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《甘肃农业大学》 2016年
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牦牛PPARα、PPARγ、PPARδ基因的多态性与生长性状相关性研究

纪永吉  
【摘要】:肌内脂肪含量是影响牦牛肉质品质的一个重要因素,可直接影响其肉的嫩度和风味。过氧化物酶体增殖激活受体PPARα、PPARγ和PPARδ基因是调控牦牛肌内脂肪沉积的相关候选基因。牦牛生长性状与脂肪沉积之间具有一定的关联系,因此,揭示牦牛PPARα、PPARγ和PPARδ基因的遗传变异特征,及牦牛生长性状显著相关的候选分子标记,为牦牛分子育种积累资料。以192头牦牛血样为材料,通过DNA池测序和PCR-HRM(英文全写,HRM)等技术检测PPARα、PPARγ和PPARδ基因的SNPs。利用DNA混合池、直接测序法和高分辨率溶解曲线对PPARα、PPARγ、PPARδ进行基因分型,分析其在牦牛群体中基因多态性,并对192头牦牛在上述位点的多样性与其生长性状进行关联分析,以期为牦牛遗传资源的保护利用与新品种选育提供科学依据。本研究主要获得了以下结果:1.PPARα基因多态性与生长性状相关性分析牦牛PPARα基因中发现三个SNPs。遗传变异特征分析显示,SNP1(g.44399A/C)、SNP2(g.53261A/G)和SNP3(g.61281T/C)位点属于中度多态性。连锁不平衡和单倍型分析表明,牦牛PPARα基因SNP1(g.44399A/C)多态位点和SNP2(g.53261G/A)多态位点之间为弱连锁,牦牛PPARα基因SNP1(g.44399A/C)多态位点和SNP3(g.61281T/C)多态位点之间为弱连锁,而牦牛PPARα基因SNP2(g.53261G/A)多态位点和SNP3(g.61281T/C)多态位点之间为强连锁,单倍型CAT属于优势单倍型(频率为48.2%)。方差分析表明,单个的SNP与牦牛生长性状有着显著或极显著的关联。牦牛PPARα基因的3个SNPs与其生长性状显著相关。2.PPARγ基因多态性与生长性状性分析牦牛PPARγ基因外显子中仅发现1个SNP。遗传变异特征分析显示,SNP(g.87362T/C)位点属于高度多态性。方差分析表明,该SNP与牦牛生长性状有着显著或极显著的关联。牦牛PPARγ基因SNP与其生长性状显著相关。3.PPARδ基因多态性与生长性状相关性分析牦牛PPARδ基因内含子中发现2个SNPs。遗传变异特征分析显示,SNP1(g.10045A/G)和SNP2(g.10226A/G)位点属于中度多态性。连锁不平衡和单倍型分析表明,牦牛PPARδ基因2个多态位点之间为弱连锁,单倍型AA属于优势单倍型(频率为42.2%)。方差分析表明,单个的SNP与牦牛生长性状有着显著或极显著的关联。牦牛PPARδ基因的2个SNPs均与其生长性状显著相关。
【关键词】:牦牛 PPARα PPARγ PPARδ 多态性 生长性状 关联分析
【学位授予单位】:甘肃农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2016
【分类号】:S823.85
【目录】:
  • 缩略词对照表4-5
  • 摘要5-7
  • Summary7-12
  • 第一章 文献综述12-26
  • 1.1 牦牛资源现状12
  • 1.2 牦牛的分布12-13
  • 1.3 PPARs家族的研究进展13-20
  • 1.3.1 PPARα 基因的研究进展14-16
  • 1.3.2 PPARγ 基因的研究进展16-18
  • 1.3.3 PPARδ 基因的研究进展18-20
  • 1.4 SNP的简介20-22
  • 1.4.1 SNP的定义和特点20-21
  • 1.4.2 SNP的检测方法21-22
  • 1.5 高分辨率溶解曲线22-24
  • 1.5.1 HRM的原理22-23
  • 1.5.2 HRM的工作流程23
  • 1.5.3 高分辨率溶解曲线的应用23-24
  • 1.6 本研究的目的与意义24-26
  • 第二章 牦牛PPARα 基因的多态性与与生长性状相关性研究26-37
  • 2.1 实验材料26-28
  • 2.1.1 实验动物26
  • 2.1.2 常用试剂26
  • 2.1.3 主要药品及试剂的配制26-27
  • 2.1.4 仪器设备27-28
  • 2.2 试验方法28-30
  • 2.2.1 基因组DNA的提取和稀释28
  • 2.2.2 DNA混合池构建28
  • 2.2.3 引物设计28-29
  • 2.2.4 PCR扩增29-30
  • 2.2.5 DNA测序30
  • 2.2.6 基于HRM小片段法PPARα 基因分型30
  • 2.3 统计学分析30-31
  • 2.4 结果与分析31-35
  • 2.4.1 PCR扩增产物检测结果31
  • 2.4.2 PPARα 基因混合池测序31-32
  • 2.4.3 基于HRM小片段法PPARα 基因分型32-33
  • 2.4.4 牦牛PPARα 基因多态位点的群体遗传学分析33-34
  • 2.4.5 PPARα 基因多态性与生长性状相关性分析34-35
  • 2.5 讨论35-37
  • 2.5.1 采样和试验方法35-36
  • 2.5.2 PPARα 基因试验讨论36-37
  • 第三章 牦牛PPARγ 基因的多态性与与生长性状相关性研究37-44
  • 3.1 实验材料37
  • 3.1.1 实验动物37
  • 3.1.2 常用试剂37
  • 3.1.3 主要药品及试剂的配制37
  • 3.1.4 仪器设备37
  • 3.2 试验方法37-40
  • 3.2.1 基因组DNA的提取和稀释37
  • 3.2.2 DNA混合池构建37
  • 3.2.3 引物设计37-39
  • 3.2.4 PCR扩增39
  • 3.2.5 DNA测序39
  • 3.2.6 基于HRM小片段法PPARγ 基因分型39-40
  • 3.3 统计分析40
  • 3.4 结果与分析40-42
  • 3.4.1 PCR扩增产物检测结果40
  • 3.4.2 PPARγ 基因混合池测序40-41
  • 3.4.3 基于HRM小片段法PPARγ 基因分型41
  • 3.4.4 牦牛PPARγ 基因多态位点的群体遗传学分析41-42
  • 3.4.5 PPARγ 基因多态性与生长性状相关性分析42
  • 3.5 讨论42-44
  • 3.5.1 采样和试验方法42
  • 3.5.2 PPARα 基因试验讨论42-44
  • 第四章 牦牛PPARδ 基因的多态性与与生长性状相关性研究44-52
  • 4.1 实验材料44
  • 4.1.1 实验动物44
  • 4.1.2 常用试剂44
  • 4.1.3 主要药品及试剂的配制44
  • 4.1.4 仪器设备44
  • 4.2 试验方法44-47
  • 4.2.1 基因组DNA的提取和稀释44
  • 4.2.2 DNA混合池构建44
  • 4.2.3 引物设计44-46
  • 4.2.4 PCR扩增46
  • 4.2.5 DNA测序46
  • 4.2.6 基于HRM小片段法PPARδ 基因分型46-47
  • 4.3 统计分析47
  • 4.4 结果与分析47-50
  • 4.4.1 PCR扩增产物检测结果47
  • 4.4.2 PPARδ 基因混合池测序47-48
  • 4.4.3 基于HRM小片段法PPARδ 基因分型48-49
  • 4.4.4 牦牛PPARδ 基因多态位点的群体遗传学分析49-50
  • 4.4.5 PPARδ 基因多态性与生长性状相关性分析50
  • 4.5 讨论50-52
  • 4.5.1 采样和试验方法50
  • 4.5.2 PPARα 基因试验讨论50-52
  • 第五章 结论52-54
  • 参考文献54-65
  • 致谢65-66
  • 导师简介66-67
  • 作者简介67

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