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《第三军医大学》 2008年
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信息熵在基因调控网络构建中的应用研究

王锐  
【摘要】: 研究背景 基因芯片作为一类新兴的生物技术,已在生命科学不同领域得到广泛的应用,极大地推进了生命科学的发展,加快了对生命本质的认识。基因芯片可广泛应用于基因诊断、基因表达研究、发现新基因、基因与基因、基因同其他生物大分子的相互作用等众多领域,具有广泛的研究前景。由于一个基因的表达受其它基因的影响,而这个基因又会影响其它基因的表达,这种相互影响、相互制约的关系构成了复杂的基因表达调控网络。因此,要了解细胞的生长过程还应该从整体出发,观察基因之间的相互关系。基因芯片可以从全基因组水平来分析基因的表达情况,因此,我们可以通过数学模型来分析基因之间的相互作用关系。目前,对调控网络的建模已有相当多的数学模型,大多数都不考虑基因表达时空上的调控关系,或者假定基因表达在各时间点上权重相同,这为深入理解基因调控的时-空机制带来了困难。 本研究旨在基于基因表达数据,对各时间点进行加权处理,依据信息熵相关系数来构建大脑发育过程中小脑组织基因表达的调控网络。 方法 根据GO数据库,我们选择了在7个时间点上均有表达的60个与小脑组织发育过程相关的基因。对基因表达数据进行正则化处理,然后对7个时间点进行加权,采用信息熵相关系数矩阵建立基因之间的调控关系网络。 结果 利用互信息关联模型最终得到了所选基因两两之间的信息熵相关系数,建立相关系数矩阵,找到了它们之间的调控网络关系,并进行了图像可视化描述。 结论 利用信息熵理论得到信息熵相关系数后,可以根据60个基因两两之间信息熵相关系数的大小确定基因之间的调控关系,从而得到基因之间的生物学关系。该方法计算简便,结果更为合理。为基因调控网络的构建提供了一种新的研究思路,并为进一步的生物学实验提供了依据。
【学位授予单位】:第三军医大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2008
【分类号】:Q75

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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前3条
1 潘金灯,郭腾冲,涂序彦北京科技大学;生物信息学中的智能模型[J];计算机工程与应用;2003年28期
2 易东,杨梦苏,李辉智,黄明辉,王文昌;相关分析在建立基因调控网络中的应用[J];中国卫生统计;2003年03期
3 郭波涛;李辉智;王文昌;易东;;酵母基因调控网络的微分方程模型研究[J];中国卫生统计;2006年02期
【共引文献】
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1 郭苗莉,朱江波,陈蓉芳,张天宝;应用基因表达谱芯片研究MNNG诱致小鼠胚胎畸形肢体基因表达的变化[J];癌变.畸变.突变;2005年02期
2 王朝霞;生物信息学:一门前沿交叉学科[J];安徽教育学院学报;2002年06期
3 张树林;何德;朱高浦;刘杰;莫鹏巧;;生物信息学在农业上的应用[J];安徽农业科学;2007年22期
4 吉冬梅;;酵母基因表达调控关系的构建及其统计特性分析[J];安徽农业科学;2009年10期
5 李显勇;李燕雏;尹卫华;张凌燕;;“仿生内控”治疗晚期癌症的临床应用报告[J];癌症进展;2008年03期
6 孟大志;仲国强;王丽娜;;DNA芯片组技术及其在解决NP问题中的应用[J];北京工业大学学报;2009年05期
7 王琦,李伟鹏,黄仲曦;人类肿瘤特异性启动子计算机识别方法研究[J];北京生物医学工程;2005年02期
8 张祖兴;李明云;朱俊杰;;大黄鱼mtDNA ND5和Cytb基因的克隆与序列分析[J];水产科学;2006年12期
9 吴建盛;吴建孟;;《生物信息学》——打造精品课程的契机[J];时代教育(教育教学);2010年10期
10 陈其新;李明;石晓为;赵巧辉;;黄淮山羊Leptin cDNA的克隆及鉴定[J];中国草食动物;2007年06期
中国重要会议论文全文数据库 前3条
1 庄绪静;曹雅忠;李克斌;尹姣;;同源建模和分子对接方法的应用与发展[A];植保科技创新与病虫防控专业化——中国植物保护学会2011年学术年会论文集[C];2011年
2 栾德琴;常国斌;陈国宏;;隐性白鸡不同时期肌肉组织生长相关基因的表达谱分析[A];安全优质的家禽生产——第十五次全国家禽学术讨论会论文集[C];2011年
3 吉国力;郑健体;吴小惠;李恒;陈金桥;;基于GHMM的植物poly(A)位点识别模型与算法[A];科学发展观与系统工程——中国系统工程学会第十四届学术年会论文集[C];2006年
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1 贺厚光;双调控溶瘤腺病毒携带超抗原SEA基因治疗前列腺癌基础研究[D];苏州大学;2010年
2 郭新军;拟黑多刺蚁肌细胞增强因子2与肌钙蛋白Ⅰ亚基基因的克隆及其在发育中的表达研究[D];陕西师范大学;2010年
3 徐红林;基因调控网络的建模及其结构分解方法研究[D];江南大学;2010年
4 顾全;基于集成智能的膜蛋白受体结构与功能研究[D];东华大学;2010年
5 周晖;自由搜索算法及其在传感器网络中的应用[D];东华大学;2010年
6 鲁峰;航空发动机故障诊断的融合技术研究[D];南京航空航天大学;2009年
7 夏飞;生物序列分析算法硬件加速器关键技术研究[D];国防科学技术大学;2011年
8 栗现芳;小麦多子房性状SSH文库的构建及其相关基因的克隆与表达[D];西北农林科技大学;2011年
9 康晓军;基因序列比对算法在SNP中的研究及应用[D];华中农业大学;2011年
10 于建涛;基于pairwise核的蛋白质相互作用对称预测研究[D];哈尔滨工业大学;2011年
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1 郑碧;家蚕小热休克蛋白22.6的克隆表达与功能初步分析[D];浙江理工大学;2010年
2 庄文华;家蚕ras oncogene (Bras2)的表达、纯化以及特性分析[D];浙江理工大学;2010年
3 马良;家蚕BmIBP基因的原核表达及其亚细胞定位研究[D];浙江理工大学;2010年
4 李婷婷;家蚕BmNADHb5的表达分析及其亚细胞定位[D];浙江理工大学;2010年
5 刘靓珏;家蚕RPA43相关基因(BmRPA43 N)的克隆表达及定位分析[D];浙江理工大学;2010年
6 赵静静;F/10及G/11木聚糖酶家族的数学建模与分析[D];江南大学;2010年
7 徐丽;RNA二级结构和蛋白质序列的数学表示及其应用[D];大连交通大学;2010年
8 侯青敏;基于子图密度的序列模体发现算法研究[D];西安电子科技大学;2009年
9 戈鲁宁;基于吉布斯采样的模体识别算法研究[D];西安电子科技大学;2010年
10 张守霞;基于位置依赖性的Gibbs采样模体发现算法[D];西安电子科技大学;2009年
【二级参考文献】
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1 易东 ,张彦琦 ,王文昌 ,张蔚 ,杨梦苏 ,黄明辉 ,方志俊;基于伪F统计量的模糊聚类方法在基因表达数据分析中的应用[J];中国卫生统计;2002年03期
【相似文献】
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1 束永俊;李勇;朱延明;;基于组学数据构建基因调控网络[J];生物信息学;2010年03期
2 刘玲;;基因表达谱数据分析技术[J];电脑与信息技术;2010年06期
3 王成雄;饶妮妮;王玉;;用主成分分析探索基因表达模式[J];生物医学工程学杂志;2007年04期
4 魏正军;廖常俊;王金东;郭健平;王发强;刘颂豪;;物理真随机码发生器随机性分析[J];光子学报;2006年07期
5 姜伟,李霞,郭政,饶绍奇;基因表达时间延迟调控关系识别软件ITdGR[J];生物信息学;2005年03期
6 姜伟;李霞;郭政;李传星;王丽虹;饶绍奇;;时间延迟基因调控网络重构的决策树方法研究[J];中国科学C辑;2005年06期
7 高磊;朱明珠;郭政;李霞;;根据基因表达谱筛选间接互作蛋白质进行蛋白质功能预测[J];生物信息学;2006年03期
8 刘源璋;王宁;黄慧宁;谷胜涛;;Matlab在遥感影像融合及其效果评价中的应用[J];地理空间信息;2011年03期
9 张敏;朱晶;郭政;李霞;杨达;王磊;饶绍奇;;利用亚细胞位置特异的基因功能模块与表达调控网络识别疾病特征基因[J];科学通报;2006年13期
10 崔光照,张勋才,曹祥红,董亚非,王延峰;基于动态贝叶斯网络的多时延基因调控网络构建[J];科学技术与工程;2005年17期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 朱明珠;高磊;李霞;;酵母基因表达相关性与蛋白质互作网络距离分析[A];中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集(下册)[C];2007年
2 王琦;李雪;刘彦;朱志兵;薛英威;傅松滨;;应用基因表达谱芯片研究胃癌基因表达谱[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年
3 蔡彦宁;温玫;张愚;陈彪;;帕金森患者尾状核中基因表达谱研究[A];中华医学会第七次全国神经病学学术会议论文汇编[C];2004年
4 石文静;陈超;胡宝洋;龚红华;周国民;;新生小鼠视网膜病变的基因表达谱变化[A];2006(第三届)江浙沪儿科学术会议暨浙江省儿科学术年会论文汇编[C];2006年
5 于英男;洪源;李烨;成军;李燕;;刀豆素蛋白引起免疫性肝损伤小鼠肝脏基因表达谱变化[A];第十届全国生化与分子药理学术会议论文摘要汇编[C];2007年
6 孙开来;郝冬梅;孙秀菊;郑志红;富伟能;;胃癌发生发展过程中基因表达谱检测[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年
7 刘培强;谢青松;朱大铭;;用于基因表达谱数据聚类分析的贪心图划分算法研究[A];2006年全国理论计算机科学学术年会论文集[C];2006年
8 高瑞兰;陈小红;林筱洁;钱煦岱;徐卫红;吴超群;;三七皂苷诱导造血细胞基因表达谱的研究[A];2005年华东六省一市血液病学学术会议暨浙江省血液病学学术年会论文汇编[C];2005年
9 张进;肖波;吴志国;李国良;杨晓苏;李静;;颞叶癫痫大鼠模型海马基因表达谱和蛋白表达谱的研究[A];中华医学会第七次全国神经病学学术会议论文汇编[C];2004年
10 高瑞兰;陈小红;林筱洁;钱煦岱;徐卫红;吴超群;;三七皂苷诱导造血细胞基因表达谱的研究[A];第三届海峡两岸中西医结合学术研讨会论文集[C];2005年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 张建松 张学全;我国科学家揭示白血病治疗的基因调控网络[N];中国医药报;2000年
2 毛颖颖;第二套房新政应量化相关系数[N];北京商报;2007年
3 本报特约作者 李炜;黄金劲涨 澳元沾光[N];国际金融报;2005年
4 任海军;中国科学家发现稻米食用品质基因调控网络[N];粮油市场报;2009年
5 记者 衣晓峰 通讯员 李小莲;探寻“证”的基因表达谱[N];中国中医药报;2009年
6 李海霞 王阶;基于信息熵的血瘀证症状规范化研究[N];中国中医药报;2006年
7 张东风;红外指纹图谱具有五大优势[N];中国中医药报;2006年
8 记者 王擎;70%是个临界点[N];中华工商时报;2001年
9 ;聚类分析在自身免疫病基因表达谱研究中的初步应用[N];中国医药报;2003年
10 王卫英通讯员 杨文彪;金华市场总规模居全省第四位[N];金华日报;2007年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 田素礼;应用基因表达谱芯片探讨Oxaliplatin诱导人结肠癌细胞凋亡分子机制的实验研究[D];吉林大学;2005年
2 胡吉;垂体瘤组织基因表达谱及发病机制研究[D];复旦大学;2005年
3 黄志刚;应用肿瘤基因解剖工程数据库及RNA干扰技术检测大肠癌基因表达谱[D];复旦大学;2005年
4 黄静;扶正增效方对非小细胞肺癌放射增敏的临床及基因表达谱研究[D];北京中医药大学;2006年
5 姚实林;阳虚质理论及其外周血基因表达谱研究[D];北京中医药大学;2007年
6 马丽娟;利用激光捕获显微切割及基因芯片技术构建喉鳞状细胞癌基因组差异表达谱[D];中南大学;2008年
7 周美启;针刺心经与小肠经干预急性心肌缺血大鼠心脏和下丘脑基因表达谱比较研究[D];广州中医药大学;2005年
8 祝骥;人红白血病K562细胞基因表达谱芯片制作及应用研究[D];华南理工大学;2002年
9 张骞;红色毛癣菌孢子EST构建及基因表达谱分析[D];吉林大学;2007年
10 郭帮富;骨质疏松症患者成骨细胞基因表达与中医证型的相关性研究[D];广州中医药大学;2008年
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1 王锐;信息熵在基因调控网络构建中的应用研究[D];第三军医大学;2008年
2 杨庆平;基于贝叶斯网络的基因调控网络构建算法的研究[D];哈尔滨工业大学;2006年
3 丰伟;基于贝叶斯网络的基因调控网络的构建[D];吉林大学;2008年
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5 柳咏梅;泰安抽水蓄能电站项目经济效益评价研究[D];华北电力大学(河北);2008年
6 刘丹梅;我国高科技企业海外上市模式选择研究[D];哈尔滨工业大学;2007年
7 朱建;基于熵估计的网络流量异常检测研究[D];华中科技大学;2007年
8 王爽;鼻咽低分化鳞状细胞癌分子分类的初步研究[D];第一军医大学;2004年
9 李德玉;高技术风险企业持续竞争优势的战略构建研究[D];重庆大学;2004年
10 魏伟一;基于内容的图像检索技术研究[D];西北师范大学;2005年
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