收藏本站
《中国农业科学院》 2017年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

猪肋骨数性状全基因组关联分析及LTBP2基因的克隆与表达

岳静伟  
【摘要】:在中国,排骨是猪胴体中最有价值的部位之一,因此,对猪肋骨数性状候选基因的探索成为研究热点。为了研究猪肋骨数性状变异的遗传基础,本研究利用Porcine SNP60K芯片对大白猪×民猪构建的F2资源群体中的596头F2个体进行基因型分型,通过GWAS的方法将影响猪肋骨数变异的QTL定位到SSC7上2.38Mb区间内,其中最显著SNP位点ASGA0035536可解释16.51%的表型变异。利用F1代公猪进行共享单倍型分析,将SSC7上影响肋骨数变异的QTL区间缩小至约952Kb,该区间共包含15个注释基因。对596头F2个体进行基因组重测序,精细GWAS得到7083个显著SNPs(P7.45E-07),跨度约为6.8Mb(102.59-109.39Mb),利用-log〖(P值)-3〗的方法,将多肋主效QTL区间缩小至约800Kb(103.1-103.9Mb),该区间包含11个注释基因。其中,LTBP2基因可以编码潜在型转化生长因子β结合蛋白,有报道表明,该基因可以间接调控生长分化因子Gdf11的活性,敲除Gdf11基因的小鼠表现肋骨数增加。因此,我们认为LTBP2基因在猪群体中可以作为一个新的肋骨数候选基因。为了进一步确定SSC7上影响猪肋骨数性状变异的候选基因LTBP2中的因果突变位点,本研究首先通过RACE方法,克隆了LTBP2基因的cDNA全长序列,共计7608bp,包含34个外显子。利用祖代F0个体筛选SNP,共检测出73个SNPs,将这些SNPs在F2资源群体中与肋骨数性状进行关联分析,共得出14个SNPs(1个位于5,UTR、2个位于ORF框、11个位于3,UTR)与猪肋骨数表型性状显著关联。组织表达谱试验结果表明,LTBP2基因均在生长发育的180日龄表达量最高,且LTBP2基因都在肺组织中的表达量最高。本研究通过GWAS、精细定位、基因组重测序的方法将LTBP2基因作为影响猪肋骨数变异的主效候选基因,该发现不但对GWAS后主效基因探索研究有着重要的理论意义,而且可以加深我们对猪肋骨数变异遗传结构的理解。
【学位授予单位】:中国农业科学院
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2017
【分类号】:S828

手机知网App
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前6条
1 Shu-fan ZHAO;Mao-zhou CHAI;Min WU;Yong-hong HE;Tian MENG;Bing SHI;;维生素B_12对四氯二苯并对二恶英和地塞米松联合诱导腭裂小鼠拮抗性的初步研究(英文)[J];Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology);2014年03期
2 韩浩园;王绍强;黄洁萍;陈宏;雷初朝;;秦川牛多脊椎性状调查[J];中国牛业科学;2013年06期
3 刘建明;孙少华;韩立霞;李雪梅;孙志颖;;ActRⅡB基因单核苷酸多态性与小尾寒羊多脊椎变异的关联研究[J];畜牧兽医学报;2010年08期
4 张立岭,斯琴毕力格;动物脊柱的进化与蒙古羊脊椎变异间的关系[J];内蒙古农牧学院学报;1997年03期
5 张立岭,吉尔嘎拉,周卫,火焱,斯琴毕力格,额日登其木格,张世钦,包满那,其仁;乌珠穆沁羊脊椎数变异的群体遗传特性研究[J];内蒙古畜牧科学;1996年04期
6 张立岭;乌珠穆沁羊Homeobox基因突变与椎骨数变异的研究[J];内蒙古农牧学院学报;1996年03期
中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 张跃博;猪耳型性状全基因组关联分析及重要候选基因MSRB3的克隆分析[D];中国农业科学院;2015年
2 欧阳子璇;猪7号染色体上影响脊椎数变异的VRTN因果突变位点的筛选与验证[D];江西农业大学;2012年
3 范寅;猪7号染色体上位置候选基因PROX2在西方商业猪群中对脊椎数变异影响效应的分析[D];江西农业大学;2011年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 岳静伟;郭红洲;周伟伟;刘欣;王立刚;高红梅;侯欣华;张跃博;颜华;魏霞;张龙超;王立贤;;TGFβ3基因多态位点及其与猪脊椎数性状的关联分析[J];中国畜牧兽医;2018年03期
2 李村院;詹倩茜;李晓悦;王大伟;全仁哲;倪伟;胡圣伟;;新疆哈萨克羊和阿勒泰羊多脊椎性状分析[J];畜牧与兽医;2018年03期
3 黄洁萍;张明明;马云;郝瑞杰;雷初朝;;家畜多脊椎性状研究进展[J];中国畜牧兽医;2017年08期
4 石冰;李承浩;李精韬;杨超;尹恒;贾仲林;李杨;哈品;;中国唇腭裂研究与治疗30年回顾[J];中国口腔颌面外科杂志;2016年05期
5 何小龙;李蓓;付绍印;刘永斌;祁云霞;王标;特日格勒;荣威恒;达赖;;乌珠穆沁羊生长分化因子11基因外显子1序列CpG位点的甲基化模式分析[J];中国畜牧兽医;2016年02期
6 杨茜;李晓愚;斯丹;杨致邦;贺中原;张楠晨;张钐钐;石中全;;饮水中地塞米松污染对小鼠肠道菌群的影响[J];南方医科大学学报;2016年02期
7 ZHANG Long-chao;LIU Xin;LIANG Jing;YAN Hua;ZHAO Ke-bin;LI Na;PU Lei;SHI Hui-bi;ZHANG Yue-bo;WANG Li-gang;WANG Li-xian;;Quantitative trait loci for the number of vertebrae on Sus scrofa chromosomes 1 and 7 independently influence the numbers of thoracic and lumbar vertebrae in pigs[J];Journal of Integrative Agriculture;2015年10期
8 孙林栋;杜娟;;TGF-β3和TGFBR1在唇腭裂发生中的机制研究进展[J];口腔生物医学;2015年02期
9 张燕军;李金泉;尹俊;张文广;王志新;赵艳红;苏蕊;刘志红;王瑞军;;内蒙古绒山羊Hoxc9基因克隆与序列分析[J];内蒙古农业大学学报(自然科学版);2014年01期
10 韩浩园;王绍强;黄洁萍;陈宏;雷初朝;;秦川牛多脊椎性状调查[J];中国牛业科学;2013年06期
中国硕士学位论文全文数据库 前5条
1 岳静伟;猪肋骨数性状全基因组关联分析及LTBP2基因的克隆与表达[D];中国农业科学院;2017年
2 张金山;杜洛克猪饲料利用效率参数估计及候选基因HLCS关联分析[D];中国农业科学院;2017年
3 范家萌;NR6A1、PLAG1、LCORL基因在民猪群体内的单倍型及连锁不平衡分析[D];东北农业大学;2015年
4 张文克;松辽黑猪NR6A1和VRTN基因多态性与肋骨数的关联分析[D];吉林农业大学;2015年
5 欧阳子璇;猪7号染色体上影响脊椎数变异的VRTN因果突变位点的筛选与验证[D];江西农业大学;2012年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前9条
1 柴茂洲;李承浩;何永红;石冰;;四氯二苯对二恶英和地塞米松诱导小鼠腭裂及转化生长因子-β3和受体活化样激酶5的表达[J];华西口腔医学杂志;2010年04期
2 刘建明;孙少华;韩立霞;李雪梅;孙志颖;;ActRⅡB基因单核苷酸多态性与小尾寒羊多脊椎变异的关联研究[J];畜牧兽医学报;2010年08期
3 韩立霞;孙少华;白瑞景;孙志颖;刘建明;曹忠红;;B细胞异位基因2(Btg2)多态性与河北小尾寒羊多脊椎性状的关联分析[J];农业生物技术学报;2010年01期
4 ;A preliminary study on the teratogenesis of dexamethasone and the preventive effect of vitamin B_(12 )on murine embryonic palatal shelf fusion in vitro[J];Journal of Zhejiang University(Science B:An International Biomedicine & Biotechnology Journal);2008年04期
5 墨锋涛,贾青;畜禽多脊椎性能及其遗传机理的研究进展[J];动物科学与动物医学;2004年05期
6 张立岭,罗旭光,斯琴毕力格,张世铨;多脊椎蒙古羊的胸腰椎长度及其产肉性能分析[J];内蒙古农牧学院学报;1998年03期
7 张立岭,斯琴毕力格;蒙古羊多脊椎基因的群体遗传学研究[J];遗传;1997年S1期
8 张立岭,吉尔嘎拉,周卫,火焱,斯琴毕力格,额日登其木格,张世钦,包满那,其仁;乌珠穆沁羊脊椎数变异的群体遗传特性研究[J];内蒙古畜牧科学;1996年04期
9 张立岭;乌珠穆沁羊Homeobox基因突变与椎骨数变异的研究[J];内蒙古农牧学院学报;1996年03期
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 刘晨龙;猪5号染色体影响耳面积QTL的因果基因和主效突变位点的初步鉴别[D];江西农业大学;2013年
2 范寅;猪7号染色体上位置候选基因PROX2在西方商业猪群中对脊椎数变异影响效应的分析[D];江西农业大学;2011年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 姜丽军;;认识基因,为生命保驾护航[J];当代学生;2017年11期
2 周一海;;药物基因检测作用大[J];健康生活;2017年07期
3 火焰之河;;基因检测,你测了没?[J];课堂内外(科学Fans);2017年09期
4 文翰;;研究发现与SARS关联的基因差异[J];国外医学情报;2006年02期
5 谭家宝;;浅谈对窃取他人基因行为的定性[J];英才高职论坛;2007年04期
6 程斌;;夫妻基因差异大对后代有利[J];人生与伴侣(月末版);2010年01期
7 李潇;;全基因组扫描发现与疾病相关的基因差异[J];中国生物化学与分子生物学报;2008年04期
8 阙丽群;;基因工程的道德探讨[J];国土资源高等职业教育研究;2006年04期
9 左海洋;陈晓丽;蔡勇;郝海生;秦彤;赵学明;路永强;王栋;;基因差异转录表达验证方法研究进展[J];中国生物工程杂志;2015年05期
10 侯泳旭;段磊;李岭;卢莉;唐常杰;;基于疾病信息网络的表型相似基因搜索[J];软件学报;2018年03期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李炳志;;基因组设计与合成[A];中国生物工程学会第二届青年科技论坛暨首届青年工作委员会学术年会论文集[C];2017年
2 陈宜张;肖林;;甾体激素非基因组作用的复杂性[A];中国生理学会第五届全国心血管、呼吸和肾脏生理学学术会议论文摘要汇编[C];2005年
3 陈杰;;反刍动物“两个基因组”的研究[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
4 孙啸;;基因组及基因调控信息分析(摘要)[A];信号处理在生仪2014学术年会论文集[C];2014年
5 施巧琴;林峻;施碧红;何云霞;王明兹;;基因组改组技术提高Penicillium expansum碱性脂肪酶耐热性[A];华东六省一市生物化学与分子生物学会2009年学术交流会论文摘要汇编[C];2009年
6 朱瑞良;刘秀梵;崔治中;;后基因组时代预防兽医学的走向[A];山东免疫学会、山东微生物学会医学微生物学专业委员会、山东省医学会微生物学和免疫学专业委员会、山东省医药生物技术学会2001年学术年会论文汇编[C];2001年
7 陈良标;;持久低温下的基因组进化和新基因的产生[A];“基因、进化与生理功能多样性”海内外学术研讨会暨中国生理学会第七届比较生理学学术会议论文摘要[C];2009年
8 宋海亮;唐邵青;张金鑫;李乐义;肖炜;张勤;丁向东;;猪基因组选择网络平台介绍[A];中国畜牧兽医学会信息技术分会2016年学术研讨会文献[C];2016年
9 胡薇;;基因组时代的寄生虫学研究[A];预防医学学科发展蓝皮书2004卷[C];2004年
10 赵国屏;;基因组科学与健康[A];2014第八届中国生物产业大会基因科学与人类健康产业发展论坛会刊[C];2014年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 刘霞;中国南北方人基因差异0.3%[N];上海科技报;2009年
2 本报记者 陈永杰;南北方人基因有别[N];北京科技报;2009年
3 记者 何德功 毛磊 宋心德;科学正在使基因为人类服务[N];新华每日电讯;2003年
4 张田勘;往事并不如烟[N];中国医药报;2005年
5 记者王艳红;黑猩猩为什么不会讲话[N];科技日报;2002年
6 刘曙甲 刘志伟;人与黑猩猩的基因差异只有0.75%[N];科技日报;2003年
7 刘霞;中国南北方人基因有0.3%的差异[N];科技日报;2009年
8 刘婉;美认为基因差异决定狗的品种[N];中国医药报;2004年
9 日本京都大学iPS细胞研究所所长 山中伸弥;基因组编辑与人类的未来[N];人民政协报;2018年
10 记者 骆妍;创新从基因组开始 未来看硬科技耀目[N];西安日报;2017年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 海祺旻;使用QTL定位和CRISPR/Cas9发现巨噬细胞脂质代谢调控基因:Soat1缺失片段[D];郑州大学;2018年
2 郭英君;人类染色体6q23-26精神分裂症相关基因的定位研究[D];吉林大学;2004年
3 帅素容;猪生长激素(pGH)基因核苷酸多样性、分子进化和PCR-RFLP及其遗传效应研究[D];四川农业大学;2004年
4 潘美辉;人脑发育和分化相关基因cDNA的分离与克隆[D];中国协和医科大学;1997年
5 郝凡昌;有向基因组复合操作重组排序算法研究[D];山东大学;2011年
6 闫奕源;鸡基因组遗传变异的检测分析和蛋鸡基因组选择的研究[D];中国农业大学;2017年
7 房灵昭;奶牛复杂性状基因组特征模型分析及基因组选择研究[D];中国农业大学;2017年
8 段长松;黑龙江立克次体基因组与感染小鼠转录组研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2014年
9 苏海林;贝类全基因组选择技术建立及其在扇贝育种中的应用[D];中国海洋大学;2013年
10 乔健敏;益生菌Lactobacillus plantarum P-8在体内的基因组微进化分析[D];内蒙古农业大学;2017年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 岳静伟;猪肋骨数性状全基因组关联分析及LTBP2基因的克隆与表达[D];中国农业科学院;2017年
2 王辉;猪生长繁殖和肉质性状与相关基因的关联性分析[D];山东农业大学;2017年
3 任敏;翼手目维生素D结合蛋白基因的进化研究[D];华东师范大学;2017年
4 唐洲;内源性反转录病毒在主要农业动物基因组上分布及其特征的研究[D];华中农业大学;2016年
5 王慧蕴;基于基因次序的基因组间距离的计算[D];西安电子科技大学;2008年
6 张志良;基于反转和删除操作的基因组重组全解空间研究[D];山东大学;2012年
7 张海斌;杂交群体中基因组选择应用效果研究[D];华南农业大学;2016年
8 薛佳;猪基因组预选择的优化研究[D];四川农业大学;2013年
9 张文倩;家猪基因组同质段分析及新基因预测[D];西北农林科技大学;2010年
10 张宪;玉米两个亚基因组与调控途径的关系研究[D];河北联合大学;2014年
中国知网广告投放
相关机构
>中国农业科学院
相关作者
>岳静伟
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026