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《宁波大学》 2011年
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曼氏无针乌贼微卫星位点筛选及群体多态性分析

吴璋  
【摘要】:采用链霉亲和素包被的磁珠富集法筛选曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)微卫星位点。实验样品来自舟山六横岛,提取4个样品的DNA混合成DNA pool,用限制性内切酶Sau3AI酶切。接上接头后构建基因组PCR文库,用生物素标记的(GT)15探针筛选。筛选获得目的片段进行PCR扩增,连接pMD18-T载体,转入DH5α感受态大肠杆菌里,扩大培养后PCR筛选阳性克隆。总共选取278个克隆,对120个经过检测含有插入片段的克隆进行测序,发现102个克隆含有微卫星序列,阳性克隆比率为85%。除去重复测序的和侧翼链不足的序列,可以设计引物的微卫星序列有64条。其中有49条已经登陆Genebank数据库,检索号:HM756198-HM756246。最终33条引物被设计和合成。 搜索NCBI的数据库,总共查询获得曼氏无针乌贼微卫星序列10条。下载该些序列,利用Primer Premier 5分别为这些序列设计引物,然后送至公司合成。将模板稀释到20ng/μl,并将引物稀释到10pmol/μl,随即选择6个个体的模板进行PCR,PCR产物用聚丙烯酰胺凝胶电泳。发现4对引物能扩增出特异性条带,但是只有2对引物具有多态性。多态性的SMC424引物扩增出4个位点,有5种带型;而SMC2142有3个位点3种带型。 利用所获得的微卫星引物对舟山和霞浦群体进行PCR扩增,然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果总共有15对微卫星引物扩增出多态性,但只有13对引物可以进行群体多态性分析。将获得的电泳图片进行0-1分型编码,作为原始数据,然后转换为Popgen32软件所需要的ABCD型编码,进行多态性分析。软件分别对两个群体以及整个样本的位点数目、位点出现频率、期望杂合度、观测杂合度、有效基因数、还有群体遗传距离进行分析,同时根据位点出现频率计算各位点的PIC值。在对舟山86个个体的群体和霞浦55个个体的群体进行分析后,获得了遗传距离的一个无偏估计值为0.0519,说明这两个群体间的多态性是显著的。
【学位授予单位】:宁波大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2011
【分类号】:S917.4

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