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《中国疾病预防控制中心》 2017年
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宏分类组学分析青藏高原秃鹫肠道菌群及放线菌新种的发现

孟祥莉  
【摘要】:秃鹫(vulture)是一种在我国青藏高原常见且主要的凶禽。以动物尸体为主要食物,还是天葬活动的重要参与者。可能会进食因传染病而死亡的人或动物的尸体。因此,秃鹫可能携带和传播对其自身不致病,但对其它动物和人致病的病原体。本研究建立了宏分类组学(metataxonomics):利用三代高通量测序获得近似16SrRNA基因全长序列,采用系统发生操作单元(Operational Phylogenetic Unit,OPU)分析方法,将众多OPUs鉴定到“种”水平,以研究细菌菌群多样性。我们采集的9只秃鹫的肠道粪便样本,此9只秃鹫涵盖了青藏高原旧大陆秃鹫的三个物种(高山秃鹫,胡秃鹫,秃鹫)。共得到54,135条高质量16SrRNA基因序列,平均每个样本6,015±1,058条序列,每条序列平均长度1,442 ±6.9 bp。这些序列被划分为314个OPUs。其中,102个OPUs为已知细菌种,50个尚未被描述的细菌种,161个uncultured细菌。102个已知种中,有45个种是具有医学意义的细菌;50个尚未被描述的种中,23个属于包含致病菌的细菌属中。所有314个OPUs中,6个OPUs存在于所有秃鹫样本中。秃鹫肠道菌群中丰度最高的是产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)沿在所有秃鹫样本中所占比例高达30.8%。从秃鹫肠道样本中分离培养得到了 107株产气荚膜梭菌,MLST分析显示共有45个ST型,本研究显示秃鹫可能是土壤相关的产气荚膜梭菌以及其他病原菌的携带源。同时,从秃鹫肠道样本中分离到了三个放线菌新种,分别命名为Actinomyces vulturis,A.liubingyangii,以及一个尚未命名的新种a.sp.VUL4_3。用相似的分离培养方法从鼠兔粪便样本中分离到一个放线菌新种,命名为A.gaoshouyii。
【学位授予单位】:中国疾病预防控制中心
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2017
【分类号】:R37

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