白菜类蔬菜遗传多样性的AFLP分子标记和大白菜发育的差异显示研究
【摘要】:
本论文工作是我室大白菜分子育种研究的重要组成部分,主要包括了两个部分的研究内容:第一部
分是利用AFLP分子标记技术研究白菜类蔬菜的遗传多样性,第二部分是利用mRNA差异显示技术研究大
白菜结球过程中的基因表达。
白菜类蔬菜包括大白菜和小白菜,原产于我国,是我国在世界各国蔬菜品种和蔬菜栽培中独具风格
的种类。白菜类蔬菜是我国最早的栽培植物之一,它们分布广泛,品种资源非常丰富。对其进行遗传多
样性分析,明确白菜类蔬菜之间的分类关系,有助于人们进一步开发利用其种质资源和更加有效的选择
育种材料。
大白菜的叶球是典型的变态器官。根据叶片发育的形态特征,大白菜的营养生长可分为幼苗期、莲
座期、包心期和结球期四个时期。从莲座期至包心期,是大白菜叶片形态特征和生理功能发生转变的关
键时期,它标志着叶球发生的开始。对大白菜结球过程的研究不仅可以揭示其独特的发育机制和代谢途
径,而且能够为白菜和其它芸薹属蔬菜的分子育种打下基础。
本实验采用AFLP的荧光标记检测技术和银染检测技术,对135份大白菜、小白菜、芜菁材料进行
了遗传多样性和分类研究。在此基础上 进一步以大白菜“北京桔红心”为材料,对其莲座期和包心期
的叶片进行了DD-PCR分析,为揭示由莲座期至包心期发育过程中大白菜叶片基因表达的变化作了一些初
步的尝试。现将主要结果总结如下:
第一部分,利用AFLP分子标记技术研究白菜类蔬菜的遗传多样性
1采用银染检测方法,比较了E+3/M+2、E+3/M+3引物组合对白菜类蔬菜DNA的扩增条带数,发现前者
的扩增条带过于密集,而后者扩增条带数目适中,电泳图谱清晰。
2采用银染检测方法,比较了64对E+3/M+3引物组合对白菜类蔬菜DNA的扩增总带数和多态性检出率,
发现不同引物的扩增总带数在16-58之间,多态检出率在40%-88%之间。从中选择了四对扩增总带
数多,多态性检出率高的引物组合用作分析。
3采用AFLP的荧光标记检测技术对135份材料进行了遗传多样性分析。选用SM系数作为相似性系数
的计算方法,选用UPGMA作为聚类方法。
4聚类结果表明:芜菁和所有的白菜类蔬菜各聚为两类,在白菜类蔬菜类群内部,薹菜和大白菜单独
聚为一类。这表明,芜菁与大白菜、小白菜的相似性程度较低,大白菜与小白菜的相似性程度较高,
大白菜在所有的白菜类蔬菜当中是比较特殊的类群。同意曹家树等提出的将芜菁和白菜(包括大白
菜和小白菜)归为Brassica campestris的两个不同的亚种,大白菜则为白菜亚种中的一个特殊的
变种的观点。
5在小白菜的不同类型中,薹菜与大白菜聚为一类,相似性程度较高,表明薹菜与大白菜的起源可能
存在密切的关系。
6小白菜的AFLP M结果与其综合园艺学分类不符,说明小白菜各类型在DNA M上的差异与其形
态学差异并不存在完全对应的关系。小白菜各类型间的椰以仕程度较大白菜各类型间的+引以性程度
低,分化程度高,说明小白菜的起源较大白菜要早。
7大白菜的AFLP聚类结果表明,目前生产中所用的大白菜材料之间榔以性矗缠舀交高,而两个大白菜农
家品种与它可l]之间的相似性稷图脚氏。这反映了大ewhIS.*ru*品种的遗传多样性较为狭窄,有必要从
大白菜的原始类型中挖掘新的种质资源。
第H部分,利用InRNAgn显示技术研究大白菜结球过程中的基因表达
IAN了4种G、Cng高的锚定引物和3种随机弓1物,共作了12个l)Iyl,nl,反应。在大白菜莲座期和
包吧溯叶片的 mRNA差异显示电泳图谱中,选择了 23个差异 cM )17ling+Y了 Reverse NOrthe。检验,
从中得到了两个在包心期表达量增加的阳性cDNA片段。
2对这两个cM片 了了核酌辙拓Uop性分析,发现它呵门u与 申因子egnl和呛删泪肽
转移酶的编匝归丐ung同源。根据核音酸序列阶即叮U,序列比较的结果表明在不同植物
中这两种蛋白质的氨基酸序列 叵强的保守性。
在国际上对大白菜的分子生物学研穷也是刚@瞒涉,捌〕的工作尚处于初始阶段,有关基因的结构
和功8铱抹进行研究,所以在此不对这些基因溯沽细讨论。相信随着我士门工作进一步的深入,将为大
白菜的分子+打下重要的基础。
【关键词】:AFLP mRNA差异显示 遗传多样性 基因表达 白菜类蔬菜 大白菜 小白菜 芜菁 【学位授予单位】:中国农业科学院
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2001
【分类号】:S634.01
【目录】:
- 中文摘要6-8
- 英文摘要8-11
- 第一部分: 文献综述11-39
- 第一章: 芸薹属植物起源、演化及分类的分子标记研究进展11-30
- 一 关于芸薹属植物起源、演化及分类研究的基本情况11-15
- (一) 起源和演化11
- (二) 分类、禹氏假说的提出及验证11-15
- 二 利用分子生物学技术深入研究芸薹属植物基因组15-26
- (一) 用于芸薹属植物基因组研究的主要分子标记技术16-18
- (二) 利用分子标记技术研究芸薹属植物的亲缘关系18-21
- (三) 利用分子标记技术构建芸薹属植物的遗传连锁图,进行比较基因组研究21-26
- (四) 芸薹属植物基因组研究展望26
- 三 白菜类蔬菜起源、演化及分类研究概况26-30
- (一) 白菜类蔬菜的起源和演化26-28
- (二) 白菜类蔬菜的分类28-30
- 第二章: mRNA差异显示技术与大白菜发育的分子生物学研究进展30-39
- 一 mRNA差异显示技术的原理和实验程序30-34
- (一) mRNA差异显示技术的原理30
- (二) mRNA差异显示技术的实验程序30-34
- 二 mRNA差异显示技术存在的问题及解决的方法34-35
- 1 mRNA差异显示技术的敏感性34
- 2 mRNA差异显示技术的假阳性34-35
- 三 mRNA差异显示技术的应用与展望35-36
- 四 大白菜发育的分子生物学研究进展36-39
- 1 大白菜的EST(Expressed Sequence Tags 表达序列标签)36-37
- 2 大白菜结球特性的研究37-39
- 第二部分: 实验部分139-84
- 第一章: 白菜类蔬菜遗传多样性的AFLP分子标记研究39-68
- 一 引言39
- 二 材料与方法39-51
- (一) 材料40
- (二) 实验方法40-44
- 1 DNA提取40-42
- 2 AFLP方法42-44
- 3 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及凝胶扫描44
- 4 AFLP银染程序44
- (三) 数据处理44-51
- 三 结果分析51-60
- 1 白菜类蔬菜的DNA提取51-52
- 2 AFLP反应条件的优化52
- 3 引物选择52-56
- 4 相似性系数计算方法和聚类方法的选择56-57
- 5 白菜类蔬菜遗传多样性的AFLP分析57-60
- 四 讨论60-63
- (一) AFLP技术用于分类和遗传多样性检测的优越性60-61
- (二) 白菜类蔬菜的遗传多样性61-63
- 五 主要结论63-68
- 第二章: 利用mRNA差异显示技术研究大白菜结球过程中的基因表达68-84
- 一 引言68
- 二 材料与方法68-74
- (一) 材料68
- (二) 方法68-74
- 1 RNA提取(TE3D法)和DNaseⅠ处理69
- 2 RT及RT-PCR反应69-71
- 3 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离差异显示片段71
- 4 条带的回收及再扩增71
- 5 Reverse Northern分析71-73
- 6 序列测定及同源性分析73-74
- 三 结果与分析74-81
- 1 RNA的提取74
- 2 莲座期和包心期大白菜叶片的DD-PCR分析74-75
- 3 Reverse Northern分析75-77
- 4 序列分析及同源性比较77-81
- 四 讨论81-83
- 1 本研究所用方法和技术特点81-82
- 2 分离与大白菜结球有关的基因,深入认识变态器官发生的生理机制82-83
- 五 主要结论83-84
- 参考文献84-96
- 致谢96-97
- 作者简介97
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