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鄱阳湖南湖区细菌的16SrDNA多样性研究

朱国锋  
【摘要】: 鄱阳湖位于江西省北部,是我国第一大淡水湖,湖面以松门山为界分为南、北两部分,南部湖面宽阔,为一主湖区,北部湖面狭长,为湖水入江水道区。鄱阳湖独特的地理环境和气候条件,也使得其微生物多样性非常丰富。 本研究通过直接提取取自鄱阳湖南湖主湖区(N29°09′10.06″,E116°04′24.57″)水样NHⅠ、NHⅡ的细菌总DNA为模板,以细菌的16SrDNA通用引物PCR扩增鄱阳湖南湖水样中细菌的16SrRNA基因,构建16SrDNA克隆文库,经限制性内切酶片段长度多态性(Restriction Fragment LengthPolymorphisma,RFLP)分析,DNA序列的测定和系统发育分析等,对鄱阳湖南湖主湖区细菌多样性进行了研究。 研究结果表明: (1)鄱阳湖南湖主湖区2006年10月取的水样(NHⅠ)中的细菌包括了变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟杆菌门(Bacteroidetes)四大类群和10个尚不能确定分类地位的基因型。其中变形细菌、拟杆菌和放线菌是优势类群,分别占47.2%、18.9%和11.3%。 (2)鄱阳湖南湖主湖区2007年5月取的水样(NHⅡ)中的细菌包括了变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)六大类群和8个尚不能确定分类地位的基因型。其中变形细菌、拟杆菌和放线菌是优势类群,分别占59.0%、9.8%和8.2%。 (3)获得的细菌文库克隆子序列90%以上与Genbank中已知序列相似度≥97%,说明鄱阳湖南湖主湖区中的细菌物种分布很广泛,多数已在对其它环境样品的研究中被发现。 (4)对两次取样的两个克隆文库的统计学分析发现,库容Coverage C、Rarefaction曲线、仙农指数Shannon-Wiener index(H')和S_(Chaol)值四个指数都一致表明鄱阳湖南湖主湖区细菌多样性非常丰富。 (5)将两次研究结果比较发现样品NHⅡ中的细菌多样性要高于样品NHⅠ中的细菌多样性,表明鄱阳湖南湖主湖区细菌多样性随季节的变化而变化。 (6)将本研究结果与本实验室对鄱阳湖北湖的研究结果比较,发现鄱阳湖南湖的细菌多样性要高于鄱阳湖北湖。


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