桑种质资源的遗传多样性及分子系统学研究
【摘要】:桑树是多年生的重要经济作物,是家蚕的唯一饲料。桑树在我国地理分布广,易适应不同的生态环境,容易通过自然和人工杂交,这些特性形成了丰富的桑树种质资源。利用DNA分子标记,本文开展了桑种质资源的遗传多样性和分子系统发育研究,对桑种质的鉴定、保护、利用、核心种质的构建和遗传育种具有重要的实用价值和理论意义。本论文的主要研究内容如下:
一、桑树栽培种和野生种间遗传多样性的ISSR和SSR比较分析
构建了一个桑树(CA)_(15)微卫星富集文库,筛选出了10对具有多态性的SSR引物。首次利用新的SSR引物和已报道的5对SSR引物以及筛选出的ISSR引物,研究了27个桑树品系(包括19个栽培种和8个野生种品系)的遗传多样性。15个ISSR引物共扩增条带为138条,多态性条带为126条,多态性比例为91.3%,平均多态性信息含量(PIC值)为0.2006。15对SSR引物每个位点平均等位基因数为5.13,平均PIC值为0.5210。桑树品系间ISSR和SSR揭示的平均遗传相似系数分别为0.7677和0.6131。2种标记揭示野生种内所有遗传多样性指数高于栽培种内,说明栽培、驯化引起了桑树遗传多样性的丢失。利用UPGMA法构建的ISSR和SSR聚类图,野生种和栽培种有较远的亲缘关系。基于ISSR和SSR数据的主成分分析(PCA)支持UPGMA聚类。比较ISSR和SSR标记,发现SSR标记多态性较高,有较强的信息量,并进行了ISSR和SSR标记的相关性测验。根据研究结果,进一步提出了桑树种质资源的保护策略。
二、我国桑树选育品种ISSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析
利用ISSR标记构建了24个选育桑品种的指纹图谱,用3种独立的方法(特殊的标记;特异的谱带类型;不同引物提供的谱带类型组合)可以有效地鉴别桑树选育品种,证明ISSR标记在桑树品种的鉴别方面是一个有效的工具和方法。17个ISSR引物共扩增出80条带,40条带具有多态性,占50.0%。24份选育桑树品种间平均遗传相似系数、Nei's基因多样性(gene diversity)和Shannon's信息指数分别为0.8731.0.1210和0.1942。桑树选育品种间的遗传多样性较低,说明我国选育桑品种间遗传距离较小,亲缘关系较近,遗传基础较狭窄。UPGMA法聚类和PCA分析都清楚地显示了24个桑树选育品种的亲缘关系,聚类结果与桑树品种的系谱基本一致。
三、我国不同生态型桑树品种遗传多样性的ISSR分析
利用ISSR标记评价了我国8个不同生态类型桑树群体结构和遗传变异。来源8个生态类型的66个桑树地方品种间,12个ISSR引物总扩增条带数为83,50条为多态性条带,多态性比例为60.24%,平均PIC值为0.1469。总杂合度(H_T)为0.1600,群体内杂合度(Hs)为0.0851,群体间多样性为(Dst)0.0749,群体间的遗传分化系数(Gst)为0.5678,表明群体间的变异大于群体内的变异。基因流(Nm)为0.4683,说明群体间遗传漂移引起了当地遗传差异及群体分化。平均遗传相似系数为0.8456,8个群体间的遗传相似系数变异范围为0.8441~0.9640,说明不同群体间的遗传多样性存在差异。根据ISSR标记遗传相似系数按UPGMA法对66个地方桑
【关键词】:桑树 遗传多样性 SSR ISSR
【学位授予单位】:中国农业科学院
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:S888.3
【目录】:
【学位授予单位】:中国农业科学院
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:S888.3
【目录】:
- 第一章 绪论18-39
- 1.1 研究目的和意义18-20
- 1.2 国内外研究现状20-38
- 1.2.1 桑树的分类简史20-23
- 1.2.2 分子系统学的研究方法及其在桑树分子系统学研究上的应用23-30
- 1.2.3 SSR和ISSR分子标记及其在桑树遗传育种研究中的应用30-34
- 1.2.4 分子系统学研究的主要基因种类及其在桑属系统学研究中的应用34-38
- 1.3 研究内容和方法38-39
- 1.3.1 利用微卫星富集程序,开展桑树微卫星的分离与鉴定研究38
- 1.3.2 利用SSR和ISSR标记,研究桑树栽培种和野生种遗传多样性38
- 1.3.3 利用ISSR标记,构建我国育成桑树品种的指纹图谱及其遗传多样性分析38
- 1.3.4 利用ISSR标记,研究不同生态型桑树品种的遗传多样性38
- 1.3.5 利用ISSR标记,研究桑树二倍体及人工诱导同源四倍体的遗传变异38
- 1.3.6 利用ISSR标记,研究桑树无性系的遗传变异38
- 1.3.7 利用ISSR标记,研究凤尾桑及其芽变品系间遗传变异38
- 1.3.8 利用PCR产物直接测序法,测定桑属nrDNA的ITS序列,研究其系统发育38
- 1.3.9 利用PCR产物直接测序法,测定桑属cpDNA的trnL-trnF间隔区序列,研究其系统发育38-39
- 第二章 桑树微卫星位点的分离与鉴定39-51
- 2.1 材料与方法39-46
- 2.1.1 试验材料39
- 2.1.2 桑树基因组DNA的提取39-41
- 2.1.3 桑树基因组DNA的酶切反应及提纯41
- 2.1.4 酶切产物的纯化41-42
- 2.1.5 准备接头(Adaptor)42
- 2.1.6 接头连接反应42
- 2.1.7 PCR检测42-43
- 2.1.8 生物素化43
- 2.1.9 磁珠捕获43
- 2.1.10 PCR扩增43
- 2.1.11 T载体连接43-44
- 2.1.12 电转感受态细胞的制备44
- 2.1.13 感受态电转44-45
- 2.1.14 涂板45
- 2.1.15 克隆的筛选45
- 2.1.16 测序和设计引物45
- 2.1.17 SSR扩增体系45
- 2.1.18 SSR电泳45-46
- 2.1.19 数据分析46
- 2.2 结果46-50
- 2.2.1 桑树基因组SSR分离46-47
- 2.2.2 微卫星基因组文库构建与碱基序列分析47-48
- 2.2.3 桑树微卫星的多态性检测48-50
- 2.3 讨论50-51
- 第三章 桑树栽培种和野生种间遗传多样性的SSR和ISSR比较分析51-67
- 3.1 材料与方法52-54
- 3.1.1 试验材料52
- 3.1.2 桑树基因组DNA的提取52
- 3.1.3 ISSR分析52-53
- 3.1.4 SSR分析53
- 3.1.5 数据分析53-54
- 3.2 结果54-58
- 3.2.1 ISSR和SSR多态性分析54-57
- 3.2.2 遗传相似系数和聚类分析57-58
- 3.2.3 ISSR和SSR标记的相关分析58
- 3.3 讨论58-67
- 3.3.1 ISSR和SSR标记信息量比较58-59
- 3.3.2 ISSR和SSR的多态性和遗传变异59
- 3.3.3 桑种质资源资源保护策略的思考59-67
- 第四章 我国桑树选育品种ISSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析67-78
- 4.1 材料和方法68
- 4.1.1 试验材料68
- 4.1.2 桑树基因组DNA的提取68
- 4.1.3 ISSR分析68
- 4.1.4 PCR的扩增、电泳、数据分析68
- 4.2 结果68-77
- 4.2.1 桑树选育品种间的ISSR多态性68-72
- 4.2.2 桑树选育品种的ISSR分子鉴定72-73
- 4.2.3 桑树选育品种的遗传变异及聚类分析73-77
- 4.3 讨论77-78
- 第五章 我国不同生态型桑树品种遗传多样性的ISSR分析78-88
- 5.1 材料与方法78-81
- 5.1.1 试验材料78
- 5.1.2 桑树基因组DNA的提取、ISSR扩增、电泳78
- 5.1.3 数据分析78-81
- 5.2 结果81-86
- 5.2.1 群体间ISSR多态性81-82
- 5.2.2 遗传多样性及聚类分析82-86
- 5.3 讨论86-88
- 5.3.1 群体间遗传多样性及聚类分析86
- 5.3.2 群体样本大小86
- 5.3.3 生物保护的含义86-88
- 第六章 桑树二倍体及人工诱导同源四倍体遗传差异的ISSR分析88-94
- 6.1 材料与方法88-89
- 6.1.1 试验材料88-89
- 6.1.2 桑树基因组DNA的提取、SSR的扩增、电泳及数据分析89
- 6.2 结果89-92
- 6.2.1 桑树品种间的多态性89-90
- 6.2.2 桑树二倍体及人工诱导同源四倍体的ISSR多态性90-91
- 6.2.3 供试材料间的遗传相似系数及聚类结果91-92
- 6.3 讨论92-94
- 6.3.1 同源材料间的多态性92
- 6.3.2 二倍体及人工诱导同源四倍体桑树品种性状差异的原因分析92-94
- 第七章 桑树无性系遗传变异的ISSR分析94-98
- 7.1 材料和方法94
- 7.2 结果94-97
- 7.2.1 桑树田间和试管苗无性繁殖个体ISSR遗传变异94-96
- 7.2.2桑树品种间ISSR遗传变异96-97
- 7.3 讨论97-98
- 第八章 凤尾桑及其芽变品系间遗传变异的ISSR分析98-101
- 8.1 材料与方法98
- 8.2 结果98-100
- 8.3 讨论100-101
- 第九章 基于nrDNA的ITS序列研究桑属(荨麻目:桑科)系统发育101-106
- 9.1 材料与方法101-103
- 9.1 试验材料101
- 9.2 桑树基因组DNA的提取101
- 9.3 ITS序列的扩增101
- 9.4 ITS扩增产物的纯化和测序101-102
- 9.5 ITS序列分析102-103
- 9.2 实验结果103-105
- 9.2.1 桑属ITS序列的长度、G+C含量103-104
- 9.2.2 桑属ITS序列的聚类分析104-105
- 9.3 讨论105-106
- 第十章 基于cpDNA的trnL-trnF间隔区序列研究桑属(荨麻目:桑科)系统发育106-111
- 10.1 材料与方法106-108
- 10.1 试验材料106
- 10.2 桑树基因组DNA的提取106
- 10.3 trnL-trnF序列的扩增106
- 10.4 trnL-trnF扩增产物的纯化和测序106-107
- 10.5 trnL-trnF序列分析107-108
- 10.2 结果108-109
- 10.2.1 桑属trnL-trnF的特点108
- 10.2.2 桑属trnL-trnF基因间隔区序列同源性的比较和进化分析108-109
- 10.3 讨论109-111
- 10.3.1 桑属trnL-trnF基因间隔区序列和ITS序列的比较109
- 10.3.2 桑属trnL-trnF基因间隔区序列的聚类结果分析109-111
- 第十一章 结论与讨论111-115
- 参考文献115-125
- 附录125-131
- 致谢131-132
- 作者简历132-133
| 【引证文献】 | ||
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| 【参考文献】 | ||
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| 【共引文献】 | ||
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| 【同被引文献】 | ||
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| 【二级引证文献】 | ||
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| 【二级参考文献】 | ||
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| 【相似文献】 | ||
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