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《中国人民解放军军事医学科学院》 2003年
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基于基因表达谱的样本分型与分类研究

李伍举  
【摘要】: 基于基因芯片技术,可以同时观察在某一生命现象中成千上万个基因的动态表达水平,使得人们能够在基因组水平上以系统的、全局的观念去研究生命现象及其本质;但是,通过基因芯片实验直接获得的是一个基因表达谱,其实际应用要通过对基因表达谱的生物信息学处理来实现,而样本分型与分类研究是其中的核心环节,为此,我们对这两方面进行了系统研究,分别构建了基于基因表达谱的样本分型系统Samcluster和分类系统Tclass。 在Samcluster系统中,整合了下列聚类算法:谱系聚类、K-平均值聚类和自组图聚类与变异系数计算和T-检验等基因变量选择方法,并提出了一致的样本分型概念,通过对四个基因表达谱的数据集COLON、LEUKEMIA72、LEUKEMIA38和OVARIAN的测试,结果表明:误判的样本数分别为5、1、0和0个,因此,基因水平的样本分型与样本的临床分型高度一致。 在Tclass系统中,整合了Fisher线性判别分析与全组合、逐步优化和Monte-Carlo模拟等基因变量选择方法,并提出了分类稳定性概念,通过对COLON等基因表达谱数据集的分析,结果表明:运用3到10个基因,可将不同的样本类型分开。 此外,应用Samcluster和Tclass系统分析了LEUKEMIA16数据集,结果表明:16例样本的基因分型与临床表型完全一致。因此,上述工作对研究基因功能、基因水平上的肿瘤分型、寻找新的样本类型和药物靶标识别等方面具有重要意义。
【学位授予单位】:中国人民解放军军事医学科学院
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2003
【分类号】:Q78

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【引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 王强;Nrf3基因对大肠癌LoVo细胞系体外生长的影响[D];中国人民解放军军医进修学院;2005年
【参考文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
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【同被引文献】
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1 程小华;经完整圆窗膜途径bFGF基因大鼠耳蜗内转导防治爆震性聋的实验研究[D];中国人民解放军军医进修学院;2003年
【二级参考文献】
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中国博士学位论文全文数据库 前10条
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10 葛汝村;大鼠骨髓基质细胞诱导分化中相关基因表达谱的微阵列分析[D];山东大学;2005年
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