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《中国科学院云南天文台》 2001年
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双链DNA片断的碱基空间模式BSP

李许卿  
【摘要】: 生物体可看作是一种特殊的信息处理系统,论文的第二章从这 种观点出发讨论了生物细胞内最大的信息源基因组DNA序列的信息 编码问题。首先探讨了基因组蛋白质编码区的信息编码问题;简要 回顾转录水平的基因表达调控后,讨论了基因组基因表达调控区的 信息编码问题。 论文的第三章介绍了我们利用internet上可获取的开放的生物 信息学资源,对基因组DNA调控区的一种可能的编码方式所进行的理 论研究。这种可能的编码方式我们称之为双链DNA上的碱基空间模式 BSP(Base Spatial Pattern)。首先,我们发现了由三联体BSP介导 的一种4与20的关系,称为4-BSP-20关系。并推测4-BSP-20关系也许 是某些DNA—蛋白质相互作用中的一种识别密码;第二,研究真核细 胞转录调控中的DNA—蛋白质相互作用的实验数据表明:某些DNA结 合蛋白质对双螺旋核酸的专一性识别可能与BSP有关。我们找到了七 组由其他生物学家公开发表的实验数据支持这一猜测;第三,我们 还研究了BSP的形式化描述问题,找到了一种基于等价类的BSP描述 方法,并开发了相应的计算机处理算法。该描述方法简明且便于用 计算机进行处理,更重要的是它提供了一种研究途径,可把BSP和 4-BSP-20关系推广到单链DNA(ssDNA)和ssDNA-蛋白质相互作用的 研究中,从而可进一步推广到RNA和RNA-蛋白质相互作用的研究中。 在结论部分,我们给出了BSP的研究展望。
【学位授予单位】:中国科学院云南天文台
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2001
【分类号】:Q523.8

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