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《南方医科大学》 2009年
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华南地区中间型β地中海贫血的分子基础:遗传异质性和表型多样性

陈万群  
【摘要】: 背景与目的 β地中海贫血(简称β地贫,β-thalassemia)是世界上最常见的单基因遗传病之一,尤其是在热带和亚热带地区(包括华南地区),该病的发生率特别高。广东和广西是中国发生率最高的两个省区,分别高达2.54%和6.78%。β地贫是由于β珠蛋白肽链合成减少或缺失而导致的一种疾病,主要由β珠蛋白基因的点突变或小片段的插入或缺失引起。从功能上看,β突变可以分为β~0(完全没有β珠蛋白产生),β~+(有少量β珠蛋白产生),β~(++)和β~(silent)(对β珠蛋白的合成没有或影响很小)。根据临床表型,β地贫可以分为三种主要的类型:重型地贫(thalassemia majior,TM),轻型地贫(thalassemia trait,TT)和中间型地贫(thalassemia intermediam,TI)。重型地贫是病情最为严重的一类地贫,患者从幼儿期就要定期输血才能存活。轻型地贫的患者一般表型正常,没有地贫表征。而中间型地贫是介于重型地贫和轻型地贫之间的一类地贫。中间型地贫的表型轻重不一,跨越了很大的表现谱:轻者只有轻微的地贫表征,可无明显的临床症状;重者需要偶尔不定时输血,出现肝脾肿大等明显的地贫特征。 中间型β地贫的表型多样,它的分子基础也相当复杂,具有很大的遗传异质性。Thein SL总结了β地贫的主要遗传修饰因子有:β珠蛋白基因和α珠蛋白基因,以及影响γ珠蛋白基因型表达的一些遗传因素。研究表明与γ珠蛋白基因表达有关的遗传修饰因素主要有:p珠蛋白基因簇的3'HS1(+179C→T)多态位点,位于β珠蛋白基因簇5'HS2的模序(AT)_XN_Y(AT)_Z,β珠蛋白基因上游-540区的模序(AT)_XT_Y,BCL11A基因内的SNP位点rs11886868(T→C)等。此外,有些遗传修饰因子可以调节或导致β地贫,如GATA-1,α血红蛋白稳定蛋白(Alpha HaemoglobinStabilizing Protein,AHSP)和血红素调节抑制因子(Heme-regulated eIF2αkinase,HRI)等。 目前在意大利、印度、伊朗等多个国家,中间型β地贫的分子基础都已经有了比较系统的研究。然而目前我国针对中间型β地贫的研究仅有少数个案报道,缺乏系统的研究,导致人们对于我国的中间型β地贫的遗传基础了解很少,妨碍了我国南方这一重要遗传病临床诊治和遗传咨询等临床工作的深入开展。本研究立足于地贫的高发区收集中间型β地中海贫血样本,系统分析来自华南地区的117例中间型β地贫患者的分子基础,研究靶点包括β珠蛋白基因型,α珠蛋白基因型和其他影响α/β珠蛋白基因比例的一些遗传修饰因素。本研究拟通过对中间型β地贫患者的临床资料,血液学资料和分子基础进行综合分析,阐明华南地区的中间型β地贫的分子基础,为临床实践提供必要的支持。 病例样本与方法 1.病例样本及表型分析: 纳入本研究的样本来自地中海贫血高发区(主要是广西省和广东省)的109个家系,共117例中间型β地贫患者(纳入标准:Hb含量在60-105 g/L;MCV80 fL;MCH27 pg;在幼儿期间可以不依赖输血而能够存活;发病年龄在2岁以后)。统计样本的输血情况,首次发病时的年龄,肝脾是否肿大,有无进行脾切除手术,有无地贫面容等。采集117例样本的EDTA抗凝外周静脉血。 2.实验方法: (1)对117例样本进行如下分析:①进行血常规和血红蛋白含量分析,提取所有样本的DNA,-20℃低温保存备用。②对α、β珠蛋白基因的突变进行分析:利用反向点杂交技术(reverse dot blot,RDB)对中国人群中常见的α、β珠蛋白基因点突变或小的缺失或插入突变进行分析;利用Gap-PCR技术分析中国常见的珠蛋白基因缺失突变(3种常见的α珠蛋白基因缺失突变,包括-α~(3.7)、-α~(4.2)和--~(SEA)。2种β珠蛋白基因簇缺失,包括东南亚型遗传性持续性胎儿血红蛋白综合征(SEA-HPHF)缺失和中国型~Gγ~+(Aγδβ)~0缺失);利用PCR技术对ααα~(anti3.7)和ααα(anti4.2)这两种α珠蛋白基因的三联体进行分析。③利用基于PCR基础上的Xmn1酶切技术,分析~Gγ珠蛋白基因的-158位的Xmn1酶切位点。经过上述分析,117例样本可以分为两类,一类是基因型可以解释表型的样本;一类是基因型尚不能解释表型的样本(β~0/β~0,β~+/β~N或β~0/β~N) (2)对基因型为β~0/β~0,β~+/β~N或β~0/β~N的样本进一步分析。针对前者,PCR扩增α_2和α_1珠蛋白基因全长,对PCR产物直接测序。采用基于PCR基础上的直接测序技术进一步对多个可使HbF水平升高的遗传修饰因素进行分析,这些因素包括:3'HS1,5'HS2核心区,~Gγ和~Aγ珠蛋白基因的启动子区,β珠蛋白基因-540区的(AT)x(T)y序列,BCL11A基因中rs11886868的SNP位点信息。针对后者,对以下多个位点进行了分析:β珠蛋白基因全长,5'HS2和5'HS3的核心区,AHSP基因全长,以及GATA-1和HRI的cDNA序列。对部分样本5'HS2核心区的PCR产物通过克隆测序进一步验证。 (3)对本课题中可能发现的新突变进行分析:①评价新突变对β珠蛋白基因表达水平的影响②利用基于PCR的限制性片段长度多态性(restriction fragmentlength polymorphism,RFLP)技术对β珠蛋白基因簇进行单倍型分析。 (4)利用半变性高效液相色谱(DHPLC)技术分析新突变和BCL11A基因的SNP位点rs11886868在对照样本中的情况。 (5)统计分析:采用统计软件SPSS13.0。主要是利用两独立样本的t检验方法分析突变对β珠蛋白基因mRNA水平的影响。 结果与讨论 本研究我们共收集到117例中间型β地贫样本。年龄介于2岁和60岁,发病年龄则处于1.5岁和27岁。75例(64.1%)有地贫面容,29例(24.8%)尚未出现地贫面容。62例(52.5%)没有输过血,15例(12.7%)输血1次,31例(26.3%)需要偶尔输血。69例(59.0%)患者存在肝脾肿大,其中实行脾切除手术的患者有23例(19.5%),36例(30.8%)尚未出现肝脾肿大。可见,这些中间型β地贫患者的表型差别很大,即具有很大的表型异质性。 本课题在117例中间型β地贫患者中共检测到18种β珠蛋白基因突变,这些突变的出现频率明显不同,它们的出现频率从大到小的顺序排列如下:-28(A→G),CD 41-42(-CTTT),CD 17(A→T),βE(CD 26 G→A),IVS-2-654(C→T),IVS-2-5(G→C),CD 71-72(+A),SEA-HPFH,IVS-1-1(G→T)和-29(A→G),中国型~Gγ~+(~Aγδβ)~0,CD 43(G→T),-73(A→T)、CD15-16(+G)、CD27-28(+C)、CD 53(-T)、Cap+39(C→T)和Term CD+32(A→C)等6种突变各1例,最后两种突变是在本课题中首次发现的,相关信息已经提交到GenBank数据库,序列号分别为FJ876835和FJ876836。除了检测到上述的β珠蛋白基因突变外,有22例样本同时合并α珠蛋白基因突变,共涉及5种α珠蛋白基因突变,其中CD142(T→C)(α~(CS))2例,-α~(3.7)例,--~(SEA) 11例(其中1例合并-α~(4.2)),-α~(4.2)1例(同时合并--~(SEA)),6例存在ααα~(anti3.7),未发现ααα~(anti4.2)三联体。 18种β珠蛋白基因突变和5种α-珠蛋白基因突变组成了51种β和α珠蛋白基因型组合。根据β珠蛋白基因型,117例中间型β地贫样本可以分为两类:(1)β珠蛋白基因突变纯合子或者双重杂合子,有97例(82.9%)。(2)β珠蛋白基因突变杂合子,有20例(17.1%)。分析表明这两类患者的主要血液学指标都存在显著差异(Mann-Whitney test,P0.05)。在第一类97例中间型β地贫样本中:(1)α珠蛋白基因正常,β珠蛋白基因突变纯合子或双重杂合子有44例,占总样本的37.6%(44/117)。(2)α珠蛋白基因正常,HbE合并β~0珠蛋白基因突变有27例,占总样本的23.1%(27/117)。(3)β珠蛋白基因突变纯合子或双重杂合子合并α珠蛋白基因突变(包括-α~(3.7),-α~(4.2),--~(SEA),α~(CS)和ααα~(anti3.7))15例。我们检测到2例特殊病例:1例为β珠蛋白基因突变双重杂合子合并HbH病,基因型具体为β~(CD17(A→T)/β~(IVS-2-654(C→T))合并--~(SEA)/-α~(4.2);另一例是β-~(28(A→G))/β-~(28(A→G))合并ααα~(anti3.7)/αα。(4)7例为β珠蛋白基因突变杂合子合并SEA-HPFH,4例为β~+/中国型~Gγ~+(~Aγδβ)~0或β~0/中国型~Gγ~+(~Aγδβ)~0。其中,有两例样本的基因型分别是β~(IVS-2-654(C→T))/中国型~Gγ~+(~Aγδβ)~0和β-~(28(A→G))/中国型~Gγ~+(~Aγδβ)~0,此外,这两例样本的α珠蛋白基因型均为--~(SEA)/αα。 在第二类20例中间型β地贫样本中:(1)α珠蛋白基因正常,β珠蛋白基因突变杂合子样本14例,占12.0%(14/117)。其中,β~+/β~N样本1例,具体基因型为β-~(28(A→G))/β~N;其余13例样本为β~0/β~N,具体为7例β~(IVS-2-654(C→T))/β~N,3例β~(CD17(A→T))/β~N,2例β~(CD71-72(+A))/β~N,1例为β~(41-42(-CTTT))/β~N。(2)α珠蛋白基因正常,基因型为β~(CD53(-T))/β~N的β珠蛋白基因显性突变杂合子样本1例。(3)β珠蛋白基因突变杂合子合并ααα~(anti3.7)/αα有5例。在117例样本中未发现1例ααα~(anti4.2)阳性样本。 在117例中间型β地贫样本中,有3例β~0/β~0样本,基因型分别为β~(CD17(A→T))/β~(IVS-2-654(C→T)),β~(IVS-1-1(G→T))/β~(CD41-42(-CTTT))和β~(CD17(A→T))/β~(CD17(A→T))。对这三例样本的α珠蛋白基因进行多种缺失突变检测,PCR扩增它们的α2和α1的珠蛋白基因全长、β和γ珠蛋白基因的的启动子区,然后对PCR产物测序,结果未发现突变。三例样本中,有两例样本的Xmn1分析结果为+/-,一例为-/-。通过对包括3'HS1的(+179)位点、β和γ珠蛋白基因的启动子区、HS2和HS3核心序列等在内的一些与HbF表达增加相关的遗传修饰因素的测序分析,没有发现明确的相关因素。这说明还有未知的遗传修饰因素,需要进一步的研究。 值得注意的是,在117例中间型β地贫样本中,有14例为p珠蛋白基因突变杂合子,其中1例为β-~(28(A→G))/β~N,7例β~(IVS-2-654(C→T))/β~N,3例β~(CD17(A→T))/β~N,2例β~(CD71-72(+A))/β~N,1例为β~(41-42(-CTTT))/β~N。对这批样本进行α珠蛋白基因的ααα~(anti3.7)和ααα~(anti4.2)三联体分析,没有发现α珠蛋白基因三联体。分析其他的一些相关靶点,包括β珠蛋白基因5'HS2和5'HS3的核心序列、AHSP基因全长和GATA-1的cDNA序列,仍然没有发现相关信息。在HRI中发现两个多态位点rs2639和rs2640,其他各靶点未发现突变。Rs2639(A→G)是一个同义突变,而rs2640(A→G)属于错义突变,导致K558R的氨基酸改变。然而,由于赖氨酸(K)和精氨酸(R)都属于碱性氨基酸,它们都属于性质相似的氨基酸,这种改变对HRI功能的影响难以判定。总之,我们认为在这些样本中,应该还有一些未知遗传修饰因素的参与。 针对Term CD+32(A→C)和Cap+39(C→T)这两种新的β珠蛋白基因突变,通过反转录实时定量PCR技术分析突变对β珠蛋白基因mRNA水平的影响。前者位于β珠蛋白基因的3'UTR,在终止密码子TAA后第32位核苷酸,因此被称作Term CD+32(A→C)突变。对先证者进行~Gγ珠蛋白基因的-158位点的Xmn1酶切分析,结果为+/+,这是在本研究中发现的唯一1例阳性纯合子样本。通过对7个限制性性内切酶位点的单倍型分析,发现与Term CD+32(A→C)突变连锁的单倍型为"--+++-+"。另一种新的突变Cap+39(C→T),突变位点位于β珠蛋白基因的5'加帽位点后的第39位核苷酸,与β珠蛋白基因的起始密码子AUG间隔11个碱基对。应用反转录实时定量PCR评价两例新突变对β珠蛋白基因mRNA水平的影响。采用内参和靶基因的双标准曲线相对定量的方法,内参采用β肌动蛋白基因。靶基因β珠蛋白基因mRNA的标准曲线为:y=-3.672x+19.787(R~2=0.999);内参β肌动蛋白mRNA的标准曲线为:y=-3.466x+24.000(R~2=0.999)。Term CD+32(A→C)突变组β珠蛋白mRNA相对含量为0.835±0.048(n=3),Cap+39(C→T)突变组β珠蛋白mRNA相对含量为1.093±0.118(n=5),正常对照组β珠蛋白mRNA相对含量为1.016±0.098(n=6)。应用两独立样本的t检验方法进行统计学分析表明,Term CD+32(A→C)突变组与正常对照组的β珠蛋白mRNA相对含量有显著性差异(P=0.021),突变可以使β珠蛋白基因的mRNA水平下降17.8%,属于β~+突变。Cap+32(C→T)突变组与正常对照组的β珠蛋白mRNA相对水平没有显著性差异(P=0.270),突变不影响β珠蛋白基因的mRNA水平。此外,该突变的5个携带者的血液学指标均正常。因此,该突变应该属于沉默突变(silent mutation,β~(++))。序列分析表明,发现的两例新突变所在的基因序列在进化过程中是很保守的。 结论 1.研究表明华南地区的中间型β地贫患者具有很大的遗传异质性。117例中间型β地贫样本的分子基础可归结为两大类,即20例(占17.1%)β珠蛋白基因突变杂合子和97例(占82.9%)β珠蛋白基因突变纯合子或者双重杂合子。前者又可分为:α珠蛋白基因正常,β珠蛋白基因突变杂合子样本14例;α珠蛋白基因正常,基因型为β~(CD53(-T))/β~N的β珠蛋白基因显性突变杂合子样本1例;β珠蛋白基因突变杂合子合并ααα~(anti3.7)/αα5例。后者又包括:α珠蛋白基因正常,β珠蛋白基因突变纯合子或双重杂合子有44例;α珠蛋白基因正常,HbE合并β~0珠蛋白基因突变有27例;β珠蛋白基因突变纯合子或双重杂合子合并α珠蛋白基因突变15例;7例为β珠蛋白基因突变杂合子合并SEA-HPFH,4例为β~+/中国型~Gγ~+(~Aγδβ)~0或β~0/中国型~Gγ~+(~Aγδβ)~0(其中2例样本合并--~(SEA)/αα)。总之,我们已经基本阐明了华南地区中间型β地贫的分子基础。 2.在117例中间型β地贫样本中,有3例β~0/β~0样本和14例β珠蛋白基因突变杂合子样本。针对这些样本,我们对可导致中间型β地贫的主要及次要遗传修饰因子进行了系统的分析,但是未能阐明他们的分子基础,需要进一步的研究。 3.发现了2例新的β珠蛋白基因突变类型,Cap+39(C→T)和Term CD+32(A→C),丰富了人类β珠蛋白基因突变数据库,对临床具有指导意义。评价了突变对mRNA水平的影响,Term CD+32(A→C)突变可以使β珠蛋白基因的mRNA水平下降17.8%,属于β~+突变。Cap+32(C→T)突变不影响β珠蛋白基因的mRNA水平,属于沉默突变(silent mutation,β~(++))。研究表明与新突变TermCD+32(A→C)连锁的单倍型为“--+++-+”。
【学位授予单位】:南方医科大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2009
【分类号】:R556

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9 吴梅筠;;亲权鉴定(续一)[J];中国法医学杂志;1987年03期
10 杨哲;;分离出肌萎缩基因的片段[J];国外医学情报;1987年03期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 周光耀;;乙肝病毒基因分型及临床相关性[A];2006年浙江省感染病、肝病学术会议论文汇编[C];2006年
2 陈勇;洪艳;杨连华;陈念良;倪崖;凌志强;余为群;毛江森;;甲型肝炎病毒中国流行株5’NCR核苷酸序列异质性研究[A];浙江省医学科学院建院55周年院庆论文专辑[C];2005年
3 耿猛;杨俊华;;中国汉族家族性肥厚型心肌病致病基因的突变筛查及基因型与表型的关系[A];中华医学会第11次心血管病学术会议论文摘要集[C];2009年
4 聂同钢;匡金枝;朱巍;;人类线粒体DNA异质性1例[A];加入WTO和中国科技与可持续发展——挑战与机遇、责任和对策(下册)[C];2002年
5 何振巍;张朝东;;线粒体脑肌病伴高乳酸血症和脑卒中样发作综合征一家系临床特征及线粒体基因A3243G位点点突变异质性水平[A];中华医学会第十三次全国神经病学学术会议论文汇编[C];2010年
6 张伟娟;侯一平;徐洁杰;周雪平;贾振军;吴谨;李英碧;;线粒体DNA异质性在法医遗传学中的研究进展及存在的问题探讨[A];第二届全国法医DNA检验技术研讨会论文专辑[C];2004年
7 赵建;;异质性信念作用下的证券价格:以两信念均衡模型为例[A];中国制度经济学年会论文集[C];2006年
8 张子波;王伟杰;杨康鹃;金元哲;;PGC-1基因多态性及其与疾病相关性的研究[A];东北三省及内蒙古地区遗传学研究进展学术研讨会论文汇编[C];2009年
9 李莹;陈建杰;;丙型肝炎病毒基因的研究进展[A];中华中医药学会第十二届内科肝胆病学术会议暨第四次国家中医肝病重点专科协作组学术会议论文汇编[C];2006年
10 范可;王宇明;陈文;范懿;吴小翎;;慢性丙型肝炎病人基因型分布、传播途径及发现时间的调查研究[A];病毒性肝炎慢性化、重症化基础与临床研究进展学术会议论文汇编[C];2009年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 刘云涛;TP53基因R72P多态又嗜酒者易患结直肠癌[N];中国医药报;2007年
2 中原;检测触珠蛋白基因型[N];医药经济报;2002年
3 吴一福;MTHFRC667T基因分型技术问世[N];中国医药报;2005年
4 ;产质粒介导Ⅰ型头孢菌素酶细菌的耐药性及基因型研究[N];中国医药报;2003年
5 周菁;痰湿体质者低密度脂蛋白受体基因PvuII、AvaII多态性关系研究[N];中国中医药报;2006年
6 张永琇;北京创MN血型基因型测定法[N];中国医药报;2000年
7 记者 郭静 通讯员 朱增彦;广州成功绘制乙肝病毒基因分型图[N];广东科技报;2008年
8 郭新秀;研究课题填补国内空白[N];科技日报;2005年
9 李静;“遗传、变异及进化”重难点辨析[N];山西科技报;2003年
10 记者 马波;科学家揭开人类表型多样性奥妙[N];科技日报;2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 陈万群;华南地区中间型β地中海贫血的分子基础:遗传异质性和表型多样性[D];南方医科大学;2009年
2 芦琳娜;异质性视角下我国地质勘查投入机制研究[D];中国地质大学(北京);2013年
3 承海;宿主HLA多态性及病毒基因组异质性与HBV宫内传播关系的研究[D];第四军医大学;2009年
4 Edward Zumbika;HBV感染的肝病患者HBV基因型和HBV X 基因选择性突变的研究[D];浙江大学;2005年
5 张爱民;中国HBV基因型分布特点和临床意义及慢加急性肝衰竭患者HBV基因突变的研究[D];中国人民解放军军医进修学院;2011年
6 王晶;FMO3基因型和胆碱对鸡蛋三甲胺含量影响的研究[D];东北农业大学;2011年
7 李昕;PPARγ及apM1基因多态性与多囊卵巢综合征肥胖异质性的相关研究[D];复旦大学;2006年
8 赵飞帆;隐性遗传性耳聋外显子测序技术基因鉴定及基因型与表型关联研究[D];中国人民解放军军医进修学院;2012年
9 韩士忠;双色荧光正相杂交检测SNP动力学初探及复杂疾病易感基因的关联分析和Meta-分析[D];复旦大学;2006年
10 褚瑞海;HLA-DRB1等位基因多态性和乙肝病毒基因型与慢性乙型肝炎α-干扰素抗病毒治疗应答的相关性研究[D];山东大学;2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 曲金勇;分工演进中的资本异质性研究[D];青岛大学;2005年
2 何利珍;PTEN基因在胶质瘤细胞SWO38及克隆亚系中表达的差异性比较[D];暨南大学;2005年
3 李瑞丽;利用流量数据对访问者行为演变过程的建模研究[D];上海海事大学;2005年
4 邹恒;基于异质性人力资本视角下的公司治理结构研究[D];华中师范大学;2009年
5 尹华华;大鼠单核/巨噬细胞功能异质性及其在创伤—失血后免疫紊乱中的意义[D];第三军医大学;2003年
6 兰开锋;度假酒店客房设计研究[D];湖南大学;2005年
7 李朋军;人肝细胞癌DNA干系倍体异质性的组织原位分析[D];暨南大学;2005年
8 炎萍;异质性[D];河南大学;2006年
9 孔向阳;我国经营者人力资本参与企业收益分配探讨[D];江西财经大学;2006年
10 尚晓丽;昆明地区麻疹病毒的分子流行病学研究[D];昆明医学院;2008年
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