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《中国农业科学院》 2016年
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甘蓝型油菜粒重候选基因筛选及转录组分析

耿鑫鑫  
【摘要】:油菜(Brassica napus)是世界范围广泛种植的第三大油料作物,也是我国最重要的油料作物之一。粒重(SW),单株角果数(SPP)和每角果粒数(SPS)是单个植株产量的三个重要的基本组成部分。其中粒重是最稳定的组成因子,是油料作物产量的最直接的性状。因此,在油料作物育种中,了解粒重的遗传决定因素对产量的提高具有重要意义。本研究利用新一代测序技术,分别从粒重关联候选区域和差异基因表达分析两个方面进行阐述,快速筛选出千粒重相关候选基因,揭示了候选基因可能参与影响粒重大小的调控机理,取得的主要研究结果与结论如下:1、SLAF-seq技术对样品进行分析共获得24.18M reads数据,共开发112,292个SLAF标签,多态性SLAF标签共有7,536个,多态性比例达到6.71%。2、过滤掉测序深度5x以下的标签,选取一种基因型来源于父本(G101),另一种基因型来源于母本(G102)的多态性SLAF标签,共1,933个SLAF标记被筛选进行后续关联分析。3、SNP_index法,Euclidean distance法及取两者交集进行关联分析,共获得4个与性状显著相关的SLAF标签,位于ChrA09上。关联区域大小约为0.58Mb,其中有91个基因,在碱基25,401,885-25,985,931之问。4、关联区域内的91个基因与NR, Swiss Prot、GO、COG和KEGG数据库比对,最终获得90个基因的注释信息。其中4个基因可能参与粒重调控。5、RNA-seq技术进行转录组分析共得到原始数据总碱基数为17.64 G,共发掘得到2,251个新基因及97,963个已知基因;其中2,205个基因在两个样本中表达显著差异,1,181个基因上调,1,087个基因下调。6、1,747(77.61%)个新基因,2,020(91.61%)个差异基因能获得功能注释信息。筛选到50个差异基因可能参与合成调控粒重相关的酶与蛋白。
【学位授予单位】:中国农业科学院
【学位级别】:博士后
【学位授予年份】:2016
【分类号】:S565.4

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【参考文献】
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