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猪繁殖与呼吸综合征病毒江苏毒株的分离、鉴定和遗传进化分析

迟兰  
【摘要】: 2006年夏季江苏地区乃至全国养猪业爆发了一场以高热、呼吸道症状、神经症状等为主要症状的“高热病”。该病的发病率和死亡率都很高,给国内的养猪业带来极大的经济损失。采集江苏各地区“高热”病料;设计合成五对检测引物,检测几种引起猪发热症状的病毒性疾病,用PCR/RT-PCR方法检测,共分离获得22株PRRSV。为确定该病的病原的相关生物学特性,本研究选取具有代表性的从江苏省沭阳县某猪场高热死亡的病死仔猪淋巴结组织中分离的一株病毒(命名为SHY-1株)为例,经病毒鉴定、病毒生物学特性测定,确定其为美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒。人工猪体感染发病试验表明,该分离株可以引起商品仔猪出现明显临床症状和死亡,证实该病毒为高致病性PRRSV毒株。 根据GenBank中已发表的序列,针对猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因和Nsp2高变区的基因序列,设计特异性引物,采用RT-PCR方法,对分离到的22株PRRSV进行ORF5基因序列以及Nsp2部分基因序列的扩增,克隆并测序。应用DNAStar软件将测序结果与已发表的国内外的参考毒株进行比对分析。结果表明,分离的22株病毒ORF5基因大小均为603bp;其中21个毒株之间同源性为98.5-100%,与国内分离株之间同源性为87.7-97%,与国外美洲型分离株同源性为85.6-90.5%;另一株(SIY-1株)与其他21株的同源性为88.1-89.1%,与美洲型参考株VR-2332的同源性为99.5%,而与国内分离株的同源性为88.6-98.8%。22株PRRSV分离株与欧洲型毒株之间的同源性仅为54.1-56.6%。19株用于扩增Nsp2高变区基因序列的PRRSV分离株均在基因组第2778~2780位缺失了3个碱基(编码一个苯丙氨酸),及2947~3033位缺失了87个碱基(编码27个氨基酸)。其中的两个扬州分离株在2747~2836位又缺失了90个碱基(编码30个氨基酸)。19个毒株之间同源性为96.8-99.4%,与VR-2332相比同源性为77.3-78.6%;与国内河北、郑州等地2007年的PRRSV相比同源性为96.8-99.4%。 此外,根据GenBank中已经发表的中国株的基因序列设计了13对引物,扩增SHY-1株以及另一株(JSDT-1)的全基因序列。经基因测序鉴定SHY-1为美洲型PRRSV,其全长为15323bp,包含8个开放式阅读框。与美洲型代表株VR-2332相比,该分离株在基因组第2778~2780位缺失了3个碱基(编码一个苯丙氨酸),在2947~3033位缺失了87个碱基(编码27个氨基酸)。JSDT-1株全长15319bp,缺失区域与SHY-1一致。序列分析结果显示,两个江苏分离株SHY-1与JSDT-1之间的同源性为98.8%。SHY-1、JSDT-1株与VR-2332的同源性分别为89.3%和88.7%,与国内河南等地的分离株同源性为89.0%-99.4%,与韩国、美国分离株的同源性为89.0%-92.0%,与欧洲分离株的同源性分别为59.8%-60.4%。


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