收藏本站
《中国农业科学院》 2008年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

中国部分山羊品种多样性及系统进化分析

武艳平  
【摘要】: 中国有丰富的山羊遗传资源,但对其起源进化及遗传多样性的研究还不够系统和深入,本研究利用线粒体DNA分析了分布于中国9个省和自治区的12个本地山羊品种和1个国外品种安哥拉山羊共13个山羊品种的起源及遗传多样性,我们测定了13个山羊品种共计155条序列的线粒体高变区的622bp片段,通过聚类及系统分析得到A、B、C和D4个支系,同时对群体遗传结构及群体扩张进行了分析。 根据线粒体高变区的测序和分析,在4个支系中分别选取一定量的个体来进行线粒体全序列测定,其中A支系3个个体、B支系4个个体、C和D支系各1个个体,设计15对引物进行线粒体全序列测定,分析山羊mtDNA序列基因特征和RNA二级结构,并对碱基变异对蛋白质结构和功能的影响进行了预测。与其他已报道物种的线粒体DNA基因组进行比较研究,探讨山羊线粒体DNA序列进化特点。 通过山羊线粒体高变区及全序列的分析,得出以下结论: 1.利用线粒体高变区序列分析了中国本地12个山羊品种的群体结构,FST=0.21,经检验差异不显著,品种内方差明显大于品种间方差,表明这些山羊品种间还没有出现显著的遗传分化,品种间表现弱的遗传结构。 2.通过对本研究得到并结合以前发表的B支系序列构建网络关系图,形成以2个优势祖先为中心的发射状星图,表明B支系经过2次独立的群体扩张。 3.本研究中共得到山羊B支系序列36条,主要分布在中国的西南及周边地区,这些分析联合以前发表的关于中国山羊B支系的起源研究方面的论文,我们推测中国的西南地区可能是B支系的驯化地之一。 4.通过对来自不同国家属于不同支系的1182条序列比对分析,发现了能区分4个支系的变异位点,每个支系有自己特有的碱基变异位点,其中A支系的特有变异位点5个,B支系的特有变异位点6个,C支系的特有变异位点18个,D支系的特有变异位点7个。所有的变异都是转换。 5.山羊线粒体A、B、C和D支系DNA编码区共有124个碱基变异位点,其中巅换有3处。转换与颠换的比值为40︰1,在得到的124处碱基变异中,有121个变异发生在编码蛋白质的基因序列,在这121个序列当中有18个变异属于非同义突变,通过对蛋白质二级结构及功能的预测,说明非同义变异只引起氨基酸的改变并不会影响蛋白质的功能。 6.在山羊全线粒体基因组序列中,发现了所有脊椎动物都有的4段超级保守序列,推测这4段子序列在脊椎动物进化及生命活动中有非常重要的功能,线粒体可能不是低等生物基因组的一个简单拷贝。 7. tRNA和rRNA二级结构碱基变异有的发生在环区,有的发生在茎区,是A/G转换,符合G-U摆动配对原则。所以各支系间tRNA和rRNA二级结构的碱基变异并不会引起其功能的改变。 8.山羊的4个支系加上其它9种哺乳动物线粒体DNA共13条序列的ω在0.0399-0.1591之间,Nei and Gojobori也显示同义替换总数高于非同义替换总数,分别以不同的物种为外群体计算了HKA,结果显示差异显著,这些均表明线粒体编码区未受到正选择作用。
【学位授予单位】:中国农业科学院
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2008
【分类号】:S827

手机知网App
【引证文献】
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 何晓红;中国主要双峰驼群体遗传多样性、系统进化及mtDNA异质性研究[D];中国农业科学院;2011年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张亚平,陈欣,施立明;两种锦鸡和环颈雉线粒体DNA(mtDNA)的比较研究[J];动物学研究;1991年04期
2 王文,施立明;一种改进的动物线粒体DNA提取方法[J];动物学研究;1993年02期
3 姚永刚,张亚平;线粒体DNA和人类进化[J];动物学研究;2000年05期
4 韩德民,周开亚;大壁虎线粒体基因组全序列及其结构(英文)[J];动物学研究;2005年02期
5 李祥龙,张亚平,陈圣偶,曾凡同,邱祥聘,刘相模;山羊品种间线粒体DNA限制性片段长度多态性研究[J];动物学研究;1997年04期
6 孟津;王晓鸣;;系统发育系统学——对现代系统生物学的理解与探讨[J];古脊椎动物学报;1988年04期
7 高腾云,孔庆友;中国山羊品种定量分类研究[J];家畜生态;2000年02期
8 赵兴波,储明星,李宁,吴常信;绵羊线粒体DNA的父系遗传[J];中国科学(C辑:生命科学);2000年06期
9 孙毅,马飞,肖冰,郑俊杰,袁晓东,汤敏谦,王黎,于业飞,李庆伟;鸮形目两种鸟类线粒体基因组全序列测定与比较研究[J];中国科学C辑:生命科学;2004年06期
10 王备新,杨莲芳;线粒体DNA序列特点与昆虫系统学研究[J];昆虫知识;2002年02期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 张红平;采用mtDNA序列研究中国家养山羊的遗传多样性与起源分化[D];四川农业大学;2003年
2 吴孝兵;扬子鳄保护遗传学及线粒体基因组全序列研究[D];南京师范大学;2001年
中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 施燕峰;赤麂线粒体全基因组测序及比较进化研究[D];东南大学;2004年
2 霍俊宏;中国六个地方绵羊品种mtDNA的遗传多样性研究[D];山西农业大学;2005年
3 武艳平;五个山羊品种微卫星DNA的遗传多样性研究[D];山西农业大学;2005年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 宋洁;张小芳;刁雪淘;金梅;;线粒体DNA12SrRNA、16SrRNA研究进展[J];安徽农学通报;2008年09期
2 贺莹;;宁夏束颈蝗Cytb基因的Numt分析[J];安徽农学通报(上半月刊);2010年13期
3 陈复生,付承玉,汪泰初;动物线粒体基因分子系统学研究进展[J];安徽农业科学;2003年04期
4 朱美霞,刘海清,张月永;应用RAPD-PCR分析棉花A基因组的起源与进化[J];安徽农业科学;2004年06期
5 汪泰初;刘朝良;肖林珍;;线粒体基因组(mtDNA)的研究进展[J];安徽农业科学;2006年10期
6 贾永红;张永亮;路彦霞;;DNA遗传标记与山羊遗传育种[J];安徽农业科学;2007年14期
7 李世平;常洪;马国龙;陈宏宇;;海子水牛Cyt b基因序列分析[J];安徽农业科学;2007年30期
8 韦素玲;曾振华;李翠凤;秦新民;;5种壁虎科动物Cyt b基因的序列分析[J];安徽农业科学;2008年06期
9 常春芳;冀德君;常洪;耿荣庆;李永红;马国龙;陈宏宇;;中国4个牛种MSTN基因外显子2多态性分析与其系统发生关系研究[J];安徽农业科学;2008年14期
10 温洪宇;韩宝平;周玉楼;吕爱军;杨柳;;嗜盐菌HBCC-3的培养特性及系统发育学分析[J];安徽农业科学;2008年14期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 宋陈玲;李亮;王继文;;水禽乙酰辅酶A羧化酶α基因部分序列克隆及进化分析[A];安全优质的家禽生产——第十五次全国家禽学术讨论会论文集[C];2011年
2 薛梦林;;冬枣采后黑斑病拮抗菌的筛选与鉴定[A];微生物实用技术生态环境应用学术研讨会论文集[C];2008年
3 苏智慧;;大步甲虫亚科的平行进化和快速形态分化(英文)[A];生命科学与生物技术:中国科协第三届青年学术年会论文集[C];1998年
4 ;Species Discrimination of Four Crabs (Genus Scylla) by Mitochondrial COI Gene[A];经济发展方式转变与自主创新——第十二届中国科学技术协会年会(第三卷)[C];2010年
5 蔡旭;方伟武;;基于极大似然估计的分子序列修正Kimura双参数距离[A];中国运筹学会第七届学术交流会论文集(中卷)[C];2004年
6 林能锋;许斌福;;石首鱼类的系统发育研究概况[A];2008年福建省科协第八届学术年会农业分会场论文集[C];2008年
7 李长龙;柯贤福;卢领群;郭红刚;萨晓婴;;长爪沙鼠ATPase8,ATPase6,COX3基因的克隆及序列分析[A];第九届中国实验动物科学年会(2010新疆)论文集[C];2010年
8 ;A simple method for constructing phylogenetic tree[A];大连理工大学生物医学工程学术论文集(第2卷)[C];2005年
9 ;Molecular evolution of Clupeidae fishes ( Osteichthyes:Clupeiformes) :information obtained from Genbank database[A];生物技术对水产业的促进作用——2005水产科技论坛论文集[C];2005年
10 刘至治;杨金权;王正琦;唐文乔;;大弹涂鱼群体遗传多样性及种群历史分析[A];中国工程院第77场工程科技论坛·2008水产科技论坛——渔业现代化与可持续发展论文集[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 郭雪江;睾丸蛋白表达谱的研究[D];南京医科大学;2009年
2 张成玲;烟草脉带花叶病毒、芜菁花叶病毒和马铃薯Y病毒的遗传结构分析[D];山东农业大学;2010年
3 王勇;细基格孢属、匍柄霉属及其近似属的形态学与分子系统学研究[D];山东农业大学;2010年
4 于红;牡蛎良种选育的遗传学基础研究[D];中国海洋大学;2010年
5 伊珍珍;旋唇纲、寡膜纲和前口纲纤毛虫原生动物研究[D];中国海洋大学;2009年
6 卞晓东;鱼卵、仔稚鱼形态生态学基础研究[D];中国海洋大学;2010年
7 包新康;我国高山鹑类分子系统发生研究[D];兰州大学;2010年
8 李敏;异翅亚目DNA条形码,谱系生物地理学及花蝽科(狭义)分子系统发育研究[D];南开大学;2010年
9 桂小杰;黄腹角雉保护生物学研究遗传多样性和种群生存力分析[D];中南林业科技大学;2007年
10 闫小玲;基于cpDNA单倍型和SSR分析的银杏群体遗传结构和谱系地理学研究[D];浙江大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 胡佳;鲟形目部分种类基于线粒体COⅠ基因的分子进化研究[D];华中农业大学;2010年
2 万珊;柑橘粉虱对柑橘叶片挥发物的行为反应及其遗传分化研究[D];华中农业大学;2010年
3 李悦;中国莴苣属及其近缘属植物系统学关系的初步研究[D];郑州大学;2010年
4 郭彦斌;利用mtDNA D-loop区研究10个绵羊品种的遗传多样性、起源及遗传分化[D];山东农业大学;2010年
5 纪志宾;两个山羊品种分子系谱的构建及家系遗传特征分析[D];山东农业大学;2010年
6 王健;文蛤线粒体基因组序列测定及进化分析[D];辽宁师范大学;2010年
7 王冰;刀鲚的形态学和遗传学研究[D];安徽农业大学;2010年
8 许丽梅;10个山羊群体遗传多样性的微卫星分析[D];甘肃农业大学;2010年
9 徐琳娜;甘肃青海藏系绵羊群体遗传多样性的微卫星分析[D];甘肃农业大学;2010年
10 胡浩;兰科槽舌兰属DNA条形码研究及其系统发育分析[D];甘肃农业大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 许维毅;;柴达木双峰驼溯源[J];柴达木开发研究;1989年01期
2 哈尔阿力·沙布尔;阿扎提·祖力皮卡尔;;南哈萨克斯坦州荒漠类草地的养驼业[J];草食家畜;2008年02期
3 李长宏;;柴达木双峰驼的发展现状及前景[J];中国草食动物;2010年06期
4 蒋琼橙,伍新尧;人类线粒体DNA异质性及其与法医学的关系[J];中国法医学杂志;2002年01期
5 陈彩安;门正明;;双峰驼染色体组型分析[J];甘肃农大学报;1984年02期
6 张勇;张会斌;刘志虎;吴敏;;基于线粒体细胞色素b基因序列的阿尔金山野生双峰驼分子系统发育研究[J];浙江大学学报(理学版);2008年01期
7 何晓红;韩秀丽;马月辉;;双峰驼遗传多样性研究进展[J];家畜生态学报;2009年04期
8 艾云;石凯;;沙漠之王 嘎顺戈壁双峰野骆驼[J];科学之友(A版);2008年09期
9 张培业;;近年来苏联骆驼生产和研究概况[J];内蒙古畜牧科学;1986年03期
10 冉鹏;吴谨;张蓓蕾;单华鑫;李英碧;;人类线粒体DNA异质性研究进展及其法医学应用[J];人类学学报;2007年04期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 赵倩君;中国部分绵羊群体的起源、遗传多样性及保护研究[D];中国农业科学院;2007年
2 凌英会;中国主要地方马群体遗传多样性及系统进化研究[D];中国农业科学院;2010年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王成树,李增智;分子数据的遗传多样性分析方法(综述)[J];安徽农业大学学报;2002年01期
2 邓其祥;铜鸡×金鸡——自然杂交种的描述[J];动物学报;1974年01期
3 施立明;赤麂的核型[J];动物学报;1976年01期
4 吴乃虎,王钢锋,阎景智,郭玲,严绍颐,秦鹏春;草鱼和鲤鱼线粒体 DNA 的分离纯化及其 COI 基因的分子克隆[J];动物学报;1991年04期
5 王义权,周开亚,徐珞珊,杨光,徐国钧;几种游蛇的Cyt b基因片段序列分析及其演化关系(英文)[J];动物学报;1999年03期
6 李思发,吕国庆,L.贝纳切兹;长江中下游鲢鳙草青四大家鱼线粒体DNA多样性分析[J];动物学报;1998年01期
7 周明镇;;中国第四纪动物区系的演变[J];动物学杂志;1964年06期
8 邓其祥;天全县蜂子河羚牛生态调查[J];动物学杂志;1984年06期
9 饶刚,李明,牛屹东,王静,魏辅文,方盛国;陈旧皮张中DNA提取的新方法[J];动物学杂志;2001年04期
10 李馨,杨隽;三江白猪线粒体DNA的多态性[J];动物学杂志;2003年05期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 龙继蓉;中国家兔遗传多样性研究[D];四川农业大学;2001年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 武艳平;关伟军;赵倩君;何晓红;浦亚斌;霍俊宏;敖红;李奎;马月辉;;山羊线粒体DNA D-loop区部分序列变异位点分析[J];畜牧兽医学报;2008年08期
2 武艳平;马月辉;;线粒体DNA与山羊进化[J];家畜生态学报;2007年06期
3 武建亮;肖宇航;刘文忠;;山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究[J];中国畜牧兽医;2009年05期
4 刘益平;曹少先;傅泽红;徐敏;刘铁铮;;中国部分山羊品种线粒体DNAD-loop序列遗传多样性分析[J];畜牧兽医学报;2007年04期
5 耿荣庆;;山羊线粒体DNA细胞色素b基因序列分析[J];草食家畜;2006年02期
6 韩家波;赫崇波;王强;马志强;徐晓红;;辽东湾斑海豹线粒体ND4、tRNA~(Arg)、ND4L和ND3基因序列分析[J];水产科学;2006年10期
7 郭昱嵩;王中铎;焦阳;刘楚吾;;鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因的适用性分析[J];安徽农业科学;2009年16期
8 王阳;刘艳;王锡锋;李志忠;;大麦黄矮病毒PAV河南分离物通读蛋白ORF5基因的分子特征分析[J];河南农业大学学报;2010年05期
9 刘鸿艳,王英,郑成木;335份旱稻核心样品的构建[J];热带作物学报;2005年01期
10 邓卫平;焦飞;黄英;;中国荷斯坦奶牛与鲁西黄牛线粒体DNA多态性和系统进化分析[J];上海交通大学学报(农业科学版);2008年06期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 陈晔;樊有赋;彭琴;方亮;;凹叶厚朴内生真菌研究初报[A];第二届菌物教学科研研讨会论文集[C];2006年
2 贺善安;张佐双;;植物园的基本性质与多样性[A];中国植物学会植物园分会2006年学术会议论文集[C];2006年
3 詹寿发;甘金莲;樊有赋;彭琴;陈晔;;凤尾蕨内生真菌的研究Ⅰ——菌种分离及其分类鉴定[A];第八届海峡两岸菌物学学术研讨会论文集[C];2007年
4 孙倩;洪葵;;海洋细菌生物活性物质多样性[A];2005热带亚热带微生物资源的遗传多样性与基因发掘利用研讨会论文集[C];2005年
5 代艳;李桂贞;邓波;杨富裕;;草地生态系统丛枝菌根真菌多样性研究进展[A];中国草学会青年工作委员会学术研讨会论文集[C];2007年
6 冯春时;丛爽;;遗传编程中一种改进的GROW算法及其对多样性的改善[A];2007系统仿真技术及其应用学术会议论文集[C];2007年
7 吕舟;;从历史与文化的角度看意大利建筑的多样性[A];建筑史论文集(第12辑)[C];2000年
8 朱明旗;边洋;苏静;;中国粗榧内生真菌多样性研究[A];中国植物病理学第七届青年学术讨论会论文集[C];2005年
9 李勇;丁万隆;;我国中药资源多样性及其可持续利用[A];科技创新与绿色植保——中国植物保护学会2006学术年会论文集[C];2006年
10 姜红霞;汤晓荣;;半叶紫菜华北变种生活史多样性研究[A];中国植物学会植物结构与生殖生物学专业委员会、江苏省植物学会2007年学术年会学术报告及研究论文集[C];2007年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 陈金生 海丰县广播电视大学;浅析领导的群体结构[N];汕尾日报;2010年
2 邓启耀 中山大学社会学与人类学学院;生物与文化:多样性面临转折[N];中国社会科学报;2009年
3 ;非洲人更会“吃苦”,全靠基因惊人多样性[N];新华每日电讯;2009年
4 王海波 白震方;武安山羊品种保护项目获批[N];河北日报;2010年
5 明浩;理想社会不应排斥多样性[N];中国民族报;2011年
6 一尺雪;街道“多样性”自我弱化的中山样本[N];中山日报;2009年
7 刘力坤;关注地球生物的多样性[N];新疆日报(汉);2010年
8 记者 李仁丰;线粒体DNA影响放疗敏感性[N];健康报;2000年
9 陈佳冉;文学“多样性”不能徒有其表[N];光明日报;2010年
10 胡红缨;浅议税务队伍的最佳群体结构[N];湖南经济报;2006年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 武艳平;中国部分山羊品种多样性及系统进化分析[D];中国农业科学院;2008年
2 徐智;中国西北地区古代人群的DNA研究[D];复旦大学;2008年
3 刘宁;中国南方主要地方山羊品种遗传多样性及进化特征的研究[D];甘肃农业大学;2005年
4 王中铎;中国笛鲷属鱼类的分子系统学[D];湖南师范大学;2009年
5 王春艳;污染环境中特定功能微生物多样性调查研究[D];大连海事大学;2008年
6 白文林;中国产绒山羊品种父系与母系起源的分子特征及遗传分化[D];吉林大学;2009年
7 张红平;采用mtDNA序列研究中国家养山羊的遗传多样性与起源分化[D];四川农业大学;2003年
8 罗理杨;现代家犬的起源[D];西北农林科技大学;2003年
9 母德清;线粒体DNA与线粒体诊治胰腺癌的应用研究[D];浙江大学;2004年
10 赵立东;线粒体DNA突变相关的耳聋分子机制的研究[D];中国人民解放军军医进修学院;2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 林昕;中国东南沿海五种拟菱形藻形态、遗传多样性与系统进化研究[D];厦门大学;2008年
2 王强;利用线粒体DNA序列分析辽东湾斑海豹的种群遗传结构[D];辽宁师范大学;2006年
3 黄进强;青岛近海附着细菌和养殖环境反硝化细菌多样性研究[D];中国海洋大学;2008年
4 王静;长江口沉积物反硝化细菌和南冲绳海槽深海沉积物产胞外酶细菌多样性研究[D];中国海洋大学;2008年
5 李东;线粒体基因突变与2型糖尿病相关性研究[D];武汉大学;2005年
6 孔有琴;中国大鸨东方亚种(Otis tarda dybowskii)线粒体DNA遗传多样性的研究[D];东北林业大学;2003年
7 刘建文;中国网翅蝗科部分种类线粒体DNA基因序列及系统发育研究[D];广西大学;2004年
8 赵晗;内蒙古和林格尔东周时期墓地古代人群线粒体DNA多态性研究[D];吉林大学;2005年
9 徐君怡;繁茂膜海绵相关微生物的多样性研究[D];中国科学院研究生院(大连化学物理研究所);2004年
10 凌宏志;沤麻微生物多样性及果胶酶产生菌酶学基础的研究[D];黑龙江大学;2005年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026