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《西北农林科技大学》 2006年
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中国原产华东葡萄抗白粉病基因cDNA文库构建及其EST序列分析

徐炎  
【摘要】:葡萄白粉病[Uncinula necator(Schw.)Burr.]是影响世界葡萄生产的主要病害之一。育种实践证明,培育抗病品种是控制葡萄白粉病的经济有效途径。原产我国葡萄野生种华东葡萄(Vitis pseudoreticulata W.T.Wang)株系“白河-35-1”,在多年研究证明它对我国葡萄白粉病表现出极强的抗病性;对其抗白粉病相关基因进行克隆研究不仅有利于阐明抗病机制,而且对葡萄抗白粉病研究及抗病基因的育种利用具有重要价值。本研究以cDNA文库为基础,以测序为主线,结合生物信息学方法和PCR技术对获得的目标序列进行结构和表达分析,以期获得与抗病有关的EST序列和抗病相关基因。取得如下主要结果: 1.以中国原产华东葡萄株系“白河-35-1”为材料,于2003年7月8日上午8:00-10:00,在西北农林科技大学葡萄种质资源圃进行接种实验;在接种前,选取健康的华东葡萄株系“白河-35-1”的幼叶,用无菌蒸馏水喷湿接种叶片的上叶面,从高度感病的中国原产华东葡萄株系“湖南-1”上取感白粉病的叶片,用病叶压片法人工接种葡萄白粉病病原菌,接种后立即套袋。在接种后1d、2d、3d、4d、5d、6d、7d剪去1.0cm~2大小的幼叶叶片,立即放置液氮中,用SDS/酚法提取总RNA;用不同接种时间白粉病病原菌[U.necator(Schw.)Burr.]诱导的叶片分别提取总RNA,然后混合提取的RNA样形成总RNA构建华东葡萄叶片cDNA文库。文库初始滴度为3.0×10~5pfu/ml,重组率为96.9%,用包装后的原始文库直接转化寄主菌BM 25.8,转化效率为90%以上,插入片段主要分布在0.5-3.O kb之间,平均大小为900bp左右。 2.通过随机测序,获得了107条质量好的cDNA序列;并已登录GenBank数据库,登录号分别为:AY848693、DQ336280、DQ 336281、DQ 336282、DQ 336283、DQ 336284、DQ336285、DQ336286、DQ336287、DQ336288、DQ336289、DQ339462、DQ 339463、DQ 339464、DQ354157、DQ354158、DQ354159、DQ354160、DQ354161、DT646287、DT661587、DT 661588、DT661589、DT661590、DT661591、DT661592、DT661594、DT 661595、DT 661596、DT 661597、DT661598、DT661599、DT6615600、DT661601、DT661603、DT661605、DT661608、DT661610、DT 661611、DT661613、DT661614、DT661615、DT661616、DT661618、DT661619、DV182076、DV182077、DV182078、DV182080、DV182981、DV182082、DV182084、DV182085、DV182086、DV182087、DV182088、DV182089、DV182090、DV182091、DV182092、DV182093、DV182094、
【关键词】:中国野生葡萄 白粉病 cDNA文库 表达序列标签 基因表达
【学位授予单位】:西北农林科技大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2006
【分类号】:S663.1
【目录】:
  • 摘要5-8
  • ABSTRACT8-17
  • 第一章 研究进展及本研究目的17-37
  • 1.1 研究进展17-35
  • 1.1.1 全长cDNA克隆策略17-23
  • 1.1.1.1 cDNA文库大量测序技术17-21
  • 1.l.1.2 cDNA末端快速扩增法(RACE)21
  • 1.1.1.3 硅片克隆21-22
  • 1.1.1.4 判断全长cDNA序列的一般标准22-23
  • 1.1.2 植物功能基因组学研究23-27
  • 1.1.2.1 植物表达序列标签23-24
  • 1.1.2.2 植物基因功能研究24-27
  • 1.1.2.2.1 基因表达的系统分析((sAGE)24
  • 1.1.2.2.2 cDNA芯片与寡核苷酸芯片24-25
  • 1.1.2.2.3 蛋白质组研究25
  • 1.1.2.2.4 应用反向遗传学研究植物基因功能25-26
  • 1.1.2.2.5 生物信息学及其应用26-27
  • 1.1.3 植物抗病性研究进展27-34
  • 1.1.3.1 植物抗病性的表现27-28
  • 1.1.3.2 植物抗病的分子机制28-29
  • 1.1.3.3 植物抗病性的遗传基础29-34
  • 1.1.3.3.1 植物抗病基因29-32
  • 1.1.3.3.2 植物防卫基因32-34
  • 1.1.4 葡萄抗白粉病简况34-35
  • 1.1.4.1 葡萄白粉病的起源和分布34
  • 1.1.4.2 葡萄属植物抗白粉病的分子生物学研究34-35
  • 1.2 研究目的和意义35-37
  • 第二章 田间人工接种葡萄白粉病病原菌诱导中国原产华东葡萄“白河-35-1”株系早期叶片cDNA文库构建37-48
  • 2.1 材料与试剂37-38
  • 2.1.1 材料与处理37
  • 2.1.2 cDNA文库构建主要试剂37-38
  • 2.2 方法38-45
  • 2.2.1 总RNA的提取与检测38
  • 2.2.2 总RNA的纯化和检测38-39
  • 2.2.3 DNA文库构建及检测39-45
  • 2.3 结果45-46
  • 2.3.1 cDNA文库构建样品总RNA浓度和质量检测结果45
  • 2.3.2 cDNA的合成45-46
  • 2.4 讨论46-48
  • 2.4.1 构建的cDNA文库的评价46-47
  • 2.4.2 未扩增cDNA文库的滴度与重组率47-48
  • 第三章 田间人工接种葡萄白粉病原菌诱导中国原产华东葡萄“白河-35-1”株系早期叶片cDNA文库EST序列分析48-64
  • 3.1 材料48
  • 3.2 方法48-50
  • 3.2.1 制备cDNA文库测序平板48
  • 3.2.2 克隆形式的转换48
  • 3.2.3 碱裂解法小量提取质粒48-49
  • 3.2.4 重组质粒Sfi1酶切鉴定及测序49
  • 3.2.5 EST序列分析方法49-50
  • 3.2.5.1 测序结果的初步分析49-50
  • 3.2.5.2 Blastn和Blastx分析方法50
  • 3.3 结果50-52
  • 3.3.1 转化效率50-51
  • 3.3.2 序列的产生51
  • 3.3.3 Blastn的分析结果51
  • 3.3.4 Blastx的分析结果51-52
  • 3.4 讨论52-64
  • 3.4.1 植物基因功能52
  • 3.4.2 抗病防卫反应基因作用的研究52-59
  • 3.4.2.1 几丁质酶52-53
  • 3.4.2.2 细胞色素P45053-54
  • 3.4.2.3 多酚氧化酶54-55
  • 3.4.2.4 苯丙氨酸解氨酶和4-香豆酸辅酶A连接酶55-59
  • 3.4.3 金属硫蛋白59-60
  • 3.4.4 抗病信号传导途径60-64
  • 第四章 中国原产华东葡萄抗白粉病泛素结合酶蛋白基因全长cDNA序列分析64-73
  • 4.1 材料和方法65-66
  • 4.1.1 材料65
  • 4.1.2 方法65-66
  • 4.1.2.1 泛素结合酶基因的克隆和测序方法65-66
  • 4.1.2.2 利用NCBI网址中的ORF finder、Blastn和Blastx软件对泛素结合酶基因进行序列分析和同源性比较分析66
  • 4.1.2.3 利用简单模块构架搜索工具对泛素结合酶基因所编码的蛋白一级序列进行功能结构域分析66
  • 4.1.2.4 利用DNASTAR软件对泛素结合酶基因所编码的蛋白质分子量和等电点以及该蛋白序列多重对齐分析和进化关系的分析66
  • 4.2 结果与分析66-71
  • 4.2.1 VpUBC克隆及序列分析66-68
  • 4.2.2 Blast nr和Blastx分析结果68
  • 4.2.3 不同生物泛素结合酶氨基酸序列同源性分析和同源性分类分析68-71
  • 4.3 讨论71-73
  • 4.3.1 VpUBC蛋白UBCc结构域的功能71
  • 4.3.2 植物蛋白泛素化与抗病性的关系71-73
  • 第五章 中国原产华东葡萄抗白粉病环化酶基因全长cDNA序列分析及原核表达73-83
  • 5.1 材料73
  • 5.1.1 cDNA文库材料73
  • 5.1.2 植物材料73
  • 5.2 方法73-76
  • 5.2.1 cDNA片段克隆、测序和分析方法73
  • 5.2.1.1 环化酶基因的克隆和测序方法73
  • 5.2.1.2 利用NCBI网址中的ORF finder、Blastn和Blastx软件对环化酶基因进行序列分析和同源性比较分析73
  • 5 2.1.3 利用简单模块构架搜索工具环化酶基因所编码的蛋白一级序列进行功能结构域分析73
  • 5.2.1.4 利用DNASTAR软件对环化酶基因所编码的蛋白质分子量和等电点分析73
  • 5.2.2 目的基因的克隆及原核表达73-76
  • 5.2.2.1 目的基因cDNA全长序列的PCR扩增73
  • 5.2.2.2 目的基因cDNA片段的回收和克隆73-74
  • 5.2.2.2.1 目的基因cDNA片段的回收方法73
  • 5.2.2.2.2 回收片段与克隆载体(pGEM-T-easy)的连接反应方法73-74
  • 5.2.2.2.3 大肠杆菌感受态细胞的制备与连接产物的转化方法74
  • 5.2.2.2.4 重组质粒的筛选与鉴定方法74
  • 5.2.2.2.5 重组质粒的酶切鉴定74
  • 5.2.2.3 原核表达载体构建74-75
  • 5.2.2.3.1 目标片段的回收74
  • 5.2.2.3.2 目的基因与pGEX-4T-1载体的连接及转化74-75
  • 5.2.2.3.3 重组原核表达载体酶切鉴定75
  • 5.2.2.4 葡萄环化酶基因在大肠杆菌中的诱导融合表达75-76
  • 5.3 结果分析76-81
  • 5.3.1 VpCyclase克隆及序列分析76-78
  • 5.3.2 Blastnr和Blastx结果分析78-79
  • 5.3.3 中国原产华东葡萄环化酶基因的PCR扩增79
  • 5.3.4 葡萄环化酶基因的克隆和测序79
  • 5.3.5 葡萄环化酶基因原核表达载体的构建79-80
  • 5.3.6 葡萄环化酶基因在大肠杆菌中的诱导融和表达80-81
  • 5.4 讨论81-83
  • 5.4.1 葡萄环化酶基因功能的研究81-82
  • 5.4.2 葡萄环化酶基因的原核表达的研究82-83
  • 第六章 中国原产华东葡萄抗白粉病病程相关蛋白基因全长cDNA序列分析83-102
  • 6.1 材料84
  • 6.1.1 cDNA文库材料84
  • 6.1.2 植物材料84
  • 6.2 方法84-88
  • 6.2.1 cDNA片段克隆、测序和分析方法84
  • 6.2.1.1 病程相关蛋白基因的克隆和测序方法84
  • 6.2.1.2 利用NCBI网址中的ORF finder、Blastn和Blastx软件对病程相关蛋白基因进行序列分析和同源性比较分析84
  • 6.2.1.3 利用简单模块构架搜索工具对病程相关蛋白基因所编码的蛋白一级序列进行功能结构域分析84
  • 6.2.1.4 利用DNASTAR软件对病程相关蛋白基因所编码的蛋白质分子量和等电点以及该蛋白序列多重对齐分析和进化分类分析84
  • 6.2.2 中国原产华东葡萄株系“白河-35-1”、“广西-1”和毛葡萄株系“泰山-12”基因组DNA片段克隆、测序方法84-88
  • 6.2.2.1 葡萄基因组DNA提取方法84
  • 6.2.2.2 目的基因DNA全长序列的PCR扩增84-85
  • 6.2.2.2.1 引物的设计与合成84-85
  • 6.2.2.2.2 PCR反应体系85
  • 6.2.2.2.3 PCR扩增程序85
  • 6.2.2.3 目的基因DNA片段的回收和克隆85-88
  • 6.2.2.3.1 目的基因 DNA片段的回收85
  • 6.2.2.3.2 回收片段与克隆载体(pGEM-T-easy)的连接反应85-86
  • 6.2.2.3.3 大肠杆菌感受态细胞的制备与连接产物的转化86-87
  • 6.2.2.3.4 重组质粒的筛选与鉴定87
  • 6.2.2.3.5 重组质粒的酶切鉴定87-88
  • 6.3 结果与分析88-99
  • 6.3.1 VpPR10克隆及序列分析88-89
  • 6.3.2 同源性比较分析89-90
  • 6.3.3 葡萄属植物不同种PR10基因的克隆、测序及核酸序列分析90-95
  • 6.3.4 葡萄属植物不同种PR10基因DNA序列外显子同源性分析95
  • 6.3.5 葡萄属植物不同种PR10基因推导的氨基酸序列同源性分析95-99
  • 6.4 讨论99-102
  • 6.4.1 植物VpPR10蛋白BetV1结构域99-100
  • 6.4.2 植物PR10蛋白功能100-102
  • 第七章 结论102-105
  • 参考文献105-121
  • 附表3-1121-127
  • 附表3-2127-130
  • 附件1130-132
  • 附件2132-155
  • 英文缩略词155-158
  • 致谢158-159
  • 作者简介159-160

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4 蔺占兵;小麦肉桂酰辅酶A还原酶(CCR)基因的分离和功能分析[D];中国科学院研究生院(植物研究所);2003年
5 王西平;中国葡萄属野生种抗白粉病基因克隆与序列分析[D];西北农林科技大学;2004年
6 张剑侠;中国野生葡萄抗病基因标记及辅助育种应用研究[D];西北农林科技大学;2006年
7 王媛;杨树与溃疡病菌(Botryosphaeria dothidea)互作中的细胞生物学、活性氧代谢及细胞过敏性反应[D];中国林业科学研究院;2007年
8 邱德运;水稻WRKY转录因子OsWRKY13的功能鉴定和调控机理研究[D];华中农业大学;2007年
9 李佳;烟草PR-1a蛋白的表达、制备及其性质、功能研究[D];四川大学;2007年
10 吴金华;小麦—黑麦抗白粉病衍生系遗传分析及其相关基因差异表达与克隆[D];西北农林科技大学;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 谈安群;柑桔叶片干旱胁迫抑制差减cDNA文库的构建与初步分析[D];西南大学;2008年
2 罗世杏;葡萄白粉病侵染过程和葡萄蛋白质双向电泳体系的建立[D];西北农林科技大学;2008年
3 林绕;雷竹成花相关基因的克隆研究[D];浙江林学院;2008年
4 朱自果;中国原产华东葡萄及其子代抗白粉病基因cDNA文库构建及EST序列分析[D];西北农林科技大学;2008年
5 张建文;中国野生华东葡萄霜霉病菌接种的SSH文库构建及EST序列分析[D];西北农林科技大学;2008年
6 张艳艳;华东葡萄抗白粉病和霜霉病基因RAPD标记的研究[D];西北农林科技大学;2008年
7 范荣伟;大白菜BrWRKY33基因及其上游调控序列的克隆与功能研究[D];首都师范大学;2009年
8 周新刚;尖孢镰刀菌诱导下的黄瓜SSH文库的构建及分析[D];东北农业大学;2009年
9 史江莉;白粉菌诱导的华东葡萄消减文库构建及其EST序列分析[D];西北农林科技大学;2008年
10 张范;砀山酥梨的梨黑星病菌诱导消减文库构建及早酥梨NPR1基因克隆与原核表达[D];西北农林科技大学;2009年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 樊金娟;王东旭;刘长远;赵奎华;梁春浩;;葡萄抗霜霉病基因同源序列的克隆与分析[J];沈阳农业大学学报;2012年04期
2 张军科;杜敬;李爽;朱自果;王跃进;;白粉菌诱导的华东葡萄环化cDNA文库中抗病基因筛选[J];中国农业科学;2010年14期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 李慧娥;中国野生华东葡萄抗白粉病株系白河-35-1转录因子基因(WRKY)表达与功能研究[D];西北农林科技大学;2010年
2 郭卫丽;辣椒对低温胁迫的响应与其低温抗性相关基因的克隆和功能分析[D];西北农林科技大学;2013年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 门光耀;石河子地区葡萄白粉病的发生规律及药剂防治研究[D];石河子大学;2010年
2 李凤;山葡萄成熟果皮cDNA文库的构建及EST分析[D];东北林业大学;2011年
3 杨海旭;枣疯病抗性的分子机制研究[D];河北农业大学;2010年
4 张玉洁;葡萄抗、感白粉病植株叶片蛋白质组差异比较研究[D];西北农林科技大学;2010年
5 徐丰;湖南省刺葡萄植物学形态特征与遗传多样性研究[D];湖南农业大学;2010年
6 黄佳;转pthA-nls甜橙的快速繁殖及其快繁植株遗传稳定性的分析[D];湖南农业大学;2010年
7 周倩;“秦冠”苹果抗褐斑病相关基因表达特性分析[D];西北农林科技大学;2012年
8 牛姣;中国野生毛葡萄白粉病响应基因克隆及表达分析[D];西北农林科技大学;2012年
9 褚明宇;胡萝卜抗冻蛋白AFP基因的克隆及对葡萄的遗传转化[D];甘肃农业大学;2012年
10 曾爱玲;白粉菌接种诱导的葡萄抗病相关基因表达研究[D];西北农林科技大学;2013年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张洪涛,张春燕,杨秋格,杨学惠;银染mRNA差异显示方法的建立和二次扩增参数优化[J];癌症;2001年03期
2 王跃进;贺普超;;中国葡萄属野生种抗白腐病机制研究[J];北方园艺;1988年01期
3 李华,张振文;欧亚种葡萄白粉病微效抗病基因原取代积累[J];西北植物学报;1995年02期
4 陈桂信,潘东明,吕柳新,王凤华,赖钟雄;果树核DNA提取、目的基因分离与克隆技术研究进展[J];福建农林大学学报(自然科学版);2002年01期
5 李子银,陈受宜;mRNA差异显示阳性cDNA克隆的快速筛选与鉴定[J];高技术通讯;1999年08期
6 王国英,贺普超;葡萄霜霉病抗病性鉴定方法的研究[J];果树科学;1988年02期
7 王国英;葡萄叶片气孔与霜霉病抗性[J];果树科学;1988年03期
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9 王跃进,贺普超;中国野生葡萄种间杂交F_1代抗黑痘病遗传研究[J];果树科学;1998年01期
10 王海燕;黄河故道地区葡萄果穗自腐病发生流行的时间动态[J];果树科学;1999年02期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 万怡震;中国葡萄属野生种抗病性及抗病基因RAPD标记作图研究[D];西北农林科技大学;2003年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 吴利竹;华东葡萄酒有限公司酿酒新工艺简介[J];中外葡萄与葡萄酒;1994年01期
2 祝尚东;追求最佳生态环境的绿色园艺──华东葡萄酿酒有限公司葡萄种植区环境监测与评价[J];中外葡萄与葡萄酒;1996年02期
3 祝尚东;葡萄单干双臂整形[J];中外葡萄与葡萄酒;1994年01期
4 石雪晖;陈祖玉;王先荣;杨国顺;刘昆玉;倪建军;;华东葡萄和里扎马特的离体保存研究初报[J];中外葡萄与葡萄酒;2006年03期
5 周恒;龙政权;龙香菊;万召娣;;生长调节剂对华东葡萄绿枝扦插生根效应的研究[J];北方园艺;2010年18期
6 黎涛;贺明阳;王跃进;余皓;;华东葡萄抗白粉病转录因子基因的克隆及亚细胞定位分析[J];农业生物技术学报;2010年04期
7 石雪晖,陈祖玉,王先荣,刘昆玉,杨国顺,钟晓红,陈建业;相对湿度对野生葡萄的生理影响[J];河北林业科技;2004年05期
8 张军科;杜敬;李爽;朱自果;王跃进;;白粉菌诱导的华东葡萄环化cDNA文库中抗病基因筛选[J];中国农业科学;2010年14期
9 支玉玺;张剑侠;王跃进;;华东葡萄广西-2花药胚状体诱导与再生植株的研究[J];果树学报;2010年01期
10 余义和;徐伟荣;李树秀;黎涛;王跃进;;中国野生华东葡萄抗白粉病转录因子VpRFP1基因原核表达、纯化及多克隆抗体制备[J];农业生物技术学报;2011年01期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 王西平;王跃进;张今今;;中国野生葡萄抗白粉病相关基因及抗病基因同源类似物的克隆[A];中国园艺学会第六届青年学术讨论会论文集[C];2004年
中国重要报纸全文数据库 前9条
1 徐 茜;地方品牌,“小虾”也快乐[N];中国质量报;2004年
2 俞海峰;“华东”差异化争食葡萄酒市场[N];中国商报;2004年
3 本报记者 王建蓉 王道海;将品质进行到底[N];经理日报;2004年
4 本报记者 李晓寒;岛城消费市场众酒“争香”[N];青岛日报;2005年
5 王大庆;WTO一开,洋酒自然来?[N];中国机电日报;2002年
6 韩晓晖;展会究竟该咋办[N];中华工商时报;2000年
7 李小峰 扬州大学旅游烹饪学院;教育旅游市场开发之我见[N];华东旅游报;2002年
8 山旅;青岛旅游一年净赚136亿[N];华东旅游报;2004年
9 郭俐君;葡萄酒新标准出台引发企业新一轮“洗牌”?[N];中国工业报;2003年
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 张今今;中国葡萄属野生种抗白粉病基因cDNA克隆及序列分析[D];西北农林科技大学;2003年
中国硕士学位论文全文数据库 前5条
1 张艳艳;华东葡萄抗白粉病和霜霉病基因RAPD标记的研究[D];西北农林科技大学;2008年
2 朱自果;中国原产华东葡萄及其子代抗白粉病基因cDNA文库构建及EST序列分析[D];西北农林科技大学;2008年
3 武杰;白粉菌诱导的葡萄抗病候选基因表达及VpWDR基因克隆定位[D];西北农林科技大学;2012年
4 陈祖玉;野生葡萄种质资源的保存、鉴定与评价[D];湖南农业大学;2001年
5 徐炎;中国野生葡萄抗白腐病、炭疽病基因RAPD标记及其克隆[D];西北农林科技大学;2000年
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