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《中国科学院研究生院(海洋研究所)》 2002年
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中国对虾微卫星标记的筛选

徐鹏  
【摘要】:本文运用PCR法在中国明对虾 (Fenneropenaeus chinensis)的小片段基因组文库中快速筛选含有微卫星序列的重组阳性克隆。PCR中使用的引物是载体pGEM-3zf(+)上多克隆位点两侧的T_7/Sp_6 启动子引物和根据微卫星核心重复序列设计的STR引物:STR1:5'-ATATATATATATAT-3';STR2:5'-TCTCTCTCTCTCTC-3'。首次在中国对虾中获得31个微卫星序列,分别分布于18个阳性重组克隆中,其中perfect共23个,占74%,imperfect 2个,占7%,compound perfect 1个,占3%,compound imperfect 5个,占16%。这些序列已经在Genbank中进行了注册。 利用生物信息学的方法,使用Repeatmasker软件对中国对虾ESTs数据库中10446条EST序列进行了微卫星序列的筛选。结果得到229条含有微卫星序列的中国对虾EST序列(标准是: 7次以上重复的双碱基重复序列或5次以上重复的三碱基重复序列),占整个ESTs数据库的2.19%,其中含有双碱基重复序列146个和三碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63.76%和25.33%,大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。在这些微卫星序列中,形式的重复在双碱基重复中最为常见,(TAA)_n形式的重复在三碱基重复中最为常见,分别占发现微卫星序列总数的28.82%和17.03%。 在发现的微卫星序列中选取了19条微卫星序列设计了引物,在16对能够扩增出产物的引物中,经过PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和硝酸银染色,最终共筛选出有多态性PCR产物的微卫星引物11对, 其中适合进行微卫星分析的有8对。在中国对虾20个左右样本的8个微卫星位点上,等位基因的数目从5到15不等,等位基因的大小分布在165bp到305bp之间, 基本符合引物设计时的理论产物长度。这些微卫星位点的期望杂合度的范围从0.59到0.89,表明他们都有较高的杂合度。8个微卫星位点的PIC值从0.56到0.88,指示这些微卫星位点在中国对虾中均具有较高的信息含量,适合进行各种遗传学分析。
【学位授予单位】:中国科学院研究生院(海洋研究所)
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2002
【分类号】:Q953

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