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《中国科学院研究生院(大连化学物理研究所)》 2004年
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基因序列变异分析的方法研究及其临床应用

赵春霞  
【摘要】:近年来,对生物体基因组中存在的序列变异及多态性进行研究已经成为人们关注的焦点。传统的序列变异及多态性检测技术远远不能满足现在的需要,而能够批量、廉价地识别和检出序列变异的技术还不够成熟。因此,建立一个高效、准确而又适于临床应用的序列变异检测的技术平台极其重要。 本论文首先制备了适于基因组序列变异及多态性检测的高效、经济的毛细管电泳(CE)筛分介质---短链线性聚丙烯酰胺(LPA)及毛细管涂层柱,并以小片段DNA分子作为目的基因,考察了其在短链LPA筛分介质中的迁移行为,探讨了聚合物存在特征对DNA分离的影响,进一步验证了Ogston模型和高分子亚浓溶液线团收缩理论对上述CE-DNA筛分体系预测的合理性。 为建立对基因组序列变异及多态性进行快速筛选和检测的毛细管电泳平台,实现DNA筛分体系的经济化、系列化、专一化,论文利用自制的短链LPA筛分介质,在ABI310型遗传分析仪上建立了一系列基于自制LPA的序列多态性检测方法:1) 建立了对基因组中已知单核苷酸多态性位点进行快速检测和遗传分型的SNaPshot方法;2) 建立了对未知基因序列变异进行快速筛选的单链构象多态性、单链构象多态性/杂合分析、恒变性毛细管电泳等检测方法。系统考察了上述方法中各筛分介质、分离温度、分离电压、添加剂等相互间的依赖关系及其对分离的影响。在各自的优化条件下,用自制的短链LPA筛分介质与商品化筛分介质进行了比较,结果表明自制LPA筛分介质有更好的分离性能,更短的分析时间和更低的检测成本,也更适合于规模化分析和临床应用。 为验证以上方法的有用性,将上述平台应用于实际临床样本的研究。首先,对肿瘤样本的抑癌(癌)基因进行了序列变异及多态性的快速筛选,探讨了上述人群的肿瘤发展途径及患癌风险。其次,对分属于14个属34个种的270株临床常见病原菌的16S rRNA基因和16S-23S rRNA间区基因进行了快速分析,初步建立了临床常见病原菌的双重SSCP和RFLP标准数据库,并将检测结果与机器码相结合,使复杂数据简单化,为该法的早日临床应用奠定了基础。
【学位授予单位】:中国科学院研究生院(大连化学物理研究所)
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2004
【分类号】:R346

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【参考文献】
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1 钱人元,曹锑,陈尚贤,白凤莲;用分子间激基缔合物荧光研究聚苯乙烯良溶剂溶液——从稀区到亚浓区和浓区的转变[J];中国科学(B辑 化学 生物学 农学 医学 地学);1983年12期
2 杨瑞馥,汪晓辉,李崇辉,郭兆彪,张敏丽,周方,高树德;橡树岭军团菌的分离及用16S rDNA测序法的鉴定[J];微生物学免疫学进展;1999年01期
3 刘万清,贺林;SNP-为人类基因组描绘新的蓝图[J];遗传;1998年06期
4 罗雯,万雅各,彭宣宪,王三英;采用通用引物PCR配合SSCP及RFLP技术快速检测常见病原菌[J];中华微生物学和免疫学杂志;2001年06期
5 傅君芬,卢美萍,尚世强,洪文澜,陆淼泉,李建平;16S-23S rRNA基因区间细菌鉴定实验研究[J];浙江大学学报(医学版);2002年06期
6 伍晓汀,肖路加,黎介寿,李昕权;套式聚合酶链反应扩增胆固醇结石中细菌DNA及其临床意义研究[J];中国普外基础与临床杂志;1998年02期
【共引文献】
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1 罗运军,程镕时 ,谭惠民;硝化纤维素在稀溶液中粘度与浓度的依赖关系[J];火炸药学报;1999年02期
2 蔡禄;黄伟;崔向军;;人类皮肤颜色基因的SNP统计分析[J];内蒙古科技大学学报;2007年04期
3 贾玉艳,陈宏;SNP分子标记的研究及应用[J];黄牛杂志;2003年01期
4 张利平;SNP及其在畜牧业中的应用前景[J];草食家畜;2003年03期
5 刘明,王继华,王同昌;DNA分子标记技术[J];东北林业大学学报;2003年06期
6 温杰,刘毅;16S-23S rRNA间区基因RFLP用于病原菌区分[J];大连医科大学学报;2005年04期
7 许国强,丁建东,杨玉良;具有排除体积的两维高分子链的静态标度律[J];复旦学报(自然科学版);1997年04期
8 薛奇,陆云,石高全,马万里,张富生,赵小宁,洪建明;无规聚苯乙烯在稀溶液中的急冷结晶[J];高等学校化学学报;1993年10期
9 潘雁,程镕时;高分子稀溶液粘度方程中Huggins系数的新解释[J];高等学校化学学报;2000年09期
10 徐敏,严晓虎,余学海;树状高分子PPI水溶液性质的研究[J];高等学校化学学报;2001年04期
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1 郭明星;朱堂明;陈晨;赵晖;王振华;陈建军;徐新生;;湖北省水产品中单增李斯特菌基因分型研究[A];第二届全国人畜共患病学术研讨会论文集[C];2008年
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1 张堃;两种叶菜镉、铅低积累品种筛选及其快速鉴别方法研究[D];中山大学;2011年
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3 张安平;汉族人寻常型银屑病与HLA基因分型的实验研究[D];南京医科大学;2002年
4 樊金波;精神分裂症侯选基因的传递不平衡分析[D];中国科学院研究生院(上海生命科学研究院);2003年
5 贺学勤;中国甘薯地方品种的遗传多样性分析[D];中国农业大学;2004年
6 罗庆斌;鸡热应激蛋白HSP70基因的单核苷酸多态研究[D];四川农业大学;2004年
7 韩利娟;油气开采用疏水缔合聚合物的研究[D];西南石油学院;2004年
8 黄建安;茶树分子遗传图谱构建及多酚氧化酶基因的SNP研究[D];湖南农业大学;2004年
9 王继华;小麦T型细胞质雄性不育相关蛋白的表达及育性恢复基因Rf3的分子标记的研究[D];东北农业大学;2004年
10 王赞;柠条锦鸡儿遗传多样性研究[D];中国农业大学;2005年
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1 李伟波;核桃(Juglans regia)SRAP遗传连锁图谱的构建和QTL定位[D];山东农业大学;2010年
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3 刘丽赏;功能磁性纳米颗粒在原发性高血压易感性研究中的应用[D];湖南工业大学;2010年
4 刘秀霞;吐鲁番斗鸡攻击行为的观察及鸡的攻击行为相关基因的SNP分析[D];石河子大学;2009年
5 高俊娜;三疣梭子蟹和日本蟳的线粒体DNA序列比较分析及三疣梭子蟹蜕皮抑制激素基因的SNP位点筛选[D];中国海洋大学;2011年
6 娄渊根;运用微卫星标记方法对中国绵羊遗传多样性研究[D];河南科技大学;2011年
7 王培欢;西安地区出土3000年前人釉原蛋白基因的分析[D];第四军医大学;2011年
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10 张宏;壳聚糖的提取、修饰及其荧光性能研究[D];西北师范大学;2002年
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1 赵永忠,徐湘民,徐钤;PCR-LIS-SSCP快速分析非缺失型α-地中海贫血点突变[J];中华医学遗传学杂志;1999年02期
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1 杨芳;何永蜀;李树德;沈培清;李清;李玛琳;;人工驯养树鼩生化基因位点多态性的初步研究[J];昆明医学院学报;2009年11期
2 刘月环;柯贤福;楼琦;周莎桑;萨晓婴;;普通级Z:ZCLA长爪沙鼠在11个生化基因位点多态性的初步研究[J];实验动物与比较医学;2006年03期
3 江佳富,吴晓明,左曙青,王日明,陈立泉,王炳才,敦哲,张泮河,郭天宇,曹务春;北京市褐家鼠种群遗传多态性及与汉坦病毒分布关系的研究[J];中国媒介生物学及控制杂志;2005年05期
4 薛丽;叶玉兴;易国辉;白玉杰;;AS-PCR方法检测中国人群CYP2C19基因多态性[J];海南医学院学报;2010年09期
5 梁欣;张亚同;程刚;胡欣;孙迎琪;杨晨;李可欣;孙春华;;基于连接酶反应检测硫唑嘌呤基因多态性及应用[J];中国临床药理学与治疗学;2009年11期
6 杜宏;张林;周斌;张海军;梁伟波;沈月华;;微测序技术检测12个Y-SNP及其遗传多态性[J];法医学杂志;2006年02期
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10 袁晓军,顾龙君,赵金彩,陈文高,梁爱斌,叶辉;上海地区汉族人谷胱甘肽S转移酶基因多态性分析(英文)[J];中国当代儿科杂志;2003年04期
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1 邓志辉;李茜;吴国光;曾健强;卢亮;朱为刚;杨宝成;;9个短片段长度Y-STR基因座的遗传多态性及其法医学应用[A];中国输血协会第四届输血大会论文集[C];2006年
2 张霁;侯一平;吴谨;李英碧;王玉芳;魏玉峰;;中国人群9号染色体10个STR基因座的遗传多态性及其在法庭医学中的应用[A];全国第六次法医学术交流会论文摘要集[C];2000年
3 丁梅;王保捷;李春梅;李剑平;刘利民;;间-a-胰蛋白酶抑制剂(ITIH1)的遗传多态性[A];全国第六次法医学术交流会论文摘要集[C];2000年
4 邹浪萍;李正坚;李德林;申滨;褚嘉佑;;云南普米族六个基因座的遗传多态性调查[A];全国第六次法医学术交流会论文摘要集[C];2000年
5 李庆云;万欢英;李敏;王晓斐;黄绍光;;中国南方汉族人触珠蛋白遗传多态性与OSAHS合并心血管损害关系初步研究[A];2006年中国睡眠研究会第四届学术年会论文摘要汇编[C];2006年
6 王彦珍;马荣才;谢华;魏建华;;优良无性系毛白杨遗传多样性的AFLP分析[A];全国植物分子育种研讨会摘要集[C];2009年
7 孙光云;;用Amp-FLP技术研究中国汉族群体D4S95位点遗传多态性[A];第五次全国法医学术交流会论文集[C];1996年
8 李生斌;杨焕明;;中华民族STR基因遗传多态性(Ⅱ)[A];全国第六次法医学术交流会论文摘要集[C];2000年
9 刘新社;刘雅诚;李生斌;;中国东乡族线粒体DNA序列遗传多态性的研究[A];全国第七次法医学术交流会论文摘要集[C];2004年
10 应斌武;石美森;邓建强;云利兵;张霁;侯一平;;性染色体STR基因座在中国汉族群体中的遗传多态性及应用[A];中国法医学最新科研与实践(二)——全国第七次法医学术交流会论文精选[C];2004年
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1 张秀萍;WADA寻求EPO简易检测方法[N];中国体育报;2001年
2 国家外来运动疫病诊断中心 李林 刘雨田 李金明 陈义平 王志亮;规避疯牛病巨大风险的技术支撑[N];中国畜牧兽医报;2006年
3 中国农业科学院 吕小文 李军国 秦玉昌;守护公共安全,技术手段须“精制配伍”[N];中国畜牧兽医报;2006年
4 关键 记者  彭溢;一项技术年创汇11万美元[N];黑龙江日报;2007年
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6 史玉成;我国电梯节能有了技术支撑[N];中国质量报;2008年
7 高丽萍;花生油掺假检测方法概述[N];中国食品质量报;2009年
8 记者 张忠霞;美研究人员用新方法检测术后肺癌复发[N];人民日报;2006年
9 质量;食品三聚氰胺检测标准即将出台[N];消费日报;2008年
10 四川 钟荣;再议光耦合器的检测方法[N];电子报;2005年
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1 赵春霞;基因序列变异分析的方法研究及其临床应用[D];中国科学院研究生院(大连化学物理研究所);2004年
2 刘颖;CYPIIE1与GSTP1多态性及mRNA水平在酒精性肝病中的研究[D];吉林大学;2009年
3 张逸凡;氯诺昔康临床药物动力学及代谢的遗传多态性研究[D];沈阳药科大学;2005年
4 裴黎;毒品原植物大麻DNA检测技术的研究[D];河北医科大学;2007年
5 赵辉;玉米大斑病菌(Exserohilum turcicum)生理分化和遗传多态性研究[D];沈阳农业大学;2009年
6 王煜;水稻驯化过程中MIRNA基因遗传多态性、表达与进化分析[D];浙江大学;2011年
7 林岭;运动性心理疲劳的概念模型、多维检测、影响因素及干预措施[D];北京体育大学;2006年
8 刘超;15个STR基因座多态性及其在降解检材分型检验中的应用研究[D];南方医科大学;2007年
9 路浩;蛋白质芯片检测病原微生物与毒素的研究[D];吉林大学;2009年
10 孟祥艳;牛肉物理特性与品质的检测方法研究[D];吉林大学;2010年
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1 张涛;南江黄羊微卫星多态性及多胎性状的分子标记研究[D];西北农林科技大学;2005年
2 高倩;黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)SSR标记及地理种群遗传多态性研究[D];曲阜师范大学;2008年
3 郭莉;四种后睾科吸虫的遗传多态性研究[D];四川农业大学;2003年
4 张旭刚;大足黑山羊与周边黑山羊品种(群体)mtDNA D-loop序列多态性研究[D];西南大学;2008年
5 申子刚;家蚕微孢子虫CQ1分离株的遗传多态性研究[D];西南大学;2008年
6 刘娟;大仓鼠种群春秋季节RAPD和SSR遗传多态性研究[D];曲阜师范大学;2005年
7 兑立栋;5-羟色胺转运体基因多态性和抑郁症及药物疗效的关联性研究[D];第四军医大学;2005年
8 张伟娟;法医DNA分析若干问题的研究[D];四川大学;2005年
9 廖丽娅;SR-BI基因Gly4Ser多态性对2型糖尿病血脂的影响[D];武汉大学;2005年
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