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《兰州大学》 2009年
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蛋白质相互作用网络度分布的研究

邴志桐  
【摘要】: 随着系统生物学研究技术的快速发展,有关蛋白质相互作用的数据越来越多,利用这些数据,构成了庞大的蛋白质相互作用(PPI)网络。2000年酵母大规模蛋白质相互作用网络图谱的成功描绘,蛋白质相互作用特别是大规模蛋白质相互作用研究成为生命科学领域的又一个研究热点。酵母、果蝇、线虫、大肠杆菌以及人类蛋白的大规模相互作用图谱的相继完成,对系统研究细胞内各种生命活动有着重要意义。PPI网络是研究细胞在分子层面活动的有力工具,而度分布是一个网络性质的重要统计参数。但是来自于实验数据的蛋白质相互作用,存在着假阳性和假阴性,其数据的准确性可能会对网络的度分布的稳定性造成影响。因此,本文采用双模式选择方法评价在三种采样方法下,对四个物种PPI网络度分布稳定性的影响。 通过对数据的处理结果表明,在三种情况下(随机采样、数据库交叉、数据库增长),采样所产生的子网络度分布的稳定性仅与子网络的规模有关。抽样的计算结果显示:(1)全网络随机抽样以及按照不同实验方法随机抽样,都对PPI网络度分布没有明显影响,结点的抽样率达到50%以下,度分布仍然保持稳定。(2)蛋白质注释数据库交集抽样,对PPI网络度分布没有明显影响(3)每年数据库收录数据的增长,对PPI网络度分布没有明显影响,而且果蝇的结点抽样率达到6.1%,度分布依然稳定。(4)统计评价结果表明广延指数(stretchedexponential)函数是描述PPI网络度分布的最优函数分布,且在以上情况下,stretched exponential函数都保持着极高的稳定性。 通过对PPI网络的分析,PPI网络度分布是一个比无标度网络更为复杂的网络,而且各种抽样和假阴性和假阳性不会对网络的度分布的稳定性造成影响。
【学位授予单位】:兰州大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2009
【分类号】:Q51

【引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 李寅珠;基于蛋白质相互作用网络的代谢pathway预测[D];天津师范大学;2012年
【参考文献】
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1 谭璐;姜璐;;系统生物学与生物网络研究[J];复杂系统与复杂性科学;2005年04期
2 武明花,李桂源;分离的泛素系统——一种新型的膜蛋白酵母双杂交系统[J];国外医学.遗传学分册;2005年02期
3 杨胜利;系统生物学研究进展[J];中国科学院院刊;2004年01期
4 成海平,钱小红;蛋白质组研究的技术体系及其进展[J];生物化学与生物物理进展;2000年06期
5 甄朱;蛋白质组学进展[J];生物工程学报;2001年05期
6 田双起;秦广雍;李宗伟;王雁萍;陈林海;谈重芳;李宗义;黄新;常胜合;;质谱技术及其在后基因组时代中的应用[J];生物技术通报;2008年03期
7 赵海豹;林汝仙;王升启;;蛋白质组学研究相关技术及进展[J];生物技术通讯;2008年06期
8 卫功宏,印莉萍;蛋白质组学相关概念与技术及其研究进展[J];生物学杂志;2002年04期
9 吴金闪,狄增如;从统计物理学看复杂网络研究[J];物理学进展;2004年01期
10 方锦清;汪小帆;郑志刚;李翔;狄增如;毕桥;;一门崭新的交叉科学:网络科学(下篇)[J];物理学进展;2007年04期
【共引文献】
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1 刘小林;;蛋白质组学及其研究进展[J];安徽农业科学;2007年31期
2 王琳;;水稻蛋白质组学研究进展[J];安徽农业科学;2009年35期
3 叶晶晶;曹宁宁;殷浩;张建飞;吴建梅;胡祚忠;;植物蛋白的研究进展[J];安徽农业科学;2011年31期
4 宋兵;;基于复杂网络的农作物细菌性病害传播模型初探[J];安徽农业科学;2011年34期
5 陈主初;肿瘤蛋白质组学的研究进展[J];癌症;2004年02期
6 魏娟;宋福庆;;两种全局同步稳定性方法的比较与应用[J];安阳师范学院学报;2011年05期
7 黄树林;鞠颂东;董军;;企业集团网络化物流模式的结构分析[J];北京交通大学学报(社会科学版);2011年01期
8 尹向敏;李元左;罗小明;;陆军武器装备综合集成系统复杂性研究[J];兵工自动化;2007年10期
9 邱原;邢焕革;;基于复杂理论的作战网络关键边评估方法[J];兵工自动化;2011年08期
10 马睿;朱建冲;杨美玲;;基于改进聚类生存度的军事通信网可靠性分析[J];兵工自动化;2012年06期
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1 陈树文;高琼;;网络结构视角下中关村产业集群创新驱动困境与建议[A];创新驱动与首都“十二五”发展——2011首都论坛文集[C];2011年
2 耿志勇;;具有静态非线性互联结构的分布式异构系统的稳定性[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
3 李鑫滨;王腊梅;刘仙;;基于动态复杂网络的Van der pol振子同步[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年
4 李立;;BA无标度网络中混沌动力系统的同步分析及控制[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年
5 张跃;蒋国平;;一类混沌复杂动态网络不稳定平衡点的牵制控制[A];中国自动化学会控制理论专业委员会A卷[C];2011年
6 郑新奇;苏艳军;杨光;王淑晴;;城市道路网络复杂性的研究方法——空间句法与复杂网络模型的集成分析[A];《测绘通报》测绘科学前沿技术论坛摘要集[C];2008年
7 《基于学术交流的技术创新人才培养研究》课题组;陈雄辉;;基于学术交流的技术创新人才培养研究[A];学术交流质量与科技研发创新研究[C];2009年
8 王建功;李平辉;谭欢;;B-A模型的改进模型[A];2007北京地区高校研究生学术交流会通信与信息技术会议论文集(下册)[C];2008年
9 方锦清;;核科技领域的复杂网络研究概述与发展前景[A];中国核科学技术进展报告——中国核学会2009年学术年会论文集(第一卷·第6册)[C];2009年
10 李小叶;王红蕾;;城市公共交通网络的级联失效研究[A];2010年西南三省一市自动化与仪器仪表学术年会论文集[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 成广雷;国内外种子科学与产业发展比较研究[D];山东农业大学;2009年
2 尤著宏;基于图和复杂网络理论的蛋白质相互作用数据分析与应用研究[D];中国科学技术大学;2010年
3 杜文博;面向航空交通系统的复杂网络与网络动力学研究[D];中国科学技术大学;2010年
4 籍艳;几类时滞系统的稳定与同步[D];江南大学;2010年
5 徐红林;基因调控网络的建模及其结构分解方法研究[D];江南大学;2010年
6 于群;电力系统大停电的自组织临界特性研究[D];中国电力科学研究院;2010年
7 徐旭林;社会群体行为建模及其动力学分析[D];南开大学;2010年
8 杨凡;生物序列分析中若干问题的研究[D];电子科技大学;2011年
9 杜方;复杂网络系统间相似性识别及其应用[D];浙江大学;2010年
10 张建辉;节点势能导向多下一跳路由协议研究与性能评价[D];解放军信息工程大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张敏;猪圆环病毒2型感染猪肺泡巨噬细胞的蛋白质组学研究[D];华中农业大学;2010年
2 苏延森;刺激下拟南芥基因逻辑网络构建与分析[D];山东科技大学;2010年
3 朱云涛;在内部参数波动和外部噪声干扰下的基因调控网络鲁棒控制器的设计[D];山东科技大学;2010年
4 李二艳;刺激下拟南芥基因相关网络构建与分析[D];山东科技大学;2010年
5 谢进;抗鹅膏肽的全合成及其活性测定[D];中南林业科技大学;2009年
6 周斌;复杂网络的社团结构挖掘及应用研究[D];广西师范学院;2010年
7 王琦;免疫抑制剂Fk506对乳腺肿瘤细胞株的体外作用研究[D];浙江理工大学;2010年
8 高萌;复杂神经元网络的同步问题研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
9 兰文辉;基于复杂网络的可信软件研究[D];大连理工大学;2010年
10 姜荣;时间序列的聚类和关联规则挖掘研究[D];辽宁师范大学;2010年
【同被引文献】
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1 丁德武;陆克中;须文波;方康年;;代谢途径分析研究进展及其应用[J];计算机工程与应用;2009年33期
2 蔡晓妍;戴冠中;杨黎斌;;谱聚类算法综述[J];计算机科学;2008年07期
3 赵静;俞鸿;骆建华;曹志伟;李亦学;;应用复杂网络理论研究代谢网络的进展[J];科学通报;2006年11期
4 曹建平,马义才,李亦学,石铁流;计算方法在蛋白质相互作用研究中的应用[J];生命科学;2005年01期
5 朱新宇,沈百荣;预测蛋白质间相互作用的生物信息学方法[J];生物技术通讯;2004年01期
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1 李艳文;信号Pathway预测方法研究[D];吉林大学;2011年
2 郑山红;信号转导pathway重构和组成要素识别方法研究[D];吉林大学;2011年
3 谢江;蛋白质相互作用网络的数值研究[D];上海大学;2008年
4 王淑琴;机器学习方法及其在生物信息学领域中的应用[D];吉林大学;2009年
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1 董蕴源;基于谱方法的蛋白质相互作用网络分析[D];国防科学技术大学;2007年
2 吴英斯;基于SOM算法的pathway元素的识别[D];吉林大学;2009年
3 刘昊;基于聚类算法和相互作用网络的蛋白质功能预测研究[D];湖南大学;2009年
4 韩秋连;蛋白质网络模块化方法研究[D];北京交通大学;2011年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 岳远彬;苗延平;张春庆;;蛋白质组分析技术与进展[J];山东农业科学;2007年01期
2 马原松;石毅;;生物芯片的研究现状与展望[J];安徽农业科学;2006年07期
3 吴世容,李志良,李根容,杨胜喜;生物质谱的研究及其应用[J];重庆大学学报(自然科学版);2004年01期
4 解(亻刍);汪小帆;;复杂网络中的社团结构分析算法研究综述[J];复杂系统与复杂性科学;2005年03期
5 刘强;方锦清;李永;;束流输运网络中多目标的分区耦合牵制控制[J];复杂系统与复杂性科学;2007年01期
6 罗治文;质谱技术研究进展[J];国外医学(生物医学工程分册);2005年03期
7 史明江;李翔;汪小帆;;基于复杂网络理论的即时通讯病毒研究[J];计算机工程与应用;2006年11期
8 宋莉雅;李翔;汪小帆;;互联网的局域世界演化模型仿真研究[J];计算机仿真;2006年10期
9 方锦清,汪小帆,刘曾荣;略论复杂性问题和非线性复杂网络系统的研究[J];科技导报;2004年02期
10 方锦清;;网络科学的理论模型探索及其进展[J];科技导报;2006年12期
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1 章忠志;复杂网络的演化模型研究[D];大连理工大学;2006年
【相似文献】
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1 范永亮,王来生,李云;随机抽样情况下CSP-3方案的流向图方法[J];数理统计与应用概率;1994年02期
2 王武宏,孙逢春,李晓雷;复杂可修系统可信度的数字仿真方法[J];系统工程理论与实践;2001年07期
3 李卫平!北京275信箱68分箱北京102413,张孝泽!北京275信箱68分箱北京102413,许淑艳!北京275信箱68分箱北京102413;微机上实用蒙特卡罗抽样库[J];计算物理;1995年02期
4 高齐圣,潘德惠;随机均匀网格优化法在橡胶配方优化中的应用研究[J];系统工程理论与实践;1999年11期
5 王春霞,黄振平,马军建,侯云青,林小丽;几种频率曲线稳健性初步研究[J];河海大学学报(自然科学版);2004年04期
6 刘爱芹;;随机抽样中样本容量确定的影响因素分析[J];山东财政学院学报;2006年05期
7 王唤良,朱建军,张贵;在MapInfo中实现区域对象样点布设功能[J];测绘工程;2003年04期
8 寿涌毅;随机抽样算法在多项目调度中的应用[J];管理工程学报;2005年03期
9 邱玉波,袁建奎;A~(z+)—H(1s)碰撞中的电荷交换和电离[J];原子与分子物理学报;1993年04期
10 肖晴初;一类连续型随机分布之间的生成关系的注记[J];湖南商学院学报;2002年04期
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1 吴俊;邓宏钟;朱大智;谭跃进;;蛋白质相互作用网络的度秩函数与度分布[A];2006全国复杂网络学术会议论文集[C];2006年
2 徐娟;;基于复杂网络的物流网络度分布[A];中国铁道学会物资管理委员会2009年度学术研讨会论文集[C];2009年
3 李国强;李进军;;框架结构体系可靠度计算的随机抽样半解析法[A];工程安全及耐久性——中国土木工程学会第九届年会论文集[C];2000年
4 何大韧;;关于合作网络研究进展与前景的浅见[A];第二届全国复杂动态网络学术论坛论文集[C];2005年
5 刘小虎;顾乃杰;毕坤;刘刚;汪秉宏;;互联网中国大陆地区自治系统级拓扑结构推导与分析[A];2006全国复杂网络学术会议论文集[C];2006年
6 杨春;刘玉华;陶少华;陈洪才;;BA无标度网络模型的扩展[A];2006全国复杂网络学术会议论文集[C];2006年
7 赵芳翠;杨会杰;王久红;汪秉宏;;SCI索引因子的统计特征[A];2006全国复杂网络学术会议论文集[C];2006年
8 朱大智;吴俊;谭跃进;邓宏钟;;复杂网络拓扑结构的非均匀性测度与分析[A];全国复杂系统研究论坛论文集(二)[C];2005年
9 李二保;雷菁;徐富兵;华力;;LDPC码度分布的优化研究[A];第十三届全国信号处理学术年会(CCSP-2007)论文集[C];2007年
10 寿涌毅;;资源受限项目净现值优化的随机抽样算法[A];2005中国控制与决策学术年会论文集(下)[C];2005年
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1 记者 段伟华;我省小麦丰产方建设初见成效[N];山西日报;2009年
2 记者 郭静 通讯员 梁幸枝 粟华英;超三成市民不满轮候看病时间长[N];广东科技报;2009年
3 通讯员 鲁胜利 记者 刘冰石;合肥监测青少年健康危险行为[N];安徽日报;2009年
4 杨萍;马鞍山提高食品安全风险管理能力[N];中国食品报;2009年
5 本报记者 程维;年终奖覆盖比例略高于上年[N];广州日报;2009年
6 易全;83%欧洲民众表示购买产品会考虑环境影响[N];国际商报;2009年
7 本报记者 王夕;金力:中国长寿之乡的基因秘密[N];北京科技报;2009年
8 记者 杨超;中卫隆德分列市县榜首[N];宁夏日报;2010年
9 通讯员 赵丽红;临渭区对“公众安全感”进行电话抽样调查[N];渭南日报;2010年
10 记者 张敬波;宣城“消毒餐具”大半不合格[N];安徽日报;2010年
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1 余剑梅;不确定性条件下个人选择实验研究[D];浙江大学;2004年
2 梁治;蛋白质相互作用网络的比较生物学分析及其应用[D];中国科学技术大学;2006年
3 谢江;蛋白质相互作用网络的数值研究[D];上海大学;2008年
4 陈启龙;非小细胞肺癌发生分子机制的生物信息学研究[D];上海大学;2009年
5 郑中团;基于随机图演化与图上随机游动的复杂网络研究[D];上海大学;2009年
6 李志民;两类随机过程以及相关问题的研究[D];上海交通大学;2009年
7 赵明;复杂网络上动力系统同步现象的研究[D];中国科学技术大学;2007年
8 童金英;复杂网络拓扑特征的理论研究及仿真分析[D];中南大学;2010年
9 毛明志;基于随机环境与复杂网络的极限定理[D];上海交通大学;2009年
10 李进;交通网络复杂性及其优化研究[D];天津大学;2009年
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1 邴志桐;蛋白质相互作用网络度分布的研究[D];兰州大学;2009年
2 廖文彬;基于矩阵奇异值分解的图像压缩方法研究[D];成都理工大学;2007年
3 董蕴源;基于谱方法的蛋白质相互作用网络分析[D];国防科学技术大学;2007年
4 李旭东;随机网络的等差增长模型研究[D];河北工业大学;2007年
5 王善福;随机网络中的簇系数的研究[D];河北工业大学;2007年
6 葛继科;偏差抽样技术在聚类挖掘中的应用[D];西南农业大学;2005年
7 李延恩;蛋白质相互作用网络的模块结构辨识[D];华中科技大学;2006年
8 于恒松;Poisson增长与删除的无标度网络的分析与研究[D];北京交通大学;2009年
9 周水红;高性能准循环LDPC码的构造研究[D];浙江师范大学;2009年
10 邓科;一种新增长机制作用下网络演化模型的研究[D];湘潭大学;2005年
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