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《喀什大学》 2019年
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喀喇昆仑—帕米尔地区牦牛mtDNA遗传多样性及系统发育分析

李静  
【摘要】:牦牛(Bos grunniens Linnaeus)是世界珍奇稀有的畜种资源,主要分布在中国的青藏高原及周边高海拔地区,被誉为“高原之舟”,是高原农牧民饲养的主要畜种之一。在品种分类上有17个地方品种和1个培育品种,但以上品种均未涵盖分布于新疆的喀喇昆仑-帕米尔高原区域的牦牛种群,成为牦牛地理分布上未涉及的区域。为进一步阐明该区域牦牛遗传多样性水平及系统进化地位。本文以分布于喀喇昆仑-帕米尔高原区域牦牛为研究对象,采用PCR直接测序和生物信息学分析方法对mtDNA D-loop和mtDNA Cytb全序列进行遗传多样性分析,利用GenBank提交的牦牛mtDNA D-loop序列分析喀喇昆仑-帕米尔高原区域牦牛的系统进化地位,以及mtDNA Cytb全序列与GenBank中牦牛和牛属10个近缘物种进行比较分析。主要研究结果如下:1.喀喇昆仑-帕米尔高原牦牛群体mtDNA D-loop序列全长为890-895bp,其中T、C、A和G 4种碱基的平均含量分别为28.7%、25.2%、32.5%和13.6%,A+T含量(61.2%)高于G+C含量(38.8%),说明牦牛mtDNA D-loop区富含A+T,符合哺乳动物线粒体mtDNA D-loop区碱基组成存在偏倚性的特点。156个喀喇昆仑-帕米尔高原牦牛个体中分析共检测出63个多态位点界定了44个单倍型,其中单倍型多样性0.806、核苷酸多样性0.01528,说明喀喇昆仑-帕米尔高原牦牛具有丰富的遗传多样性;构建的系统发育树和Network网络关系表明喀喇昆仑-帕米尔高原区域牦牛具有两个母系起源。2.利用GenBank数据库中下载mtDNA D-loop序列与本研究获得序列mtDNA D-loop构建系统发育树,结果表明140种单倍型被聚类成两大分支,两大分支共形成了五个小分支(A-F);家牦牛mtDNA D-loop序列由两个分支较远的进化支系组成,表明中国牦牛拥有两个母系起源。各分支中未发现家牦牛种群与地理分布格局的相关性;喀喇昆仑-帕米尔高原牦牛与其他牦牛品种共享情况较少,在分支C中喀喇昆仑-帕米尔高原牦牛群体所占比例较大且与野牦牛共享,说明喀喇昆仑-帕米尔高原牦牛群体较独特,喀喇昆仑-帕米尔高原地区牦牛可能起源于野牦牛。3.利用本研究获得的110个喀喇昆仑-帕米尔高原地区牦牛和下载的82条牦牛mtDNA Cytb序列,与牛亚科代表物种42条序列构建系统发育树,结果显示:牦牛首先和美洲野牛聚类,形成的分支与欧洲野牛聚类,再与印度野牛、大额牛、林牛、爪哇野牛及普通牛与原牛、瘤牛形成的分支聚为一类,最后和水牛属相聚;表明牦牛与美洲野牛起源关系较近,与普通牛起源关系较远。
【学位授予单位】:喀什大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2019
【分类号】:S823.85

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