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《中国农业科学院》 1999年
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中国部分稻种资源基于水稻遗传图谱的微卫星多态性分析

高立志  
【摘要】: 本工作基于水稻的SSR遗传图谱、利用60对微卫星引物对57个栽培稻品种和较为广泛地代表在中国的地理分布的普通野生稻、药用野生稻和颗粒野生稻共117个基因型进行了遗传多样性与遗传关系的初步研究。此外,利用22个等位酶位点和21个微卫星位点对5个中国普通野生稻群体进行了居群遗传结构与遗传多样性的研究。主要结果如下: 1用60对水稻的微卫星引物对中国三种野生稻共60份材料进行了PCR扩增。结果表明,在颗粒野生稻中的转换率最低(73.3%),药用野生稻中的转换率较高(90.0%),普通野生稻中的转换率最高(100%)。说明栽培稻SSR引物在与其亲缘关系越远的野生近缘物种中,转换的成功率越低; 2在稻属4个种的117个基因型中,共检测到1492个等位基因。普通野生稻有815个,栽培稻有454个,药用野生稻有150个,颗粒野生稻有73个。在60个位点中,RM247上的等位基因数目最多(47个),而RM83上最低(5个),其余大多位点上的等位基因数目在20-40个之间变化。在所检测的染色体和遗传位点上,等位基因的数目大小依次为:普通野生稻>栽培稻>药用野生稻>颗粒野生稻。将栽培稻与普通野生稻作比较,在12条染色体上普通野生稻均高于栽培稻。除OSR19和RM222上普通野生稻的等位基因数目略少于栽培稻、RM224和RM235上二者具有相同的等位基因数目外,其它56个位点上的等位基因数目总是普通野生稻多于栽培稻; 3在稻属4个种的117个基因型中,共检测到638个特异等位基因。普通野生稻有437个,栽培稻有125个,药用野生稻有65个,颗粒野生稻有11个。在60个位点中,RM209和OSR27上的特异等位基因数目最多(22个),RM83(1个)最少,其余大多数位点上的特异等位基因在10-20个之间变化。在所检测的染色体和遗传位点上,特异等位基因的数目大小依次为:普通野生稻>栽培稻>药用野生稻>颗粒野生稻;将栽培稻与普通野生稻作比较后发现,在普通野生稻12条染色体的58个位点上分布的特异等位基因数目远远超过栽培稻。 4在普通野生稻、栽培稻和药用野生稻的基因组中,不仅各条染色体上分布的总的等位基因数目与特异等位基因数目均不同,而且在同一条染色体的各个位点上也不一样;颗粒野生稻中检测到的总等位基因数目与特异等位基因数目无论在染色体水平上还是在位点水平上都变化不大,可能与其检测的样本偏低有关; 5分别用每条染色体上的5个SSR位点和12条染色体的总的60个位点对普通野生稻35个基因型进行UPGMA聚类。结果表明:(1)由12条染色体分别聚类所得的树状图各不相同,分组数目与分支式样也各不相同,说明普通野生稻的遗传多样性水平在不同染色体上存在着差异,也说明它们之间在各条染色体上所反映的遗传关系不一样;(2)除了第9号染色体外,其余的11条染色体上的每5个SSR位点均可将所有的基因型分开。在大多数染色体与遗传位点上,所研究的基因型之间有着明显的差异;(3)普通野生稻所检测的基因型间的遗传关系与其地理分布格局无显著相关; 6分别用每条染色体上的5个SSR位点和12条染色体上总的60个位点对21份药用野生稻进行UPGMA聚类的结果表明:(1)用60个SSR位点所得的聚类图可以将所有的基因型分开,而在12条染色体中,任何一条均无法将这21个基因型分开;(2)21份药用野生稻的聚类式样与这些基因型的地理分布密切相关;(3)21个药用野生稻用12条染色体进行聚类所得的聚类图各不相同,说明遗传多样性在不同染色体间的水平与分布不同; 7分别用12条染色体的每5个SSR位点对57个栽培稻品种进行UPGMA聚类的结果表明:(1)用12条染色体分别聚类所得的结果各不相同,说明遗传多样性在不同染色体间存在着差异。而且,检测一条染色体(5个遗传位点)的等位变异即可把大多数的基因型分开;(2)在不同的染色体上存在着不同程度的籼粳分化;(3)与地方稻种作比较,大多现代育成的品种以及目前生产上的主推品种与其骨干亲本遗传相似性高,说明其遗传背景十分单一; 8 (1)尽管5个居群遗传变异水平的高低在微卫星与等位酶位点上所反映的式样基本一致,相同的5个普通野生稻天然居群在21个微卫星位点上检测到的遗传多样性水平(A=3.1,P=73.3%,Ho=0.358和He=0.345)远高于在22个等位酶位点上所检测到的(A=1.2,P=12.7%,Ho=0.020和He=0.030),而且5个居群中在微卫星位点上检测到的每个遗传变异值都高于等位酶位点上的变异,证明了微卫星位点比等位酶位点具有更丰富的多态性;(2)在等位酶位点上与微卫星位点上检测到的居群遗传结构略有不同:在等位酶位点上说明在居群内大多数居群偏移了Hardy-Weinberg平衡且杂合体不足(F_(IS)=0.337),而在微卫星位点上却揭示了居群内大多数居群偏移了Hardy-Weinberg平衡且杂合体过剩(F_(IS)=-0.69)。导致这一差异的主要原因是在微卫星位点上检测到大量的杂合体所致。在等位酶位点上,基因分化系数F_(ST)=0.338;在微卫星位点上,F_(ST)=0.468,高于前者。两种分子标记所检测到的居群遗传结构的差异也得到居群间遗传关系的研究结果的支持。在等位酶位点上,遗传一致度平均值I=0.973:在微卫星位点上,遗传一致度平均值I=0.463,低于前者。导致这种检测结果的差别的主要原因是在微卫星位点上的高水平的多态性; 9上述研究结果表明:(1)微卫星无疑是稻种资源鉴定的有力工具;(2)基于水稻遗传图谱的遗传多样性研究对我们发掘和高效利用优异水稻基因资源有重要意义;(3)微卫星分析表明普通野生稻中蕴藏着可供水稻育种利用的丰富的遗传变异和大量的特异等位变异;(4)微卫星位点作为一种分子标记在研究普通野生稻的居群遗传结构时优越于等位酶位点。
【学位授予单位】:中国农业科学院
【学位级别】:博士后
【学位授予年份】:1999
【分类号】:S511

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【引证文献】
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1 王玉微;广西药用野生稻的安全保护研究[D];华中农业大学;2005年
【参考文献】
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1 高立志,葛颂,洪德元,张炯伟,罗庆延,陶国达,许再富;云南疣粒野生稻的居群遗传结构及其在原位保护中的意义[J];中国科学C辑:生命科学;1999年03期
2 洪德元;抢救野生稻种质资源[J];中国科学院院刊;1995年04期
3 郑康乐,庄杰云,陆军,李西明,朱旭东,柯苇,赵社根;籼稻骨干亲本的STS多态性[J];农业生物技术学报;1997年04期
4 高立志,张寿洲,周毅,葛颂,洪德元;中国野生稻的现状调查[J];生物多样性;1996年03期
5 卢宝荣;稻种遗传资源多样性的开发利用及保护[J];生物多样性;1998年01期
6 颜辉煌,胡慧英,傅强,余汉勇,汤圣祥,熊振民,闵绍楷;栽培稻与药用野生稻杂种后代的形态学和细胞遗传学研究[J];中国水稻科学;1996年03期
7 高立志,洪德元;中国稻属研究的主要进展[J];中国农业科学;1999年06期
8 高立志,周毅,葛颂,洪德元,梁耀懋,林登豪,陈成斌,吴妙坐,黄德爱;广西普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)的遗传资源现状及其保护对策[J];中国农业科学;1998年01期
9 郑殿升;中国粮食作物种质资源农艺性状鉴定、编目和繁种保存概况[J];作物品种资源;1996年04期
10 刘克德,张启发,张端品,谢岳峰;云南地方稻种的遗传变异和籼粳分化[J];植物学报;1995年09期
【共引文献】
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1 谢建春,杨世勇;生物多样性丧失原因及保护对策[J];安徽教育学院学报;2003年06期
2 张士永,杨连群,宫德英,袁守江,姜明松;利用海南自然条件鉴定山东种植水稻品种(系)的光温反应[J];山东农业科学;2003年02期
3 李汝玉;李群;张文兰;张晗;宋国安;王东建;;利用SSR标记进行小麦品种鉴定和新品种保护研究[J];山东农业科学;2007年06期
4 李广贤;姜明松;姚方印;宫德英;袁守江;陈峰;侯恒军;;稻米直链淀粉含量遗传及相关基因的研究进展[J];山东农业科学;2008年06期
5 陈峰;朱其松;张士永;严长杰;汤述翥;杨连群;周继华;;水稻DH群体的构建及其特征分析[J];山东农业科学;2009年01期
6 缪军;霍雨猛;杨妍妍;修景润;刘冰江;张一卉;霍凤梅;吴雄;;高效TAIL-PCR的改良及在洋葱中的应用[J];山东农业科学;2009年10期
7 霍雨艳;田志宏;;SSR标记在水稻研究中的应用概况[J];安徽农学通报(上半月刊);2010年23期
8 张希太;;高粱DNA导入小麦“矮早8”引起后代变异的研究及SSR分析[J];安徽农学通报(上半月刊);2011年05期
9 张希太;;牛胸腺DNA导入“藳优9415”后代变异及SSR分析[J];安徽农学通报(上半月刊);2011年07期
10 张培江,才宏伟,袁平荣,杨联松,白一松,胡兴明,许传万,孙明;利用RAPD标记水稻亲本遗传差异及其在杂种优势中的利用[J];安徽农业科学;1999年05期
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1 曾瑞珍;张泽民;张桂权;;利用微卫星标记鉴定水稻Wx座位上的复等位基因[A];作物科学研究理论与实践——'2000作物科学学术研讨会文集[C];2001年
2 彭海;汪旭东;吴先军;周开达;张静;;杂交早代稳定的材料与普通水稻杂交的早代稳定性分析[A];农业科技创新与生产现代化学术研讨会论文集[C];2001年
3 倪中福;张义荣;梁荣奇;刘广田;孙其信;;分子标记与小麦遗传多样性评价研究[A];21世纪作物科技与生产发展学术讨论会论文集[C];2002年
4 戚华雄;李进波;张建华;夏明元;万丙良;;水稻直链淀粉含量分子标记辅助育种[A];2003年全国作物遗传育种学术研讨会论文集[C];2003年
5 谭君;杨俊品;黄玉碧;孙仕贤;;利用SSR-DNA指纹的计算机分析鉴定玉米种子[A];2003年全国作物遗传育种学术研讨会论文集[C];2003年
6 张立平;葛秀秀;何中虎;Mark W Sutherland;;普通小麦多酚氧化酶活性的QTL分析[A];2003年全国作物遗传育种学术研讨会论文集[C];2003年
7 于澄宇;胡胜武;郭蔼光;张春红;俞延军;;遗传标记与甘蓝型油菜杂种表现的关系[A];’2003中国作物学会学术年会文集[C];2003年
8 李玉玲;王延召;吕德彬;陈绍江;汤继华;;爆裂与普通玉米自交系间的遗传关系及杂种优势预测研究[A];2004全国玉米种质扩增、改良、创新与分子育种学术会议论文集[C];2004年
9 席章营;;作物次级作图群体的研究进展[A];2004全国玉米种质扩增、改良、创新与分子育种学术会议论文集[C];2004年
10 齐永文;张洪亮;张冬玲;王美兴;孙俊立;魏兴华;裘宗恩;汤圣祥;曹永生;王象坤;李自超;;中国水稻选育品种微卫星和形态遗传多样性分析[A];中国作物学会2005年学术年会论文集[C];2005年
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3 林荔辉;应用分子和常规技术通过籼粳交选育亲籼型水稻雄性不育系[D];福建农林大学;2010年
4 王发明;柚(citrus grandis Osbeck)单染色体AFLP分子标记体系及文库的建立[D];福建农林大学;2010年
5 唐丽;湖南南天竹遗传多样性及园林利用评价体系研究[D];中南林业科技大学;2007年
6 文亚峰;人心果品种资源亲缘关系及其授粉亲和性的研究[D];中南林业科技大学;2006年
7 刘树楠;杂交水稻花粉发育超微结构比较与多光谱显微定量分析[D];武汉大学;2009年
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9 闫小玲;基于cpDNA单倍型和SSR分析的银杏群体遗传结构和谱系地理学研究[D];浙江大学;2010年
10 黄明;分子标记与水稻遗传多样性及杂种优势的相关性研究[D];湖南农业大学;2010年
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1 杨丹;湖北省油菜菌核病病菌多样性研究[D];华中农业大学;2010年
2 薄存沛;新疆野生油菜BAC文库的构建及单条染色体克隆筛选的研究[D];华中农业大学;2010年
3 林兵;甘蓝型油菜A8连锁群种子含油量QTL簇解析及连锁累赘分析[D];华中农业大学;2010年
4 郭一鸣;全球白菜型油菜遗传多样性分析[D];华中农业大学;2010年
5 邓姗;旱稻IRAT109辐照突变体的抗旱性鉴定和窄叶突变体(nal8)的初步定位[D];华中农业大学;2010年
6 杨盖宇;近等基因系群体的Ghd7和Qph1上位性分析[D];华中农业大学;2010年
7 董巍;分子标记辅助选择改良光温敏核不育系的稻瘟病抗性和稻瘟病抗性基因的初步定位[D];华中农业大学;2010年
8 晁园;利用重组自交系群体定位水稻品质相关性状QTL[D];华中农业大学;2010年
9 呼光富;颖鲤杂种优势及其相关分子生物学初步研究[D];华中农业大学;2010年
10 黄志城;旱稻极窄叶突变体和长穗颈隐性高秆突变体的遗传分析和基因定位[D];华中农业大学;2010年
【同被引文献】
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1 宋小玲,强胜;抗除草剂转基因油菜向杂草诸葛菜的潜在基因漂移[J];安徽农业科学;2003年04期
2 高俊山,林毅,叶兴国,马传喜;植物转基因技术和方法概述[J];安徽农业科学;2003年05期
3 张海英,许勇,王永健;分子标记技术概述(上)[J];长江蔬菜;2001年02期
4 江川,王金英,丁红萍,谢冬蓉;转基因技术在我国农业中的应用和进展[J];福建稻麦科技;2001年04期
5 王锋;转基因水稻育种研究的现状、问题及其发展策略[J];福建农业学报;2000年S1期
6 王艳红,王辉,李志恒;分子标记在我国野生稻种质资源研究中的应用[J];干旱地区农业研究;2002年03期
7 华丽,潘伯荣;遗传多样性透视[J];干旱区研究;2003年01期
8 齐向辉,史进文,贾志斌;DNA分子标记简介[J];河北林业科技;2003年01期
9 王凯,韦善忠,罗江,肖翠红,刘振华;DNA分子标记及其进展[J];黑龙江八一农垦大学学报;2003年01期
10 章炼红,杨霞;转基因技术在农业上的应用[J];河南科技;2000年04期
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1 黄大辉;岑贞陆;刘驰;贺文爱;陈英之;马增凤;杨朗;韦绍丽;刘亚利;黄思良;杨新庆;李容柏;;野生稻细菌性条斑病抗性资源筛选及遗传分析[J];植物遗传资源学报;2008年01期
【二级参考文献】
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1 钱詠文;刘钧赞;何昆明;;应用酯酶同工酶研究稻种的亲缘关系[J];广东农业科学;1982年06期
2 李道远;陈成斌;;中国普通野生稻两大生态型特征与生态考察[J];广西农业科学;1993年01期
3 吴万春;对中国野生稻命名的浅见[J];华南农学院学报;1980年01期
4 陈飞鹏,吴万春;中国三种野生稻根状茎解剖的比较研究[J];华南农业大学学报;1994年02期
5 田自强 ,朱凤绥;水稻染色体的带型研究——Ⅱ 籼、粳、陆、野生稻染色体Giemsa带型的分析比较[J];湖南农学院学报;1980年02期
6 陈志强,黄超武;中国三种野生稻种茎叶解剖的比较研究[J];中国科学(B辑 化学 生物学 农学 医学 地学);1987年03期
7 高立志,葛颂,洪德元,张炯伟,罗庆延,陶国达,许再富;云南疣粒野生稻的居群遗传结构及其在原位保护中的意义[J];中国科学C辑:生命科学;1999年03期
8 洪德元;抢救野生稻种质资源[J];中国科学院院刊;1995年04期
9 高立志,张寿洲,周毅,葛颂,洪德元;中国野生稻的现状调查[J];生物多样性;1996年03期
10 程侃声,周季维,卢义宣,罗军,黄迺威,刘光荣,王象坤;云南稻种资源的综合研究与利用 Ⅱ.亚洲栽培稻分类的再认识[J];作物学报;1984年04期
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10 韩飞;候立恒;;中国普通野生稻优异基因的研究与利用[J];安徽农业科学;2007年25期
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1 钱吉;;普通野生稻(Oryza rufipogon)北缘种群的遗传分化[A];中国植物学会七十周年年会论文摘要汇编(1933—2003)[C];2003年
2 钱吉;;普通野生稻(Oryza rufipogon)北缘种群的遗传多样性[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年
3 彭桂香;张国霞;曾凤云;谭志远;;普通野生稻(Oryza rufipogon)内生固氮菌多样性研究[A];第十次全国环境微生物学术研讨会论文摘要集[C];2007年
4 曾凤云;彭桂香;李金泉;张武;谭志远;;普通野生稻(Oryza rufipogon)内生固氮菌多样性研究[A];第四次全国土壤生物和生物化学学术研讨会论文集[C];2007年
5 张学树;郑海;黎华寿;;铅胁迫对高州普通野生稻生理生化的影响[A];十一五农业环境研究回顾与展望——第四届全国农业环境科学学术研讨会论文集[C];2011年
6 符文英;肖冠愚;邢诒旺;周王鼎;伍书钦;甘燕琴;;海南普通野生稻和山栏稻遗传多样性及起源演化的研究[A];中国科协2004年学术年会海南论文集[C];2004年
7 王晓玲;郭安平;庞业平;彭于发;孔华;林海妹;;海南儋州普通野生稻开花习性及育性研究[A];全国“植物生物技术及其产业化”研讨会论文摘要集[C];2007年
8 周海飞;谢中稳;葛颂;;中国普通野生稻遗传多样性与群体遗传结构的微卫星分析[A];中国植物学会七十周年年会论文摘要汇编(1933—2003)[C];2003年
9 范传广;张向前;张建国;刘向东;卢永根;;高州普通野生稻饲料营养含量的QTL定位[A];中国草学会牧草育种委员会第七届代表大会论文集[C];2009年
10 杨明挚;程在全;陈善娜;耿显胜;黄兴奇;;云南普通野生稻中抗稻瘟病等位Pi-ta~+等位基因的存在与利用[A];2007中国植物生理学会全国学术会议论文摘要汇编[C];2007年
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1 记者 马波;世界首个普通野生稻全基因组框架图谱绘制完成[N];科技日报;2010年
2 记者 熊燕;世界首个普通野生稻全基因组框架图谱完成[N];云南日报;2010年
3 记者 梁均贵、通讯员 蔡龙书、鲁国梁;省农科院功不可没[N];湖北日报;2004年
4 杨金志;我国发现控制水稻高产关键基因[N];陕西科技报;2008年
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1 董轶博;海南普通野生稻生物学特性和籼粳分化研究[D];中国农业科学院;2009年
2 李小湘;普通野生稻的遗传动态和交配系统研究[D];中南大学;2007年
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4 杨庆文;中国普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)的遗传多样性及其保护研究[D];中国农业大学;2004年
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1 郑小红;普通野生稻单核苷酸多样性研究[D];南昌大学;2006年
2 王家祥;中国普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)原生境保护与未保护居群的遗传多样性比较研究[D];中国农业科学院;2009年
3 李书柯;福建漳浦普通野生稻特征特性鉴定与评价[D];福建农林大学;2010年
4 黄金艳;广西普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)遗传多样性研究[D];广西大学;2006年
5 陈良兵;三亚和琼海普通野生稻群体遗传结构的研究[D];广西大学;2004年
6 蓝碧秀;普通野生稻雄性不育和恢复特性研究[D];广西大学;2007年
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8 廖辉;种群大小对普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)遗传多样性的影响[D];复旦大学;2011年
9 陈芬;粤北普通野生稻遗传多样性研究及核心种质初步构建[D];新疆农业大学;2009年
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