN)、岳阳牛(YY)、蒙古牛(MO)、南阳牛(NY)、郏县牛(JX)与中国黑白花奶牛(BW)共8个品种的样品,利用PCR技术,自行设计了一对特异性引物,用于扩增中国黄牛线粒体DNA D-loop区910bp全序列。用Clustal W(1.82)软件对8个黄牛品种22个个体的D-loop区全序列进行同源序列比对与深入分析,结果表明: 1.1 中国黄牛线粒体DNA D-loop核苷酸位点突变类型有五种,即转换、颠换、插入、缺失及转换与颠换共存。碱基转换以T〈=〉C形式为主,占62.96%,A〈=〉G占37.04%。本文还发现一个特殊位点,即266位点,出现碱基突变C〈=〉G〈=〉A〈=〉T,在22个黄牛个体中,碱基G出现12次,占54.55%,碱基A6次,占27.27%,碱基C3次,占13.64%,碱基T1次,占4.55%。本文把266位点称为转换与颠换共存位点。 1.2 中国8个黄牛品种22个个体D-loop区全序列中,A+T平均含量为61.65%,G+C平均含量为38.35%。在黄牛D-loop 910bp序列中,共检测到核苷酸多态位点66个,约占核苷酸总数的7.25%。其中转换54个,约占核苷酸多态位点的81.82%;颠换4个,占6.06%;插入4个,占6.06%;缺失3个,占4.54%,转换与颠换共存位点1个,占1.52%。 1.3 以Anderson(1982)测定的欧洲牛mtDNA D-loop全序列(910bp)为标准,8个黄牛群体D-loop的平均核苷酸变异率分3个层次,西镇牛、蒙古牛、黑白花奶牛及秦川牛的核苷酸变异率最低,分别为0.37%、0.44%、0.52%和0.66%;南阳牛与郏县红牛的核苷酸变异率居中,分别为1.91%和2.02%;晋南牛与岳阳牛的核苷酸变异率最高,分别为4.47%和4.73%。 1.4 发现中国黄牛D-loop全序列中存在两个高变区,第一个主要的高变区, 中国四个畜种(黄牛、水牛、耗牛、家驴)mONA遗传多样性研究 与欧洲牛相同,位于241~61obP区域,长度为37ObP,约占核昔酸总变异位点的 60.00%;第二个次要的高变区位于713一850bp区域,长度为138bp,约占20.00%。 1.5中国黄牛品种内D一looP区全序列变异率为0.55%~5.39%。其中蒙古牛 D一loop区全序列变异率最低(0.55%),南阳牛与郊县红牛变异率最高(大于5.0%)。 中国黄牛品种间D一loop区全序列变异率为1.21%~6.59%。中国黄牛品种间D一100p 区第一高变区的序列变异率为0.54%~9.46%,第二高变区的序列变异率为0.74%~ 8 .82%。 1.6对22条mtDNAD一1。。p的全序列进行同源序列比对,结果发现19种单倍 型,其中南阳牛1(NYI)、秦川牛1(QCI)与秦川牛3(QC3)共享一种单倍型;晋 南牛1(州l)与岳阳牛(YY)共享一种单倍型;其余17个个体分别单独享有一种单 倍型,单倍型比例为86.36%,表明中国黄牛遗传多态性很丰富。 1.7通过对中国8个黄牛品种mtDNAD一loop区910饰全序列进行NJ法聚类 分析,发现中国黄牛有三种单倍型组,分别代表着中国黄牛的三大母系起源。单倍 型组I代表欧洲普通牛起源,单倍型组n代表印度瘤牛起源,单倍型组m代表一种 不明身份的母系起源。首次从mtDNAD一loop母性遗传标记上证明中国黄牛是欧洲普 通牛和印度瘤牛为主的混合起源,但受普通牛的影响更大一些。发现所研究的晋南 牛1号、2号及岳阳牛起源于瘤牛,黑白花奶牛、秦川牛、蒙古牛与西镇牛起源于普 通牛,晋南牛3号有另一种不明身份的母系起源。南阳牛与郊县牛品种内个体间分 别含有普通牛与瘤牛的血缘。中国黄牛品种间与品种内有较大的分歧,表明中国黄 牛品种间和个体之间具有丰富的遗传多态性。 从我国陕西省、甘肃省、云南省及新疆自治区采集关中驴(GZ)、凉州驴(LZ)、 云南驴(YN)与新疆驴(XJ)共4个品种的血样,利用PCR技术,用一对驴的特 异性引物(该引物为克罗地亚Ivankovic与斯洛文尼亚Dovc(2002)先生设计并惠 赠的)扩增了中国家驴和关中马D一1。oP区部分序列,其长度分别为399bp和396bp。 用Clustalw(l .82)软件对4个家驴品种21个个体和2匹关中马的D一foop区部分序 列进行同源序列比对与分析,结果表明: 2.1以xu(1996)己发表的驴D一foop序列为对照,对家驴21个个体的mtDNA D一fo叩区399bp序列分析表明,中国4个家驴品种D一Icop序列核昔酸变异只有转换 一种形式,没有发生D·lonp序列长度变异,说明中国家驴D一loop区序列核昔酸突变 比较稳定。 2.2中国4个驴品种21个个体D一loop区部分序列中,A+T平均含量为59.06%, G+C含量为40.94%。共检测到核昔酸多态位点22个,只有转换一种类型,约占核 中国四个畜种(黄牛、水牛、耗牛、家驴)mtDNA遗传多样性研究且 昔酸总数的5.51%。其中A= G10次,约占核昔酸多态位点的45.45%;C=T12 次,占54.55%。 2.3关中马2个个体D一loop区396bp序列由2种单倍型组成,共检测到核营酸 多态位点8个,全部为转换,约占核营酸总数的2.02%。其中A= G3次,约占核 昔酸多态位点的37.50%;C=TS次,占62.50%。关中马n一loop区396bp序列中, A十T平均含量为57.95%,而G+C平均含量为42.05%。 2.4以xu(1996)己发表的欧洲驴D一loop作
【学位授予单位】:西北农林科技大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2002
【分类号】:S813

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